Montagem de cariótipos de peixes assistida por computador / Computer assisted fish karyotyping

A obtenção de cariótipos de peixes desempenha um papel importante em estudos de citotaxonomia e evolução cromossômica das espécies. No entanto, poucos sistemas semi ou completamente automatizados para a obtenção de cariótipo de peixes estão disponíveis. Este trabalho propõe e avalia uma ferramenta baseada em imagens que auxilie a montagem de cariótipos de peixes. As espécies analisadas foram Hopliasmalabaricus (Bloch, 1794); Hypostomusancistroides (Ihering, 1911) e Parauchenipterusgaleatus (Linnaeus, 1766); popularmente conhecidas como traíra, cascudo e bagre-sapo, respectivamente.Um total de 100 metáfases foi analisado por dois métodos: 1 - geração semiautomática de cariótipo e 2 - geração automática de cariótipo. A avaliação do sistema foi feita por meio da correlação de Pearson, gráficos de diferenças e tabelas de contagens,utilizando-se como referência a média das contagens feitas por quatro usuários. No método 1, quatro usuários realizaram contagens e apresentaram correlação interobservador de r≥ 0.997. O número total de cromossomos identificados pelo método 1 foi 4348 e, para o método 2, foi 4135,o que resultou em uma identificação automática de aproximadamente 95,1% dos cromossomos, resultando em correlação entre os dois métodos de r= 0.93. Conclui-se que a ferramenta pode ser inserida no procedimento de cariotipagem de peixes para acelerar o processo com níveis aceitáveis de exatidão.(AU)

Fish karyotyping plays an important role in studies of cytotaxonomy and chromosomic evolution of species. However, few semi or completely automated fish karyotyping systems are available. This work proposes and evaluates an image-based tool to assist fish karyotyping. The analyzed species were Hopliasmalabaricus (Bloch, 1794), Hypostomusancistroides (Ihering, 1911), and Parauchenipterusgaleatus (Linnaeus, 1766). In Portuguese, these species are commonly referred to as traíra, cascudo, and bagresapo, respectively. A total of 100 metaphases were analyzed through two methods: (1) semi-automatic karyotype generation and (2) automatic karyotype generation. The results were analyzed using Pearson correlation, difference graphs and counting tables. The reference used for the evaluation of the system was the average of the counts made by four experts. In method 1, four users performed counts with interobserver correlation of r≥ 0.997. The total number of chromosomes identified by method 1 was 4348 and method 2 was 4135, excluding false positives, resulting in an automatic identification of approximately 95,1% of the chromosomes, resulting in a correlation between the methods of r= 0.93. The results indicate that the tool can be introduced for fish karyotyping procedures contributing for accelerating the process with acceptable accuracy.(AU)

Montagem de cariótipos de peixes assistida por computador / Computer assisted fish karyotyping

A obtenção de cariótipos de peixes desempenha um papel importante em estudos de citotaxonomia e evolução cromossômica das espécies. No entanto, poucos sistemas semi ou completamente automatizados para a obtenção de cariótipo de peixes estão disponíveis. Este trabalho propõe e avalia uma ferramenta baseada em imagens que auxilie a montagem de cariótipos de peixes. As espécies analisadas foram Hopliasmalabaricus (Bloch, 1794); Hypostomusancistroides (Ihering, 1911) e Parauchenipterusgaleatus (Linnaeus, 1766); popularmente conhecidas como traíra, cascudo e bagre-sapo, respectivamente.Um total de 100 metáfases foi analisado por dois métodos: 1 - geração semiautomática de cariótipo e 2 - geração automática de cariótipo. A avaliação do sistema foi feita por meio da correlação de Pearson, gráficos de diferenças e tabelas de contagens,utilizando-se como referência a média das contagens feitas por quatro usuários. No método 1, quatro usuários realizaram contagens e apresentaram correlação interobservador de r≥ 0.997. O número total de cromossomos identificados pelo método 1 foi 4348 e, para o método 2, foi 4135,o que resultou em uma identificação automática de aproximadamente 95,1% dos cromossomos, resultando em correlação entre os dois métodos de r= 0.93. Conclui-se que a ferramenta pode ser inserida no procedimento de cariotipagem de peixes para acelerar o processo com níveis aceitáveis de exatidão.(AU)

Fish karyotyping plays an important role in studies of cytotaxonomy and chromosomic evolution of species. However, few semi or completely automated fish karyotyping systems are available. This work proposes and evaluates an image-based tool to assist fish karyotyping. The analyzed species were Hopliasmalabaricus (Bloch, 1794), Hypostomusancistroides (Ihering, 1911), and Parauchenipterusgaleatus (Linnaeus, 1766). In Portuguese, these species are commonly referred to as traíra, cascudo, and bagresapo, respectively. A total of 100 metaphases were analyzed through two methods: (1) semi-automatic karyotype generation and (2) automatic karyotype generation. The results were analyzed using Pearson correlation, difference graphs and counting tables. The reference used for the evaluation of the system was the average of the counts made by four experts. In method 1, four users performed counts with interobserver correlation of r≥ 0.997. The total number of chromosomes identified by method 1 was 4348 and method 2 was 4135, excluding false positives, resulting in an automatic identification of approximately 95,1% of the chromosomes, resulting in a correlation between the methods of r= 0.93. The results indicate that the tool can be introduced for fish karyotyping procedures contributing for accelerating the process with acceptable accuracy.(AU)

