Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity

Neotropical Ichthyology promotes the Special Issue (SI) "Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity" with the purpose of publishing relevant scientific articles on the current biodiversity crisis and the loss of Neotropical freshwater fishes in the Anthropocene. The SI is composed of 22 publications, being two review articles and 20 original articles. A total of 107 researchers contributed to these papers, involving 44 institutions based in Brazil and six other countries. Published articles investigated main anthropic activities and their impacts on fish diversity, with special focus on river regulation, mining, land use changes, aquaculture, and fisheries. Studies provided evidence about the loss of fish diversity in the Neotropics, including fish kill events, demographic changes, contamination, changes in assemblage structure, loss of taxonomic and functional diversity, besides the degradation of ecosystem functions and services, and the lack of effective protection and conservation. Studies were conducted in rivers, streams, lakes, and reservoirs from different Neotropical systems. The studies published in this SI represent a relevant sample of the current worrisome situation of freshwater fishes in the Neotropical region and call for urgent revision in environmental policies, management and conservation initiatives, and socioeconomic priorities.(AU)

A revista Neotropical Ichthyology lança o Volume Especial (SI) "Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity" com o objetivo de publicar artigos científicos relevantes sobre a atual crise da biodiversidade e a perda de diversidade de peixes de água doce Neotropicais no Antropoceno. O SI é composto por 22 publicações, sendo dois artigos de revisão e 20 artigos originais. Um total de 107 pesquisadores contribuíram com esses artigos, envolvendo 44 instituições sediadas no Brasil e em seis outros países. Os artigos publicados investigaram as principais atividades antrópicas e seus impactos sobre a diversidade de peixes, com foco especial na regulação dos rios, mineração, mudanças no uso do solo, aquicultura e pesca. Os estudos forneceram evidências sobre a perda de diversidade de peixes na região Neotropical, incluindo eventos de mortandade, alterações demográficas, contaminação, mudanças na estrutura das assembleias, perda de diversidade taxonômica e funcional, além da degradação de funções e serviços ecossistêmicos, e falta de ações efetivas de proteção e conservação. Os estudos foram conduzidos em rios, riachos, lagos e reservatórios de diferentes sistemas Neotropicais. Os estudos publicados neste SI representam uma amostra relevante da atual situação dos peixes de água doce na região Neotropical, reforçando a necessidade de revisão das políticas ambientais, ações de manejo e conservação, e prioridades socioeconômicas.(AU)

Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity

Neotropical Ichthyology promotes the Special Issue (SI) "Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity" with the purpose of publishing relevant scientific articles on the current biodiversity crisis and the loss of Neotropical freshwater fishes in the Anthropocene. The SI is composed of 22 publications, being two review articles and 20 original articles. A total of 107 researchers contributed to these papers, involving 44 institutions based in Brazil and six other countries. Published articles investigated main anthropic activities and their impacts on fish diversity, with special focus on river regulation, mining, land use changes, aquaculture, and fisheries. Studies provided evidence about the loss of fish diversity in the Neotropics, including fish kill events, demographic changes, contamination, changes in assemblage structure, loss of taxonomic and functional diversity, besides the degradation of ecosystem functions and services, and the lack of effective protection and conservation. Studies were conducted in rivers, streams, lakes, and reservoirs from different Neotropical systems. The studies published in this SI represent a relevant sample of the current worrisome situation of freshwater fishes in the Neotropical region and call for urgent revision in environmental policies, management and conservation initiatives, and socioeconomic priorities.(AU)

