Reflexiones ético-legales entorno a la recogida y análisis de muestras biológicas humanas en los ensayos clínicos promovidos por las compañías farmacéuticas / Reflexions ètico-legals al voltantde la recollida i anàlisi de mostres biològiques humanesenels assaigs clínics promoguts per les companyies farmacèutiques / Ethical and legal considerations on collection and analysis of human biological samples within clinical trials sponsored by the pharmaceutical companies

La recogida de muestras biológicas humanas dentro del contexto de un ensayo clínico promovido por un laboratorio farmacéutico y no relacionada directamente con el ensayo es cada vez más habitual. Este artículo plantea los conflictos bioéticos que dicha recogida, almacenamiento y análisis conllevan, y como afrontarlos.(AU)

La recollida de mostres biològiques humanes dintre del context d ́un assaig clínic promogut per un laboratorio farmacèutic i no relacionada directament amb l ́assaig és cada cop més habitual. Aquest article planteja els conflictes bioètics que aquesta recollida, enmagatzematge i anàlisi comporten i com enfrontar-los.(AU)

The collection of human biological samples within a clinical trial sponsored by a pharmaceutical company and not directly related with the trial it is more and more common. This paper shows the bioethical conflicts regarding the collection, storage, and analysis and how to face them.(AU)

Discordant results for ALK based on immunohistochemistry versus fluorescence in situ hybridization in a cohort of patients diagnosed with lung adenocarcinoma / Discordancia de los resultados para ALK basados en inmunohistoquímica e hibridación fluorescente in situ en una cohorte de pacientes diagnosticados con adenocarcinoma de pulmón

Introduction: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) rearrangement located on the short arm of chromosome 2, region 2 and band 3 is frequent in lung cancer patients who respond to targeted therapies with ALK inhibitors Therefore, their identification has become a standard diagnostic test in patients with advanced NSCLS, as such chromosomal alterations may lead to the activation of important signalling pathways involved in cell survival and proliferation. Methods: To investigate the ALK gene status, we performed FISH and IHC assays in 18 lung adenocarcinoma patients, 12 women and 6 men, aged between 29 and 85 years. Paraffin-embedded samples were analyzed in the Pathology Department of the Hospital Universitario San Ignacio. Results: Results between the two techniques in 5 patients showed discordant patterns, being positive for FISH and negative for IHC. The borderline to define ALK positivity was set at 15%, These results present experimental evidence that the techniques differ in specific situations. Conclusions: Our findings show that it is advisable to investigate the ALK gene status in patients with suspected lung cancer using both FISH and IHC in combination.(AU)

Introducción: La reorganización de la (anaplastic lymphoma kinase) ALK ubicada en el brazo corto del cromosoma 2, región 2 y banda 3 es frecuente en los pacientes con cáncer de pulmón que responden a terapias dirigidas con inhibidores de la ALK. Por ello, su identificación se ha establecido como una prueba diagnóstica estándar en pacientes con CPCNP, ya que dichas alteraciones cromosómicas puedan determinar la activación de importantes vías de señalización implicadas en la supervivencia y proliferación celulares. Métodos: Para determinar el estatus de gen ALK se realizaron pruebas FISH e IHC en 18 pacientes con adenocarcinoma pulmonar, 12 mujeres y 6 varones, con edades comprendidas entre 29 y 85 años. Las muestras fueron analizadas en el Departamento de Anatomía Patológica del Hospital Universitario San Ignacio. Resultados: Los resultados entre ambas técnicas mostraron patrones discordantes en 5 pacientes, con positividad de FISH y negatividad con IHC. El límite para definir la positividad de ALK se estableció en el 15%. Estos resultados muestran evidencia experimental que dichas técnicas difieren en situaciones específicas. Conclusiones: Este estudio recomienda la investigación del estatus del gen ALK en los pacientes con sospecha de cáncer de pulmón, mediante la combinación de FISH e IHC.(AU)

Evaluation of the EUROIMMUN Aspergillus antigen immunoenzyme assay in serum and bronchoalveolar lavage fluid samples / Evaluación del EUROIMMUN Aspergillus antigen immunoenzyme assay en muestras de suero y lavado broncoalveolar

