Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an Invasive species in Central Punjab Pakistan

Abstract Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.

Resumo Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos dágua do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.

Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an invasive species in Central Punjab Pakistan / Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): uma espécie invasora no centro de Punjab, Paquistão

Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.

Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos d’água do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.

Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an invasive species in Central Punjab Pakistan / Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): uma espécie invasora no centro de Punjab, Paquistão

Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.(AU)

Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos dágua do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.(AU)

Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an Invasive species in Central Punjab Pakistan / Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): uma espécie invasora no centro de Punjab, Paquistão

Abstract Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.

Resumo Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos d'água do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan

Abstract Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

Resumo A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.(AU)

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.(AU)

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Molecular profiling of bacterial blight resistance in Malaysian rice cultivars / Perfil molecular da resistência à ferrugem bacteriana em cultivares de arroz da Malásia

Bacteria blight is one of the most serious bacterial diseases of rice worldwide. The identification of genetic potential against bacterial blight in the existing rice resources is a prerequisite to develop multigenic resistance to combat the threat of climate change. This investigation was conducted to evaluate alleles variation in 38 Malaysian cultivars using thirteen Simple Sequences Repeats markers and one Sequence Tagged Sites (STS) marker which were reported to be linked with the resistance to bacterial blight. Based on molecular data, a dendrogram was constructed which classified the rice cultivars into seven major clusters at 0.0, 0.28 and 0.3 of similarity coefficient. Cluster 5 was the largest group comprised of ten rice cultivars where multiple genes were identified. However, xa13 could not be detected in the current rice germplasm, whereas xa2 was detected in 25 cultivars. Molecular analysis revealed that Malaysian rice cultivars possess multigenic resistance.

A ferrugem bacteriana é uma das doenças bacterianas mais graves do arroz em todo o mundo. A identificação do potencial genético contra a ferrugem bacteriana nos recursos de arroz existentes é um pré-requisito para desenvolver resistência multigênica no combate à ameaça da mudança climática. Esta investigação foi conduzida para avaliar a variação de alelos em 38 cultivares da Malásia usando 13 marcadores Simple Sequences Repeats (SSR) e 1 marcador Sequence Tagged Sites (STS), que foram relatados como associados à resistência à ferrugem bacteriana. Com base em dados moleculares, foi construído um dendrograma que classificou as cultivares de arroz em sete grandes agrupamentos a 0,0, 0,28 e 0,3 de coeficiente de similaridade. O Cluster 5 foi o maior grupo composto por 10 cultivares de arroz, no qual múltiplos genes foram identificados. No entanto, xa13 não pôde ser detectado no germoplasma atual de arroz, enquanto xa2 foi detectado em 25 cultivares. A análise molecular revelou que as cultivares de arroz da Malásia possuem resistência multigênica.

Diagnostic locus for identification of silverside hybrids (Odontesthes humensis and Odontesthes bonariensis) in a natural population / Locus diagnóstico para identificação de híbridos de peixe-rei (Odontesthes humensis and Odontesthes bonariensis) em população natural

Hybridization is a natural phenomenon that occurs more often in fish than in other vertebrates. The use of nuclear and mitochondrial molecular markers provides valuable results in the detection of these events. The aim of this study was to investigate the occurrence of interspecific hybrids in natural populations of silverside. The samples of Odontesthes humensis, Odontesthes bonariensis, and indivi-duals that were morphologically different from pure species were collected in the Mangueira lagoon, located in southern Brazil. Result: Six tetranucleotide microsatellite loci were synthesized and tested. The UFPEL_OH3 locus proved to be diagnostic for the detection of silverside hybrids, and it was possi-ble to distinguish between pure and hybrid species. The mitochondrial marker gene cytb synthesized from conserved Odontesthes sequences in the GenBank genetic database showed no differences in the genetic sequence of the samples, needing further studies to confirm the hypothesis.(AU)

A hibridação é um fenômeno natural que ocorre mais frequentemente em peixes do que em outros vertebrados. Para detectá-la, são utilizados marcadores moleculares nucleares e mitocondriais, os quais fornecem resultados valiosos. O objetivo deste estudo foi investigar a ocorrência de híbridos in-terespecíficos em populações naturais de peixe-rei. As amostras de Odontesthes humensis, Odontesthes bonariensis e de indivíduos morfologicamente diferentes das espécies puras foram coletadas na lagoa Mangueira, localizada no Sul do Brasil. Foram sintetizados e testados seis loci microssatélites tetranu-cleotídeos. O locus UFPEL_OH3 mostrou-se um diagnóstico para detectar híbridos de peixe-rei, pos-sibilitando a distinção de espécies puras de híbridas. O marcador mitocondrial gene cytb, sintetizado com base nas sequências conservadas de Odontesthes no banco de dados genéticos do GenBank, não apresentou diferenças na sequência genética das amostras, portanto, são necessários mais estudos para confirmar a hipótese de hibridação.(AU)

