RESUMO
SARS-CoV-2 has caused a high number of deaths in several countries. In Brazil, there were 37 million confirmed cases of COVID-19 and 700,000 deaths caused by the disease. The population size and heterogeneity of the Brazilian population should be considered in epidemiological surveillance due to the varied tropism of the virus. As such, municipalities and states must be factored in for their unique specificities, such as socioeconomic conditions and population distribution. Here, we investigate the spatiotemporal dispersion of emerging SARS-CoV-2 lineages and their dynamics in each microregion from Sergipe state, northeastern Brazil, in the first 3 years of the pandemic. We analyzed 586 genomes sequenced between March 2020 and November 2022 extracted from the GISAID database. Phylogenetic analyses were carried out for each data set to reconstruct evolutionary history. Finally, the existence of a correlation between the number of lineages and infection cases by SARS-CoV-2 was evaluated. Aracaju, the largest city in northeastern Brazil, had the highest number of samples sequenced. This represented 54.6% (320) of the genomes, and consequently, the largest number of lineages identified. Studies also analyzed the relationship between mean lineage distributions and mean monthly infections, daily cases, daily deaths, and hospitalizations of vaccinated and unvaccinated patients. For this, a correlation matrix was created. Results revealed that the increase in the average number of SARS-CoV-2 variants was related to the average number of SARS-CoV-2 cases in both unvaccinated and vaccinated individuals. Thus, our data indicate that it is necessary to maintain epidemiological surveillance, especially in capital cities, since they have a high rate of circulation of resident and non-resident inhabitants, which contributes to the dynamics of the virus.
Assuntos
COVID-19 , SARS-CoV-2 , Humanos , SARS-CoV-2/genética , COVID-19/epidemiologia , Brasil/epidemiologia , FilogeniaRESUMO
Objetivos: Ressaltar a importância da distribuição geográfica e do comportamento dos vetores dadoença de Chagas no estado de Pernambuco. Métodos: O material analisado incluiu 100 por cento dosinsetos infectados por Trypanosoma sp. e 40 por cento dos insetos negativos, examinados no Laboratório deEndemias para confirmação taxonômica, pesquisa do parasito nas fezes dos triatomíneos e Controleda Qualidade na confirmação do diagnóstico. Resultados: Foram examinados 3.323 triatomíneos.A infecção natural por tripanossomatídeos foi detectada em 21,3 por cento dos exemplares. Triatomabrasiliensis foi a espécie mais frequente no intradomicílio (24,3 por cento), Triatoma pseudomaculata(14,9 por cento) e Panstrongylus megistus apresentaram proporcionalmente taxa de infecção naturalsuperior às demais (40,8 por cento) no peridomicílio. Conclusão: O conhecimento atualizado da distribuiçãogeográfica dos vetores da doença de Chagas é importante para fundamentar ações integradas entreos serviços de saúde, o que contribui para a vigilância entomológica no controle dos triatomíneos.
Objectives: To underscore the importance of geographic distribution and behavior of vectors ofChagas disease in the state of Pernambuco. Methods: The material analyzed included 100 percent of theinsects infected with Trypanosoma spp., and 40 percent of negative insects, examined at the EndemicDisease Laboratory for taxonomic confirmation, searching for the parasite in feces of the insects,with Quality Control to confirm the diagnosis. Results: A total of 3,323 triatomines. Naturalinfection by trypanosomes was detected in 21.3 percent of the specimens. Triatoma brasiliensis wasthe most frequent intradomiciliary species (24.3 percent), outside the home Triatoma pseudomaculata(14.9 percent) and Panstrongylus megistus had a natural infection rate proportionally superior to the others(40.8 percent). Conclusion: The current knowledge of the geographical distribution of Chagas diseasevectors is important as a platform to integrate actions between health services, contributing to theentomological surveillance and control of the insects.
Assuntos
Doença de Chagas , Triatominae , Trypanosoma , Controle de QualidadeRESUMO
INTRODUCTION: Phlebotomine sand flies are small insects of great medical relevance. This article presents an updated list of the phlebotomine sand flies occurring in the State of Pernambuco, Brazil. METHODS: A review of literature published since the 1940s up to May 2010 was conducted and voucher material deposited in reference collections were studied. RESULTS: A total of 37 phlebotomine species have previously been reported as occurring in Pernambuco, but the record of six species needs confirmation. CONCLUSIONS: This work provides an updated list of phlebotomine sand flies of Pernambuco, with some notes on their taxonomy, ecology, distribution and epidemiological relevance.
INTRODUÇÃO: Flebotomíneos são pequenos insetos de grande importância médica e veterinária. Este artigo apresenta uma lista atualizada dos flebotomíneos que ocorrem no Estado de Pernambuco, Brasil. MÉTODOS: Uma revisão da literatura publicada desde a década de 40 até maio de 2010 foi realizada e material testemunho depositado em coleções de referência foi estudado. RESULTADOS: Um total de 37 espécies de flebotomíneos foram previamente relatadas como presentes em Pernambuco, mas o registro de seis delas necessita de confirmação. CONCLUSÕES: Esse trabalho fornece uma lista atualizada de flebotomíneos de Pernambuco, com algumas notas sobre a sua taxonomia, ecologia, distribuição e relevância epidemiológica.
