Isolation and molecular identification of Mycobacterium bovis in tissue lesions of cattle slaughtered in slaughterhouses located in the State of Ceará / [Isolamento e identificação molecular de Mycobacterium bovis em lesões teciduais de bovinos abatidos em matadouros-frigoríficos localizados no estado do Ceará]

The objective of this research was to identify Mycobacterium bovis in lesions suggestive of tuberculosis in bovine carcasses in the State of Ceará, by means of bacteriological and molecular diagnostic tests. Between August 2017 and January 2019, the State inspection service (SIE) inspected 59,512 cattle, of which 7.4% (44 / 59,512) presented suggestive lesions. Of these animals, 68 samples were sent, of which 4.5% (31/68) located in the lung, 2.9% (20/68) in lymph nodes, 2.0% (14/68) in the liver, and 0.4% in the carcass (3/68). When performing bacteriological isolation, 15.9% (7/44) of bovines showed colony growth in the samples. The smears of the isolates were submitted to Zielh-Neelsen staining and all confirmed acid-fast bacilli. The polymerase chain reaction identified all isolates 100% (7/7) as M. bovis. The association of diagnostic techniques allowed to identify the presence of the agent in the State and the molecular analysis proved to be a beneficial technique in the monitoring of bovine tuberculosis and can be used as an auxiliary method in the bovine tuberculosis control and eradication program in the State of Ceará.

O objetivo do trabalho foi pesquisar Mycobacterium bovis em lesões sugestivas de tuberculose nas carcaças de bovinos no estado do Ceará, por meio dos testes de diagnóstico bacteriológico e molecular. Entre agosto de 2017 e janeiro de 2019, o Serviço de Inspeção Estadual (SIE) inspecionou 59.512 bovinos; destes, 7,4% (44/59.512) apesentaram lesões sugestivas. Desses animais foram enviadas 68 amostras, das quais 4,5% (31/68) estavam localizadas no pulmão, 2,9% (20/68) nos linfonodos, 2,0% (14/68) no fígado e 0,4% (3/68) na carcaça. Ao realizar o isolamento bacteriológico, 15,9% (7/44) dos bovinos evidenciaram crescimento de colônias nas amostras. Os esfregaços dos isolados foram submetidos à coloração de Zielh-Neelsen e todos eles confirmaram bacilo álcool-ácido resistente. A reação em cadeia da polimerase identificou todos os isolados, 100% (7/7), como M. bovis. A associação das técnicas de diagnóstico permitiu identificar a presença do agente no estado, e a análise molecular demonstrou ser uma técnica benéfica no monitoramento da tuberculose bovina, podendo ser utilizada como um método auxiliar no programa de controle e erradicação da tuberculose bovina no estado do Ceará.

Detection of Mycobacterium sp. by multiplex PCR directly from suspicious granulomas from cold chambers in the state of Bahia, Brazil

ABSTRACT The diagnosis of bovine tuberculosis (TB) by molecular techniques has been broadly studied. These methods allow accelerating the diagnosis, in addition to presenting high specificity and sensitivity in the identification of the pathogen, critical characteristic for public health, especially when it comes to the direct diagnosis of the biologic samples, which has been little explored. This paper has evaluated a multiplex polymerase chain reaction (mPCR) as a tool to diagnose TB, which was performed directly on the granulomatous material of suspicious lesions collected in a cold chamber under state inspection in the state of Bahia, Brazil. Of the 74 samples evaluated, 14.86% were positive, with 10.81% positive for mPCR and culture, 4.05% negative for cultivation and positive for mPCR. The correlation between the cultivation and the mPCR presented agreeance higher than 61.54% of the cases. The results have indicated that the protocol proved itself effective, fast and very promising in the surveillance in slaughterhouses for the diagnosis of tuberculosis directly from the granuloma.

Detection of Mycobacterium sp. by multiplex PCR directly from suspicious granulomas from cold chambers in the state of Bahia, Brazil

The diagnosis of bovine tuberculosis (TB) by molecular techniques has been broadly studied. These methods allow accelerating the diagnosis, in addition to presenting high specificity and sensitivity in the identification of the pathogen, critical characteristic for public health, especially when it comes to the direct diagnosis of the biologic samples, which has been little explored. This paper has evaluated a multiplex polymerase chain reaction (mPCR) as a tool to diagnose TB, which was performed directly on the granulomatous material of suspicious lesions collected in a cold chamber under state inspection in the state of Bahia, Brazil. Of the 74 samples evaluated, 14.86% were positive, with 10.81% positive for mPCR and culture, 4.05% negative for cultivation and positive for mPCR. The correlation between the cultivation and the mPCR presented agreeance higher than 61.54% of the cases. The results have indicated that the protocol proved itself effective, fast and very promising in the surveillance in slaughterhouses for the diagnosis of tuberculosis directly from the granuloma.(AU)

Detection of Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae and Escherichia coli in Brazilian mastitic milk goats by multiplex-PCR / Detecção de Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae e Escherichia coli em leite caprino mastítico no Brasil, por multiplex-PCR

This study evalueted the prevalence of Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae and Escherichia coli in milk samples from 257 goats (513 half-udders) and ten bulk tanks, from ten dairy goat farms of São Paulo State, Brazil, by multiplex-PCR. The samples were screened by microbiological culture (gold-standard), and tested by different multiplex-PCR protocols for the detection of each bacterium. A total of 178 half-udders resulted positive by microbiological culture, with coagulase-negative staphylococci (70%), S. aureus (13.5%), S. intermedius (7.9%), and Enterobacteriaceae (4%) the prevalent pathogens. In other way, multiplex-PCR detected 173 pathogens in 151/523 (28.9%; CI95% 25.2-32.9%) milk samples 144/513 (28.1%) half-udders and 7/10 (70%) bulk tanks, with E. coli (86/162, 51.9%) and S. aureus (50/162, 30.9%) the prevalent ones in half-udders, and S. aureus (6/10, 60%) and E. coli (4/5, 36.4%) in bulk tanks. Multiplex-PCR showed a high performance for the detection of three bacteria at a time in mastitic goat milk direct from half-udders or bulk tanks. Thus, this multiplex-PCR protocol proved to be an adequate tool for the identification of the most common mastitis pathogens, independent of their phenotypic characteristics in the diagnosis of clinical mastitis in goats, allowing a continuous and better vigilance and monitoring the herd, being included in quality programs.(AU)

