Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely SARS-CoV-2 is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the SARS-CoV-2 although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among SARS-CoV-2 and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that SARS-CoV-2 has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente SARS-CoV-2, foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o SARS-CoV-2, embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre SARS-CoV-2 e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que SARS-CoV-2 tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.(AU)

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.(AU)

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

SARS-CoV-2 em cães e gatos: revisão de literatura / SARS-CoV-2 in dogs and cats: literature review / SARS-CoV-2 en perros y gatos: revisión de literatura

Ao final de 2019, um novo coronavírus foi identificado na China, em pacientes com pneumonia severa. Desde sua descoberta, o SARS-CoV-2 se disseminou rapidamente por todo o mundo. Esta revisão de literatura foi realizada para definir o papel de cães e gatos na epidemiologia do SARS-CoV-2. O coronavírus pertence à família Coronaviridae, gêneros Betacoronavírus, é o agente causador da COVID-19 humana e apresenta glicoproteínas de pico que permitem a entrada do vírus na célula hospedeira, por meio da ligação da proteína de pico com os receptores da enzima conversora de angiotensina tipo 2. Não há relatos de que animais de companhia sejam fonte de infecção para seres humanos, entretanto, evidências apontam que humanos infectados possam transmitir partículas virais para os animais de forma natural. Animais infectados podem apresentar sinais clínicos leves e autolimitantes. Assim cães e gatos podem adquirir o SARS-CoV-2 de seus tutores e podem transmitir para outros animais, mas não para humanos e que é importante o entendimento da susceptibilidade de cães e gatos devido ao seu contato próximo com seres humanos.

By the end of 2019, a new coronavirus was identified in China, in patients with severe pneumonia. Since its discovery, the SARS-CoV-2 has quickly spread throughout the world. This literature review was conducted to define the role of dogs and cats in the epidemiology of SARS-CoV-2. The coronavirus belongs to the Coronaviridae family, Betacoronavirus genera, is the causative agent of the human COVID-19 and shows spike glycotproteins which allow the virus to enter in the host cell through the binding the spike protein with the receptors of the angiotensin-converting enzyme type 2. There is no reports that companion animals are a source of infection for human beings, however, evidences show that infected humans can transmit viral particles to the animals in a natural way. Infected animals may show mild and self-limiting clinical signs. Thus, dogs and cats can acquire SARS-CoV-2 from their tutors and may transmit to other animals, but not to humans and that is important the understanding about the susceptibility of dogs and cats due their close contact with human beings.

Al final de 2019, un nuevo coronavirus fue identificado en China, en pacientes con neumonía severa. Desde su descubrimiento, el SARS-CoV-2 se diseminó rápidamente por todo el mundo. Esta revisión de literatura fue realizada para definir el papel de perros y gatos en la epidemiología del SARS-CoV-2. El coronavirus pertenece a la familia Coronaviridae, género Betacoronavírus, es el agente causador de la COVID-19 humana y presenta glicoproteínas de pico que permiten la entrada del virus en la célula hospedadora, mediante la unión de la proteína de pico con los receptores de la enzima convertidora de antiogensina tipo 2. No hay reportes de que animales de compañía sean fuente de infección para los seres humanos, entretanto, evidencias apuntan que humanos infectados puedan transmitir partículas virales para los animales de forma natural. Animales infectados pueden presentar signos clínicos leves y autolimitados Así perros y gatos pueden adquirir el SARS-CoV-2 de sus tutores y pueden transmitir para otros animales, pero no para humanos y es importante el entendimiento de la susceptibilidad de perros y gatos debido a su contacto próximo con seres humanos.

Evolution of Avian coronavirus (AvCoV) in BHK-21 and VERO cells / Evolução de Coronavírus aviário (AvCoV) em células BHK-21 e VERO

Avian coronavirus (AvCoV) infects a range of tissues in chickens and several other avian species. Although the virus can be isolated in chicken embryos, only a few strains of the 6 genotypes/33 lineages can grow in cell lines, with the Beaudette strain (GI-1 lineage) being the most used for in vitro studies. Considering the differences between cell lines and chicken embryos as habitats for AvCoV, this study aimed to assess the diversity of the genes coding for the nonstructural protein 3 (nsp3) and spike envelope protein (S) after serial passages in BHK-21 and Vero cells. After 14 passages of an embryo-adapted Beaudette strain, the virus loads fluctuated in both cell lines, with the highest loads being 8.72 log genome copies/µL for Vero and 6.36 log genome copies/µL for BHK-21 cells. No polymorphisms were found for nsp3; regarding S, not only aa substitutions (Vero: 8th passage A150S, and 14th S150A; BHK-21: 4th S53F, 8th F53Y, and 8th S95R), but also minor variants could be detected on chromatograms with fluctuating intensities. As the regions of these aa substitutions are within the receptor-binding domain of S, it can be speculated that differences in cell receptors between Vero and BHK-21 cells and the speed of cell death led to the selection of different dominant strains, while the stability of nsp3 supports its function as a protease involved in AvCoV replication. In conclusion, AvCoV quasispecies evolution is influenced by the biological model under consideration, and a gradual transition is seen for minor and major variants.(AU)

