Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly / Novo mapeamento de mutações patogênicas do gene ASPM em famílias consanguíneas com microcefalia primária do Paquistão

Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be "disease causing", with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.

Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser "causador de doenças", com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly

Abstract Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be disease causing, with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.

Resumo Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser causador de doenças, com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly / Novo mapeamento de mutações patogênicas do gene ASPM em famílias consanguíneas com microcefalia primária do Paquistão

Abstract Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be "disease causing," with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.

Resumo Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser "causador de doenças", com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly / Novo mapeamento de mutações patogênicas do gene ASPM em famílias consanguíneas com microcefalia primária do Paquistão

Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be "disease causing", with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.(AU)

Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser "causador de doenças", com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.(AU)

Genetic diversity of Anaplasma marginale in calves under natural transmission conditions in the Northeast region of Pará / Diversidade genética de Anaplasma marginale em bezerros sob condições de transmissão natural na região Nordeste do Pará

The objective of the present study was to detect the genetic diversity of Anaplasma marginale strains in naturally infected calves from a rural property located in the northeastern region of the state of Pará, Eastern Amazon, which has a history of mortality due to anaplasmosis. Fourteen calves positive for A. marginale were selected using a semi-nested polymerase chain reaction for the target msp1α gene, with asymptomatic (n=3) and symptomatic (n=11) infections. After sequencing the samples, two genotypes were verified in the E and C regions and the structures in tandem repeats were determined. Nine different strains were found: eight related to the E genotype (α-ß-ß-Γ = one animal, asymptomatic; 16-F-17-F-F = two animals, symptomatic; α-ß-F-F-F-F = one animal, asymptomatic; 31-62-62-61 = one animal, symptomatic; τ-10-3 = three animals, two symptomatic and one asymptomatic; α-ß-ß-ß = one animal, symptomatic; τ-22 -13-18 = two animals, both symptomatic; ß-ß-ß-BRA1-31 = two animals, both symptomatic), and one related to genotype C (23-24-25-31-27-27 = one animal, asymptomatic). Genotype E was predominant in 92.86% of the samples (13/14), followed by genotype C (7.14%). This study made it possible to detect the genetic diversity of A. marginale in calves from the selected dairy farm, in addition to identifying the BRA1 sequence in the animals of the present study, which was recently diagnosed in Minas Gerais, demonstrating the dispersion of A. marginale strains in herds from different Brazilian states. Genetic diversity of A. marginale was observed in both symptomatic and asymptomatic calves. There were no significant differences when clinical signs were compared to the genotype verified in the infected animals. The prevalence of pathogenicity was not observed.

O objetivo do presente trabalho foi detectar a diversidade genética de cepas de Anaplasma marginale em bezerros naturalmente infectados oriundos de uma propriedade rural localizada na região nordeste do estado do Pará, Amazônia Oriental, a qual apresentava histórico de mortalidade devido à anaplasmose. Foram selecionados 14 bezerros positivos para A. marginale pela técnica de semi-nested PCR (nPCR) para o alvo no gene msp1α, com infecção assintomática (n=3) e sintomáticos (n=11). Após o sequenciamento das amostras foram verificados dois genótipos nas regiões E e C, e determinadas as estruturas em tandem repeats. Nove diferentes estirpes foram encontradas, sendo oito relacionadas ao genótipo E (α-ß-ß-Γ = um animal, assintomático; 16-F-17-F-F = dois animais, sintomáticos; α-ß-F-F-F-F = um animal, assintomático; 31-62-62-61 = um animal, sintomático; τ-10-3 = três animais, dois sintomáticos e um assintomático; α-ß-ß-ß = um animal, sintomático; τ-22-13-18 = dois animais, sintomáticos; ß-ß-ß-BRA1-31 = dois animais, sintomáticos) e uma relacionada ao genótipo C (23-24-25-31-27-27 = um animal, assintomático). O genótipo E foi predominante em 92,86% das amostras (13/14), seguido pelo genótipo C (7,14%). O estudo possibilitou a detecção da diversidade genética de A. marginale em bezerros dessa propriedade leiteira, além de identificar a sequência BRA1 nos animais do presente estudo, a qual foi diagnosticada recentemente em Minas Gerais, o que demonstra a dispersão das estirpes de A. marginale nos rebanhos de diferentes estados brasileiros. A diversidade genética de A. marginale foi observada tanto em bezerros sintomáticos quanto em assintomáticos e não houve diferença significativa quando se comparou os sinais clínicos ao genótipo verificado no animal infectado, não observando a prevalência de patogenicidade de estirpes.