Introduction: The most widely used marker for the diagnosis of invasive aspergillosis (IA) is the detection of galactomannan by ELISA. This study describes the evaluation of the results obtained by Euroimmun Aspergillus antigen ELISA (EIA-GM-E) in serum samples and bronchoalveolar lavage fluid (BAL) from patients at risk of IA, and compares these results with those obtained by Bio-Rad Galactomannan EIA (EIA-GM-BR). Methods: Anonymous retrospective case–control comparative study in 64 serum samples and 28 BAL from 51 patients. Results: Overall agreement of the results of the two assays was observed in 72 of 92 samples (78.3%). The sensitivity of EIA-GM-BR and EIA-GM-E in serum samples was 88.9% and 43.2%, respectively, and 100% and 88.9% for BAL. The specificity of EIA-GM-BR and EIA-GM-E in serum samples was 91.9% for both assays, and 68.4% and 84.2% in BAL. There were no statistically significant differences in the results of both assays. Conclusions: Both methods show good results for the discrimination of patients with IA when BAL is tested, or serum in case of EIA-GM-BR.(AU)

Introducción: El marcador más utilizado para el diagnóstico de aspergilosis invasora (AI) es la detección de galactomanano mediante la técnica de ELISA. Este estudio describe la evaluación de los resultados obtenidos por Euroimmun Aspergillus antigen ELISA (EIA-GM-E) en muestras de suero y lavado broncoalveolar (LBA) de pacientes con factores de riesgo de AI, y compara sus resultados con los obtenidos por Bio-Rad Galactomannan EIA (EIA-GM-BR). Métodos: Estudio comparativo caso-control retrospectivo anónimo en 64 muestras de suero y 28 de LBA de 51 pacientes. Resultados: Se observó una concordancia global de resultados de los dos ensayos en 72 de las 92 muestras (78,3%). Los valores de sensibilidad de EIA-GM-BR y EIA-GM-E en suero fueron 88,9% y 43,2%, respectivamente, y para LBA 100% y 88,9%. La especificidad en suero de EIA-GM-BR y EIA-GM-E fue del 91,9% en ambos ensayos y para LBA 68,4% y 84,2%. No se observaron diferencias estadísticamente significativas en los resultados de ambos ensayos. Conclusiones: Ambos métodos demuestran buenos resultados para la discriminación de pacientes con AI cuando se emplea como muestra el LBA, o el suero en caso de EIA-GM-BR.(AU)

Comparación de los test Aptima MG y Cobas TV/MG para la detección de Mycoplasma genitalium en muestras urogenitales y extragenitales / Comparison of the Aptima MG and Cobas TV/MG tests for the detection of Mycoplasma genitalium in urogenital and extragenital samples

Introducción: Mycoplasma genitalium (M. genitalium) es un patógeno de transmisión sexual emergente de importancia creciente. El objetivo de este estudio fue comparar dos test para la detección de M. genitalium; el test de Aptima® MG (Hologic® Inc., San Diego, CA, EE. UU.) y el test Cobas® TV/MG (Roche® Diagnostics, Mannheim, Alemania). Métodos: Se trata de un estudio descriptivo prospectivo donde se analizaron en paralelo y en orden aleatorio por ambos sistemas un total de 489 muestras genitales y extragenitales de pacientes procedentes del Centro de Infecciones de Transmisión Sexual en Sevilla y de las Consultas de Enfermedades Infecciosas del Hospital Virgen de Valme. Resultados: La concordancia global entre ambos ensayos fue muy buena (k >0,91). La sensibilidad y la especificidad del test Aptima® MG fueron del 100 y el 98,7% respectivamente, y del 100 y del 99,8%, respectivamente, para el test Cobas® TV/MG. Conclusión: Ambos sistemas mostraron un rendimiento excelente para la detección de M. genitalium.(AU)

Background: Mycoplasma genitalium (M. genitalium) is an emerging sexually transmitted pathogen of increasing importance. The objective of this study was to compare twotests for the detection of M. genitalium; the Aptima® MG test (Hologic® Inc., San Diego, CA) and the Cobas® TV/MG test (Roche® Diagnostics, Mannheim, Germany). Methods: This is a prospective descriptive study where a total of 489 genital and extragenital samples were analyzed in parallel and in random order by both systems. The samples were collected from patients attending the Sexually Transmitted Infections Center in Seville and the Infectious Diseases consultation of the Virgen de Valme Hospital. Results: The overall agreement between both trials was very good (k>0.91). The sensitivity and specificity of the Aptima® MG test were 100% and 98.7% respectively for the Cobas® TV/MG test. Conclusion: Both systems showed excellent performance for the detection of M. genitalium.(AU)

PD-L1 immunoexpression and molecular characterization of histological subtypes in urothelial carcinoma / Inmunoexpresión de PD-L1 y caracterización molecular de subtipos histológicos de carcinoma urotelial