Molecular analysis reveals high diversity in the Hoplias malabaricus (Characiformes, Erythrinidae) species complex from different Amazonian localities

ABSTRACT DNA barcoding proposes that a fragment of DNA can be used to identify species. In fish, a fragment of cytochrome oxidase subunit I (COI) has been effective in many studies with different foci. Here we use this molecular tool to provide new insights into the cryptic diversity found in the Hoplias malabaricus species complex. Popularly known as trahira, H. malabaricus is widely distributed in South America. The clade shows molecular and cytogenetic diversity, and several studies have supported the occurrence of a complex of species. We performed molecular and karyotypic analysis of H. malabaricus individuals from eight Amazonian localities to assess the diversity present in the nominal taxon, and to clarify relationships within this group. We used 12 samples in cytogenetic analyses and found two karyomorphs: 2n = 40 (20m + 20sm) (karyomorph C) and 2n = 42 (22m + 20sm) (karyomorph A). We used 19 samples in molecular analyses with COI as a molecular marker, maximum likelihood analyses, and the Kimura-2-parameter evolutionary model with bootstrap support. We found karyomorph-related differentiation with bootstrap of 100%. However, we found high molecular diversity within karyomorph C. The observed pattern allowed us to infer the presence of cryptic diversity, reinforcing the existence of a species complex.

RESUMO O DNA barcoding propõe que um fragmento de DNA possa servir para identificar espécies. Em peixes, um fragmento do gene COI tem se mostrado eficaz em muitos estudos com focos diferentes. Nós usamos essa ferramenta molecular para fornecer novas informações sobre a diversidade críptica encontrada no complexo de espécies Hoplias malabaricus. Popularmente conhecida como traíra, H. malabaricus tem uma ampla distribuição na América do Sul. Esse clado mostra diversidade molecular e citogenética, e vários estudos dão suporte à ocorrência de um complexo de espécies. Realizamos análises molecular e cariotípica em indivíduos de H. malabaricus de oito localidades amazônicas, para acessar a diversidade no taxon nominal e elucidar as relações nesse grupo. Usamos 12 amostras em análises citogenéticas e encontramos dois cariomorfos: 2n = 40 (20m + 20sm) (cariomorfo C) e 2n = 42 (22m + 20sm) (cariomorfo A). Usamos 19 amostras em análise molecular, utilizando COI como marcador molecular, análises de máxima verossimilhança e o modelo evolutivo de Kimura-2-parâmetros com estimativa de bootstrap. Encontramos diferenciação relacionada aos cariomorfos com bootstrap de 100%. No entanto, encontramos alta diversidade molecular no cariomorfo C. O padrão observado nos permitiu inferir a presença de diversidade oculta, reforçando a existência de um complexo de espécies.

Molecular analysis reveals high diversity in the Hoplias malabaricus (Characiformes, Erythrinidae) species complex from different Amazonian localities / Análise molecular revela alta diversidade no complexo de espécies Hoplias malabaricus (Characiformes, Erythrinidae) de diferentes localidades amazônicas

DNA barcoding proposes that a fragment of DNA can be used to identify species. In fish, a fragment of cytochrome oxidase subunit I (COI) has been effective in many studies with different foci. Here we use this molecular tool to provide new insights into the cryptic diversity found in the Hoplias malabaricus species complex. Popularly known as trahira, H. malabaricus is widely distributed in South America. The clade shows molecular and cytogenetic diversity, and several studies have supported the occurrence of a complex of species. We performed molecular and karyotypic analysis of H. malabaricus individuals from eight Amazonian localities to assess the diversity present in the nominal taxon, and to clarify relationships within this group. We used 12 samples in cytogenetic analyses and found two karyomorphs: 2n = 40 (20m + 20sm) (karyomorph C) and 2n = 42 (22m + 20sm) (karyomorph A). We used 19 samples in molecular analyses with COI as a molecular marker, maximum likelihood analyses, and the Kimura-2-parameter evolutionary model with bootstrap support. We found karyomorph-related differentiation with bootstrap of 100%. However, we found high molecular diversity within karyomorph C. The observed pattern allowed us to infer the presence of cryptic diversity, reinforcing the existence of a species complex.(AU)