Ehlers-Danlos syndrome in a crossbreed cat / Síndrome de Ehlers-Danlos em um gato mestiço

The Ehlers-Danlos syndrome (EDS) consists of a group of diseases characterized by defective collagen production or failure in its organization, resulting in changes in the strength and extensibility of connective tissue. This report describes the dermatological and histological findings observed in a 3-month-old crossbreed cat with rupture and detachment of skin in the thoracic limb and rupture of the skin in the cervical region. Upon dermatological examination, the cat presented fragile and hyperextensible skin in the cervical region and a skin extensibility index of 21%. Histopathological evaluation of the skin specimens revealed evident disorganization of collagen bundles in dermis and in the Masson's trichrome staining, follicular dysplasia was found. The presumptive diagnosis of EDS was made based on the clinical and histopathological findings. Sanger sequencing did not detect any mutated alleles for the c.3420delG mutation in COL5A1 gene, which was an autosomal dominant mutation previously been associated with Ehlers-Danlos syndrome in cats. The absence of this mutation in the reported cat suggests that other mutation may also be responsible for the development of cutaneous asthenia in this or maybe other genes related to collagen metabolism.

A síndrome de Ehlers-Danlos (EDS) consiste em um conjunto de doenças caracterizadas pela produção deficiente de colágeno ou falha em sua organização, resultando em alterações na resistência e extensibilidade do tecido conjuntivo. Este relato descreve os achados dermatológicos e histológicos observados em um gato mestiço de três meses de idade com ruptura e descolamento de pele do membro torácico e ruptura da pele na região cervical. Ao exame dermatológico, o gato apresentava pele hiper-extensível, fragilizada na região cervical e índice de extensibilidade cutânea de 21%. A avaliação histopatológica das amostras de pele revelou desorganização evidente dos feixes de colágeno na derme e pela coloração com tricrômico de Masson foi encontrada displasia folicular. O diagnóstico presuntivo de EDS foi realizado com base nos achados clínicos e histopatológicos. O sequenciamento de Sanger não detectou nenhum alelo mutado para a mutação c.3420delG no gene COL5A1, que é uma mutação autossômica dominante previamente associada à síndrome de Ehlers-Danlos em gatos. A ausência dessa mutação no gato relatado sugere que outra mutação também pode ser responsável pelo desenvolvimento de astenia cutânea neste gene ou em outro associado ao metabolismo de colágeno.

Era-like GTP protein gene expression in rice / Expressão do gene da proteína GTP semelhante à era no arroz

The mutations are genetic changes in the genome sequences and have a significant role in biotechnology, genetics, and molecular biology even to find out the genome sequences of a cell DNA along with the viral RNA sequencing. The mutations are the alterations in DNA that may be natural or spontaneous and induced due to biochemical reactions or radiations which damage cell DNA. There is another cause of mutations which is known as transposons or jumping genes which can change their position in the genome during meiosis or DNA replication. The transposable elements can induce by self in the genome due to cellular and molecular mechanisms including hypermutation which caused the localization of transposable elements to move within the genome. The use of induced mutations for studying the mutagenesis in crop plants is very common as well as a promising method for screening crop plants with new and enhanced traits for the improvement of yield and production. The utilization of insertional mutations through transposons or jumping genes usually generates stable mutant alleles which are mostly tagged for the presence or absence of jumping genes or transposable elements. The transposable elements may be used for the identification of mutated genes in crop plants and even for the stable insertion of transposable elements in mutated crop plants. The guanine nucleotide-binding (GTP) proteins have an important role in inducing tolerance in rice plants to combat abiotic stress conditions.

Mutações são alterações genéticas nas sequências do genoma e têm papel significativo na biotecnologia, genética e biologia molecular, até mesmo para descobrir as sequências do genoma de um DNA celular junto com o sequenciamento do RNA viral. As mutações são alterações no DNA que podem ser naturais ou espontâneas e induzidas devido a reações bioquímicas ou radiações que danificam o DNA celular. Há outra causa de mutações, conhecida como transposons ou genes saltadores, que podem mudar sua posição no genoma durante a meiose ou a replicação do DNA. Os elementos transponíveis podem induzir por si próprios no genoma devido a mecanismos celulares e moleculares, incluindo hipermutação que causou a localização dos elementos transponíveis para se moverem dentro do genoma. O uso de mutações induzidas para estudar a mutagênese em plantas cultivadas é muito comum, bem como um método promissor para a triagem de plantas cultivadas com características novas e aprimoradas para a melhoria da produtividade e da produção. A utilização de mutações de inserção por meio de transposons ou genes saltadores geralmente gera alelos mutantes estáveis que são marcados quanto à presença ou ausência de genes saltadores ou elementos transponíveis. Os elementos transponíveis podem ser usados para a identificação de genes mutados em plantas de cultivo e até mesmo para a inserção estável de elementos transponíveis em plantas de cultivo mutadas. As proteínas de ligação ao nucleotídeo guanina (GTP) têm papel importante na indução de tolerância em plantas de arroz para combater as condições de estresse abiótico.