Assuntos
Animais , Insetos Vetores/classificação , Psychodidae/classificação , Brasil , Ecossistema , GeografiaRESUMO
Introdução: Flebotomíneos são pequenos insetos de grande importância médica e veterinária. Este artigo apresenta uma lista atualizada dos flebotomíneos que ocorrem no Estado de Pernambuco, Brasil. Métodos: Uma revisão da literatura publicada desde a década de 40 até maio de 2010 foi realizada e material testemunho depositado em coleções de referência foi estudado. Resultados: Um total de 37 espécies de flebotomíneos foram previamente relatadas como presentes em Pernambuco, mas o registro de seis delas necessita de confirmação. Conclusões: Esse trabalho fornece uma lista atualizada de flebotomíneos de Pernambuco, com algumas notas sobre a sua taxonomia, ecologia, distribuição e relevância epidemiológica.
RESUMO
The pigmentation (pgm) locus is a large unstable area of the Yersinia pestis chromosome composed of a segment of iron acquisition (HPI) linked to a pigmentation segment. In this work we examined the mobility of HPI and the pigmentation segment in three Y. pestis isolates using successive subcultures on Congo red agar (CRA) plates. Strain P. CE 882 was shown to be highly stable while strains P. Exu 340 and P. Peru 375 dissociated into several phenotypes, PCR analysis showing evidence of changes in the pgm locus of the derived cultures. Strains P. Exu 340 and P. Peru 375 produced previously unreported cultures positive for the pesticin/yersiniabactin outer membrane receptor (psn+) but negative for the iron-regulated protein (irp2-), suggesting the occurrence of rearrangements in this chromosomal region and either a sequential loss or the loss of separated segments. These results provide evidence that besides deletion en bloc, specific rearrangements are also involved in the deletion events for that locus.
Assuntos
Pigmentação , Yersinia pestis/genética , Ilhas Genômicas , Ferro , Fenótipo , Reação em Cadeia da PolimeraseRESUMO
A leishmaniose visceral é uma endemia de regiões de clima tropical e sub-tropical do mundo, acometendo milhares de pessoas a cada ano. Apresenta como agente etiológico a Leishmania chagasi, protozoário da familia Trypanosomatidade transmitido os seres humanos pela picada das fêmeas do flebotomíneo LUtzomyia longipalpis. A despeito de sua reconhecida importância epidemiológica, o número de trabalhos envolvendo a aplicação de técnicas de biologia molecular na análise deste inseto ainda é bastante reduzido. Neste trabalho, descreve-se a utilização das técnicas do RAPD-PCR e do seqüenciamento de genes expressos (ESTs) com o objetivo de identificar marcadores moleculares que possam ser utilizados tanto em estudos de genética de populações de L. longipalpis, quanto na identificação de genes que possam estar envolvidos nos processos que determinam a relaçãoi destes insetos com os agentes etiológicos que eles transmitem. Foram investigados os polimorfismos de 17 locos RAPD-PCR em 7 populações de L. longipalpis do Nordeste brasileiro. O grau de diferenciação genética entre as populações foi determinado a partir da estimativa dos índices de fixação Fst e 0 que evidenciaram a existência de um grau moderado de estruturação genética, decorrente do ioslamento geográfico entre elas, Paralelamente ao estudo da estrutura genètica das pouplações de L. longipalpis, também foram analisadas 116 etiquetas de digestivos de espécimes de L. longipalpis artificialmente infectados com L. chagasi. Do total de seqüências de insetos já descritas na literatura, com a maioria apresentando similaridade com genes de Drosophila melanogaster. O nível de redundância das ESTs foi relativamente baixo, com a maior parte das seqüências (87,67 por cento) sendo encontrada uma única vez, indicando um bom nível de representatividade da biblioteca estudada. Dentre os supostos produtos gênicos identificados, os relacionados com a síntese de proteínas apseguidos das proteínas ribossomais e enzimas digestivas, com ambas representando 8,57 por cento do total de seqüências analisadas. As informações produzidas neste trabalho demonstraram a viabilidade da utilização do seqüenciamento de genes expressos na identificação de genes da L. longipalpis, servindo como referencial para o estabelecimento de experimentos voltados para a caracterização in vivo dos produtos gênicos encontrados, a exemplo do que já vem sendo em outras espécies de insetos vetores.