O Coronavírus aviário AvCoV infecta uma variedade de tecidos de galinhas e de outras espécies aviárias. Apesar de este vírus poder ser isolado em ovos embrionados de galinha, apenas alguns dos 6 genótipos / 33 linhagens podem crescer em cultivo celular, sendo a cepa Beuadette (linhagem GI-11) a mais utilizada para estudos in vitro. Considerando as diferentes linhagens celulares e ovos embrionados como habitats para o AvCoV, este estudo teve por objetivo estudar a diversidade de genes que codificam para a proteína não-estrutural 3 (nsp3) e espícula (S) após passagens seriadas em células BHK-21 e VERO. Após 14 passagens, de uma amostra Beuadette adaptada a ovos embrionados, os títulos virais variaram em ambas as células, com os maiores títulos sendo de 8,72 log cópias genômicas/µL para Vero e 6,36 cópias genômicas/µL para BHK-21. Nenhum polimorfismo foi encontrando para nsp3. Considerando a proteína S, não somente foram encontradas substituições de aminoácidos (Vero: 8a passagem A150S e 14a passagem S150A; BHK-21: 4a passagem S53F, 8a passagem F53Y e S95R), mas também, variantes subconsensuais foram detectadas pelos cromatogramas com intensidades flutuantes. Uma vez que as regiões destes aa se encontram no domínio de ligação de receptor de S, pode-se especular que diferenças em receptores celulares entre Vero e BHK-21, além da velocidade da morte celular, levaram à seleção de diferentes cepas dominantes, enquanto que a estabilidade de nsp3 concorda com sua função como protease com papel na replicação de AvCoV. Como conclusão, a evolução de quase-espécies de AvCoV é influenciada pelo modelo biológico sob consideração e uma transição gradual é vista para variantes dominantes e subdominantes.(AU)

Evolution of Avian coronavirus (AvCoV) in BHK-21 and VERO cells / Evolução de Coronavírus aviário (AvCoV) em células BHK-21 e VERO

Avian coronavirus (AvCoV) infects a range of tissues in chickens and several other avian species. Although the virus can be isolated in chicken embryos, only a few strains of the 6 genotypes/33 lineages can grow in cell lines, with the Beaudette strain (GI-1 lineage) being the most used for in vitro studies. Considering the differences between cell lines and chicken embryos as habitats for AvCoV, this study aimed to assess the diversity of the genes coding for the nonstructural protein 3 (nsp3) and spike envelope protein (S) after serial passages in BHK-21 and Vero cells. After 14 passages of an embryo-adapted Beaudette strain, the virus loads fluctuated in both cell lines, with the highest loads being 8.72 log genome copies/µL for Vero and 6.36 log genome copies/µL for BHK-21 cells. No polymorphisms were found for nsp3; regarding S, not only aa substitutions (Vero: 8th passage A150S, and 14th S150A; BHK-21: 4th S53F, 8th F53Y, and 8th S95R), but also minor variants could be detected on chromatograms with fluctuating intensities. As the regions of these aa substitutions are within the receptor-binding domain of S, it can be speculated that differences in cell receptors between Vero and BHK-21 cells and the speed of cell death led to the selection of different dominant strains, while the stability of nsp3 supports its function as a protease involved in AvCoV replication. In conclusion, AvCoV quasispecies evolution is influenced by the biological model under consideration, and a gradual transition is seen for minor and major variants.(AU)

O Coronavírus aviário AvCoV infecta uma variedade de tecidos de galinhas e de outras espécies aviárias. Apesar de este vírus poder ser isolado em ovos embrionados de galinha, apenas alguns dos 6 genótipos / 33 linhagens podem crescer em cultivo celular, sendo a cepa Beuadette (linhagem GI-11) a mais utilizada para estudos in vitro. Considerando as diferentes linhagens celulares e ovos embrionados como habitats para o AvCoV, este estudo teve por objetivo estudar a diversidade de genes que codificam para a proteína não-estrutural 3 (nsp3) e espícula (S) após passagens seriadas em células BHK-21 e VERO. Após 14 passagens, de uma amostra Beuadette adaptada a ovos embrionados, os títulos virais variaram em ambas as células, com os maiores títulos sendo de 8,72 log cópias genômicas/µL para Vero e 6,36 cópias genômicas/µL para BHK-21. Nenhum polimorfismo foi encontrando para nsp3. Considerando a proteína S, não somente foram encontradas substituições de aminoácidos (Vero: 8a passagem A150S e 14a passagem S150A; BHK-21: 4a passagem S53F, 8a passagem F53Y e S95R), mas também, variantes subconsensuais foram detectadas pelos cromatogramas com intensidades flutuantes. Uma vez que as regiões destes aa se encontram no domínio de ligação de receptor de S, pode-se especular que diferenças em receptores celulares entre Vero e BHK-21, além da velocidade da morte celular, levaram à seleção de diferentes cepas dominantes, enquanto que a estabilidade de nsp3 concorda com sua função como protease com papel na replicação de AvCoV. Como conclusão, a evolução de quase-espécies de AvCoV é influenciada pelo modelo biológico sob consideração e uma transição gradual é vista para variantes dominantes e subdominantes.(AU)

Evolution of Avian coronavirus (AvCoV) in BHK-21 and VERO cells / Evolução de Coronavírus aviário (AvCoV) em células BHK-21 e VERO

Avian coronavirus (AvCoV) infects a range of tissues in chickens and several other avian species. Although the virus can be isolated in chicken embryos, only a few strains of the 6 genotypes/33 lineages can grow in cell lines, with the Beaudette strain (GI-1 lineage) being the most used for in vitro studies. Considering the differences between cell lines and chicken embryos as habitats for AvCoV, this study aimed to assess the diversity of the genes coding for the nonstructural protein 3 (nsp3) and spike envelope protein (S) after serial passages in BHK-21 and Vero cells. After 14 passages of an embryo-adapted Beaudette strain, the virus loads fluctuated in both cell lines, with the highest loads being 8.72 log genome copies/µL for Vero and 6.36 log genome copies/µL for BHK-21 cells. No polymorphisms were found for nsp3; regarding S, not only aa substitutions (Vero: 8th passage A150S, and 14th S150A; BHK-21: 4th S53F, 8th F53Y, and 8th S95R), but also minor variants could be detected on chromatograms with fluctuating intensities. As the regions of these aa substitutions are within the receptor-binding domain of S, it can be speculated that differences in cell receptors between Vero and BHK-21 cells and the speed of cell death led to the selection of different dominant strains, whi