Este estudo avaliou por multiplex-PCR a prevalência de Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae e Escherichia coli em amostras de leite de 257 caprinos (513 tetos) e dez tanques de expansão, em dez fazendas leiteiras do estado de São Paulo, Brasil. As amostras foram triadas por cultura microbiológica (padrão-uro) e testadas por diferentes protocolos multiplex-PCR para a detecção de cada bactéria. Um total de 178 amostras de leite foram positivos na cultura microbiológica, com estafilococos coagulase-negativos (70%), S. aureus (13,5%), S. intermedius (7,9%) e Enterobacteriaceae (4%) como patógenos prevalentes. Por outro lado, a PCR multiplex detectou 173 patógenos em 151/523 (28,9%, IC95% 25,2-32,9%) amostras de leite, 144/513 (28,1%) amostras de tetos e 7/10 (70%) em tanques de expansão, E. coli (86/162, 51,9%) e S. aureus (50/162, 30,9%) foram identificados nas amostras de tetos e S. aureus (6/10, 60%) e E. coli (4/5, 36,4%) em tanques expansão. Multiplex-PCR mostrou um alto desempenho para a detecção das três bactérias em leite de cabra com mastite ou em tanques de expansão. Dessa forma, este protocolo multiplex-PCR provou ser uma ferramenta adequada para a identificação dos patógenos mais comuns da mastite, independentemente de suas características fenotípicas no diagnóstico de mastite clínica em caprinos, permitindo uma vigilância contínua e melhor acompanhamento do rebanho, sendo incluído em programas de qualidade.(AU)

Detection of Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae and Escherichia coli in Brazilian mastitic milk goats by multiplex-PCR / Detecção de Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae e Escherichia coli em leite caprino mastítico no Brasil, por multiplex-PCR

This study evalueted the prevalence of Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae and Escherichia coli in milk samples from 257 goats (513 half-udders) and ten bulk tanks, from ten dairy goat farms of São Paulo State, Brazil, by multiplex-PCR. The samples were screened by microbiological culture (gold-standard), and tested by different multiplex-PCR protocols for the detection of each bacterium. A total of 178 half-udders resulted positive by microbiological culture, with coagulase-negative staphylococci (70%), S. aureus (13.5%), S. intermedius (7.9%), and Enterobacteriaceae (4%) the prevalent pathogens. In other way, multiplex-PCR detected 173 pathogens in 151/523 (28.9%; CI95% 25.2-32.9%) milk samples 144/513 (28.1%) half-udders and 7/10 (70%) bulk tanks, with E. coli (86/162, 51.9%) and S. aureus (50/162, 30.9%) the prevalent ones in half-udders, and S. aureus (6/10, 60%) and E. coli (4/5, 36.4%) in bulk tanks. Multiplex-PCR showed a high performance for the detection of three bacteria at a time in mastitic goat milk direct from half-udders or bulk tanks. Thus, this multiplex-PCR protocol proved to be an adequate tool for the identification of the most common mastitis pathogens, independent of their phenotypic characteristics in the diagnosis of clinical mastitis in goats, allowing a continuous and better vigilance and monitoring the herd, being included in quality programs.(AU)

Este estudo avaliou por multiplex-PCR a prevalência de Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae e Escherichia coli em amostras de leite de 257 caprinos (513 tetos) e dez tanques de expansão, em dez fazendas leiteiras do estado de São Paulo, Brasil. As amostras foram triadas por cultura microbiológica (padrão-uro) e testadas por diferentes protocolos multiplex-PCR para a detecção de cada bactéria. Um total de 178 amostras de leite foram positivos na cultura microbiológica, com estafilococos coagulase-negativos (70%), S. aureus (13,5%), S. intermedius (7,9%) e Enterobacteriaceae (4%) como patógenos prevalentes. Por outro lado, a PCR multiplex detectou 173 patógenos em 151/523 (28,9%, IC95% 25,2-32,9%) amostras de leite, 144/513 (28,1%) amostras de tetos e 7/10 (70%) em tanques de expansão, E. coli (86/162, 51,9%) e S. aureus (50/162, 30,9%) foram identificados nas amostras de tetos e S. aureus (6/10, 60%) e E. coli (4/5, 36,4%) em tanques expansão. Multiplex-PCR mostrou um alto desempenho para a detecção das três bactérias em leite de cabra com mastite ou em tanques de expansão. Dessa forma, este protocolo multiplex-PCR provou ser uma ferramenta adequada para a identificação dos patógenos mais comuns da mastite, independentemente de suas características fenotípicas no diagnóstico de mastite clínica em caprinos, permitindo uma vigilância contínua e melhor acompanhamento do rebanho, sendo incluído em programas de qualidade.(AU)

Detection of Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae and Escherichia coli in Brazilian mastitic milk goats by multiplex-PCR