O DNA barcoding propõe que um fragmento de DNA possa servir para identificar espécies. Em peixes, um fragmento do gene COI tem se mostrado eficaz em muitos estudos com focos diferentes. Nós usamos essa ferramenta molecular para fornecer novas informações sobre a diversidade críptica encontrada no complexo de espécies Hoplias malabaricus. Popularmente conhecida como traíra, H. malabaricus tem uma ampla distribuição na América do Sul. Esse clado mostra diversidade molecular e citogenética, e vários estudos dão suporte à ocorrência de um complexo de espécies. Realizamos análises molecular e cariotípica em indivíduos de H. malabaricus de oito localidades amazônicas, para acessar a diversidade no taxon nominal e elucidar as relações nesse grupo. Usamos 12 amostras em análises citogenéticas e encontramos dois cariomorfos: 2n = 40 (20m + 20sm) (cariomorfo C) e 2n = 42 (22m + 20sm) (cariomorfo A). Usamos 19 amostras em análise molecular, utilizando COI como marcador molecular, análises de máxima verossimilhança e o modelo evolutivo de Kimura-2-parâmetros com estimativa de bootstrap. Encontramos diferenciação relacionada aos cariomorfos com bootstrap de 100%. No entanto, encontramos alta diversidade molecular no cariomorfo C. O padrão observado nos permitiu inferir a presença de diversidade oculta, reforçando a existência de um complexo de espécies.(AU)

DNA barcoding unveils cryptic lineages of Hoplias malabaricus from northeastern Brazil / DNA barcoding revela linhagens crípticas de Hoplias malabaricus no nordeste do Brasil

The trahira or wolf fish - Hoplias malabaricus- is a valid species, although recent cytogenetic and molecular studies have indicated the existence of a species complex. In this context, the present study analyzed the mitochondrial COI marker to determine the levels of genetic diversity of specimens from the Brazilian state of Maranhão, and verify the occurrence of distinct lineages within the study area. Samples were collected from the basins of the Turiaçu, Pindaré, Mearim, Itapecuru, and Parnaíba rivers. A 630-bp fragment was obtained from 211 specimens, with 484 conserved and 108 variable sites, and 60 haplotypes (Hd = 0,947; = 0,033). The phylogenetic analyses indicated the existence of three distinct lineages of H. malabaricus from Maranhão. Genetic distances of 1.5-8.2% were found between all the populations analyzed, while the variation between haplogroups ranged from 2.1% to 7.7%. The AMOVA indicated that most of the molecular variation was found among groups, with high FST values. The high levels of genetic variability found in the present study are supported by the available cytogenetic data. These findings reinforce the need for the development of effective programs of conservation and management independently for each river basin, in order to preserve the genetic variability found in this taxon.(AU)

A traíra - Hoplias malabaricus- é uma espécie válida, embora recentes estudos citogenéticos e moleculares tenham indicado a existência de um complexo de espécies. Neste contexto, o presente estudo analisou o marcador mitocondrial COI para determinar os níveis de diversidade genética dos espécimes do estado do Maranhão e verificar a ocorrência de linhagens distintas dentro da área de estudo. As amostras foram coletadas nas bacias dos rios Turiaçu, Pindaré, Mearim, Itapecuru e Parnaíba. As análises filogenéticas indicaram a existência de três linhagens distintas nas populações do Maranhão. Obteve-se um fragmento de 630 pb de 211 espécimes, com 484 sítios conservados, 108 variáveis e 60 haplótipos (Hd = 0,947; = 0,033). As análises filogenéticas indicaram a ocorrência de três linhagens distintas de H. malabaricus do Maranhão. Distâncias genéticas de 1.5 a 8.2% foram encontradas entre todas as populações analisadas, enquanto a variação entre os haplogrupos variou de 2.1% a 7.7%. A AMOVA indicou que a maior variação molecular foi entre os grupos, com altos valores de FST. Os altos níveis de variabilidade genética encontrados no presente estudo são suportados pelos dados citogenéticos disponíveis. Essas descobertas reforçam a necessidade de desenvolver programas de conservação e manejo independentemente para cada bacia hidrográfica, a fim de preservar a variabilidade genética encontrada neste táxon.(AU)