O Coronavírus aviário AvCoV infecta uma variedade de tecidos de galinhas e de outras espécies aviárias. Apesar de este vírus poder ser isolado em ovos embrionados de galinha, apenas alguns dos 6 genótipos / 33 linhagens podem crescer em cultivo celular, sendo a cepa Beuadette (linhagem GI-11) a mais utilizada para estudos in vitro. Considerando as diferentes linhagens celulares e ovos embrionados como habitats para o AvCoV, este estudo teve por objetivo estudar a diversidade de genes que codificam para a proteína não-estrutural 3 (nsp3) e espícula (S) após passagens seriadas em células BHK-21 e VERO. Após 14 passagens, de uma amostra Beuadette adaptada a ovos embrionados, os títulos virais variaram em ambas as células, com os maiores títulos sendo de 8,72 log cópias genômicas/µL para Vero e 6,36 cópias genômicas/µL para BHK-21. Nenhum polimorfismo foi encontrando para nsp3. Considerando a proteína S, não somente foram encontradas substituições de aminoácidos (Vero: 8a passagem A150S e 14a passagem S150A; BHK-21: 4a passagem S53F, 8a passagem F53Y e S95R), mas também, variantes subconsensuais foram detectadas pelos cromatogramas com intensidades flutuantes. Uma vez que as regiões destes aa se encontram no domínio de ligação de receptor de S, pode

Evolution of Avian coronavirus (AvCoV) in BHK-21 and VERO cells / Evolução de Coronavírus aviário (AvCoV) em células BHK-21 e VERO

Avian coronavirus (AvCoV) infects a range of tissues in chickens and several other avian species. Although the virus can be isolated in chicken embryos, only a few strains of the 6 genotypes/33 lineages can grow in cell lines, with the Beaudette strain (GI-1 lineage) being the most used for in vitro studies. Considering the differences between cell lines and chicken embryos as habitats for AvCoV, this study aimed to assess the diversity of the genes coding for the nonstructural protein 3 (nsp3) and spike envelope protein (S) after serial passages in BHK-21 and Vero cells. After 14 passages of an embryo-adapted Beaudette strain, the virus loads fluctuated in both cell lines, with the highest loads being 8.72 log genome copies/µL for Vero and 6.36 log genome copies/µL for BHK-21 cells. No polymorphisms were found for nsp3; regarding S, not only aa substitutions (Vero: 8th passage A150S, and 14th S150A; BHK-21: 4th S53F, 8th F53Y, and 8th S95R), but also minor variants could be detected on chromatograms with fluctuating intensities. As the regions of these aa substitutions are within the receptor-binding domain of S, it can be speculated that differences in cell receptors between Vero and BHK-21 cells and the speed of cell death led to the selection of different dominant strains, whi

O Coronavírus aviário AvCoV infecta uma variedade de tecidos de galinhas e de outras espécies aviárias. Apesar de este vírus poder ser isolado em ovos embrionados de galinha, apenas alguns dos 6 genótipos / 33 linhagens podem crescer em cultivo celular, sendo a cepa Beuadette (linhagem GI-11) a mais utilizada para estudos in vitro. Considerando as diferentes linhagens celulares e ovos embrionados como habitats para o AvCoV, este estudo teve por objetivo estudar a diversidade de genes que codificam para a proteína não-estrutural 3 (nsp3) e espícula (S) após passagens seriadas em células BHK-21 e VERO. Após 14 passagens, de uma amostra Beuadette adaptada a ovos embrionados, os títulos virais variaram em ambas as células, com os maiores títulos sendo de 8,72 log cópias genômicas/µL para Vero e 6,36 cópias genômicas/µL para BHK-21. Nenhum polimorfismo foi encontrando para nsp3. Considerando a proteína S, não somente foram encontradas substituições de aminoácidos (Vero: 8a passagem A150S e 14a passagem S150A; BHK-21: 4a passagem S53F, 8a passagem F53Y e S95R), mas também, variantes subconsensuais foram detectadas pelos cromatogramas com intensidades flutuantes. Uma vez que as regiões destes aa se encontram no domínio de ligação de receptor de S, pode

COVID-19: Aspectos históricos e epidemiológicos na economia mundial e as vacinas em fase de teste no Brasil