Era-like GTP protein gene expression in rice

Abstract The mutations are genetic changes in the genome sequences and have a significant role in biotechnology, genetics, and molecular biology even to find out the genome sequences of a cell DNA along with the viral RNA sequencing. The mutations are the alterations in DNA that may be natural or spontaneous and induced due to biochemical reactions or radiations which damage cell DNA. There is another cause of mutations which is known as transposons or jumping genes which can change their position in the genome during meiosis or DNA replication. The transposable elements can induce by self in the genome due to cellular and molecular mechanisms including hypermutation which caused the localization of transposable elements to move within the genome. The use of induced mutations for studying the mutagenesis in crop plants is very common as well as a promising method for screening crop plants with new and enhanced traits for the improvement of yield and production. The utilization of insertional mutations through transposons or jumping genes usually generates stable mutant alleles which are mostly tagged for the presence or absence of jumping genes or transposable elements. The transposable elements may be used for the identification of mutated genes in crop plants and even for the stable insertion of transposable elements in mutated crop plants. The guanine nucleotide-binding (GTP) proteins have an important role in inducing tolerance in rice plants to combat abiotic stress conditions.

Resumo Mutações são alterações genéticas nas sequências do genoma e têm papel significativo na biotecnologia, genética e biologia molecular, até mesmo para descobrir as sequências do genoma de um DNA celular junto com o sequenciamento do RNA viral. As mutações são alterações no DNA que podem ser naturais ou espontâneas e induzidas devido a reações bioquímicas ou radiações que danificam o DNA celular. Há outra causa de mutações, conhecida como transposons ou genes saltadores, que podem mudar sua posição no genoma durante a meiose ou a replicação do DNA. Os elementos transponíveis podem induzir por si próprios no genoma devido a mecanismos celulares e moleculares, incluindo hipermutação que causou a localização dos elementos transponíveis para se moverem dentro do genoma. O uso de mutações induzidas para estudar a mutagênese em plantas cultivadas é muito comum, bem como um método promissor para a triagem de plantas cultivadas com características novas e aprimoradas para a melhoria da produtividade e da produção. A utilização de mutações de inserção por meio de transposons ou genes saltadores geralmente gera alelos mutantes estáveis que são marcados quanto à presença ou ausência de genes saltadores ou elementos transponíveis. Os elementos transponíveis podem ser usados para a identificação de genes mutados em plantas de cultivo e até mesmo para a inserção estável de elementos transponíveis em plantas de cultivo mutadas. As proteínas de ligação ao nucleotídeo guanina (GTP) têm papel importante na indução de tolerância em plantas de arroz para combater as condições de estresse abiótico.

Era-like GTP protein gene expression in rice / Expressão do gene da proteína GTP semelhante à era no arroz

The mutations are genetic changes in the genome sequences and have a significant role in biotechnology, genetics, and molecular biology even to find out the genome sequences of a cell DNA along with the viral RNA sequencing. The mutations are the alterations in DNA that may be natural or spontaneous and induced due to biochemical reactions or radiations which damage cell DNA. There is another cause of mutations which is known as transposons or jumping genes which can change their position in the genome during meiosis or DNA replication. The transposable elements can induce by self in the genome due to cellular and molecular mechanisms including hypermutation which caused the localization of transposable elements to move within the genome. The use of induced mutations for studying the mutagenesis in crop plants is very common as well as a promising method for screening crop plants with new and enhanced traits for the improvement of yield and production. The utilization of insertional mutations through transposons or jumping genes usually generates stable mutant alleles which are mostly tagged for the presence or absence of jumping genes or transposable elements. The transposable elements may be used for the identification of mutated genes in crop plants and even for the stable insertion of transposable elements in mutated crop plants. The guanine nucleotide-binding (GTP) proteins have an important role in inducing tolerance in rice plants to combat abiotic stress conditions.

Mutações são alterações genéticas nas sequências do genoma e têm papel significativo na biotecnologia, genética e biologia molecular, até mesmo para descobrir as sequências do genoma de um DNA celular junto com o sequenciamento do RNA viral. As mutações são alterações no DNA que podem ser naturais ou espontâneas e induzidas devido a reações bioquímicas ou radiações que danificam o DNA celular. Há outra causa de mutações, conhecida como transposons ou genes saltadores, que podem mudar sua posição no genoma durante a meiose ou a replicação do DNA. Os elementos transponíveis podem induzir por si próprios no genoma devido a mecanismos celulares e moleculares, incluindo hipermutação que causou a localização dos elementos transponíveis para se moverem dentro do genoma. O uso de mutações induzidas para estudar a mutagênese em plantas cultivadas é muito comum, bem como um método promissor para a triagem de plantas cultivadas com características novas e aprimoradas para a melhoria da produtividade e da produção. A utilização de mutações de inserção por meio de transposons ou genes saltadores geralmente gera alelos mutantes estáveis que são marcados quanto à presença ou ausência de genes saltadores ou elementos transponíveis. Os elementos transponíveis podem ser usados para a identificação de genes mutados em plantas de cultivo e até mesmo para a inserção estável de elementos transponíveis em plantas de cultivo mutadas. As proteínas de ligação ao nucleotídeo guanina (GTP) têm papel importante na indução de tolerância em plantas de arroz para combater as condições de estresse abiótico.