A revista Neotropical Ichthyology lança o Volume Especial (SI) "Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity" com o objetivo de publicar artigos científicos relevantes sobre a atual crise da biodiversidade e a perda de diversidade de peixes de água doce Neotropicais no Antropoceno. O SI é composto por 22 publicações, sendo dois artigos de revisão e 20 artigos originais. Um total de 107 pesquisadores contribuíram com esses artigos, envolvendo 44 instituições sediadas no Brasil e em seis outros países. Os artigos publicados investigaram as principais atividades antrópicas e seus impactos sobre a diversidade de peixes, com foco especial na regulação dos rios, mineração, mudanças no uso do solo, aquicultura e pesca. Os estudos forneceram evidências sobre a perda de diversidade de peixes na região Neotropical, incluindo eventos de mortandade, alterações demográficas, contaminação, mudanças na estrutura das assembleias, perda de diversidade taxonômica e funcional, além da degradação de funções e serviços ecossistêmicos, e falta de ações efetivas de proteção e conservação. Os estudos foram conduzidos em rios, riachos, lagos e reservatórios de diferentes sistemas Neotropicais. Os estudos publicados neste SI representam uma amostra relevante da atual situação dos peixes de água doce na região Neotropical, reforçando a necessidade de revisão das políticas ambientais, ações de manejo e conservação, e prioridades socioeconômicas.(AU)

Primeiro relato de Perulernaea gamitanae (Crustacea: Lernaeidae) em Pirapitinga (Piaractus brachypomus) / First report of Perulernaea gamitanae (Crustacea: Lernaeidae) in Pirapitinga (Piaractus brachypomus)

São constantes os relatos de parasitos de peixes de cultivo no estado de Rondônia, Brasil. Os crustáceos são importantes parasitos que ocasionam prejuízos aos peixes cultivados. Possuem uma grande diversidade de espécies e chamam a atenção por serem macroscópicos na fase parasitária e apresentarem ampla variação de forma e tamanho. Dessa forma, o presente estudo objetiva relatar a identificação de Perulernaea gamitanae (Crustacea: Lernaeidae) pela primeira vez em peixes pirapitinga (Piaractus brachypomus). Foram coletados lerneídeos parasitos na língua de cinco peixes pirapitinga de piscicultura em Rolim de Moura-RO. Nos locais parasitados não foram observados inflamação e nem nódulos fibrosos. Ao estereomicroscópio foram identificados como P. gamitanae, todos fêmeas adultas fecundadas, possuíam dois sacos de ovos cada. Os estudo de parasitos de peixes que causam prejuízos à piscicultura é uma área em expansão e necessita de mais estudos para entender os mecanismos de ação dos parasitos, e assim, evitar doenças e mortalidade do plantel. P. gamitanae demonstrou que pode adaptar-se a novos hospedeiros, o que pode levar a um aumento do potencial de infestação e aumentar sua distribuição geográfica.

There are constant reports of fish parasites in the state of Rondônia, Brazil. Crustaceans are important parasites that cause damage to farmed fish. They have a great diversity of species and call attention because they are macroscopic in the parasitic phase and present wide variation of shape and size. Thus, the present study aims to report the identification of Perulernaea gamitanae (Crustacea: Lernaeidae) for the first time in pirapitinga fish (Piaractus brachypomus). Parasitic lipids were collected in the tongue of five pirapitinga fish from fish farming in Rolim de Moura-RO. In the parasitized sites no inflammation and no fibrous nodules were observed. To the stereomicroscope were identified as P. gamitanae, all adult females fertilized, they had two bags of eggs each. The study of fish parasites that cause damage to fish farming is an expanding area and requires more studies to understand the mechanisms of action of parasites, and thus avoid diseases and mortality of the establishment. P. gamitanae has shown that it can adapt to new hosts, which can lead to an increase in infestation potential and increase its geographical distribution.