Image-based red blood cell counter for multiple species of wild and domestic animals / Contador de células vermelhas baseado em imagens para múltiplas espécies de animais silvestres e domésticos

RBC count plays an important role in animal diagnosis. Despite the many technologies available in different automated hematology analyzers, when it comes to the blood of wild animals it is still difficult to find an easy and affordable solution for multiple species. This study aims to evaluate the proposed automatic red blood cell counter. Blood samples (1 ocelot - Leopardus pardalis, 1 monkey - Cebus apella, 1 coati - Nasua nasua, 62 dogs - Canis familiaris, and 5 horses - Equus caballus) were analyzed using three methods: 1-manual count, 2-automatic count by image, and 3-semi-automatic count by image; blood from dogs and horses were also analyzed by a fourth method: 4-automatic count by impedance. The counts in methods 2 and 3 were produced by the proposed red blood cell counter. Results were compared using Pearson's correlation and plots with different methods as the criterion standard. RBC counts in methods 1, 2, and 3 correlated very well with those in the method 4 (r ≥ 0.94). RBC counts produced by method 2 were highly correlated with method 3 (r = 0.998). The results indicate that the proposed method can be used as an automatic or semi-automatic counting method in clinics that are currently using the manual method for RBC assessment.(AU)

A contagem de células vermelhas do sangue desempenha um papel importante no diagnóstico de animais. Apesar da existência de muitas tecnologias em diferentes contadores automatizados para análise de sangue, quando se trata do sangue de animais silvestres ainda é difícil encontrar uma solução simples e econômica para múltiplas espécies. O objetivo deste estudo é avaliar o contador de células vermelhas proposto. Amostras de sangue (uma jaguatirica - Leopardus pardalis, um macaco - Cebus apella, um quati - Nasua nasua, 62 cães - Canis familiaris e cinco cavalos - Equus caballus) foram analisadas por três métodos: 1 - contagem manual, 2 - contagem automática por imagem e 3 - contagem semiautomática por imagem; as amostras de cães e cavalos foram analisadas por um quarto método: 4 - contagem automática por impedância. As contagens dos métodos 2 e 3 foram obtidas usando-se o contador de células vermelhas proposto. Os resultados foram comparados por meio da correlação de Pearson e gráficos com diferentes métodos como valor de referência. As contagens dos métodos 1, 2 e 3 se correlacionaram muito bem com as contagens do método 4 (r ≥ 0.94). As contagens produzidas pelo método 2 apresentaram alta correlação com o método 3 (r = 0.998). Os resultados indicam que o contador proposto pode ser usado como um método de contagem automática ou semiautomática em clínicas que usam o método manual para contagem de células vermelhas do sangue de animais.(AU)

Image-based red blood cell counter for multiple species of wild and domestic animals / Contador de células vermelhas baseado em imagens para múltiplas espécies de animais silvestres e domésticos

RBC count plays an important role in animal diagnosis. Despite the many technologies available in different automated hematology analyzers, when it comes to the blood of wild animals it is still difficult to find an easy and affordable solution for multiple species. This study aims to evaluate the proposed automatic red blood cell counter. Blood samples (1 ocelot - Leopardus pardalis, 1 monkey - Cebus apella, 1 coati - Nasua nasua, 62 dogs - Canis familiaris, and 5 horses - Equus caballus) were analyzed using three methods: 1-manual count, 2-automatic count by image, and 3-semi-automatic count by image; blood from dogs and horses were also analyzed by a fourth method: 4-automatic count by impedance. The counts in methods 2 and 3 were produced by the proposed red blood cell counter. Results were compared using Pearson's correlation and plots with different methods as the criterion standard. RBC counts in methods 1, 2, and 3 correlated very well with those in the method 4 (r ≥ 0.94). RBC counts produced by method 2 were highly correlated with method 3 (r = 0.998). The results indicate that the proposed method can be used as an automatic or semi-automatic counting method in clinics that are currently using the manual method for RBC assessment.(AU)

A contagem de células vermelhas do sangue desempenha um papel importante no diagnóstico de animais. Apesar da existência de muitas tecnologias em diferentes contadores automatizados para análise de sangue, quando se trata do sangue de animais silvestres ainda é difícil encontrar uma solução simples e econômica para múltiplas espécies. O objetivo deste estudo é avaliar o contador de células vermelhas proposto. Amostras de sangue (uma jaguatirica - Leopardus pardalis, um macaco - Cebus apella, um quati - Nasua nasua, 62 cães - Canis familiaris e cinco cavalos - Equus caballus) foram analisadas por três métodos: 1 - contagem manual, 2 - contagem automática por imagem e 3 - contagem semiautomática por imagem; as amostras de cães e cavalos foram analisadas por um quarto método: 4 - contagem automática por impedância. As contagens dos métodos 2 e 3 foram obtidas usando-se o contador de células vermelhas proposto. Os resultados foram comparados por meio da correlação de Pearson e gráficos com diferentes métodos como valor de referência. As contagens dos métodos 1, 2 e 3 se correlacionaram muito bem com as contagens do método 4 (r ≥ 0.94). As contagens produzidas pelo método 2 apresentaram alta correlação com o método 3 (r = 0.998). Os resultados indicam que o contador proposto pode ser usado como um método de contagem automática ou semiautomática em clínicas que usam o método manual para contagem de células vermelhas do sangue de animais.(AU)