A doença do Coronavírus-2019 (COVID-19), zoonose decorrente da infecção pelo Coronavírus da Síndrome Respiratória Aguda Severa-2 (SARS-CoV-2), continua cessando vidas. Apesar dos inúmeros estudos realizados em todo o mundo, as informações referentes ao vírus e à doença são inconclusivas, não havendo, até o momento, medicação curativa nem vacina disponibilizada universalmente. Diante do exposto, o objetivo da presente pesquisa foi desenvolver uma revisão de literatura, contemplando os aspectos históricos e epidemiológicos da doença, o ciclo viral e patogenia do SARS-CoV-2, o desenvolvimento de vacinas, as medidas protetivas adotadas e o impacto da COVID-19 na economia mundial. A revisão fundamentou-se em publicações científicas e nas plataformas governamentais National Center for Biotechnology, National Institutes of Health, Centers for Disease Control and Prevention, World and Health Organization e Brasil, entre 2003 e 2021. A pesquisa revelou que os Coronavírus representam uma séria ameaça à saúde global, conforme evidenciado anteriormente pelo Coronavírus da Síndrome Respiratória Aguda Severa (SARS-CoV), pelo Coronavírus da Síndrome Respiratória do Oriente Médio (MERS-CoV) e, atualmente, pelo SARS-CoV-2. A COVID-19 emergiu em dezembro de 2019, na China e, desde então, vem ocorrendo um aumento expressivo do número de casos em todo o mundo, fazendo com que a Organização Mundial de Saúde a declarasse uma pandemia, cujos efeitos vêm colapsando o sistema de saúde e desencadeando um impacto negativo na economia mundial. A transmissão do SARS-CoV-2 ocorre, principalmente, através das vias respiratórias, sendo seguida da ligação da proteína de espícula do vírus à Enzima Conversora de Angiotensina humana (receptor hospedeiro), com consequente fusão viral e estabelecimento da infecção. Como os sintomas da COVID-19 são inespecíficos, variando de oligo-sintomáticos à Síndrome do Respiratória Aguda Grave e/ou Síndrome Sistêmica, o diagnóstico definitivo é obtido por testes moleculares (detectam material genético viral) e imunológicos (detectam anticorpos hospedeiros). Confirmada a infecção, o tratamento é sintomático, visando amenizar o sofrimento do paciente e, nos casos críticos, manter as funções de seus órgãos vitais. Ante a ausência de medicação curativa, o desenvolvimento e disponibilização de vacinas podem ser determinantes para o enfrentamento à pandemia. Atualmente, mais de 150 vacinas vêm sendo desenvolvidas através de plataformas tradicionais (vacinas de vírus enfraquecido oumorto) e de nova geração (vacinas de Ácido Desoxirribonucleico; Ácido Ribonucleico; proteína viral; vetor viral - adenovírus humano ou adenovírus de chimpanzé) em uma celeridade sem precedentes. Dentre as plataformas, torna-se válido destacar a plataforma de adenovírus de chimpanzé, conhecida por apresentar alto grau de segurança e imunogenicidade no combate a diversas infecções, inclusive infecção pelo MERS-CoV, conforme demonstrado pela vacina ChAdOx1-MERS. Imediatamente após a divulgação do genoma do SARS-CoV-2, a plataforma ChAdOx1-MERS foi adaptada para o desenvolvimento da vacina ChAdOx1-nCoV-19 (contra o SARS-CoV-2), imunizante seguro e eficaz. Portanto, é possível concluir que os conhecimentos sobre outros Coronavírus vêm contribuindo para o desenvolvimento de vacinas contra a COVID-19, e que a capacidade do sistema de saúde, a cooperação da população e a intervenção governamental, são essenciais para o enfrentamento à pandemia, até que haja maior conhecimento sobre o vírus e disponibilização de vacinas mundialmente.

Coronavirus disease-2019 (COVID-19), a zoonosis resulting from infection by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2), continues to end lives. Despite the numerous studies carried out around the world, the information regarding the virus and the disease are inconclusive. There is no curative medication or vaccine available universally, so far. Under these circumstances, the aim of this research was to develop a literature review, covering the historical and epidemiological aspects of the disease, the viral cycle and pathogenesis of SARS-CoV-2, the development of vaccines, the protective measures adopted and the impact of COVID-19 in the world economy. The review was based on scientific publications and government platforms National Center for Biotechnology, National Institutes of Health, Centers for Disease Control and Prevention, World and Health Organization and Brazil, between 2003 and 2021. The research revealed that Coronaviruses represent a serious threat to global health, as previously evidenced by the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV), the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) and, currently, SARS-CoV-2. COVID-19 emerged in December 2019, in China, and since then there has been a significant increase in the number of cases worldwide, causing the World Health Organization to declare it a pandemic, the effects of which have been collapsing the system and triggering a negative impact on the world economy. The transmission of COVID-19 occurs mainly through the airways, followed by binding of the SARS-CoV-2 spike protein to the human Angiotensin-Converting Enzyme (host receptor), with consequent viral fusion and establishment of infection. As the symptoms of COVID-19 are nonspecific, ranging from oligo-symptomatic to Acute Respiratory Discomfort Syndrome and / or Systemic Syndrome, the definitive diagnosis is obtained by molecular tests (detecting viral genetic material) and immunological tests (detecting host antibodies). Once the infection is confirmed, the treatment is symptomatic, aiming at easing the patient's suffering and, in critical cases, maintaining the functions of his vital organs. Due to absence of curative medication, the development and availability of vaccines can be decisive for to deal with the pandemic. Currently, more than 150 vaccines have been developed using traditional platforms (weakened or killed virus vaccines) and new generation (Deoxyribonucleic Acid vaccines; Ribonucleic Acid; viral protein; viral vector - human adenovirus or chimpanzee adenovirus) in an unprecedented short time. Among the platforms, it isworth highlighting the chimpanzee adenovirus platform, known for having a high degree of safety and immunogenicity in combating several infections, including infection by MERS-CoV, as demonstrated by the ChAdOx1-MERS vaccine. Immediately after the release of the SARS-CoV-2 genome, the ChAdOx1-MERS platform was adapted for the development of the ChAdOx1-nCoV-19 vaccine (against SARS-CoV-2), a safe and effective immunizer. Therefore, it is possible to conclude that knowledge about other Coronaviruses has been contributing to the development of vaccines against COVID-19, and that the capacity of the health system, the cooperation of the population and government intervention, are essential to face the pandemic, until there is more knowledge about the virus and availability of vaccines worldwide.

Nitrogen management associated with growth retardants in wheat cv. Mirante / Adubação nitrogenada associada ao emprego de reguladores de crescimento em trigo cv. Mirante

This study aimed to evaluate the nitrogen topdressing effects applied on vegetative cover and during the reproductive stage associated with associated with the use of reducing growth on plant height, yield and total protein content in grains of wheat cv. Mirante. The experiment was carried out at field conditions during 2011 growing season in Lages, SC. The experimental was a randomized block design with four replications in a 2x7 factorial, a total of 14 treatments consisted of twice nitrogen topdressing (vegetative and reproductive stage), six plant growth retardant treatments (mepiquat chloride, chlormequat chloride, chlorocholine chloride, ethyl-trinexapac, prohexadione-Ca and ethepon) and two doses of retardant. The plants that received N at vegetative received a dose of plant growth retardants used in stage 31 of Zadoks, and plants that received N at vegetative + reproductive also received two doses of retardants applied in stages 31 and 32 of Zadoks (first and second node visible). The treatments with ethyltrinexapac or prohexadione-Ca, allowed the plant height reduction of at least 10 cm and did not affect the characteristics: number of spikelets per spike, grains diameter higher than 1.75 mm, thousand grain weight and hectoliter mass. The N topdressing at reproductive stage of wheat allowed increase in total protein content from 12.2 to 13.9%. There were no differences in yieldbetween the times of nitrogen applied nor due to plant growth retardant doses, with an average yield of 4,750 kg ha-¹. However, related to the aspects of grain quality, it was observed that N topdressing at reproductive stage of crop lead to high grain quality, high grain specifi c mass and to high total protein content.