Era-like GTP protein gene expression in rice / Expressão do gene da proteína GTP semelhante à era no arroz

The mutations are genetic changes in the genome sequences and have a significant role in biotechnology, genetics, and molecular biology even to find out the genome sequences of a cell DNA along with the viral RNA sequencing. The mutations are the alterations in DNA that may be natural or spontaneous and induced due to biochemical reactions or radiations which damage cell DNA. There is another cause of mutations which is known as transposons or jumping genes which can change their position in the genome during meiosis or DNA replication. The transposable elements can induce by self in the genome due to cellular and molecular mechanisms including hypermutation which caused the localization of transposable elements to move within the genome. The use of induced mutations for studying the mutagenesis in crop plants is very common as well as a promising method for screening crop plants with new and enhanced traits for the improvement of yield and production. The utilization of insertional mutations through transposons or jumping genes usually generates stable mutant alleles which are mostly tagged for the presence or absence of jumping genes or transposable elements. The transposable elements may be used for the identification of mutated genes in crop plants and even for the stable insertion of transposable elements in mutated crop plants. The guanine nucleotide-binding (GTP) proteins have an important role in inducing tolerance in rice plants to combat abiotic stress conditions.(AU)

Mutações são alterações genéticas nas sequências do genoma e têm papel significativo na biotecnologia, genética e biologia molecular, até mesmo para descobrir as sequências do genoma de um DNA celular junto com o sequenciamento do RNA viral. As mutações são alterações no DNA que podem ser naturais ou espontâneas e induzidas devido a reações bioquímicas ou radiações que danificam o DNA celular. Há outra causa de mutações, conhecida como transposons ou genes saltadores, que podem mudar sua posição no genoma durante a meiose ou a replicação do DNA. Os elementos transponíveis podem induzir por si próprios no genoma devido a mecanismos celulares e moleculares, incluindo hipermutação que causou a localização dos elementos transponíveis para se moverem dentro do genoma. O uso de mutações induzidas para estudar a mutagênese em plantas cultivadas é muito comum, bem como um método promissor para a triagem de plantas cultivadas com características novas e aprimoradas para a melhoria da produtividade e da produção. A utilização de mutações de inserção por meio de transposons ou genes saltadores geralmente gera alelos mutantes estáveis que são marcados quanto à presença ou ausência de genes saltadores ou elementos transponíveis. Os elementos transponíveis podem ser usados para a identificação de genes mutados em plantas de cultivo e até mesmo para a inserção estável de elementos transponíveis em plantas de cultivo mutadas. As proteínas de ligação ao nucleotídeo guanina (GTP) têm papel importante na indução de tolerância em plantas de arroz para combater as condições de estresse abiótico.(AU)

A five-year surveillance study of vaccination schedules using viral-vectored vaccines against infectious laryngotracheitis in a high-density layer region / Cinco anos de monitoramento de esquemas vacinais com vacinas virais vetorizadas contra laringotraqueíte infecciosa em uma região altamente povoada por galinhas poedeiras

The effectiveness of vectored recombinant vaccines to control infectious laryngotracheitis (ILT) in chickens from a region (State of Minas Gerais, Brazil) with ~10 million layers was evaluated under field conditions from 2014-2018. During this period, only recombinant turkey herpesvirus (rHVT) or fowl poxvirus (rFPV) vaccines that express antigens of infectious laryngotracheitis virus (Gallid herpesvirus-1; GaHV-1) were used. Layer chickens (n=1,283), from eight different egg-producing companies, were individually sampled and examined (active surveillance), and in instances when government poultry health veterinarians were notified due to respiratory disease (passive surveillance). Clinical, macroscopic, and histopathology examinations were performed to diagnose ILT as well as molecular techniques for the detection and characterization of the GaHV-1 DNA from the trachea and trigeminal ganglia (TG). The layer hens sampled and examined belonged to flocks and farms that used different vaccination protocols (non-vaccinated, single dose vaccination, and prime/ boost vaccination). This is the first long-term field study of the effectiveness of ILT vectored vaccines in a high-density multiple age layer hen region. Using various diagnostic methods, the occurrence of GaHV-1 infection and ILT clinical disease in layer hens vaccinated with vectored recombinant vaccines in one quarantined region of Brazil were investigated. The number of ILTV positive chickens by PCR and ILT clinical disease cases was lower in farms when all chickens were vaccinated with at least one vaccine. However, the difference in the detection rates of GaHV-1 infection was significant only when compared farms with prime/ boost and farms using single dose of HTV-LT.