ABSTRACT: This study evalueted the prevalence of Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae and Escherichia coli in milk samples from 257 goats (513 half-udders) and ten bulk tanks, from ten dairy goat farms of São Paulo State, Brazil, by multiplex-PCR. The samples were screened by microbiological culture (gold-standard), and tested by different multiplex-PCR protocols for the detection of each bacterium. A total of 178 half-udders resulted positive by microbiological culture, with coagulase-negative staphylococci (70%), S. aureus (13.5%), S. intermedius (7.9%), and Enterobacteriaceae (4%) the prevalent pathogens. In other way, multiplex-PCR detected 173 pathogens in 151/523 (28.9%; CI95% 25.2-32.9%) milk samples 144/513 (28.1%) half-udders and 7/10 (70%) bulk tanks, with E. coli (86/162, 51.9%) and S. aureus (50/162, 30.9%) the prevalent ones in half-udders, and S. aureus (6/10, 60%) and E. coli (4/5, 36.4%) in bulk tanks. Multiplex-PCR showed a high performance for the detection of three bacteria at a time in mastitic goat milk direct from half-udders or bulk tanks. Thus, this multiplex-PCR protocol proved to be an adequate tool for the identification of the most common mastitis pathogens, independent of their phenotypic characteristics in the diagnosis of clinical mastitis in goats, allowing a continuous and better vigilance and monitoring the herd, being included in quality programs.

RESUMO: Este estudo avaliou por multiplex-PCR a prevalência de Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae e Escherichia coli em amostras de leite de 257 caprinos (513 tetos) e dez tanques de expansão, em dez fazendas leiteiras do estado de São Paulo, Brasil. As amostras foram triadas por cultura microbiológica (padrão-uro) e testadas por diferentes protocolos multiplex-PCR para a detecção de cada bactéria. Um total de 178 amostras de leite foram positivos na cultura microbiológica, com estafilococos coagulase-negativos (70%), S. aureus (13,5%), S. intermedius (7,9%) e Enterobacteriaceae (4%) como patógenos prevalentes. Por outro lado, a PCR multiplex detectou 173 patógenos em 151/523 (28,9%, IC95% 25,2-32,9%) amostras de leite, 144/513 (28,1%) amostras de tetos e 7/10 (70%) em tanques de expansão, E. coli (86/162, 51,9%) e S. aureus (50/162, 30,9%) foram identificados nas amostras de tetos e S. aureus (6/10, 60%) e E. coli (4/5, 36,4%) em tanques expansão. Multiplex-PCR mostrou um alto desempenho para a detecção das três bactérias em leite de cabra com mastite ou em tanques de expansão. Dessa forma, este protocolo multiplex-PCR provou ser uma ferramenta adequada para a identificação dos patógenos mais comuns da mastite, independentemente de suas características fenotípicas no diagnóstico de mastite clínica em caprinos, permitindo uma vigilância contínua e melhor acompanhamento do rebanho, sendo incluído em programas de qualidade.

Padronização de multiplex PCR para detecção de dermatófitos em pelos e crostas de cães e gatos / Standardization of a PCR multiplex for the detection of dermatophytes in dogs and cats fur and crusts

Objetivou-se padronizar uma reação do tipo multiplex PCR (mPCR) para detectar Microsporum canis, Microsporum gypseum e o complexo Trichophyton mentagrophytes em amostras de pelos e/ou crostas de cães e gatos. 250 amostras de pelos e/ou crostas de cães e gatos foram analisadas por meio de exame direto e cultura, o DNA das mesmas foi extraído para mPCR. Primers foram desenhados e como controle positivo da reação utilizou-se o DNA extraído de colônias de M. canis (URM 6273), M. gypseum (URM 6921) e T. mentagrophytes (URM 6211), provenientes da Coleção de Culturas (Micoteca URM), Departamento de Micologia, Centro de Ciências Biológicas da Universidade Federal de Pernambuco (CCB/UFPE). Como controles negativos de reação, utilizou-se água destilada esterilizada e DNA extraído de Alternaria sp. para verificar a especificidade dos primers. Do total de amostras analisadas, 15 (6%) foram identificadas, em cultura, como dermatófitos, e destas, 10 foram M. canis, três M. gypseum e dois T. mentagrophytes (complexo). Destas 15 amostras positivas, 11 (73,3%) foram detectadas por meio da mPCR. Além destas, seis outras, negativas em cultura, foram identificadas como M. gypseum. Verificou-se uma boa concordância entre os resultados da cultura e mPCR (Kappa: 0,66). O protocolo padronizado neste estudo pode ser utilizado como um método de triagem, por apresentar uma sensibilidade maior que a da cultura, usado paralelamente aos exames de rotina, permitindo um diagnóstico em menor tempo.(AU)

The aim of this study was to standardize a multiplex PCR (mPCR) reaction to detect Microsporum canis, Microsporum gypseum and the Trichophyton mentagrophytes complex in dog and cat fur and/or crusts. 250 fur and/or crusts samples from dogs and cats were analyzed by direct examination and culture, DNA from them was extracted for mPCR. Primers were designed and the DNA extracted from colonies of M. canis (URM 6273), M. gypseum (URM 6921) and T. mentagrophytes (URM 6211) from the Collection of Cultures - URM Micoteca - Department of Mycology, Biological Sciences Center of the Federal University of Pernambuco (CCB / UFPE). As negative controls, sterile distilled water and DNA extracted from Alternaria sp., were used to verify the specificity of the primers. Of the total samples analyzed, 15 (6%) were identified in culture as dermatophytes, and of these, 10 were M. canis, three M. gypseum and two T. mentagrophytes (complex). Of these 15 positive samples, 11 (73.3%) were detected by mPCR. Besides these, six others, negative in culture, were identified as M. gypseum. There was good agreement between culture results and mPCR (Kappa: 0.66). The protocol standardized in this study can be used as a screening method, because it has a sensitivity greater than that of the culture, used in parallel to the routine exams, allowing a diagnosis in a shorter time.(AU)

Padronização de multiplex PCR para detecção de dermatófitos em pelos e crostas de cães e gatos / Standardization of a PCR multiplex for the detection of dermatophytes in dogs and cats fur and crusts