Introduction: Urothelial carcinoma (UC) has histological subtypes whose phenotype reflects their molecular diversity, behavior and response to conventional therapy. Immune checkpoint inhibitors (ICIs) have improved the management of UC by evaluation of PD-L1. In the case of PD-L1 22C3, the initiation of ICI is considered from a combined positive score (CPS) greater than 10. However, UC subtypes with absent PD-L1 22C3 expression in cases with CPS>10 may not respond to these treatments. This study aims to establish a correlation between the PD-L1 immunoexpression and molecular alterations in divergent differentiation and histological subtypes of UC (UC-s). Material and methods: Twenty-six samples of UC were detected from a total of 24 patients. Two pathologists performed separately an assessment of UC-s on hematoxylin–eosin as well as PD-L1 expression. Molecular study of each case was performed by next generation sequencing (NGS). A descriptive analysis of the variables included was conducted. Results: Nine cases (34.61%) showed a CPS>10, some with negative PD-L1 immunoexpression in aggressive UC-s. The molecular study revealed alterations in genes belonging to the p53/cell cycle control, RAS, and DNA repair pathways, among others. None of the alterations were exclusive to any histological subtype. Discussion: Special attention should be paid to CPS>10 cases that include histological subtypes of UC with divergent expression for PD-L1 as they may not respond to treatment with ICI. We recommend examining the proportion and PD-L1 status of each subtype, especially if it has aggressive behavior.(AU)

Introducción: El carcinoma urotelial (CU) presenta subtipos histológicos cuyo fenotipo refleja su diversidad molecular, su comportamiento y su respuesta al tratamiento. Los inhibidores de puntos de control inmunitario (ICI) han mejorado el manejo del CU mediante la evaluación de PD-L1. En el caso de PD-L1 22C3, se considera el inicio de ICI a partir de una puntuación positiva combinada (combined positive score [CPS]) mayor de 10. Sin embargo, los subtipos de CU con ausencia de expresión de PD-L1 22C3 en casos con CPS>10 podrían no responder a estos tratamientos. Este estudio pretende establecer una correlación entre la inmunoexpresión de PD-L1 y las alteraciones moleculares en áreas con diferenciación divergente y subtipos histológicos de CU (CU-s). Material y métodos: Se obtuvieron 26 muestras con CU de 24 pacientes. Dos patólogos evaluaron de manera independiente las CU-s en hematoxilina-eosina y la expresión de PD-L1. Se realizó el estudio molecular mediante Next Generation Sequencing (NGS). Se realizó un análisis descriptivo de las variables incluidas. Resultados: Nueve casos (34,61%) mostraron un CPS>10, algunos con PD-L1 negativo en los CU-s de comportamiento agresivo. El estudio molecular reveló alteraciones en genes de las vías de p53/control del ciclo celular, RAS y reparación del ADN, entre otras. Ninguna alteración fue exclusiva de algún CU-s. Discusión: Debe prestarse especial atención a los casos con CPS>10 que incluyan subtipos histológicos con expresión divergente para PD-L1, ya que podrían no responder al tratamiento con ICI. Se recomienda cuantificar la proporción y el estado de PD-L1 de cada subtipo, especialmente si es de comportamiento agresivo.(AU)

Evaluation of sample pooling for the detection of SARS-CoV-2 in a resource-limited setting, Dominican Republic / Evaluación del análisis de muestras agrupadas para la detección de SARS-CoV-2 en entornos con recursos limitados, República Dominicana

Introduction: COVID-19 is a worldwide public health threat. Diagnosis by RT-PCR has been employed as the standard method to confirm viral infection. Sample pooling testing can optimize the resources by reducing the workload and reagents shortage, and be useful in laboratories and countries with limited resources. This study aims to evaluate SARS-CoV-2 detection by sample pooling testing in comparison with individual sample testing. Materials and methods: We created 210 pools out of 245 samples, varying from 4 to 10 samples per pool, each containing a positive sample. We conducted detection of SARS-CoV-2-specific RdRp/E target sites. Results: Pooling of three samples for SARS-CoV-2 detection might be an efficient strategy to perform without losing RT-PCR sensitivity. Conclusions: Considering the positivity rate in Dominican Republic and that larger sample pools have higher probabilities of obtaining false negative results, the optimal sample size to perform a pooling strategy shall be three samples.(AU)