A efetividade das vacinas recombinantes vetorizadas para o controle da laringotraqueíte infecciosa (LTI) nas aves de uma região (Minas Gerais, Brasil) com aproximadamente 10 milhões de poedeiras foi avaliada em condições de campo, no período de 2014 a 2018. Durante este período, somente as vacinas recombinantes "turkey herpesvirus" (rHVT) ou "fowl poxvirus" (rFPV), que expressam antígenos do vírus da laringotraqueíte (Gallid herpesvirus-1; GaHV-1) foram utilizadas. Galinhas poedeiras (n=1.283), de oito diferentes granjas produtoras de ovos, foram individualmente amostradas e examinadas por monitoramento ativo e, na ocorrência de notificação de doença respiratória aos veterinários do serviço oficial, por monitoramento passivo. Exames clínicos, macroscópicos e histopatológicos foram realizados para o diagnóstico de LTI, bem como técnicas moleculares para a detecção e caracterização do DNA de GaHV-1 da traqueia e gânglio trigêmeo. As galinhas poedeiras pertenciam a lotes e granjas que usavam diferentes protocolos de vacinação (não vacinadas, uma dose ou tipo de vacina e duas doses ou tipos de vacina). Este é o primeiro longo estudo a campo sobre a efetividade das vacinas vetorizadas em uma região com população elevada de poedeiras de múltiplas idades. Utilizando vários métodos de diagnóstico, a ocorrência da infecção por GaHV-1 e a LTI clínica em poedeiras de uma região interditada do Brasil foi investigada. O número de galinhas positivas para o vírus GaHV-1 e para casos clínicos de LTI nas granjas foi menor quando todas as aves estavam vacinadas com, pelo menos, um tipo ou dose de vacina. Entretanto, a diferença na taxa de detecção da infecção por GaHV-1 foi significativa somente quando a comparação foi realizada entre granjas com aves vacinadas com duas doses e aves de granjas vacinadas com uma única dose de HVT-LT.

Genital infection by Aerococcus viridans in a captive african elephant (Loxodonta africana) / Infecção genital por Aerococcus viridans em um elefante africano em cativeiro (Loxodonta africana)

Aerococcus viridans is an emerging pathogen for humans and livestock animals, mainly associated with genitourinary infections cases. Its occurrence in wild mammals has never been reported. The aim of this study was to determine the etiological agent associated with clinical a case of a genital infection in a female African elephant (Loxodonta africana). Phylogenetic analysis and antimicrobial susceptibility profile of the isolate were also addressed. The animal presented frequent cases of genital infection with intermittent white secretion. Purulent secretion was sampled and submitted to bacteriological exam. The isolate obtained was thus identified by phenotypic and molecular methods as A. viridans and was found to be similar to human pathogenic isolates in BLASTn and phylogenetic analysis. The isolate was sensitive to almost all antimicrobials evaluated, presenting resistance to ciprofloxacin and norfloxacin. This is the first report of occurrence of A. viridans infection in the genital tract of an African elephant.(AU)

Aerococcus viridans é um patógeno emergente para seres humanos e animais de produção, principalmente associado a casos de infecções geniturinárias. Sua ocorrência em mamíferos selvagens nunca foi relatada. O objetivo deste estudo foi determinar o agente etiológico associado a um caso clínico de infecção genital em uma fêmea de elefante africano (Loxodonta africana). Análises filogenéticas e perfil de susceptibilidade antimicrobiana do isolado também foram avaliados. O animal apresentou casos frequentes de infecção genital com eliminação de secreção branca intermitente. A secreção purulenta foi coletada e submetida a exame bacteriológico. O isolado obtido foi identificado por métodos fenotípicos e moleculares como A. viridans e apresentou alta similaridade a isolados humanos patogênicos nas análises de BLASTn e filogenética. O isolado foi sensível a quase todos os antimicrobianos avaliados, apresentando resistência à ciprofloxacina e norfloxacina. Este é o primeiro relato de ocorrência de infecção por A. viridans no trato genital de elefante africano.(AU)

Investigation of the effects of some phytochemicals on Yersinia ruckeri and antimicrobial resistance

Abstract In this study, it is aimed to investigate the effects of Moringa oleifera and Sorbus domestica plant extracts on bacterial disease agents Yersinia ruckeri in aquaculture. Morphological and biochemical properties of 2 different Y. ruckeri isolates were determined. Then, Real-Time PCR analysis and gene sequencing of the isolates were identified. Phytochemicals (M. oleifera and S. domestica) and antibiotics (Oxytetracycline (OX) and Enrofloxacin (ENR)) were used together in the antibiogram test of antibiotics compared to the effect status of antibiotics. Also, the effects of phytochemicals on Y. ruckeri growth was examined comparatively by spectrophotometrically measuring at 600 nm wavelength every 2 hours according to bacterial growth densities with 10 different groups formed on TSB medium. As a result of the study, it was observed that the isolates formed Gram negative, catalase positive, oxidase negative, mobile and typical Y. ruckeri colonies. After the biochemical tests performed with Microgen ID panel, 99.85% similarity was determined. The isolates overlap with the 16S rRNA gene region after sequence analysis, and 99% of the isolates were similar in phylogenetic analysis. After the antibiogram test, Oxytetracycline and Enrofloxacin antibiotics were resistant to Y. ruckeri but the effects of phytochemicals were less on solid medium (MHA). As a result of the measurements carried out in liquid medium (TSB), it was observed that phytochemicals such as M. oliefera and S. domestica inhibit the growth of bacteria by 40-50%. As the importance of antibiotic resistance is increasing day by day, we believe that these phytochemicals will give positive results in treatment instead of using antibiotics.