Assuntos
Etiquetas de Sequências Expressas , Genética Populacional , Psychodidae , Técnica de Amplificação ao Acaso de DNA Polimórfico/métodos , Marcadores GenéticosRESUMO
A leishmaniose visceral é uma endemia de regiões de clima tropical e sub-tropical do mundo, acometendo milhares de pessoas a cada ano. Apresenta como agente etiológico a Leishmania chagasi, protozoário da familia Trypanosomatidade transmitido os seres humanos pela picada das fêmeas do flebotomíneo LUtzomyia longipalpis. A despeito de sua reconhecida importância epidemiológica, o número de trabalhos envolvendo a aplicação de técnicas de biologia molecular na análise deste inseto ainda é bastante reduzido. Neste trabalho, descreve-se a utilização das técnicas do RAPD-PCR e do seqüenciamento de genes expressos (ESTs) com o objetivo de identificar marcadores moleculares que possam ser utilizados tanto em estudos de genética de populações de L. longipalpis, quanto na identificação de genes que possam estar envolvidos nos processos que determinam a relaçãoi destes insetos com os agentes etiológicos que eles transmitem. Foram investigados os polimorfismos de 17 locos RAPD-PCR em 7 populações de L. longipalpis do Nordeste brasileiro. O grau de diferenciação genética entre as populações foi determinado a partir da estimativa dos índices de fixação Fst e 0 que evidenciaram a existência de um grau moderado de estruturação genética, decorrente do ioslamento geográfico entre elas, Paralelamente ao estudo da estrutura genètica das pouplações de L. longipalpis, também foram analisadas 116 etiquetas de digestivos de espécimes de L. longipalpis artificialmente infectados com L. chagasi. Do total de seqüências de insetos já descritas na literatura, com a maioria apresentando similaridade com genes de Drosophila melanogaster. O nível de redundância das ESTs foi relativamente baixo, com a maior parte das seqüências (87,67 por cento) sendo encontrada uma única vez, indicando um bom nível de representatividade da biblioteca estudada. Dentre os supostos produtos gênicos identificados, os relacionados com a síntese de proteínas apseguidos das proteínas ribossomais e enzimas digestivas, com ambas representando 8,57 por cento do total de seqüências analisadas. As informações produzidas neste trabalho demonstraram a viabilidade da utilização do seqüenciamento de genes expressos na identificação de genes da L. longipalpis, servindo como referencial para o estabelecimento de experimentos voltados para a caracterização in vivo dos produtos gênicos encontrados, a exemplo do que já vem sendo em outras espécies de insetos vetores.(AU)
Assuntos
Técnica de Amplificação ao Acaso de DNA Polimórfico/métodos , Etiquetas de Sequências Expressas , Psychodidae/genética , Psychodidae/imunologia , Genética Populacional , Marcadores GenéticosRESUMO
A leishmaniose visceral é uma endemia de regiões de clima tropical e sub-tropical do mundo, acometendo milhares de pessoas a cada ano. Apresenta como agente etiológico a Leishmania chagasi, protozoário da familia Trypanosomatidade transmitido os seres humanos pela picada das fêmeas do flebotomíneo LUtzomyia longipalpis. A despeito de sua reconhecida importância epidemiológica, o número de trabalhos envolvendo a aplicação de técnicas de biologia molecular na análise deste inseto ainda é bastante reduzido. Neste trabalho, descreve-se a utilização das técnicas do RAPD-PCR e do seqüenciamento de genes expressos (ESTs) com o objetivo de identificar marcadores moleculares que possam ser utilizados tanto em estudos de genética de populações de L. longipalpis, quanto na identificação de genes que possam estar envolvidos nos processos que determinam a relaçãoi destes insetos com os agentes etiológicos que eles transmitem. Foram investigados os polimorfismos de 17 locos RAPD-PCR em 7 populações de L. longipalpis do Nordeste brasileiro. O grau de diferenciação genética entre as populações foi determinado a partir da estimativa dos índices de fixação Fst e 0 que evidenciaram a existência de um grau moderado de estruturação genética, decorrente do ioslamento geográfico entre elas, Paralelamente ao estudo da estrutura genètica das pouplações de L. longipalpis, também foram analisadas 116 etiquetas de digestivos de espécimes de L. longipalpis artificialmente infectados com L. chagasi. Do total de seqüências de insetos já descritas na literatura, com a maioria apresentando similaridade com genes de Drosophila melanogaster. O nível de redundância das ESTs foi relativamente baixo, com a maior parte das seqüências (87,67 por cento) sendo encontrada uma única vez, indicando um bom nível de representatividade da biblioteca estudada. Dentre os supostos produtos gênicos identificados, os relacionados com a síntese de proteínas apseguidos das proteínas ribossomais e enzimas digestivas, com ambas representando 8,57 por cento do total de seqüências analisadas. As informações produzidas neste trabalho demonstraram a viabilidade da utilização do seqüenciamento de genes expressos na identificação de genes da L. longipalpis, servindo como referencial para o estabelecimento de experimentos voltados para a caracterização in vivo dos produtos gênicos encontrados, a exemplo do que já vem sendo em outras espécies de insetos vetores.(AU)