Introducción: La COVID-19 es una amenaza de salud pública mundial. La RT-PCR es el método estándar para confirmar la infección. La estrategia de pruebas de muestras agrupadas puede reducir la carga de trabajo y la escasez de reactivos, y ser útil en países con escasos recursos. Evaluamos la detección del SARS-CoV-2 mediante esta estrategia en comparación con pruebas individuales. Materiales y métodos: Creamos 210 grupos de 245 muestras, de 4 a 10 muestras por grupo, cada uno con una muestra positiva. Realizamos extracción de ARN y qRT-PCR para detectar la presencia de la diana RdRp/E. Resultados: La combinación de hasta 3 muestras para la detección del SARS-CoV-2 podría ser una estrategia eficaz sin perder la sensibilidad. Conclusiones: Considerando la tasa de positividad en República Dominicana y que los grupos con más muestras tienen mayor probabilidad de obtener resultados falsos negativos, el tamaño óptimo para realizar esta estrategia es de 3 muestras.(AU)

Stool donor recruitment – A one-year experience / Reclutamiento de donantes de heces: experiencia de un año

Stool donors for fecal microbiota transference (FMT) should be rigorously screened to identify any disorder in health status. The success of our screening protocol to identify eligible donors in the last year and a half was evaluated and compared with the published literature.The target population was medical students who responded to 3 public calls to donate stools. Qualified donors brought stool samples to our lab.Out of the 110 students who responded to the call, 26 were enrolled as study donors and delivered at least one stool sample. The main reason for volunteer exclusion was body mass index (BMI) <18.5kg/m2 or >25kg/m2 (n=11) and for the identification of ESBL Escherichia coli in feces (n=3).Our success rate after the screening protocol was considered high. Understanding the incentives to participate is critical to the success of recruitment strategies as FMT is still a little-known practice for general population.(AU)

Se debe seleccionar rigurosamente a los donantes de heces para la transferencia de microbiota fecal (TMF) para identificar cualquier trastorno en la salud. Se evaluó el éxito de nuestro protocolo de selección para identificar donantes idóneos en el último año y medio y se comparó con la literatura publicada.La población objetivo fueron estudiantes de medicina que respondieron a 3 convocatorias públicas para donar heces. Los donantes aptos llevaron muestras de heces a nuestro laboratorio.De los 110 estudiantes que respondieron a la convocatoria, 26 se inscribieron como donantes del estudio y entregaron al menos una muestra de heces. El principal motivo para la exclusión de voluntarios fue un índice de masa corporal (IMC) <18,5 kg/m2 o >25 kg/m2 (n=11) y la identificación de E. coli BLEE en las heces (n=3).Nuestra tasa de éxito tras el protocolo de selección se consideró alta. Comprender los incentivos para participar es fundamental para el éxito de las estrategias de reclutamiento, ya que la TMF sigue siendo una práctica poco conocida para la población en general.(AU)

High prevalence of SARS-CoV-2 detection and prolonged viral shedding in stools: A systematic review and cohort study / Elevada detección de SARS-CoV-2 y prolongada excreción viral en deposiciones: Estudio de cohorte y revisión sistemática

Objectives: To: 1. Describe the frequency of viral RNA detection in stools in a cohort of patients infected with SARS-CoV-2, and 2. Perform a systematic review to assess the clearance time in stools of SARS-CoV-2. Methods: We conducted a prospective cohort study in two centers between March and May 2020. We included SARS-CoV-2 infected patients of any age and severity. We collected seriated nasopharyngeal swabs and stool samples to detect SARS-CoV-2. After, we performed a systematic review of the prevalence and clearance of SARS-CoV-2 in stools (PROSPERO-ID: CRD42020192490). We estimated prevalence using a random-effects model. We assessed clearance time by using Kaplan–Meier curves. Results: We included 32 patients; mean age was 43.7±17.7 years, 43.8% were female, and 40.6% reported gastrointestinal symptoms. Twenty-five percent (8/32) of patients had detectable viral RNA in stools. The median clearance time in stools of the cohort was 11[10–15] days. Systematic review included 30 studies (1392 patients) with stool samples. Six studies were performed in children and 55% were male. The pooled prevalence of viral detection in stools was 34.6% (twenty-four studies, 1393 patients; 95%CI:25.4–45.1); heterogeneity was high (I2:91.2%, Q:208.6; p≤0.001). A meta-regression demonstrates an association between female-gender and lower presence in stools (p=0.004). The median clearance time in stools was 22 days (nineteen studies, 140 patients; 95%CI:19–25). After 34 days, 19.9% (95%CI:11.3–29.7) of patients have a persistent detection in stools. Conclusions: Detection of SARS-CoV-2 in stools is a frequent finding. The clearance of SARS-CoV-2 in stools is prolonged and it takes longer than nasopharyngeal secretions.(AU)