Resumo Neste estudo, objetiva-se investigar os efeitos dos extratos de plantas de Moringa oleifera e Sorbus domestica sobre agentes bacterianos Yersinia ruckeri na aquicultura. Foram determinadas as propriedades morfológicas e bioquímicas de 2 isolados diferentes de Y. ruckeri. Em seguida, a análise de PCR em tempo real e o seqüenciamento genético dos isolados foram identificados. Fitoquímicos (M. oleifera e S. domestica) e antibióticos (Oxitetraciclina e Enrofloxacina) foram usados juntos no teste de antibiograma dos antibióticos em comparação com o status de efeito dos antibióticos. Além disso, os efeitos dos fitoquímicos no crescimento de Y. ruckeri foram examinados comparativamente por medição espectrofotométrica no comprimento de onda de 600 nm a cada 2 horas de acordo com as densidades de crescimento bacteriano com 10 grupos diferentes formados no meio TSB. Como resultado do estudo, observou-se que os isolados formaram colônias Gram-negativas, catalase-positivas, oxidase-negativas, móveis e típicas de Y. ruckeri. Após os testes bioquímicos realizados com o painel Microgen ID, foi determinada uma similaridade de 99,85%. Os isolados se sobrepõem à região do gene 16S rRNA após a análise da sequência e 99% dos isolados foram semelhantes na análise filogenética. Após o teste do antibiograma, os antibióticos Oxitetraciclina e Enrofloxacina foram resistentes a Y. ruckeri, mas os efeitos dos fitoquímicos foram menores no meio sólido (MHA). Como resultado das medições realizadas em meio líquido (TSB), observou-se que os fitoquímicos inibem o crescimento de bactérias em 40-50%. Como a importância da resistência aos antibióticos está aumentando dia a dia, acreditamos que as plantas que são mais alternativas e mais adequadas para o uso de antibióticos hoje em dia darão resultados positivos no tratamento.

Investigation of the effects of some phytochemicals on Yersinia ruckeri and antimicrobial resistance / Investigação dos efeitos de alguns fitoquímicos em Yersinia ruckeri e resistência antimicrobiana

In this study, it is aimed to investigate the effects of Moringa oleifera and Sorbus domestica plant extracts on bacterial disease agents Yersinia ruckeri in aquaculture. Morphological and biochemical properties of 2 different Y. ruckeri isolates were determined. Then, Real-Time PCR analysis and gene sequencing of the isolates were identified. Phytochemicals (M. oleifera and S. domestica) and antibiotics (Oxytetracycline (OX) and Enrofloxacin (ENR)) were used together in the antibiogram test of antibiotics compared to the effect status of antibiotics. Also, the effects of phytochemicals on Y. ruckeri growth was examined comparatively by spectrophotometrically measuring at 600 nm wavelength every 2 hours according to bacterial growth densities with 10 different groups formed on TSB medium. As a result of the study, it was observed that the isolates formed Gram negative, catalase positive, oxidase negative, mobile and typical Y. ruckeri colonies. After the biochemical tests performed with Microgen ID panel, 99.85% similarity was determined. The isolates overlap with the 16S rRNA gene region after sequence analysis, and 99% of the isolates were similar in phylogenetic analysis. After the antibiogram test, Oxytetracycline and Enrofloxacin antibiotics were resistant to Y. ruckeri but the effects of phytochemicals were less on solid medium (MHA). As a result of the measurements carried out in liquid medium (TSB), it was observed that phytochemicals such as M. oliefera and S. domestica inhibit the growth of bacteria by 40-50%. As the importance of antibiotic resistance is increasing day by day, we believe that these phytochemicals will give positive results in treatment instead of using antibiotics.(AU)