Primeiro relato de Perulernaea gamitanae (Crustacea: Lernaeidae) em Pirapitinga (Piaractus brachypomus) / First report of Perulernaea gamitanae (Crustacea: Lernaeidae) in Pirapitinga (Piaractus brachypomus)

São constantes os relatos de parasitos de peixes de cultivo no estado de Rondônia, Brasil. Os crustáceos são importantes parasitos que ocasionam prejuízos aos peixes cultivados. Possuem uma grande diversidade de espécies e chamam a atenção por serem macroscópicos na fase parasitária e apresentarem ampla variação de forma e tamanho. Dessa forma, o presente estudo objetiva relatar a identificação de Perulernaea gamitanae (Crustacea: Lernaeidae) pela primeira vez em peixes pirapitinga (Piaractus brachypomus). Foram coletados lerneídeos parasitos na língua de cinco peixes pirapitinga de piscicultura em Rolim de Moura-RO. Nos locais parasitados não foram observados inflamação e nem nódulos fibrosos. Ao estereomicroscópio foram identificados como P. gamitanae, todos fêmeas adultas fecundadas, possuíam dois sacos de ovos cada. Os estudo de parasitos de peixes que causam prejuízos à piscicultura é uma área em expansão e necessita de mais estudos para entender os mecanismos de ação dos parasitos, e assim, evitar doenças e mortalidade do plantel. P. gamitanae demonstrou que pode adaptar-se a novos hospedeiros, o que pode levar a um aumento do potencial de infestação e aumentar sua distribuição geográfica.(AU)

There are constant reports of fish parasites in the state of Rondônia, Brazil. Crustaceans are important parasites that cause damage to farmed fish. They have a great diversity of species and call attention because they are macroscopic in the parasitic phase and present wide variation of shape and size. Thus, the present study aims to report the identification of Perulernaea gamitanae (Crustacea: Lernaeidae) for the first time in pirapitinga fish (Piaractus brachypomus). Parasitic lipids were collected in the tongue of five pirapitinga fish from fish farming in Rolim de Moura-RO. In the parasitized sites no inflammation and no fibrous nodules were observed. To the stereomicroscope were identified as P. gamitanae, all adult females fertilized, they had two bags of eggs each. The study of fish parasites that cause damage to fish farming is an expanding area and requires more studies to understand the mechanisms of action of parasites, and thus avoid diseases and mortality of the establishment. P. gamitanae has shown that it can adapt to new hosts, which can lead to an increase in infestation potential and increase its geographical distribution.(AU)

Bird assemblage mist-netted in an Atlantic Forest area: a comparison between vertically-mobile and ground-level nets / Assembleia de aves capturadas em redes de neblina em uma área de Mata Atlântica: uma comparação entre redes verticalmente móveis e no nível do solo

Mist nets may be opened at different heights in the forest, but they are seldom used over 3 m above the ground. We used two different methods to compare species richness, composition, and relative abundance and trophic structure of the bird assemblage at Ilha Grande (with a 290 birds standardization): conventional ground-level nets (0-2.4 m height range) and elevated nets (0-17 m) with an adjustable-height system (modified from Humphrey et al., 1968) that we call vertically-mobile nets. There were significant differences in capture frequencies between methods for about 20% of the species (Chi-squared test, P<0.05), and the two methods caught different assemblages. Ground-level nets recorded less species, and they comparatively overestimated mainly Suboscine insectivores and underestimated frugivores and nectarivores. Different sampling methods used at the same location may result in very different diagnoses of the avifauna present, both qualitatively and quantitatively. We encourage studies involving mist net sampling to include the upper strata to more accurately represent the avifauna in Atlantic Forest.(AU)

Redes-de-neblina podem ser abertas a diferentes alturas na floresta, mas raramente são usadas acima de 3 m do chão. Usamos dois diferentes métodos para comparar riqueza, abundância relativa de espécies e estrutura trófica da assembleia de aves da Ilha Grande (com a padronização de 290 indivíduos): redes convencionais no nível do solo (0-2,4 m de altura) e redes bandeira (0-17 m) com um sistema de ajuste de altura (modificado de Humphrey et al., 1968) que denominamos redes verticalmente móveis. Houve diferenças significativas nas frequências de capturas entre os métodos em cerca de 20% das espécies (teste Qui-quadrado, P<0,05), e os dois métodos capturaram diferentes assembleias. Redes de neblina no nível do solo registraram menos espécies, e comparativamente superestimaram principalmente espécies insetívoras de Suboscine, e subestimaram frugívoras e nectarívoras. Métodos diferentes de amostragem usados em uma mesma localidade podem resultar em uma diagnose bem distinta da avifauna presente, tanto qualitativa como quantitativamente. Recomendamos que estudos envolvendo amostragens com redes-de-neblina incluam os estratos superiores para representar mais acuradamente a avifauna na Mata Atlântica.(AU)

ESTRUTURA GENÔMICA DE UMA POPULAÇÃO DE SUÍNOS BASE LANDRACE.