Population genetics of the endangered catfish Pseudoplatystoma magdaleniatum (Siluriformes: Pimelodidae) based on species-specific microsatellite loci

The Neotropical catfish genus Pseudoplatystoma comprises eight species of large size, widely distributed in South American basins. The endangered species P. magdaleniatum is endemic to Magdalena basin (Colombia), experiences high fishing pressure and its population genetics is relatively unknown. To study the genetic status and structure of P. magdaleniatum, 25 species-specific polymorphic microsatellite loci were developed using next-generation sequencing and then tested in samples collected in the Magdalena-Cauca basin. Based on 15 of these loci, P. magdaleniatum showed a high number of alleles per locus (9-10), high values of observed (0.762-0.798) and expected (0.770-0.791) heterozygosities, recent reduction of population size and gene flow. These findings constitute a baseline to measure potential changes in genetic diversity and structure of this commercially important species in a basin undergoing high anthropogenic activities.(AU)

El género de bagres neotropicales Pseudoplatystoma comprende ocho especies de gran tamaño, ampliamente distribuidas en las cuencas de Suramérica. La especie en peligro de extinción P. magdaleniatum es endémica de la Cuenca del Magdalena (Colombia), experimenta una alta presión pesquera y su genética poblacional es relativamente desconocida. Para estudiar el estado y estructura genética de P. magdaleniatum, se desarrollaron 25 loci microsatélites polimórficos especie específicos utilizando secuenciación de próxima generación y se evaluaron en muestras recolectadas en la Cuenca del Magdalena-Cauca. Con base en 15 loci, P. magdaleniatum mostró un alto número de alelos por locus (9-10), valores altos de heterocigosidad observada (0.762-0.798) y esperada (0.770-0.791), reducción reciente del tamaño poblacional y flujo génico. Estos hallazgos constituyen una línea de base para medir cambios potenciales en la diversidad y estructura genética de esta especie comercialmente importante en una cuenca sometida a altas actividades antropogénicas.(AU)

CO1-based DNA barcoding for assessing diversity of Pteropus giganteus from the state of Azad Jammu Kashmir, Pakistan / Código de barras de DNA à base de CO1 para avaliar a diversidade de Pteropus giganteus do estado de Azad Jammu e Caxemira, Paquistão

The flying fox (Pteropus giganteus) also familiar with the name of the greater Indian fruit Bat belongs to the order Chiroptera and family Pteropodidae. Current research emphasis on the DNA barcoding of P. giganteus in Azad Jammu Kashmir. Bat sequences were amplified and PCR products were sequenced and examined by bioinformatics software. Congeneric and conspecific, nucleotide composition and K2P nucleotide deviation, haplotype diversity and the number of haplotypes were estimated. The analysis showed that all of the five studied samples of P. giganteus had low G contents (G 19.8%) than C (27.8%), A (25.1%) and T (27.3%) contents. The calculated haplotype diversity was 0.60% and the mean intraspecific K2P distance was 0.001% having a high number of transitional substitutions. The study suggested that P. giganteus (R=0.00) do not deviate from the neutral evolution. It was determined from the conclusion that this mtDNA gene is a better marker for identification of Bat species than nuclear genes due to its distinctive characteristics and may serve as a landmark for the identification of interconnected species at the molecular level and in the determination of population genetics.(AU)

A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.(AU)

Population genetics of the endangered catfish Pseudoplatystoma magdaleniatum (Siluriformes: Pimelodidae) based on species-specific microsatellite loci

The Neotropical catfish genus Pseudoplatystoma comprises eight species of large size, widely distributed in South American basins. The endangered species P. magdaleniatum is endemic to Magdalena basin (Colombia), experiences high fishing pressure and its population genetics is relatively unknown. To study the genetic status and structure of P. magdaleniatum, 25 species-specific polymorphic microsatellite loci were developed using next-generation sequencing and then tested in samples collected in the Magdalena-Cauca basin. Based on 15 of these loci, P. magdaleniatum showed a high number of alleles per locus (9-10), high values of observed (0.762-0.798) and expected (0.770-0.791) heterozygosities, recent reduction of population size and gene flow. These findings constitute a baseline to measure potential changes in genetic diversity and structure of this commercially important species in a basin undergoing high anthropogenic activities.(AU)