Objetivos: 1. Evaluar la detección de ARN viral en deposiciones y su tiempo de excreción en una cohorte de pacientes con SARS-CoV-2; 2. Realizar una revisión sistemática para evaluar el tiempo de excreción en deposiciones del SARS-CoV-2. Métodos: Estudio de cohorte prospectiva en dos centros entre marzo-mayo del 2020. Incluimos pacientes infectados con SARS-CoV-2 de cualquier edad y gravedad. Recolectamos secreciones nasofaríngeas y deposiciones en forma seriada para detectar SARS-CoV-2. También realizamos una revisión sistemática de la prevalencia y excreción del SARS-CoV-2 en deposiciones (PROSPERO-ID: CRD42020192490). Estimamos la prevalencia usando un modelo de efectos aleatorios. Evaluamos el tiempo de excreción usando curvas Kaplan-Meier. Resultados: Incluimos 32 pacientes; edad media 43 ± 17,7 años, 43,8% eran mujeres y 40,6% reportaron síntomas gastrointestinales. Veinticinco por ciento (8/32) tenían ARN viral detectable en deposiciones. La mediana de excreción en deposiciones fue 11 [10-15] días. La revisión sistemática incluyó 30 estudios (1.392 pacientes) con muestras en deposiciones. Seis estudios fueron realizados en niños y 55% eran hombres. La prevalencia estimada de detección viral en deposiciones fue de 34,6% (24 estudios, 1.393 pacientes; IC 95%: 25,4-45,1); la heterogeneidad fue elevada (I2: 91,2%; Q: 208,6; p ≤ 0,001). Una metarregresión demostró una asociación entre el género femenino y menor prevalencia en deposiciones (p = 0,004). La mediana de tiempo de excreción fueron 22 días (19 estudios, 140 pacientes; IC 95%: 19-25). Tras 34 días, 19,9% (IC 95%: 11,3-29,7) de los pacientes tenían detección persistente en deposiciones. Conclusiones: La detección de SARS-CoV-2 en deposiciones es un hallazgo frecuente. La excreción del SARS-CoV-2 en deposiciones es prolongada y es más tardía que en secreciones nasofaríngeas.(AU)

Identificación rápida de micobacterias no tuberculosas mediante técnicas proteómicas (MALDI-TOF) / A rapid proteomic system (MALDI-TOF) for nontuberculous-mycobacteria identification

La identificación proteómica de micobacterias no tuberculosas (MNTs) mediante MALDI-TOF presenta una mayor complejidad debido a la especial composición de su pared celular, que complica la extracción de proteínas. Un total de 106 aislamientos pertenecientes a diferentes especies de MNTs procedentes de muestras clínicas del Complejo Asistencial Universitario de León recogidas durante los años 2019 y 2020 se han identificado por un método proteómico abreviado (MALDI-TOF Biotyper Bruker®) desarrollado en nuestro laboratorio. La identificación se ha comparado con la realizada en paralelo en el Centro de Referencia de Majadahonda. Se analizaron un total de 22 especies diferentes de MNTs obteniendo una concordancia del 91,5%. Las nueve discrepancias detectadas se dieron entre especies pertenecientes al mismo grupo taxonómico. En el 67,92% de las identificaciones el score fue superior a 1,8. En el tiempo de procesamiento se obtuvo un ahorro aproximado de 24 minutos con respecto al recomendado por el fabricante.(AU)

Proteomic techniques relaying upon mass spectrometry (MALDI_TOF) applied to nontuberculous mycobacteria (NTM) identification, constitute a difficult goal. Cell wall structure features complicates the protein extraction procedure. A total of 106 isolates belonging to a variety of MNTs species isolated from clinical samples taken at the Complejo Asistencial Universitario de León for a two years period (2019-20) were identified following a simplified method (MALDI-TOF Biotyper Bruker®) developped in our laboratory. The resultant identification was compared to a parallel one ruled on the Centro de Referencia de Majadahonda. A total of 22 different MNTs species were tested, obtaining an agreement of 91,5%. Only 9 minor discrepancies between species belonging to the same taxonomic group of MNTs were detected. The score obtained in the 67.92% of the cases was higher than 1.8. A time-saving of 24 minutes compared to the manufacturer‘s proceeding was achieved.(AU)

El papel del laboratorio de microbiología en el diagnóstico de infecciones por bacilos gramnegativos multirresistentes. Importancia de la determinación de mecanismos de resistencias / The role of the microbiology laboratory in the diagnosis of multidrug-resistant Gram-negative bacilli infections. Importance of the determination of resistance mechanisms