Neste estudo, objetiva-se investigar os efeitos dos extratos de plantas de Moringa oleifera e Sorbus domestica sobre agentes bacterianos Yersinia ruckeri na aquicultura. Foram determinadas as propriedades morfológicas e bioquímicas de 2 isolados diferentes de Y. ruckeri. Em seguida, a análise de PCR em tempo real e o seqüenciamento genético dos isolados foram identificados. Fitoquímicos (M. oleifera e S. domestica) e antibióticos (Oxitetraciclina e Enrofloxacina) foram usados juntos no teste de antibiograma dos antibióticos em comparação com o status de efeito dos antibióticos. Além disso, os efeitos dos fitoquímicos no crescimento de Y. ruckeri foram examinados comparativamente por medição espectrofotométrica no comprimento de onda de 600 nm a cada 2 horas de acordo com as densidades de crescimento bacteriano com 10 grupos diferentes formados no meio TSB. Como resultado do estudo, observou-se que os isolados formaram colônias Gram-negativas, catalase-positivas, oxidase-negativas, móveis e típicas de Y. ruckeri. Após os testes bioquímicos realizados com o painel Microgen ID, foi determinada uma similaridade de 99,85%. Os isolados se sobrepõem à região do gene 16S rRNA após a análise da sequência e 99% dos isolados foram semelhantes na análise filogenética. Após o teste do antibiograma, os antibióticos Oxitetraciclina e Enrofloxacina foram resistentes a Y. ruckeri, mas os efeitos dos fitoquímicos foram menores no meio sólido (MHA). Como resultado das medições realizadas em meio líquido (TSB), observou-se que os fitoquímicos inibem o crescimento de bactérias em 40-50%. Como a importância da resistência aos antibióticos está aumentando dia a dia, acreditamos que as plantas que são mais alternativas e mais adequadas para o uso de antibióticos hoje em dia darão resultados positivos no tratamento.(AU)

Desenho de primers e estudo da estrutura genética em pepino do mar / Primers drawing and structure study genetics in pepino sea cucumbers

Os pepinos do mar são equinodermatas muito importantes tanto ecologicamente quanto economicamente. A exploração desse animal, principalmente de espécimes de Holothuria grisea, tem aumentado devido à recente descoberta de moléculas bioativas de interesse para a indústria farmacêutica. O objetivo desse trabalho foi identificar microssatélites que podem ser interessantes para o manejo reprodutivo e populacional dessa espécie. Para isso foi utilizado sequenciamento de nova geração seguido de identificação pelo software SSR pipeline. Foram identificados 3 microssatélites para loci diferentes, sendo um com possível aplicação na diferenciação sexual entre espécimes, além de variabilidade genética populacional bem conservada.

Sea cucumbers are very important echinodermata both ecologically and economically. The exploitation of this animal, mainly of Holothuria grisea specimens, has increased due to the recent discovery of bioactive molecules of interest for the pharmaceutical industry. The objective of this work was to identify microsatellites that may be interesting for the reproductive and population management of this species. For this, new generation sequencing was used followed by identification by the SSR pipeline software. Three microsatellites were identified for different loci, one with possible application in the sexual differentiation between specimens, in addition to well conserved population genetic variability.

Desenho de primers e estudo da estrutura genética em pepino do mar / Primers drawing and structure study genetics in pepino sea cucumbers

Os pepinos do mar são equinodermatas muito importantes tanto ecologicamente quanto economicamente. A exploração desse animal, principalmente de espécimes de Holothuria grisea, tem aumentado devido à recente descoberta de moléculas bioativas de interesse para a indústria farmacêutica. O objetivo desse trabalho foi identificar microssatélites que podem ser interessantes para o manejo reprodutivo e populacional dessa espécie. Para isso foi utilizado sequenciamento de nova geração seguido de identificação pelo software SSR pipeline. Foram identificados 3 microssatélites para loci diferentes, sendo um com possível aplicação na diferenciação sexual entre espécimes, além de variabilidade genética populacional bem conservada.(AU)

Sea cucumbers are very important echinodermata both ecologically and economically. The exploitation of this animal, mainly of Holothuria grisea specimens, has increased due to the recent discovery of bioactive molecules of interest for the pharmaceutical industry. The objective of this work was to identify microsatellites that may be interesting for the reproductive and population management of this species. For this, new generation sequencing was used followed by identification by the SSR pipeline software. Three microsatellites were identified for different loci, one with possible application in the sexual differentiation between specimens, in addition to well conserved population genetic variability.(AU)

Genetic and taxonomic relationships of five species of Rallidae (Aves: Gruiformes) based on mitochondrial cytochrome oxidase subunit I sequences / Relações genéticas e taxonômicas de cinco espécies de Rallidae (Aves: Gruiformes) com base em sequências de subunidade I da citocromo oxidase mitochondrial

This is the first study to detection the genetic relationship between Porphyrio alleni and four Rallidae species: Fulica atra, Gallinulla angulata, Gallinulla chloropus and Porphyrio porphyrio. Mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) sequences were used as an effective marker in this study. DNA of Rallidae species were extracted, amplified using polymerase chain reaction (PCR) and then sequenced. The results obtained from information based on COI sequences revealed that Gallinulla angulata and Gallinulla chloropus fall into two separate clades and they are not monophyletic. This suggests that, two moorhens could not be laid into the same genus. In addition, Porphyrio porphyrio was included in the same genus with Porphyrio alleni but they were situated in two different clades. Porphyrio alleni was more related to Gallinulla angulate, Gallinulla chloropus and Fulica atra than Porphyrio porphyrio. It was concluded that, the mitochondrial gene COI can aid in the differentiation of studied species and finding genetic relationships between them.(AU)