El género de bagres neotropicales Pseudoplatystoma comprende ocho especies de gran tamaño, ampliamente distribuidas en las cuencas de Suramérica. La especie en peligro de extinción P. magdaleniatum es endémica de la Cuenca del Magdalena (Colombia), experimenta una alta presión pesquera y su genética poblacional es relativamente desconocida. Para estudiar el estado y estructura genética de P. magdaleniatum, se desarrollaron 25 loci microsatélites polimórficos especie específicos utilizando secuenciación de próxima generación y se evaluaron en muestras recolectadas en la Cuenca del Magdalena-Cauca. Con base en 15 loci, P. magdaleniatum mostró un alto número de alelos por locus (9-10), valores altos de heterocigosidad observada (0.762-0.798) y esperada (0.770-0.791), reducción reciente del tamaño poblacional y flujo génico. Estos hallazgos constituyen una línea de base para medir cambios potenciales en la diversidad y estructura genética de esta especie comercialmente importante en una cuenca sometida a altas actividades antropogénicas.(AU)

Hormônio antimülleriano como marcador de fertilidade em fêmeas suínas / Anti-Müllerian hormone as a fertility marker in swine females

O hormônio antimülleriano é conhecido por seu papel na regressão dos ductos de Müller durante a fase de diferenciação sexual dos machos. Ainda assim, esse hormônio atua de forma ainda mais ampla no desenvolvimento de ambos os sexos. O hormônio antimülleriano é diferencialmente expresso em machos e fêmeas durante toda a vida. Nas fêmeas esse hormônio é produzido pelas células da granulosa dos folículos ovarianos e atua modulando os processos de secreção de gonadotrofinas, foliculogênese e esteroidogênese, sendo considerado um biomarcador confiável para fertilidade em diferentes espécies. Apesar de pouquíssimo estudado na espécie suína, alguns trabalhos vêm demonstrando a existência de associações entre os níveis séricos do hormônio antimülleriano e os fenótipos de maior fertilidade. De forma que, o objetivo desta revisão é fazer um levantamento do conhecimento já acumulado acerca da temática, demostrando a importância do desenvolvimento de novos estudos; tendo em vista que o aprofundamento do conhecimento sobre as funções do hormônio antimülleriano nas fêmeas da espécie suína pode contribuir para o melhor entendimento da fisiologia da espécie(AU)

The anti-Müllerian hormone (AMH) is known for its role in the regression of Muller ducts during the phase of sexual differentiation in males. Notwithstanding, this hormone acts more broadly on the development of both sexes. The AMH is differentially expressed both in males and females throughout life. In females, this hormone is produced by granulosa cells of ovarian follicles and modulates the gonadotropin secretion, folliculogenesis, and steroidogenesis, and is considered a reliable fertility biomarker in different species. Despite the lack of studies in the swine species, some reports demonstrated the association between serum levels of AMH and more fertile phenotypes. Therefore, this review aims to survey the current knowledge about this theme, demonstrating the importance of the development of new research, since the strengthening of the knowledge on the functions of the AMH in swine females may contribute to understanding the physiology of the species.(AU)

Hormônio antimülleriano como marcador de fertilidade em fêmeas suínas / Anti-Müllerian hormone as a fertility marker in swine females

O hormônio antimülleriano é conhecido por seu papel na regressão dos ductos de Müller durante a fase de diferenciação sexual dos machos. Ainda assim, esse hormônio atua de forma ainda mais ampla no desenvolvimento de ambos os sexos. O hormônio antimülleriano é diferencialmente expresso em machos e fêmeas durante toda a vida. Nas fêmeas esse hormônio é produzido pelas células da granulosa dos folículos ovarianos e atua modulando os processos de secreção de gonadotrofinas, foliculogênese e esteroidogênese, sendo considerado um biomarcador confiável para fertilidade em diferentes espécies. Apesar de pouquíssimo estudado na espécie suína, alguns trabalhos vêm demonstrando a existência de associações entre os níveis séricos do hormônio antimülleriano e os fenótipos de maior fertilidade. De forma que, o objetivo desta revisão é fazer um levantamento do conhecimento já acumulado acerca da temática, demostrando a importância do desenvolvimento de novos estudos; tendo em vista que o aprofundamento do conhecimento sobre as funções do hormônio antimülleriano nas fêmeas da espécie suína pode contribuir para o melhor entendimento da fisiologia da espécie

The anti-Müllerian hormone (AMH) is known for its role in the regression of Muller ducts during the phase of sexual differentiation in males. Notwithstanding, this hormone acts more broadly on the development of both sexes. The AMH is differentially expressed both in males and females throughout life. In females, this hormone is produced by granulosa cells of ovarian follicles and modulates the gonadotropin secretion, folliculogenesis, and steroidogenesis, and is considered a reliable fertility biomarker in different species. Despite the lack of studies in the swine species, some reports demonstrated the association between serum levels of AMH and more fertile phenotypes. Therefore, this review aims to survey the current knowledge about this theme, demonstrating the importance of the development of new research, since the strengthening of the knowledge on the functions of the AMH in swine females may contribute to understanding the physiology of the species.