Os painéis de marcadores de alta densidade têm demonstrado a sua funcionalidade nos estudos de estrutura da população e conservação genética. Esses painéis permitem avaliar similaridades no padrão do desequilíbrio de ligação em toda população, assim como informações sobre parentesco da população. Segmentos de homozigose são utilizados como indicativo da estrutura da população e fornecem informações sobre o histórico demográfico e eventos de endogamia da mesma. O objetivo deste trabalho foi estudar a estrutura genômica de uma linhagem sintética base Landrace por meio de (i) análises de desequilíbrio de ligação; (ii) estimação do coeficiente de endogamia utilizando dados genômicos e de pedigree; (iii) análise do número e tamanho de segmentos de homozigose; e (iv) determinação da estratificação da população. Foram utilizados registros de 300 fêmeas e 25 machos de uma linhagem fêmea sintética base Landracegenotipados com o painel IlluminaPorcineSNP60 v2 BeadChip. A edição dos dados foi realizada no programa PLINK v.1.9 para remoção de marcadores SNPs (Single NucleotidePolymorphism) que falharam em mais de 10% das amostras (call rate) e amostras que falharam em mais de 10% dos marcadores. A extensão do desequilíbrio de ligação foi avaliada entre todos os pares SNPs adjacentes presentes nos cromossomos autossômicos por meio da medida r2. O coeficiente de endogamia foi calculado usando registros de pedigree e de dados genômicos. Os segmentos de homozigose foram detectados para os cromossomos autossômicos com o programa computacional PLINK v.1.9, considerando pelo menos 50 SNPs homozigotos dentro de tamanho mínimo de 1.000 Kb por animal, permitindo um SNP heterozigoto e um SNP faltante/perdido dentro de uma janela de 50 SNPs. Os segmentos de homozigose detectados foram utilizados para cálculo do coeficiente de endogamia genômica e como indicativo do histórico da população. A estratificação da população foi avaliada utilizando análises de componentes principais e pelo modelo de ancestralidade por metodologia bayesiana aplicado no programa STRUCTURE. Na análise de ancestralidade foram testados valores de K (número de clusters) variando de um a oito usando período de burn-in de 1.000 iterações e Cadeia de Markov e Monte Carlo de 10.000 iterações. As análises foram repetidas dez vezes para cada K e a determinação do melhor número para K foi estimada utilizando a estatística Delta K. O valor médio de r² encontrado para todos os SNPs adjacentes que estão a uma distância menor que 100 Kb foi de 0,291 ± 0,312. Os coeficientes de endogamia médios obtidos a partir dos segmentos de homozigose e de registros de pedigree foram de 0,119 e 0,00011, respectivamente. A baixa correlação (r<0,04) encontrada entre os coeficientes de endogamia pode ser explicada pelo efeito da variação da recombinação gênica que não é considerada nas estimativas obtidas à partir de registros de pedigree e devido aos erros de identificação dos animais no pedigree. A identificação de um grande número de longos segmentos de homozigose pode ser indicativa de endogamia recente na população estudada. O estudo da estratificação da amostra indicou que a mesma estaria dividida em duas populações (k=2), sendo que a separação pode ser explicada pelo cruzamento entre as raças ocidentais e orientais utilizadas na formação da linhagem. Os dados de genotipagem permitiram concluir que a população estudada possui endogamia recente, sugerindo-se que seja priorizado acasalamento entre indivíduos menos aparentados para assegurar a manutenção da diversidade genética.