Un diagnóstico y tratamiento precoz tiene un impacto importante en la morbimortalidad de las infecciones producidas por bacterias multirresistentes. Los bacilos gramnegativos multirresistentes constituyen la principal amenaza actual en los hospitales y muy especialmente en las unidades de cuidados intensivos. El papel del laboratorio de microbiología es esencial en dar una respuesta rápida y eficaz. En esta revisión se actualiza los procedimientos del laboratorio de microbiología para la detección rápida de los bacilos gramnegativos multirresistentes y de sus determinantes de resistencia. También se estudia el papel del laboratorio en la vigilancia y control de brotes por estas bacterias, incluyendo las técnicas de tipificación. Se destaca la importancia de proporcionar mapas de resistencia normalizados que permitan conocer la situación epidemiológica de las diferentes unidades. Finalmente se revisa la importancia de sistemas de comunicación eficaces para la transmisión de resultados y la toma de decisiones en el manejo de pacientes infectados por bacilos gramnegativos multirresistentes (AU)

Early diagnosis and treatment has an important impact on the morbidity and mortality of infections caused by multidrug-resistant bacteria. Multidrug-resistant gram-negative bacilli constitute the main current threat in hospitals and especially in intensive care units. The role of the microbiology laboratory is essential in providing a rapid and effective response. This review updates the microbiology laboratory procedures for the rapid detection of multidrug-resistant gram-negative bacilli and its resistance determinants. The role of the laboratory in the surveillance and control of outbreaks caused by these bacteria, including typing techniques, is also studied. The importance of providing standardized resistance maps that allow knowing the epidemiological situation of the different units is emphasized. Finally, the importance of effective communication systems for the transmission of results and decision making in the management of patients infected by multidrug-resistant gram-negative bacilli is reviewed (AU)

Procesamiento de muestras osteoarticulares para diagnóstico microbiológico: resultados de una encuesta multicéntrica nacional / Processing of osteoarticular samples for microbiological diagnosis: Results of a national multi-center survey

Introducción: Nuestro objetivo fue evaluar la variabilidad en el procesamiento de muestras osteoarticulares para el diagnóstico microbiológico entre distintos centros nacionales. Métodos: Se diseñó una encuesta online con 13 preguntas y se difundió a través de la SEIMC a los servicios de microbiología de los distintos centros. Resultados: Obtuvimos 72 respuestas. En más de la mitad de los centros, de tercer nivel, se reciben al menos 5 muestras. Aproximadamente la mitad de los centros agitan con vórtex las muestras de hueso/implante, utilizándose la sonicación sobre todo en centros de tercer nivel. Se realizan cultivos para bacterias aerobias y anaerobias durante 6-10 días de incubación, pero con diferencias en los medios de cultivo líquidos. El diagnóstico molecular se realiza en menos del 50% de los centros, siendo la PCR universal (ARNr 16S) la técnica más empleada. Conclusiones: Existe heterogeneidad fundamentalmente en el empleo de sonicación, los medios líquidos de cultivo o el diagnóstico molecular, probablemente en relación directa con los recursos y capacidades de cada centro.(AU)

Introduction. Our aim was to evaluate the variability in the processing of osteoarticular samples for microbiological diagnosis between different national centers. Methods: An online survey with 13 questions was designed and it was sent through SEIMC to the Microbiology Departments of the different centers. Results: We obtained 72 answers. In more than half of the tertiary-care centers, at least 5 samples are received. Approximately half of the centers vortex bones/implant samples. Sonication is used mostly in tertiary-care centers. Cultures for aerobic and anaerobic bacteria are performed during 6-10 days of incubation but with differences in liquid culture media. Molecular diagnosis is performed in less than 50% of the centers. Universal PCR (16S rRNA) is the most widely used technique. Conclusion: We found heterogeneity especially in the use of sonication, liquid culture media or molecular diagnosis, probably in direct relation to the resources and capacities of each center.(AU)

Efectividad de la autotoma del exudado vaginorrectal para el cribado prenatal de la infección por Streptococcus agalactiae. Estudio GALL / Effectiveness of the vagino-rectal exudate self-sampling for prenatal screening of Streptococcus agalactiae infection. GALL study