O presente trabalho teve como objetivo avaliar os efeitos da aplicação do nitrogênio em cobertura na fase vegetativa e reprodutiva, associado ao emprego de redutores de crescimento sobre a altura das plantas, produtividade e teor de proteína total nos grãos de trigo cv. Mirante. O experimento foi conduzido a campo, durante o ano agrícola de 2011, em Lages, SC. O delineamento experimental empregado foi o de blocos ao acaso, com quatro repetições, em arranjo de 2x7, totalizando 14 tratamentos, compostos por duas épocas de aplicação de nitrogênio em cobertura (estádio vegetativo e reprodutivo), seis redutores de crescimento (cloreto de mepiquate, cloreto de chlormequate, cloreto de clorocolina, ethyl-trinexapac, prohexadione-Ca e etefon) e duas doses de redutores de crescimento. Sendo assim as plantas que receberam N na fase vegetativa receberam uma dose dos redutores aplicados no estádio 31 de Zadoks, e as plantas que receberam N na fase vegetativa+reprodutiva também receberam duas doses de redutores aplicados nos estádios 31 e 32 de Zadoks (primeiro e segundo nó visível). O emprego dos redutores de crescimento, ethyl-trinexapac e prohexadione-Ca, possibilitaram a redução de pelo menos 10 cm na altura das plantas, não afetando os caracteresnúmero de espiguetas por espigas, grãos de diâmetro maior que 1,75 mm, massa de mil grãos e peso hectolitro. A aplicação de N na fase reprodutiva do trigo possibilitou incremento no teor de proteína total de 12,2 para 13,9%. Não se observaram diferenças no rendimento de grãos, tanto para as épocas de aplicação de nitrogênio como também aos redutores de crescimento e suas doses, sendo a produtividade média de 4.750 kg ha-¹. Entretanto, nos aspectos relacionados à qualidade do grão, observou-se que a aplicação de nitrogênio no estádio reprodutivo da cultura propiciou uma produção de grãos de melhor qualidade com maior massa, peso hectolitro e teor de proteína total.

Nitrogen management associated with growth retardants in wheat cv. Mirante / Adubação nitrogenada associada ao emprego de reguladores de crescimento em trigo cv. Mirante

This study aimed to evaluate the nitrogen topdressing effects applied on vegetative cover and during the reproductive stage associated with associated with the use of reducing growth on plant height, yield and total protein content in grains of wheat cv. Mirante. The experiment was carried out at field conditions during 2011 growing season in Lages, SC. The experimental was a randomized block design with four replications in a 2x7 factorial, a total of 14 treatments consisted of twice nitrogen topdressing (vegetative and reproductive stage), six plant growth retardant treatments (mepiquat chloride, chlormequat chloride, chlorocholine chloride, ethyl-trinexapac, prohexadione-Ca and ethepon) and two doses of retardant. The plants that received N at vegetative received a dose of plant growth retardants used in stage 31 of Zadoks, and plants that received N at vegetative + reproductive also received two doses of retardants applied in stages 31 and 32 of Zadoks (first and second node visible). The treatments with ethyltrinexapac or prohexadione-Ca, allowed the plant height reduction of at least 10 cm and did not affect the characteristics: number of spikelets per spike, grains diameter higher than 1.75 mm, thousand grain weight and hectoliter mass. The N topdressing at reproductive stage of wheat allowed increase in total protein content from 12.2 to 13.9%. There were no differences in yieldbetween the times of nitrogen applied nor due to plant growth retardant doses, with an average yield of 4,750 kg ha-¹. However, related to the aspects of grain quality, it was observed that N topdressing at reproductive stage of crop lead to high grain quality, high grain specifi c mass and to high total protein content.(AU)

O presente trabalho teve como objetivo avaliar os efeitos da aplicação do nitrogênio em cobertura na fase vegetativa e reprodutiva, associado ao emprego de redutores de crescimento sobre a altura das plantas, produtividade e teor de proteína total nos grãos de trigo cv. Mirante. O experimento foi conduzido a campo, durante o ano agrícola de 2011, em Lages, SC. O delineamento experimental empregado foi o de blocos ao acaso, com quatro repetições, em arranjo de 2x7, totalizando 14 tratamentos, compostos por duas épocas de aplicação de nitrogênio em cobertura (estádio vegetativo e reprodutivo), seis redutores de crescimento (cloreto de mepiquate, cloreto de chlormequate, cloreto de clorocolina, ethyl-trinexapac, prohexadione-Ca e etefon) e duas doses de redutores de crescimento. Sendo assim as plantas que receberam N na fase vegetativa receberam uma dose dos redutores aplicados no estádio 31 de Zadoks, e as plantas que receberam N na fase vegetativa+reprodutiva também receberam duas doses de redutores aplicados nos estádios 31 e 32 de Zadoks (primeiro e segundo nó visível). O emprego dos redutores de crescimento, ethyl-trinexapac e prohexadione-Ca, possibilitaram a redução de pelo menos 10 cm na altura das plantas, não afetando os caracteresnúmero de espiguetas por espigas, grãos de diâmetro maior que 1,75 mm, massa de mil grãos e peso hectolitro. A aplicação de N na fase reprodutiva do trigo possibilitou incremento no teor de proteína total de 12,2 para 13,9%. Não se observaram diferenças no rendimento de grãos, tanto para as épocas de aplicação de nitrogênio como também aos redutores de crescimento e suas doses, sendo a produtividade média de 4.750 kg ha-¹. Entretanto, nos aspectos relacionados à qualidade do grão, observou-se que a aplicação de nitrogênio no estádio reprodutivo da cultura propiciou uma produção de grãos de melhor qualidade com maior massa, peso hectolitro e teor de proteína total.(AU)