High-density single nucleotide polymorphism (SNP) panels have been used in genomic studies, such as population structure and conservation genetic studies. These panels allow to assess similarities in the patterns of linkage disequilibrium across populations and to estimate relatedness between populations. Runs of homozygosity are used as indicative of population structure and it provides information about demographic history and recent inbreeding. The aim of this study was to describe the genomic structure of a synthetic Landrace line by (i) linkage disequilibrium (LD) analyses; (ii) inbreeding estimates through pedigree and genomic data; (iii) analysing the number and length of runs of homozygosity (ROH); and (iv) determination of population structure. A total of 300 females and 25 males from synthetic Landrace line were genotyped using Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. Data editing was performed using PLINK v.1.9. The SNPs and samples with a call rate lower than 0.90 were excluded from the data set.Only the autosomal chromosomes were considered for LD an ROH analyses. The LD between all pairs of SNPs were measured by the means of the genotype correlation coefficient (r²) and it determined the decay of LD with physical distance. The coefficient of inbreeding was calculated using genomic and pedigree data. ROH were detected using PLINK v.1.9 considering the follow parameters: a minimum ROH of 50 SNPs with a minimum length of 1000 (Kb), one heterozygous SNP and one missing SNP were allowed within the sliding window of 50 SNPs.The individual genomic inbreeding and population history were identified from estimated ROH. The population structure was evaluated using principal component analysis and Bayesian admixture model. The number of clusters (K) was tested from two to eight considering a burning period of 1,000 followed by 10,000 Markov chain Monte Carlo repetitions and replicated ten times for each K. The best K was estimated using the Delta K statistic. For all SNPs adjacent less than 100 kilobase (kb) apart, the average r2 was 0.291 ± 0.312. The average inbreeding coefficient, calculated by ROH and pedigree analyses, were0.119 and 0.00011, respectively. The low correlation between the inbreeding coefficients can be justified by the genetic recombination because just ROH analyses identified the genetic recombination variation. The high number of long ROH is an evidence of recent inbreeding in this population. The population structure analysis revealed K=2 was the best number of clusters and separation. This result can be explained by the crossbreeding between the Eastern and Western breeds used in the formation of the line.The genotyping data helped confirm that the inbreeding in the studied population is recent, which suggests that mating between individuals less related occurred to ensure the maintenance of genetic diversity.

Call diversity of Leptodactylus natalensis Lutz, 1930 (Anura; Leptodactylidae)

The extensive vocal repertoire of Leptodactylus natalensis is described. The field observations were made at three forest fragments of the Tropical Atlantic Domain, in Northeast (State of Alagoas) and Southeast (State of Espírito Santo) regions of Brazil. The vocal repertoire of L. natalensis was constituted by ten notes emitted alone or in different combinations. The several vocalizations were organized in three distinct groups according to the social context in the moment of emission. L. natalensis presents extensive diversity of acoustic signals supported by variations in duration of each note, as well as in the number and sequence of emission of different notes.

O extenso repertório vocal de Leptodactylus natalensis é descrito. Observações de campo foram feitas em três fragmentos florestais no Domínio Tropical Atlântico, localizados nas regiões Nordeste (Estado de Alagoas) e Sudeste (Estado do Espírito Santo) do Brasil. O repertório vocal de L. natalensis foi constituído de dez notas emitidas em unicidade ou em diferentes combinações. As diferentes vocalizações foram organizadas em três grupos distintos de acordo com o contexto social no momento da emissão. L. natalensis apresenta extensa diversidade de sinais acústicos sustentada pela variação na duração de cada nota, assim como no número e seqüência de emissão das diferentes notas.