Objetivou-se padronizar uma reação do tipo multiplex PCR (mPCR) para detectar Microsporum canis, Microsporum gypseum e o complexo Trichophyton mentagrophytes em amostras de pelos e/ou crostas de cães e gatos. 250 amostras de pelos e/ou crostas de cães e gatos foram analisadas por meio de exame direto e cultura, o DNA das mesmas foi extraído para mPCR. Primers foram desenhados e como controle positivo da reação utilizou-se o DNA extraído de colônias de M. canis (URM 6273), M. gypseum (URM 6921) e T. mentagrophytes (URM 6211), provenientes da Coleção de Culturas (Micoteca URM), Departamento de Micologia, Centro de Ciências Biológicas da Universidade Federal de Pernambuco (CCB/UFPE). Como controles negativos de reação, utilizou-se água destilada esterilizada e DNA extraído de Alternaria sp. para verificar a especificidade dos primers. Do total de amostras analisadas, 15 (6%) foram identificadas, em cultura, como dermatófitos, e destas, 10 foram M. canis, três M. gypseum e dois T. mentagrophytes (complexo). Destas 15 amostras positivas, 11 (73,3%) foram detectadas por meio da mPCR. Além destas, seis outras, negativas em cultura, foram identificadas como M. gypseum. Verificou-se uma boa concordância entre os resultados da cultura e mPCR (Kappa: 0,66). O protocolo padronizado neste estudo pode ser utilizado como um método de triagem, por apresentar uma sensibilidade maior que a da cultura, usado paralelamente aos exames de rotina, permitindo um diagnóstico em menor tempo.(AU)

The aim of this study was to standardize a multiplex PCR (mPCR) reaction to detect Microsporum canis, Microsporum gypseum and the Trichophyton mentagrophytes complex in dog and cat fur and/or crusts. 250 fur and/or crusts samples from dogs and cats were analyzed by direct examination and culture, DNA from them was extracted for mPCR. Primers were designed and the DNA extracted from colonies of M. canis (URM 6273), M. gypseum (URM 6921) and T. mentagrophytes (URM 6211) from the Collection of Cultures - URM Micoteca - Department of Mycology, Biological Sciences Center of the Federal University of Pernambuco (CCB / UFPE). As negative controls, sterile distilled water and DNA extracted from Alternaria sp., were used to verify the specificity of the primers. Of the total samples analyzed, 15 (6%) were identified in culture as dermatophytes, and of these, 10 were M. canis, three M. gypseum and two T. mentagrophytes (complex). Of these 15 positive samples, 11 (73.3%) were detected by mPCR. Besides these, six others, negative in culture, were identified as M. gypseum. There was good agreement between culture results and mPCR (Kappa: 0.66). The protocol standardized in this study can be used as a screening method, because it has a sensitivity greater than that of the culture, used in parallel to the routine exams, allowing a diagnosis in a shorter time.(AU)

Methods for the evaluation of antibiotic resistance in Lactobacillus isolated from fermented sausages / Comparação de métodos para avaliação de resistência microbiana em Lactobacillus isolados de embutidos fermentados

ABSTRACT: The present study aimed to assess the antibiotic resistance in 54 indigenous Lactobacillus plantarum isolated from artisanal fermented sausages. The confirmation of the strain species was performed by multiplex-PCR assay. Antibiotic resistance was assessed by disk diffusion (DD) and Minimum Inhibitory Concentration (MIC) methods. Of 54 L. plantarum, 44 strains were genotypically confirmed as L. plantarum and 3 as Lactobacillus pentosus. The highest resistance rates were to ampicillin and streptomycin. The highest susceptibility rates were shown to tetracycline, chloramphenicol and penicillin G. None of the strains showed multidrug resistance. Resistance rates by DD and MIC were not different (P>0.05) for ampicillin, chloramphenicol, erythromycin and penicillin G. Future research should assess the genetic mechanisms underlying the phenotypic resistance in Lactobacillus strains to screen the potential probiotic strains for the development of functional meat products.

RESUMO: O presente estudo teve como objetivo avaliar a resistência a antibióticos, de 54 cepas nativas de Lactobacillus plantarum isoladas de salames artesanais. A confirmação genotípica da espécie foi realizada por ensaio de PCR multiplex. A resistência aos antibióticos foi avaliada pelos métodos de disco difusão e concentração inibitória mínima. Das 54 cepas, 44 foram confirmadas genotipicamente como L. plantarum e 3 como Lactobacillus pentosus. As maiores frequências de resistência foram para ampicilina e estreptomicina, e as maiores frequências de sensibilidade para tetraciclina, cloranfenicol e penicilina G. Nenhuma das cepas apresentou multirresistência. As frequências de resistência para ampicilina, cloranfenicol, eritromicina e penicilina G foram semelhantes pelos métodos testados (P>0,05). Pesquisas futuras devem ser realizadas para avaliar os mecanismos genéticos envolvidos na resistência fenotípica das cepas de Lactobacillus, no intuito de selecionar as potenciais cepas probióticas para aplicação em produtos cárneos funcionais.