Desenvolvimento de reações de semi-nested PCR para o diagnóstico do vírus da Bronquite Infecciosa das Aves e sequenciamento de amostras brasileiras

A Bronquite Infecciosa das Aves (BIG) é uma das doenças respiratórias aviárias de maior impacto na avicultura mundial. No Brasil, as estirpes BR-I (GI-11) e Massachusetts (GI-1) são as mais prevalentes nos planteis avícolas. O presente estudo teve como objetivos desenvolver reações de semi-nested PCR para o diagnóstico das estirpes BR-I e Mass, em amostras brasileiras obtidas durante o período de 2016 e 2017. Foram desenvolvidas duas reações de semi-nested PCR tendo como alvo a subunidade 1 do gene S, específicas para as estirpes BR-I e Mass. O limiar de detecção foi de 104 cópias de DNA/µL nas duas reações (3,76fg/µL na reação exclusiva de BR-I; e 5,58fg/µL e 5,57fg/µL na reação duplex de BR-I e Mass, respectivamente). Posteriormente, foram avaliados 572 pools de órgãos procedentes das 5 regiões do Brasil. Dentre estas amostras, 62,24% foram positivas para Coronavírus, sendo o alvo desta reação a região 3UTR. A reação de semi-nested PCR específica detectou a estirpe BR-I em 84,83% das amostras positivas para Coronavírus. A reação de semi-nested PCR duplex detectou 65,44% das amostras positivas para a estirpe BR-I; 7,35% positivas para a estirpe Mass e co-infecção da estirpe BR-I com Mass em 17,65% das amostras. Após a análise dos controles positivos (vacinas Mass e BR-I) no BLASTn, do resultado do sequenciamento dos produtos de PCR, da análise filogenética, da similaridade de nucleotídeos e a dedução em aminoácidos, foi confirmado o agrupamento esperado das sequências detectadas pelas reações PCR dirigidas para a estirpe BR-I ou Mass. Estes resultados confirmaram a presença predominante da estirpe BR-I, e em menor número, da estirpe Mass nos planteis avícolas do Brasil. As reações desenvolvidas no presente estudo serão valiosas no diagnóstico e na monitoria da doença.

Avian Infectious Bronchitis (IB) is one of the avian respiratory diseases with the greatest impact on poultry farming worldwide. In Brazil, strains BR-I (GI-11) and Massachusetts (GI-1) are the most prevalent in poultry flocks. The present study aimed to develop semi-nested PCR reactions for the diagnosis of IBV BR-I and Mass strains, in Brazilian samples obtained during the period of 2016 and 2017. Two semi-nested PCR reactions targeting the 1 subunit of the S gene were developed, specific for BR-I and Mass strains. The detection threshold was 104 copies of DNA/µL in both reactions (3,76fg/µL in the exclusive BR-I reaction; and 5,58fg/µL and 5,57fg/µL in the duplex reaction of BR-I and Mass, respectively). Subsequently, 572 organ pools from the 5 regions of Brazil were evaluated. Among these samples, 62,24% were positive for Coronavirus, being the target of this reaction the 3UTR region. The specific semi-nested PCR reaction detected the BR-I strain in 84,83% of the Coronavirus positive samples. The duplex semi-nested PCR reaction detected 65,44% of the samples positive for the BR-I strain, 7,35% positive for Mass strain, and co-infection of the BR-I and Mass strain in 17,65% of the samples. After the analysis of the positive controls (Mass and BR-I vaccines) in BLASTn, the result of the sequencing of the PCR products, phylogenetic analysis, nucleotide similarity and amino acid deduction, was confirmed the expected clustering of the sequences detected by the PCR reactions directed to BR-I and Mass strains. These results confirm the predominant presence of the BR-I strain, and to a lesser extent, the Mass strain in Brazilian poultry flocks. The reactions developed in the present study will be valuabe in the diagnosis and monitoring of the disease.

Production and chemical composition of hybrid sorghum and corn for silage / Produção e composição química de híbridos de sorgo e de milho para silagem

The goal in this research was to evaluate the production parameters and chemical composition of four sorghum hybrids (60015 XBS, XBS 60451, AG and Dow 2005 F305 E) and a corn hybrid (AS32).In the experimental design was used complete blocks randomized with three repetitions. It was evaluated the total production of green mass (MV), dry matter (MS) and the stem, leaf, panicle, spike (maize). It was determined the content of crude protein (PB), neutral detergent fiber (FDN), acid detergent fiber (FDA), ether extract (EE), total carbohydrates (CHOT), non-fiber carbohydrates (CNF), mineral matter (MM) and organic matter (MO) of the plant, leaf fractions and panicle. There was no production difference between hybrids DM, MV and leaf. In the chemical composition of sorghum and maize plants, there were some differences among the hybrids. The crude protein, sorghum AG 2005 E had the highest average with 9.84%, and corn AS32 had the smallest one, with 7.76%. For the leaves composition, the PB was smaller in the hybrids XBS 60015 (9,8%) and XBS 60451 (9,87%), higher concentrations of FDN, 66,02 and 66,65%, respectively. The sorghum panicles had higher average of PB (10,06%) in relation to the corn (7,78%). The CNE was higher than the panicles of XBS 60015 with 29,61% and XBS 60451 with 27,20%. The sorghum hybrids presented a better quality in their chemical composition. So it is recommended their utilization to make better quality silage.(AU)