Objetivo: Evaluar la efectividad de la autotoma del exudado vaginorrectal para el cribado prenatal de la infección por EGB e identificar barreras y facilitadores que encuentra la gestante para esta intervención. Diseño: Estudio transversal de pruebas diagnósticas. Participantes y emplazamiento: Participaron 213 gestantes que acudieron a la consulta de la matrona de atención primaria en 6 centros de salud del Servicio Vasco de Salud/Osakidetza en Bizkaia, que cumplían los criterios de inclusión y aceptaban participar en el estudio. Mediciones principales: Se comparó el resultado del cultivo vaginorrectal obtenido por la gestante con el resultado del cultivo vaginorrectal tomado por la matrona en consulta el mismo día, y se recogieron barreras y facilitadores encontrados por las mujeres en la autotoma. Resultados: Se ha observado que la autotoma como prueba para detectar el EGB tiene una sensibilidad del 93,3% (IC 95%, 78,7-98,2), una especificidad del 99,4% (IC 95%, 96,5-99,9), un valor predictivo positivo del 96% (IC 95% 82,8-99,4) y un valor predictivo negativo del 98,8% (IC 95%, 95,6-99,7). El 27,3% de los encuestadas encontraron alguna dificultad en la recogida, solo el 4,8% no se vieron capacitadas, el 84,2% se sintieron cómodas, el 99,5% consideraron la información proporcionada adecuada y completa, al 94,7% no le resultaron complicados los pasos a seguir, y el 96% están satisfechas con el estudio. Conclusiones: La autotoma del exudado vaginorrectal para la detección del EGB ha resultado ser válida y fiable, lo que permitiría ofrecer esta opción a las gestantes en el cribado sistemático de la infección por EGB.(AU)

Objetive: To evaluate the effectiveness of vagino-rectal swab autotomy for prenatal screening for GBS infection and to identify the barriers and facilitators encountered by the pregnant woman for this intervention. Design: Cross-sectional study of diagnostic tests. Participants and site: A total of 213 pregnant women who attended the primary care midwife's office in 6 health centers of the Basque Health Service/Osakidetza in Bizkaia, who met the inclusion criteria and agreed to participate in the study, participated in the study. Main measurements: The result of the vagino-rectal culture obtained by the pregnant woman was compared with the result of the vagino-rectal culture taken by the midwife in consultation on the same day, and the barriers and facilitators encountered by the women in the self-test were collected. Results: Self-testing as a test for GBS was found to have a sensitivity of 93.3% (95% CI 78.7–98.2), a specificity of 99.4% (95% CI 96.5–99.9), a positive predictive value of 96% (95% CI 82.8–99.4) and a negative predictive value of 98.8% (95% CI 95.6–99.7). 27.3% of respondents encountered some difficulty in the collection, only 4.8% did not feel qualified, 84.2% felt comfortable, 99.5% considered the information provided to be adequate and complete, 94.7% did not find the steps to follow complicated, and 96% were satisfied with the study. Conclusions: Self-collection of vagino-rectal exudate for GBS detection has proved to be valid and reliable, which would make it possible to offer this option to pregnant women in the systematic screening for GBS infection.(AU)

ACTN-3 and ECA genes expression do not influence the acute change in muscle mechanical and functional properties in youth handballers / Expresiones de los genes ACTN-3 y ECA no influyen en el cambio agudo de las propiedades musculares mecánicas y funcionales en jugadores juveniles de balonmano

The purpose of this study was to explore the potential relationship between ACTN-3 and ACE gene expression over the change in muscle mechanical and functional properties in youth handballers through a congested tournament. 30 players of the first handball division of Costa Rica participated in this study. The participants played a national tournament during three consecutive days (one match per day). The collection of genetic samples was through a mouth rinse with a 5% sucrose solution before the tournament. PCR tests were used to detect the alleles of the ACE and ACTN3 genes and the product ́s reaction was visualized by electrophoresis. Before and after each match, tensiomyography (TMG) and Countermovement jump (CMJ) tests were used to assess mechanical and functional properties respectively. Descriptive frequency analyses and a one-way analysis of variance of independent groups were the statistics test applied. The results showed that the most prevalent polymorphisms expression was ACTN-3 R-X (56.7%) and ECA I-D (43.3%). No significant differences (p> 0.050) were found between genes expressed in the mechanical responses (contraction time (TC), delay time (TD) and, maximum radial displacement (DM)) of the rectus femoral muscle of the dominant leg neither in performance in the test CMJ. Likewise, there was no significant change (p> 0.050) in muscle mechanical or functional properties post official matches. In conclusion, handball players have the genes ACE and ACTN. Nevertheless, it seems to have no influence of these genes on the mechanical or functional muscles acute responses. More investigations will be needed to explain and understand the real impact of this gene’s expression on muscle performance in handball players.(AU)