Methods for the evaluation of antibiotic resistance in Lactobacillus isolated from fermented sausages / Comparação de métodos para avaliação de resistência microbiana em Lactobacillus isolados de embutidos fermentados

ABSTRACT: The present study aimed to assess the antibiotic resistance in 54 indigenous Lactobacillus plantarum isolated from artisanal fermented sausages. The confirmation of the strain species was performed by multiplex-PCR assay. Antibiotic resistance was assessed by disk diffusion (DD) and Minimum Inhibitory Concentration (MIC) methods. Of 54 L. plantarum, 44 strains were genotypically confirmed as L. plantarum and 3 as Lactobacillus pentosus. The highest resistance rates were to ampicillin and streptomycin. The highest susceptibility rates were shown to tetracycline, chloramphenicol and penicillin G. None of the strains showed multidrug resistance. Resistance rates by DD and MIC were not different (P>0.05) for ampicillin, chloramphenicol, erythromycin and penicillin G. Future research should assess the genetic mechanisms underlying the phenotypic resistance in Lactobacillus strains to screen the potential probiotic strains for the development of functional meat products.(AU)

RESUMO: O presente estudo teve como objetivo avaliar a resistência a antibióticos, de 54 cepas nativas de Lactobacillus plantarum isoladas de salames artesanais. A confirmação genotípica da espécie foi realizada por ensaio de PCR multiplex. A resistência aos antibióticos foi avaliada pelos métodos de disco difusão e concentração inibitória mínima. Das 54 cepas, 44 foram confirmadas genotipicamente como L. plantarum e 3 como Lactobacillus pentosus. As maiores frequências de resistência foram para ampicilina e estreptomicina, e as maiores frequências de sensibilidade para tetraciclina, cloranfenicol e penicilina G. Nenhuma das cepas apresentou multirresistência. As frequências de resistência para ampicilina, cloranfenicol, eritromicina e penicilina G foram semelhantes pelos métodos testados (P>0,05). Pesquisas futuras devem ser realizadas para avaliar os mecanismos genéticos envolvidos na resistência fenotípica das cepas de Lactobacillus, no intuito de selecionar as potenciais cepas probióticas para aplicação em produtos cárneos funcionais.(AU)

Virulence genes and antimicrobial resistance of Pasteurella multocida isolated from poultry and swine

Pasteurella multocida causes atrophic rhinitis in swine and fowl cholera in birds, and is a secondary agent in respiratory syndromes. Pathogenesis and virulence factors involved are still poorly understood. The aim of this study was to detect 22 virulence-associated genes by PCR, including capsular serogroups A, B and D genes and to evaluate the antimicrobial susceptibility of P. multocida strains from poultry and swine. ompH, oma87, plpB, psl, exbD-tonB, fur, hgbA, nanB, sodA, sodC, ptfA were detected in more than 90% of the strains of both hosts. 91% and 92% of avian and swine strains, respectively, were classified in serogroup A. toxA and hsf-1 showed a significant association to serogroup D; pmHAS and pfhA to serogroup A. Gentamicin and amoxicillin were the most effective drugs with susceptibility higher than 97%; however, 76.79% of poultry strains and 85% of swine strains were resistant to sulphonamides. Furthermore, 19.64% and 36.58% of avian and swine strains, respectively, were multi-resistant. Virulence genes studied were not specific to a host and may be the result of horizontal transmission throughout evolution. High multidrug resistance demonstrates the need for responsible use of antimicrobials in animals intended for human consumption, in addition to antimicrobial susceptibility testing to P. multocida. (AU)

Detection by multiplex PCR of Staphylococcus aureus, S. intermedius and S. hyicus in artificially contaminated milk / Detecção de Staphylococcus aureus, S. intermedius e S. hyicus em leite contaminado artificialmente por multiplex PCR

This research aimed to detect coagulase-positive Staphylococcus (CPS) directly in samples of artificially contaminated milk, using multiplex PCR (mPCR). Standard and isolated bacterial strains of S. aureus, S. epidermidis, S. hyicus, S. intermedius, Listeria monocytogenes and Escherichia coli species were used, evaluating the specificity and detection limit of mPCR, for artificially contaminated UHT milk. Primers specific for the nuc gene (NUC1-NUC2 were used for S. aureus, NUC3-NUC4 for S. hyicus and NUC5-NUC6 for S. intermedius). It was possible to detect the three target species by mPCR, directly from bovine whole milk, with adequate specificity and acceptable detention limit for identification of coagulase-positive Staphylococcus (CPS) in foods. The specificity was determined by the amplification of species-specific fragments, and the detection limit was assessed by the detection thresholds obtained for the three species (103 CFU mL-1). From these results, the mPCR described, with the proposed set of primers, has the potential for use in precise identification and differentiation between CPSs in milk samples.(AU)

Esta pesquisa teve como objetivo detectar diretamente em amostras de leite contaminado artificialmente Staphylococcus coagulase positiva (ECP) por multiplex PCR (mPCR). Cepas padrão e isolados de S. aureus, S. epidermidis, S. hyicus, S. intermedius, Listeria monocytogenes e Escherichia coli foram utilizados no estudo. Foram utilizados primers específicos para o gene nuc (NUC1-NUC2 para o S. aureus, NUC3-NUC4 para o S. hyicus e NUC5-NUC6 para o S. intermedius ). Foi possível detectar as três espécies-alvo por mPCR, formar diretamente nas amostras de leite integral bovino, com especificidade adequada e limite de detecção aceitável para identificação de espécies de Staphylococcus coagulase positiva (ECP) em alimentos. A especificidade foi determinada por meio da amplificação de fragmentos específicos das espécies e o limite de detecção foi avaliado pelos limiares de detecção obtidos para as três espécies (103 UFC mL-1 para as espécies presentes nas amostras de leite contaminadas artificialmente).(AU)

Validation of the multiplex PCR for identification of Brucella spp / Validação da técnica de PCR multiplex para identificação de Brucella spp

A multiplex PCR technique for detection of Brucella spp. in samples of bacterial suspension was validated as a complementary tool in the diagnosis of the disease. This technique allows the characterization of the agent without performing biochemical tests, which greatly reduces the time for a final diagnosis, and provides more security for the analyst by reducing the time of exposure to microorganisms. The validation was performed in accordance with the Manual of Diagnostic Tests from OIE (2008) and following the requirements present in the ABNT NBR ISO/IEC 17025:2005. The mPCR validated in this study identified the different species of Brucella ( Brucella abortus , B. suis , B. ovis e B. melitensis ) of bacterial suspension obtained from the slaughterhouse samples, as well as distinguished the biovars (1, 2 e 4; 3b, 5, 6 e 9) of B. abortus in grouped form and differentiated the field strains from vaccine strains, as a quick, useful and less expensive technique in diagnosis of brucellosis in Brazil.(AU)