Objetivou-se avaliar os parâmetros produtivos e a composição química de quatro híbridos de sorgo (XBS 60015, XBS 60451, Dow F305 e AG 2005E), e de um híbrido de milho (AS32). O delineamento experimental utilizado foi em blocos completos casualizados com três repetições. Foram avaliadas as produções totais de massa verde (MV), massa seca (MS) e das frações colmo, folha, panícula, espiga (milho). Determinaram-se os teores de proteína bruta (PB), fibra em detergente neutro (FDN), fibra em detergente ácido (FDA), extrato etéreo (EE), carboidratos totais (CHOT), carboidratos não estruturais (CNE), matéria mineral (MM) e matéria orgânica (MO) da planta e das frações folha e panícula. Não houve diferença entre os híbridos para produção de MS, MV e folha. Para a composição química das plantas de sorgo e milho houve diferença entre os híbridos, sendo que para proteína bruta, o sorgo AG 2005E apresentou a maior média com 9,84%, e o milho AS32 a menor, com 7,76%. Para a composição das folhas, a PB foi menor nos híbridos XBS 60015 (9,8%) e XBS 60451 (9,87%), com maiores concentrações de FDN, 66,02 e 66,65%, respectivamente. As panículas dos sorgos tiveram as maiores médias de PB (10,06%) em relação à espiga do milho (7,78%). O CNE foi maior para as panículas de XBS 60015 com 29,61% e XBS 60451 com 27,20%. Os híbridos de sorgo apresentaram uma melhor qualidade em sua composição química, sendo recomendável sua utilização para produção de silagens de qualidade.(AU)

Production and chemical composition of hybrid sorghum and corn for silage / Produção e composição química de híbridos de sorgo e de milho para silagem

The goal in this research was to evaluate the production parameters and chemical composition of four sorghum hybrids (60015 XBS, XBS 60451, AG and Dow 2005 F305 E) and a corn hybrid (AS32).In the experimental design was used complete blocks randomized with three repetitions. It was evaluated the total production of green mass (MV), dry matter (MS) and the stem, leaf, panicle, spike (maize). It was determined the content of crude protein (PB), neutral detergent fiber (FDN), acid detergent fiber (FDA), ether extract (EE), total carbohydrates (CHOT), non-fiber carbohydrates (CNF), mineral matter (MM) and organic matter (MO) of the plant, leaf fractions and panicle. There was no production difference between hybrids DM, MV and leaf. In the chemical composition of sorghum and maize plants, there were some differences among the hybrids. The crude protein, sorghum AG 2005 E had the highest average with 9.84%, and corn AS32 had the smallest one, with 7.76%. For the leaves composition, the PB was smaller in the hybrids XBS 60015 (9,8%) and XBS 60451 (9,87%), higher concentrations of FDN, 66,02 and 66,65%, respectively. The sorghum panicles had higher average of PB (10,06%) in relation to the corn (7,78%). The CNE was higher than the panicles of XBS 60015 with 29,61% and XBS 60451 with 27,20%. The sorghum hybrids presented a better quality in their chemical composition. So it is recommended their utilization to make better quality silage.

Objetivou-se avaliar os parâmetros produtivos e a composição química de quatro híbridos de sorgo (XBS 60015, XBS 60451, Dow F305 e AG 2005E), e de um híbrido de milho (AS32). O delineamento experimental utilizado foi em blocos completos casualizados com três repetições. Foram avaliadas as produções totais de massa verde (MV), massa seca (MS) e das frações colmo, folha, panícula, espiga (milho). Determinaram-se os teores de proteína bruta (PB), fibra em detergente neutro (FDN), fibra em detergente ácido (FDA), extrato etéreo (EE), carboidratos totais (CHOT), carboidratos não estruturais (CNE), matéria mineral (MM) e matéria orgânica (MO) da planta e das frações folha e panícula. Não houve diferença entre os híbridos para produção de MS, MV e folha. Para a composição química das plantas de sorgo e milho houve diferença entre os híbridos, sendo que para proteína bruta, o sorgo AG 2005E apresentou a maior média com 9,84%, e o milho AS32 a menor, com 7,76%. Para a composição das folhas, a PB foi menor nos híbridos XBS 60015 (9,8%) e XBS 60451 (9,87%), com maiores concentrações de FDN, 66,02 e 66,65%, respectivamente. As panículas dos sorgos tiveram as maiores médias de PB (10,06%) em relação à espiga do milho (7,78%). O CNE foi maior para as panículas de XBS 60015 com 29,61% e XBS 60451 com 27,20%. Os híbridos de sorgo apresentaram uma melhor qualidade em sua composição química, sendo recomendável sua utilização para produção de silagens de qualidade.

On the evolution of Avian infectious bronchitis virus in Vero cells / Sobre a evolução do vírus da bronquite infecciosa das galinhas em células Vero

Avian infectious bronchitis virus (IBV) (Nidovirales: Coronaviridae) is a chicken Gammacoronavirus with the highest evolution rate in the genus and, despite the recently reported proofreading activity of its polymerase, intra and interhost diversity is a well documented phenomenon. This study aimed to assess the genetic variation of serial passages of a variant genotype IBV strain in vitro. Strain CRG-BETA, propagated in chicken embryos, was inoculated in VERO cells monolayers up to the 4th passage and each passage was monitored with an RT-PCR targeted to the S1 gene (nt 705 to 1094) and an RT-PCR to the protein 5a mRNA. All passages were positive to RT-PCRs to S1 and passages 1 to 3 to 5a mRNA; S1 sequences showed no polymorphism. The finding of IBV mRNA in the cell cultures demonstrates that the CRG-BETA IBV strain is replicating in the VERO cells and regarding S1 sequence analysis, the lack of nucleotide mutations shows that CRG-BETA might have reached a fixed status. As a conclusion, different genotypes of IBV present different evolutionary patterns not only in vivo as previously known, but also in vitro, as described herein.(AU)

