Temporal analysis of demographic and biometric parameters of the Mangalarga breed / Análise temporal de parâmetros demográficos e biométricos da raça Mangalarga

This study analyzed the demographic and biometric changes in registered animals of the Mangalarga breed over the decades. Information from 206,428 Mangalarga horses born between 1930 and 2018 extracted from the genealogic registry system of the Associação Brasileira de Criadores de Cavalos da Raça Mangalarga was employed. The data referred to sex, birth date, fur coat, breeding site location, score achieved at genealogic registration, and three body measurements. Height at withers and the thoracic and cannon bone circumferences were used to calculate five morphometric indices. Results were submitted to analysis of variance using a completely randomized split-plot design where the plots comprised the sexes and the split-plots comprised the decades of selection. Between 1930 and 1990, genealogic registrations progressively increased, particularly in the 1970s and 80s, when the herd experienced the highest growth rate. In 2018, Mangalarga breeding sites were reported in 23 Brazilian states and the states of São Paulo, Minas Gerais, and Bahia held the largest herds. Between 1970 and 2018, the height at withers of mares, stallions, and geldings increased by 5.1, 3.1, and 2.1 cm, respectively. The thoracic circumference of stallions increased by 3.3 cm and the cannon bone circumference of mares decreased by 0.34 cm. It is concluded that the Mangalarga breed is found across Brazil, especially in the Southeast region. Irrespective of sex, the selection of the breed has led to taller Mangalarga horses. In addition, the stallions became heavier and gained thoracic circumference, while mares became hypometric.(AU)

Objetivou-se analisar as alterações demográficas e biométricas dos animais registrados da raça Mangalarga, ao longo das décadas. Foram utilizadas informações de 206.428 equinos Mangalarga, extraídas do sistema de registro genealógico da Associação Brasileira de Criadores de Cavalos da Raça Mangalarga. Dos animais nascidos entre 1930 e 2018, foram consideradas informações referentes ao sexo, data de nascimento, pelagem, localização do criatório, pontuação obtida no ato do registro genealógico e três medidas corporais dos equinos. Utilizando a medida de altura à cernelha e os perímetros torácico e de canela foram calculados cinco índices morfométricos. Os resultados foram submetidos à análise de variância, utilizando delineamento inteiramente ao acaso em esquema de parcelas subdivididas, sendo as parcelas compostas pelos sexos e as subparcelas constituídas pelas décadas de seleção. Entre 1930 e 1990 houve aumento progressivo na emissão de registros genealógicos, com destaque para as décadas de 70 e 80, quando se registrou maior taxa de crescimento do rebanho. Em 2018 identificou-se criatórios da raça Mangalarga em 23 estados brasileiros, sendo o Estado de São Paulo detentor do maior rebanho, seguido de Minas Gerais e Bahia. Entre 1970 e 2018 registrou-se aumento na altura à cernelha das fêmeas, garanhões e machos castrados, que se tornaram 5,1 cm, 3,1 cm e 2,1 cm mais altos, respectivamente. Enquanto o perímetro torácico dos garanhões aumentou 3,3 cm, o perímetro de canela das fêmeas reduziu 0,34 cm. Concluiu-se que a raça Mangalarga está distribuída por todo o Brasil, com destaque para a região sudeste. Independente do sexo, a seleção aplicada à raça tornou os equinos Mangalarga mais altos. Além disso, os garanhões ficaram mais pesados e com maior perímetro torácico e as fêmeas tornaram-se hipométricas.(AU)

Principal components for the in vivo and carcass conformations of Anglo-Nubian crossbred goats / Componentes principais para conformações in vivo e das carcaças em caprinos mestiços da raça Anglo-Nubiana

This study aimed to identify the principal components (PC) that explain the highest percentages of total variance and best characterize the in vivo and carcass morphologies of Anglo-Nubian crossbred goats. Nineteen carcass morphometric traits and six in vivo morphometric traits were measured in 28 kids at eight months of age. Principal component analysis indicated that five PC were able to explain 83.57% of the total variance in the 19 original carcass traits. Those components were termed PC1-Carcass Size, PC2 - Body Condition, PC3-Carcass Width, PC4-Chest Depth, and PC5 - Hindquarter. For in vivo morphometric traits, the first two principal components explained 78.86% of the total variance. These components were called PC1-In vivo Size and PC2-In vivo Conformation.(AU)

Este estudo buscou identificar componentes principais (CP) que explicam os maiores percentuais de variância total e que melhor caracterizam cabritos mestiços da raça Anglo Nubiana, quanto à medidas morfológicas obtidas in vivo, e na carcaça de 28 animais com 8 meses de idade. Foram conduzidas duas análises de componentes principais, sendo uma para 19 características de carcaça e outra para seis características morfométricas in vivo. Os cinco primeiros CP explicaram 82,54% da variância total das 19 características incluídas nessa análise. Estes componentes foram chamados de: CP1 - Tamanho da Carcaça, CP2 - Condição Corporal, CP3 - Largura da Carcaça, CP4 - Profundidade do Tórax e, CP5 - Comprimento do Pernil. Os dois primeiros componentes principais das morfometrias obtidas in vivo explicaram 78,86% da variância total e foram chamados de CP1 - Tamanho in vivo e CP2 - Conformação in vivo.(AU)

Análise genômica estrutural e funcional em bovinos Holandês x Gir infestados pelo Rhipicephalus (Boophilus) microplus / Structural and functional genomic analysis in Holstein x Gir cattle infested by Rhipicephalus (Boophilus) microplus