Validou-se neste trabalho uma técnica de PCR Multiplex (mPCR) para detecção de Brucella spp. em amostras de suspensão bacteriana, como ferramenta complementar no diagnóstico da doença. Esta técnica possibilita a caracterização do agente sem que seja necessária a realização de testes bioquímicos, o que diminui consideravelmente o tempo para o diagnóstico final, além de oferecer mais segurança ao analista ao diminuir o tempo de exposição ao agente infecioso. A validação foi realizada de acordo com o Manual de Testes de Diagnósticos da OIE (2008), seguindo as exigências presentes na norma de qualidade da ABNT NBR ISO/IEC 17025:2005. A mPCR validada neste trabalho identificou as diferentes espécies de Brucella ( Brucella abortus , B. suis , B. ovis e B. melitensis ) em suspensão bacteriana, obtidas a partir de amostras de frigorífico. Além disso, discriminou os biovares (1, 2 e 4; 3b, 5, 6 e 9) de B. abortus , de forma agrupada, e diferenciou cepa vacinal de cepa de campo, sendo esta uma técnica rápida, útil e de menor custo para o auxílio no diagnóstico de brucelose no Brasil.(AU)

Identification and characterization of Aspergillus fumigatus isolates from broilers / Identificação e caracterização de Aspergillus fumigatus isolados de frangos de corte

Aspergillosis is one of the main causes of mortality in birds. The pulmonary system is most frequently affected, with lesions observed in the air sacs and lungs of a wide variety of bird species. The aim of this study was to confirm by molecular methods the identification and the genetic diversity of Aspergillus fumigatus isolates of lung's samples from healthy broilers (Galus galus domesticus). Forty-four (9.5%) isolates of lung's samples were confirmed as A. fumigatus by polymerase chain reaction (PCR) multiplex (amplification of ß-tub and rodA gene fragments). Microsatellite typing for A. fumigatus was used to analyse all avian isolates. Among them, 40 genotypes (90.9%) were observed only one time. The results showed a high variability and multiple genotypes of de A. fumigatus collected from lung's samples of broilers.(AU)

Aspergilose é uma das principais causas de mortalidade em aves. O sistema pulmonar de uma grande variedade de espécies de aves é o mais frequentemente afetado, com lesões nos sacos aéreos e pulmões. Objetivou-se confirmar por métodos moleculares a identificação e a diversidade genética de Aspergillus fumigatus isolados de amostras pulmonares de frangos de corte sadios (Galus galus domesticus). Quarenta e quatro (9,5%) isolados foram confirmados como A. fumigatus através de reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex (amplificação de fragmentos dos genes ß-tub e rodA). Todos isolados foram tipificados, sendo quarenta (90,9%) observados apenas uma vez. Os resultados mostram uma alta variabilidade e múltiplos genótipos de A. fumigatus obtidos de amostras pulmonares de frangos, de corte.(AU)

Identification and characterization of Aspergillus fumigatus isolates from broilers / Identificação e caracterização de Aspergillus fumigatus isolados de frangos de corte

Aspergillosis is one of the main causes of mortality in birds. The pulmonary system is most frequently affected, with lesions observed in the air sacs and lungs of a wide variety of bird species. The aim of this study was to confirm by molecular methods the identification and the genetic diversity of Aspergillus fumigatus isolates of lung's samples from healthy broilers (Galus galus domesticus). Forty-four (9.5%) isolates of lung's samples were confirmed as A. fumigatus by polymerase chain reaction (PCR) multiplex (amplification of β-tub and rodA gene fragments). Microsatellite typing for A. fumigatus was used to analyse all avian isolates. Among them, 40 genotypes (90.9%) were observed only one time. The results showed a high variability and multiple genotypes of de A. fumigatus collected from lung's samples of broilers.(AU)

Aspergilose é uma das principais causas de mortalidade em aves. O sistema pulmonar de uma grande variedade de espécies de aves é o mais frequentemente afetado, com lesões nos sacos aéreos e pulmões. Objetivou-se confirmar por métodos moleculares a identificação e a diversidade genética de Aspergillus fumigatus isolados de amostras pulmonares de frangos de corte sadios (Galus galus domesticus). Quarenta e quatro (9,5%) isolados foram confirmados como A. fumigatus através de reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex (amplificação de fragmentos dos genes β-tub e rodA). Todos isolados foram tipificados, sendo quarenta (90,9%) observados apenas uma vez. Os resultados mostram uma alta variabilidade e múltiplos genótipos de A. fumigatus obtidos de amostras pulmonares de frangos, de corte.(AU)

EFICIÊNCIA DOS MANEJOS SANITÁRIOS DE CAMA NO CONTROLE DE Eimeria spp. EM AVIÁRIOS NO OESTE DO PARANÁ

O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência dos manejos sanitários aplicados à cama de aviários comerciais para o controle da Salmonelose nas criações de frango de corte de uma Cooperativa na região Oeste do Paraná e verificar seu efeito no controle da coccidiose. Foram selecionados três tratamentos de cama, propostos pela empresa: a fermentação associada a calagem (T1); calagem (T2) e a fermentação (T3). As amostras de fezes foram colhidas de 18 aviários, com um delineamento experimental inteiramente casualizado testando-se diferentes áreas de coleta, sendo, no início, próximo às placas evaporativas (P1); no meio do galpão (P2) e no final, próximo aos exaustores (P3). As coletas foram realizadas a partir do 5° dia do alojamento e se repetiram semanalmente até o 40° dia, durante cinco lotes sucessivos. A incidência da parasitose foi determinada pela contagem de oocistos nas fezes, testando as interações entre tratamento, idade das aves e número de lotes alojados. Amostras com elevada contagem de oocistos, foram selecionadas para identificar as espécies de Eimeria spp. circulantes no galpão, através do Multiplex PCR. Observou-se que o tratamento 3 foi significativamente (p<0,05) mais eficiente que os demais pela redução significativa de OOPG comparando-se o mesmo lote ao longo de todos observados, o que também pode contribuir para menor custo de produção com menor necessidade de mão-de-obra para execução do manejo sanitário. A utilização da técnica de PCR Multiplex, precisa ser padronizada para amostras de campo, afim de se determinar as espécies de Eimeria spp. disseminadas no plantel.