O virus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV) (Nidovirales: Coronaviridae) é um Gammacoronavirus com a maior taxa evolutiva no gênero e, apesar de uma recentemente relatada atividade corretiva de sua polimerase, a diversidade intra e inter-hospedeiros é um fenômeno bem documentado. Este estudo objetivou avaliar a variação genética após passagens seriais de uma amostra de IBV variante. A amostra CRG-BETA, propagada em embriões de galinhas, foi inoculada em monocamadas de células VERO até a quarta passagem e cada passagem foi monitorada com uma RTPCR para a região S1 do gene S (nt 705 a 1094) e uma RT-PCR para o mRNA da proteína 5a do vírus. Todas as passagens foram positivas para S1 e as passagens 1 a 3 para mRNA 5a; sequências de S1 não apresentaram polimorfismos. O encontro de mRNA de IBV nos cultivos celulares demonstra que a amostra CRG-BETA está replicando nas células VERO e, em relação à análise de S1, a ausência de mutações de nucleotídeos demonstra que a amostra CRG-BETA pode ter atingido um estado fixo. Como conclusão, diferentes genótipos de IBV apresentam diferentes padrões evolutivos não apenas in vivo, como previamente conhecido, mas também in vitro, como aqui relatado.(AU)

The concept of two-dimensional electrophoresis-guided purification proven by isolation of rhodocetin from Calloselasma rhodostoma (Malayan pit viper)

Two-dimensional gel electrophoresis (2DE) is an important tool for investigating the complexity of snake venom proteomes. Apart from applications based on whole proteome analysis, we suggest that 2DE can be used as an assay to guide the progress of protein purification. The aim of this study was to prove the feasibility of this concept by using it to purify rhodocetin from Calloselasma rhodostoma venom. Rhodocetin (α subunit) spot on the 2DE profile of C. rhodostoma venom was first identified and confirmed by mass spectrometry, with a molecular mass of 16 kDa and calculated pI of 5.16. Rhodocetin was subsequently purified by successive anion-exchange and gel filtration chromatography. Every peak from both chromatography profiles was collected and tested on 2DE. The presence of rhodocetin (α subunit) spot in the 2DE profile of the peak DP2 indicated the presence of the protein. The purified compound was used to spike the crude venom. A spiked spot with a 1.6-fold increase in intensity was observed and its position matched to that of rhodocetin (α subunit) on the 2DE profile. Together, these spots confirmed the identity of the purified compound as rhodocetin. Hence, our results have demonstrated the effectiveness of the concept we now term 2DE-guided purification.(AU)

The concept of two-dimensional electrophoresis-guided purification proven by isolation of rhodocetin from Calloselasma rhodostoma (Malayan pit viper)

Two-dimensional gel electrophoresis (2DE) is an important tool for investigating the complexity of snake venom proteomes. Apart from applications based on whole proteome analysis, we suggest that 2DE can be used as an assay to guide the progress of protein purification. The aim of this study was to prove the feasibility of this concept by using it to purify rhodocetin from Calloselasma rhodostoma venom. Rhodocetin (α subunit) spot on the 2DE profile of C. rhodostoma venom was first identified and confirmed by mass spectrometry, with a molecular mass of 16 kDa and calculated pI of 5.16. Rhodocetin was subsequently purified by successive anion-exchange and gel filtration chromatography. Every peak from both chromatography profiles was collected and tested on 2DE. The presence of rhodocetin (α subunit) spot in the 2DE profile of the peak DP2 indicated the presence of the protein. The purified compound was used to spike the crude venom. A spiked spot with a 1.6-fold increase in intensity was observed and its position matched to that of rhodocetin (α subunit) on the 2DE profile. Together, these spots confirmed the identity of the purified compound as rhodocetin. Hence, our results have demonstrated the effectiveness of the concept we now term 2DE-guided purification.(AU)

Etiology and immunology of infectious bronchitis virus

Infectious bronchitis virus (IBV) of chickens is currently one of the main diseases associated with respiratory syndrome in domestic poultry, as well as with losses related to egg production. The etiological agent is a coronavirus, which presents structural differences in the field, mainly in the S1 spike protein. The immune response against this virus is complicated by the few similarities among serotypes. Environmental and management factors, as well as the high mutation rate of the virus, render it difficult to control the disease and compromise the efficacy of the available vaccines. Bird immune system capacity to respond to challenges depend on the integrity of the mucosae, as an innate compartment, and on the generation of humoral and cell-mediated adaptive responses, and may affect the health status of breeding stocks in the medium run. Vaccination of day-old chicks in the hatchery on aims at eliciting immune responses, particularly cell-mediated responses that are essential when birds are first challenged. Humoral response (IgY and IgA) are also important for virus clearance in subsequent challenges. The presence of antibodies against the S1 spike protein in 3- to 4-week-old birds is important both in broilers and for immunological memory in layers and breeders.

Etiology and immunology of infectious bronchitis virus

Infectious bronchitis virus (IBV) of chickens is currently one of the main diseases associated with respiratory syndrome in domestic poultry, as well as with losses related to egg production. The etiological agent is a coronavirus, which presents structural differences in the field, mainly in the S1 spike protein. The immune response against this virus is complicated by the few similarities among serotypes. Environmental and management factors, as well as the high mutation rate of the virus, render it difficult to control the disease and compromise the efficacy of the available vaccines. Bird immune system capacity to respond to challenges depend on the integrity of the mucosae, as an innate compartment, and on the generation of humoral and cell-mediated adaptive responses, and may affect the health status of breeding stocks in the medium run. Vaccination of day-old chicks in the hatchery on aims at eliciting immune responses, particularly cell-mediated responses that are essential when birds are first challenged. Humoral response (IgY and IgA) are also important for virus clearance in subsequent challenges. The presence of antibodies against the S1 spike protein in 3- to 4-week-old birds is important both in broilers and for immunological memory in layers and breeders.