CO1-Based DNA barcoding for assessing diversity of Pteropus giganteus from the state of Azad Jammu Kashmir, Pakistan

Abstract The flying fox (Pteropus giganteus) also familiar with the name of the greater Indian fruit Bat belongs to the order Chiroptera and family Pteropodidae. Current research emphasis on the DNA barcoding of P. giganteus in Azad Jammu Kashmir. Bat sequences were amplified and PCR products were sequenced and examined by bioinformatics software. Congeneric and conspecific, nucleotide composition and K2P nucleotide deviation, haplotype diversity and the number of haplotypes were estimated. The analysis showed that all of the five studied samples of P. giganteus had low G contents (G 19.8%) than C (27.8%), A (25.1%) and T (27.3%) contents. The calculated haplotype diversity was 0.60% and the mean intraspecific K2P distance was 0.001% having a high number of transitional substitutions. The study suggested that P. giganteus (R=0.00) do not deviate from the neutral evolution. It was determined from the conclusion that this mtDNA gene is a better marker for identification of Bat species than nuclear genes due to its distinctive characteristics and may serve as a landmark for the identification of interconnected species at the molecular level and in the determination of population genetics.

Resumo A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.

DNA Barcoding unveils cryptic lineages of Hoplias malabaricus from Northeastern Brazil

Abstract The trahira or wolf fish - Hoplias malabaricus- is a valid species, although recent cytogenetic and molecular studies have indicated the existence of a species complex. In this context, the present study analyzed the mitochondrial COI marker to determine the levels of genetic diversity of specimens from the Brazilian state of Maranhão, and verify the occurrence of distinct lineages within the study area. Samples were collected from the basins of the Turiaçu, Pindaré, Mearim, Itapecuru, and Parnaíba rivers. A 630-bp fragment was obtained from 211 specimens, with 484 conserved and 108 variable sites, and 60 haplotypes (Hd = 0,947; = 0,033). The phylogenetic analyses indicated the existence of three distinct lineages of H. malabaricus from Maranhão. Genetic distances of 1.5-8.2% were found between all the populations analyzed, while the variation between haplogroups ranged from 2.1% to 7.7%. The AMOVA indicated that most of the molecular variation was found among groups, with high FST values. The high levels of genetic variability found in the present study are supported by the available cytogenetic data. These findings reinforce the need for the development of effective programs of conservation and management independently for each river basin, in order to preserve the genetic variability found in this taxon.

Resumo A traíra - Hoplias malabaricus- é uma espécie válida, embora recentes estudos citogenéticos e moleculares tenham indicado a existência de um complexo de espécies. Neste contexto, o presente estudo analisou o marcador mitocondrial COI para determinar os níveis de diversidade genética dos espécimes do estado do Maranhão e verificar a ocorrência de linhagens distintas dentro da área de estudo. As amostras foram coletadas nas bacias dos rios Turiaçu, Pindaré, Mearim, Itapecuru e Parnaíba. As análises filogenéticas indicaram a existência de três linhagens distintas nas populações do Maranhão. Obteve-se um fragmento de 630 pb de 211 espécimes, com 484 sítios conservados, 108 variáveis e 60 haplótipos (Hd = 0,947; = 0,033). As análises filogenéticas indicaram a ocorrência de três linhagens distintas de H. malabaricus do Maranhão. Distâncias genéticas de 1.5 a 8.2% foram encontradas entre todas as populações analisadas, enquanto a variação entre os haplogrupos variou de 2.1% a 7.7%. A AMOVA indicou que a maior variação molecular foi entre os grupos, com altos valores de FST. Os altos níveis de variabilidade genética encontrados no presente estudo são suportados pelos dados citogenéticos disponíveis. Essas descobertas reforçam a necessidade de desenvolver programas de conservação e manejo independentemente para cada bacia hidrográfica, a fim de preservar a variabilidade genética encontrada neste táxon.