Call diversity of Leptodactylus natalensis Lutz, 1930 (Anura; Leptodactylidae)

The extensive vocal repertoire of Leptodactylus natalensis is described. The field observations were made at three forest fragments of the Tropical Atlantic Domain, in Northeast (State of Alagoas) and Southeast (State of Espírito Santo) regions of Brazil. The vocal repertoire of L. natalensis was constituted by ten notes emitted alone or in different combinations. The several vocalizations were organized in three distinct groups according to the social context in the moment of emission. L. natalensis presents extensive diversity of acoustic signals supported by variations in duration of each note, as well as in the number and sequence of emission of different notes.

O extenso repertório vocal de Leptodactylus natalensis é descrito. Observações de campo foram feitas em três fragmentos florestais no Domínio Tropical Atlântico, localizados nas regiões Nordeste (Estado de Alagoas) e Sudeste (Estado do Espírito Santo) do Brasil. O repertório vocal de L. natalensis foi constituído de dez notas emitidas em unicidade ou em diferentes combinações. As diferentes vocalizações foram organizadas em três grupos distintos de acordo com o contexto social no momento da emissão. L. natalensis apresenta extensa diversidade de sinais acústicos sustentada pela variação na duração de cada nota, assim como no número e seqüência de emissão das diferentes notas.

Population and risk assessment of sympatric pheasant species in Palas Valley, Pakistan / População e avaliação de risco de espécies simpátricas de Faisão no Vale Palas, Paquistão

Pheasants are declining everywhere in the world and therefore updated information about their population and habitats are important for conservation and management. The present study was conducted in the Palas Valley, District Kohistan, Pakistan in late spring (May and June) 2020 and early spring (March and April) 2021 to assess the population and anthropogenic stress. The major focus was on three sympatric pheasant species, including Western Horned Tragopan (Tragopan melanocephalus), Himalayan Monal (Lophophorus impejanus), and Koklass Pheasant (Pucrasia macrolopha). We used the "Call Count Method" for the population assessment in the field, and a questionnaire survey was conducted to document the risk assessment of local residents of the valley. The population assessments revealed that the Koklass Pheasant is more adapted to increasing anthropogenic activities and its population appeared more or less similar as 22 years ago. In the past 22 years, Western Tragopan and Himalayan Monal have lost about 40-50% of their populations. Human interference in the form of illegal hunting, deforestation, and overgrazing was found to be common in the valley. The study concludes that the Palas Valley habitat is ideal for pheasant species; however, human interference in the form of urbanization, habitat fragmentation, illegal hunting, and deforestation is occurring at a rapid pace, causing havoc in the pheasant population.

Os faisões estão diminuindo em todo o mundo, por isso informações atualizadas sobre sua população e seus habitats são importantes para conservação e manejo. O presente estudo foi realizado no vale Palas, distrito de Kohistan, Paquistão, no final da primavera (maio e junho) de 2020 e início da primavera (março e abril) de 2021 para avaliar a população e o estresse antropogênico. O foco principal foram três espécies simpátricas de faisão, incluindo Tragopan de Chifres Ocidental (Tragopan melanocephalus), Monal-do-Himalaia (Lophophorus impejanus) e Faisão Koklass (Pucrasia macrolopha). Foi utilizado o "Método de Contagem de Chamadas" para avaliar a população em campo, e foi realizada uma pesquisa por questionário para documentar a avaliação de risco dos moradores locais do vale. As avaliações populacionais revelaram que o Faisão Koklass está mais adaptado às crescentes atividades antrópicas e que sua população se mantém mais ou menos semelhante à população de 22 anos atrás. Nos últimos 22 anos, Tragopan de Chifres Ocidental e Monal-do-Himalaia perderam cerca de 40 a 50% de suas populações. A interferência humana, sob a forma de caça ilegal, desmatamento e sobrepastoreio, era comum no vale. O estudo conclui que o habitat do vale Palas é ideal para espécies de faisão; no entanto, a interferência humana, por meio de urbanização, fragmentação de habitat, caça ilegal e desmatamento, está ocorrendo em ritmo acelerado, causando estragos na população de faisões.