The objective of this work was to evaluate the efficiency of sanitary management applied to commercial poultry litter for the control of Salmonellosis in broiler chicken farms in Western Paraná and to verify its effect on coccidiosis control. Three litter treatments, proposed by the company, were selected: fermentation associated with liming (treatment 1); liming (treatment 2) and fermentation (treatment 3). The samples were collected from 18 aviaries, with a completely randomized experimental design, testing different collection areas, being, at the beginning, close to the evaporative plates (point 1); in the middle of the shed (point 2) and at the end, close to the exhaust fans (point 3). The collections were carried out from the 5th day of the accommodation and were repeated weekly until the 40th day, during five successive lots. The incidence of parasitosis was determined by counting oocysts in feces, testing for interactions between treatment, age of birds and number of flocks housed. Samples with high oocyst count were selected to identify the species of Eimeria spp. circulating in the shed, through the Multiplex PCR. It was observed that treatment 3 was significantly (p 0.05) more efficient than the others, observed due to significantly reduction of OOPG compared to the same lot and along all the others observed which can also contribute to lower production costs with less need for labor to perform sanitary management. The use of the Multiplex PCR technique, needs to be standardized for field samples, in order to determine the species of Eimeria spp. disseminated in the squad.

Detection of fraud of cow milk addition into the commercially available buffalo cheese samples by multiplex Polymerase Chain Reaction (PCR) / Detecção de fraude em amostras comerciais de queijo bubalino por adição de leite bovino por meio da técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) multiplex

This study aimed at verifying the efficiency of the technique of multiplex Polymerase Chain Reaction (PCR) for detecting the fraud by adding bovine milk into cheese samples made from buffalo milk, and to identify the fraudulent cheeses samples marketed in the municipalities of Pará and Amapá. The buffalo cheeses samples containing 10 %, 25 %, 50 %, 75 % and 90 % of bovine milk were experimentally produced; and also the cheeses made from the cow and the buffalo milk were separately prepared as controls. The analysis of these samples was performed by multiplex Polymerase Chain Reaction. Subsequently, 44 samples of buffalo cheeses were collected from the study target region, and they were analyzed by PCR for detecting the fraudulent specimens. The primers used in this study showed actual performance for detecting all of the increasing percentages of cow milk experimentally added into buffalo cheeses; also it indicated that 13.6 %of these marketed samples contained bovine milk. It was concluded that the multiplex PCR is a suitable technique for detecting the fraud from the concentration of 10 % bovine milk added into buffalo cheese(AU)

No presente estudo foi verificada a eficiência da técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) multiplex para detecção de fraude por adição de leite bovino em queijo de búfala, e para identificar amostras dequeijo fraudadas no comércio de municípios dos estados do Pará e Amapá. Os queijos de búfalacontendo 10 %, 25 %, 50 %, 75 % e 90 % de leite bovino foram produzidos, bem como os queijos exclusivamente de vaca e búfala (controles). Essas amostras foram analisadas por meio de Reação em Cadeia da Polimerase. Posteriormente, 44 amostras de queijos bubalinos foram coletadas na região alvo doestudo e a PCR multiplex foi novamente utilizada, visando à detecção de fraude. Os resultados obtidos demonstraram que os iniciadores utilizados neste trabalho foram capazes de detectar o incremento de todasas percentagens de leite de vaca nos queijos de búfala experimentalmente fraudados, e que 13,6 % das amostras comercialmente disponíveis continham leite bovino. PCR multiplex é uma técnica capaz de detectar adição de valores a partir de 10 % de leite bovino não declarado na rotulagem de queijo de búfala,e este tipo de fraude foi encontrado nas amostras comercializadas nos municípios do Amapá e Pará, Brasil(AU)

USO DE MÉTODOS BACTERIOLÓGICO E MOLECULAR NO DIAGNÓSTICO DATUBERCULOSE BOVINA A PARTIR DE LESÕES EM CARCAÇAS DE BOVINOS PROVINIENTES DE MATADOURO-FRIGORÍFICO NO ESTADO DO CEARÁ

A tuberculose bovina é uma doença zoonótica de evolução crônica ocasionada pelo Mycobacterium bovis e no Brasil ainda não se conhece detalhadamente a prevalência, apenas inquéritos epidemiológicos estaduais ou regionais com resultados variados. Entretanto, o estado do Ceará há uma necessidade de informações epidemiológicas sobre a doença. Essa pesquisa objetivou a detecção do Mycobacterium bovis por métodos bacteriológico e molecular em lesões sugestivas de tuberculose e outras linfadenites de carcaças de bovinos abatidos em matadouro-frigoríficos com inspeção estadual. Durante o período de agosto de 2017 a janeiro de 2019, o serviço de inspeção oficial inspecionou 59.512 bovinos em 3 matadouros-frigoríficos no estado do Ceará, dos quais foram enviadas amostras de 46 animais, localizadas no pulmão, linfonodos e fígado de bovinos abatidos. Destas amostras, 34 eram provenientes de fêmeas e 12 machos. No isolamento bacteriológico, 14,5% (7/48) das amostras apresentaram crescimento de colônias pequenas, arredondadas, bordas irregulares, superfície granular, coloração creme-amareladas e crescimento disgônico em meio de cultura Stonebrink-Leslie, com tempo médio de crescimento de 32 dias. Essas amostras foram submetidas à coloração de Ziehl-Neelsen e todos os esfregaços evidenciaram BAAR. A PCR multiplex identificou todos os sete isolados como M. bovis, sendo que seis das amostras positivas eram de fêmeas e uma de macho. Foi possível a identificação do M.bovis de forma rápida através da associação entre os exames post mortem, bacteriológico e PCR multiplex, fornecendo informações epidemiológicas sobre a doença no Ceará e contribuindo para adoção de medidas de controle e erradicação da tuberculose bvina no Estado