El propósito de este estudio fue explorar la relación potencial entre la expresión ACTN-3 y ACE sobre el cambio en las propiedades musculares mecánicas y funcionales de jugadores juveniles de balonmano a través de un torneo congestionado. Participaron 30 jugadores de la primera división de balonmano de Costa Rica. Los participantes jugaron un torneo nacional durante tres días consecutivos. La recolección de muestras genéticas se realizó mediante un enjuague bucal con una solución de sacarosa al 5% antes del inicio del torneo. Pruebas de PCR fueron usadas para detectar los aleros de los genes ACTN-3 y ACE y la reacción del producto fueron visualizadas por electroforesis. Antes y después de cada partido, se utilizaron las pruebas de tensiomiografía (TMG) y de salto contramovimiento (CMJ) para evaluar las propiedades mecánicas y funcionales respectivamente. Las pruebas estadísticas aplicadas fueron análisis descriptivo de frecuencias y un análisis de varianza de una vía para grupos independientes. Los resultados mostraron que la expresión de polimorfismos más prevalente fue ACTN-3 R-X (56,7%) y ECA I-D (43,3%). No se han encontrado diferencias significativas (p> 0,050) entre genes expresados en las respuestas mecánicas (tiempo de contracción (TC), tiempo de retardo (TD) and, máximo desplazamiento radial (DM)) del músculo recto femoral de la pierna dominante ni en el rendimiento en la prueba de CMJ. Asimismo, no hubo cambios significativos (p>0.050) en las propiedades mecánicas o funcionales de los músculos después de los partidos. En conclusión, los jugadores de balonmano tienen los genes ACE y ACTN, sin embargo, parece que estos genes no influyen en las respuestas agudas mecánicas o funcionales de los músculos. Se necesitan más investigaciones para explicar y comprender el impacto real de la expresión de estos genes en el rendimiento muscular de los jugadores de balonmano.(AU)

Evaluación de la fertilidad masculina en casa / Assessment of male fertility at home

La evaluación del factor masculino es obligada durante la consulta de una pareja a un especialista en fertilidad. Sin embargo, para muchos hombres el proceso de recolección de la muestra de semen en el laboratorio puede ser estresante, por lo que actualmente se encuentran disponibles pruebas caseras para el análisis seminal. El objetivo de esta revisión narrativa de la literatura es dar a conocer las pruebas que permiten valorar la calidad seminal en casa.En el mercado existen 11pruebas que proporcionan información sobre uno o 2parámetros seminales. Así mismo, se pueden encontrar pruebas que utilizan teléfonos inteligentes dando resultados de concentración y movilidad espermáticas, algunas utilizan los parámetros seminales estipulados por la Organización Mundial de la Salud y su precio se encuentra en un rango de USD 15 a USD 90; además de la privacidad y la comodidad, pueden revelar alteraciones en la calidad seminal de forma temprana. Entre sus limitaciones, se indican la poca información que proporcionan, además, la recolección y la manipulación pueden afectar los resultados. En conclusión, aunque las pruebas caseras pueden alertar tempranamente de alteraciones en la calidad seminal, no reemplazan el análisis exhaustivo del laboratorio, por lo que se pueden utilizar como un complemento en la evaluación del factor masculino.

Evaluation of the male factor is critical when a couple consults with a fertility specialist. However, for many men the process of collecting a semen sample for laboratory analysis can be stressful, which is why home semen tests are now available. This narrative review aimed to present the tests available to evaluate male fertility at home.Eleven tests on the market provide information on one or 2seminal parameters. Likewise, tests can be found that use smartphones to obtain sperm concentration and motility results; some use the parameters stipulated by the World Health Organization and their price range is between USD 15 and USD 90. They have the advantage of privacy and comfort.Their limitations include the fact that they provide little information, and that collection and handling can affect the results. In conclusion, home tests can be used in the first instance to reveal alterations in sperm quality, especially when there are risk factors. However, these tests are not a substitute for laboratory analysis, therefore they can be used as an adjunct in evaluating the male factor.

Rendimiento del ensayo de amplificación mediada por transcriptasa (TMA) Procleix SARS-CoV-2 para el diagnóstico de COVID-19 en “pools” de muestras nasofaríngeas. Pequeño estudio piloto / Performance of the Procleix SARS-CoV-2 transcriptase-mediated amplification (TMA) assay for the diagnosis of COVID-19 in nasopharyngeal sample pools. Small pilot study

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