Rhipicephalus (Boophilus) microplus, popularmente conhecido como o carrapato bovino, é um ectoparasita hematófago e monoxeno, que gera grandes prejuízos à bovinocultura de regiões tropicais e subtropicais. Sabe-se da existência de diferenças quanto à resistência ao carrapato entre Bos taurus e Bos indicus e que estas são geneticamente herdáveis, mas os mecanismos envolvidos permanecem pouco compreendidos, apesar de décadas de intensa pesquisa. A realização do presente estudo teve por objetivos: 1) identificar genes diferencialmente expressos na pele de bovinos Holandês x Gir e relacionados com o status resistência/ susceptibilidade ao Rhipicephalus (Boophilus) microplus; 2) mapear transcritos, derivados de duas bibliotecas de pele de bovinos Holandês x Gir infestados por carrapato, e associar tal informação aos dados de uma varredura genômica para a detecção de QTL para resistência ao referido parasita; 3) identificar, in silico, marcadores microssatélites e SNP a partir das EST derivadas das citadas bibliotecas. Como não foram detectados genes diferencialmente expressos a partir da técnica Northern digital, baseou-se na anotação funcional dos transcritos e na sua classificação ontológica para a identificação de genes com potencial influência sob o status resistência/susceptibilidade ao carrapato, obtendo-se um conjunto de 11 genes. Observou-se uma maior expressão de MGST3, SOD1 e CYB5R1 nos animais susceptíveis nas primeiras 24 horas após a infestação e de CYB5R1, nas primeiras 48 horas. Nos animais resistentes, observou-se maior expressão de PCOLCE e CFH nas primeiras 24 horas após a infestação. Tal regulação gênica indica que a infestação por carrapatos induz um complexo conjunto de respostas imunológicas no hospedeiro. A análise dos transcritos que foram mapeados dentro dos intervalos de confiança de QTL associados à resistência a carrapatos permitiu a identificação de nove genes (IL-1α, DEFB, DEFB1, DEFB4A, DEFB5, DEFB7, C2C4A, BLA-DQB e CD63) com potencial influência sobre o nível de resistência a tal parasita. Estudos mais aprofundados serão necessários para a validação destes genes como candidatos. A partir da pipeline d2cluster/CAP3/MISA, a análise de 1.292 sequências únicas possibilitou a detecção de 168 microssatélites. Desconsiderando-se os monômeros, classe detectada em maior abundância, obteve-se sucesso no desenho de primers para 19 EST-SSR, sendo que somente cinco destas referem-se a regiões transcritas a proteínas. A mineração para identificação de SNP nas bibliotecas de cDNA foi realizada a partir da pipeline RepeatMasker/d2cluster/CAP3/AutoSnp e a confirmação dos polimorfismos foi realizada a partir da inspeção visual do arquivo de qualidade das sequências. Para aumentar a redundância do conjunto de EST, realizou-se o procedimento de enriquecimento a partir de sequências depositadas em bancos de dados. Foi possível detectar 10 SNP a partir de apenas um contig, sendo este formado por 27 sequências, possuindo 652 pb. Os resultados obtidos no presente trabalho e apresentados nos diferentes capítulos são relevantes e contribuem para um maior entendimento acerca da genômica envolvida na resistência ao carrapato bovino

Rhipicephalus (Boophilus) microplus, the cattle tick, is a hematophagous ectoparasite that causes extensive damage in cattle of tropical and subtropical regions. That are differences in tick resistance between Bos taurus and Bos indicus, but the mechanisms remain poorly understood, despite decades of intensive research. The accomplishment of the present study had as objective: 1) to identify differentially expressed genes that may influence the status resistance/susceptibility to Rhipicephalus (Boophilus) microplus in the skin of Holstein x Gir cattle, 2) to map transcripts derived from two cDNA libraries derived from Holstein x Gir skin infested by ticks, and associate that information with data from a genome scan to detect QTL for resistance to that parasite, 3) to identify SNP and microsatellites markers from EST libraries derived from the cDNA libraries. As non-differentially expressed genes were detected using the Northern Digital technique, a set of 11genes was obtained from the analysis of the functional annotation of the transcripts and their ontological classification. It was possible to observe an up-regulated expression of MGST3, SOD1 and CYB5R1 in susceptible animals in the first 24 hours after infestation and CYB5R1 in the first 48 hours. In resistant animals, was observed an up-regulated expression of CFH and PCOLCE in the first 24 hours after infestation. This gene regulation indicates that the tick infestation induces a complex set of immune responses in the host. The analysis of the transcripts mapped within the QTL confidence intervals associated with resistance to ticks allowed the identification of nine genes (IL-1α, DEFB, DEFB1, DEFB4A, DEFB5, DEFB7, C2C4A, BLA-DQB and CD63) with potential influence on the level of resistance to this parasite. Further studies are needed to validate these genes as candidates. From the pipeline d2cluster/CAP3/MISA, analysis of 1292 unique sequences allowed the detection of 168 microsatellites. Disregarding the monomers, class detected in greatest abundance, success was obtained in the design of 19 primers for EST-SSR, and only five of them refer to the proteins transcribed regions. The mining for identification of SNP in cDNA libraries was carried out from the pipeline RepeatMasker/d2cluster/CAP3/AutoSnp and confirmation of polymorphisms was performed from the manual analysis of the quality file of the sequences. To increase the redundancy of the EST set, the enrichment procedure from sequences deposited in databases was carried out. 10 SNP could be detected from only a contig, this being composed of 27 sequences and have 652 bp. The results obtained in this study and shown in the different chapters are relevant and contribute to more information about the genomic involved in the resistance to cattle tick