Bovine tuberculosis is a chronic zoonotic disease caused by Mycobacterium bovis and in Brazil the prevalence is not yet known in detail, only state or regional epidemiological surveys with varying results. However, the state of Ceará has a need for epidemiological information on the disease. This research aimed at detecting Mycobacterium bovis by bacteriological and molecular methods in lesions suggestive of tuberculosis and other lymphadenitis of bovine carcasses slaughtered in slaughterhouses with state inspection. During the period from August 2017 to January 2019, the official inspection service inspected 59,512 cattle in 3 slaughterhouses in the state of Ceará, from which samples were sent from 46 animals, located in the lungs, lymph nodes and liver of slaughtered cattle. Of these samples, 34 were from females and 12 males. In bacteriological isolation, 14.5% (7/48) of the samples showed growth of small, rounded colonies, irregular edges, granular surface, yellowish-cream color and dysgenic growth in Stonebrink-Leslie culture medium, with average growth time of 32 days. These samples were submitted to Ziehl-Neelsen staining and all smears showed BAAR. The multiplex PCR identified all seven isolates as M. bovis, with six of the positive samples being from females and one from males. It was possible to identify M. bovis quickly through the association between post-mortem, bacteriological and multiplex PCR tests, providing epidemiological information about the disease in Ceará and contributing to the adoption of control and eradication measures against bvina tuberculosis in the State.

Evaluation of a PCR multiplex for detection and differentiation of Mycoplasma synoviae, M. gallisepticum, and M. gallisepticum strain F-vaccine / Avaliação de uma PCR multiplex para detecção e diferenciação de Mycoplasma synoviae, Mycoplasma gallisepticum e Mycoplasma gallisepticum cepa F vacinal

Mycoplasma gallisepticum (MG) and Mycoplasma synoviae (MS) are the mycoplasma infections of most concern for commercial poultry industry. MG infection is commonly designated as chronic respiratory disease (CRD) of chickens and infections sinusitis of turkeys. MS causes sub clinical upper respiratory infection and tenosynovitis or bursitis in chickens and turkeys. The multiplex PCR was standardized to detect simultaneously the MS, MG field strains and MG F-vaccine strain specific. The generic PCR for detection of any species of Mollicutes Class was performed and compared to the multiplex PCR and to PCR using species-specific primers. A total of 129 avian tracheal swabs were collected from broiler-breeders, layer hens and broilers in seven different farms and were examined by multiplex PCR methods. The system (multiplex PCR) demonstrated to be very rapid, sensitive, and specific. Therefore, the results showed a high prevalence of MS in the flocks examined (27.9%), and indicate that the MS is a recurrent pathogen in Brazilian commercial poultry flocks.(AU)

Mycoplasma gallisepticum (MG) and Mycoplasma synoviae (MS) são micoplasmas que causam infecção de maior preocupação para a indústria avícola. MG é a bactéria responsável pela infecção, comumente designada, como doença crônica respiratória (DCR) de galinhas e sinusite infecciosa de perus. MS é responsável por infecções subclínicas do trato respiratório superior e tenosinovite ou bursite em galinha e perus. A reação da PCR multiplex foi padronizada para detectar simultaneamente MS, MG cepa de campo e MG-F cepa vacinal. A PCR genérica para detecção de qualquer espécie de Mycoplasma foi realizada e comparada a PCR multiplex e a PCR com primers específicos. O total de 129 amostras de suabes de traqueia foi coletado de reprodutoras pesadas, poedeiras e frangos em sete diferentes empresas avícolas e então foram examinados por PCR multiplex. O sistema da PCR multiplex demonstrou ser muito rápido, sensível e específico. Então, os resultados mostraram uma alta prevalência de MS nos lotes examinados ( 27,9%), e indica que MS é um patógeno recorrente nos lotes de aves comerciais brasileiro.(AU)

A novel multiplex PCR for the simultaneous detection of Salmonella enterica and Shigella species

Salmonella enterica and Shigella species are commonly associated with food and water borne infections leading to gastrointestinal diseases. The present work was undertaken to develop a sensitive and reliable PCR based detection system for simultaneous detection of Salmonella enterica and Shigella at species level. For this the conserved regions of specific genes namely ipaH1, ipaH, wbgZ, wzy and invA were targeted for detection of Shigella genus, S. flexneri, S. sonnei, S. boydii and Salmonella enterica respectively along with an internal amplification control (IAC). The results showed that twenty Salmonella and eleven Shigella spp., were accurately identified by the assay without showing non-specificity against closely related other Enterobacteriaceae organisms and also against other pathogens. Further evaluation of multiplex PCR was undertaken on 50 natural samples of chicken, eggs and poultry litter and results compared with conventional culture isolation and identification procedure. The multiplex PCR identified the presence of Salmonella and Shigella strains with a short pre-enrichment step of 5 h in peptone water and the same samples were processed by conventional procedures for comparison. Therefore, this reported multiplex PCR can serve as an alternative to the tedious time-consuming procedure of culture and identification in food safety laboratories.