Este é o primeiro estudo para a detecção da relação genética entre Porphyrio alleni e quatro espécies de Rallidae: Fulica atra, Gallinulla angulata, Gallinulla chloropus e Porphyrio porphyrio. As seqüências desubunidade i (COI) do citocromo oxidase foram usadas como marcador efetivo neste estudo. O DNA dasespécies Rallidae foi extraído, amplificado e usado na reação de cadeia da polimerase (polymerase chainreaction- PCR) e sequenciado então. Os resultados obtidos a partir de informações baseadas em sequênciasCOI revelaram que Gallinulla angulata e Gallinulla chloropus caem em dois clades separados e eles não sãomonofiléticos. Isto sugere que duas galinhas dágua não puderam ser colocadas no mesmo gênero. Alémdisso, Porphyrio porphyrio incluído no mesmo gênero que Porphyrio alleni, mas eles estavam situados em doisclades diferentes. Porphyrio alleni estava mais relacionado com Gallinulla angulata, Gallinulla chloropus e Fulicaatra do que com Porphyrio porphyrio. Concluiu-se que o gene mitocondrial COI pode ajudar na diferenciação de espécies estudadas e encontrar relações genéticas entre elas.(AU)

Primer design for complete sequencing of the Avastrovirus ORF2 gene / Desenho de primers para o sequenciamento completo do gene ORF2 em Avastrovirus

Avastrovirus infection is associated with enteric disease, nephritis, and hepatitis in birds. In this study, we present a protocol for the complete sequencing of the ORF2 gene of avian nephritis virus (ANV), chicken astrovirus (CAstV), and turkey astrovirus type 1 (TAstV-1) using a conventional Sanger technique. Previously and newly designed primer pairs targeting both the conserved flanking and internal regions of the ORF2 gene of these three viruses were used. The information derived from the astroviral sequences obtained in this study is fundamental for characterizing this virus and providing data regarding several aspects of disease epidemiology and prevention.

As infecções por avastrovírus estão associados à doença entérica, nefrite e hepatite em aves. Aqui, nos presentamos um protocolo planejado para o sequenciamento completo do gene ORF2 em Avian Nephritis Vírus (ANV), Chicken Astrovirus (CAstV) e Turkey Astrovirus tipo 1 (TAstV-1), usando a técnica de sequenciamento convencional de Sanger. Foram usados primers previamente descritos e desenhados neste estudo, tendo como alvo as regiões conservadas flanqueadoras e internas dentro do gene ORF2 nos três vírus. O conhecimento destas sequencias é um elemento chave para caracterizar o vírus e prover de dados em diversos aspectos da epidemiologia e prevenção da doença.

Diferenciação morfométrica entre larvas de Amblyomma sculptum Berlese, 1888 e Amblyomma dubitatum Neumann, 1899 / Morphometric differentiation between larvae of Amblyomma sculptum Berlese, 1888 and Amblyomma dubitatum Neumann, 1899

Os carrapatos estão envolvidos em processos biológicos de uma grande variedade de organismos patogênicos. O gênero Amblyomma é o de maior importância médica, com a espécie Amblyomma sculptum Berlese, 1888 envolvida no ciclo de transmissão da febre maculosa brasileira (FMB). Neste estudo, objetivou-se a validação molecular para uma diferenciação na característica morfométrica e no tamanho de idiossoma de larvas de duas espécies de carrapatos, Amblyomma dubitatum Neumann, 1899 e A. sculptum. Larvas não alimentadas foram coletadas em duas áreas de transmissão para FMB, por meio da técnica de armadilha atrativa de CO2. Foram identificadas em nível de espécie por morfometria comparativa, análise molecular por PCR e sequenciamento genômico, com validação pela análise de concordância pelo teste Kappa. As larvas de A. dubitatum apresentaram um comprimento significativamente maior que as larvas de A. sculptum. Embora nenhuma outra espécie do gênero Amblyomma tenha sido testada neste estudo, essa técnica poderá ser utilizada nos locais onde levantamentos acarológicos prévios, baseados nos estádios de ninfa e adultos, indicaram a presença de apenas A. sculptum e A. dubitatum, geralmente mantidos por capivaras. Digno de nota, essa condição é muito comum ao longo das áreas endêmicas para FMB na região Sudeste do Brasil.(AU)

Ticks are involved in biological processes of a wide variety of pathogenic organisms. The genus Amblyomma presents the greatest medical importance, with the species Amblyomma sculptum Berlese, 1888 involved in the transmission cycle of Brazilian Spotted Fever (BSF). In this study, we performed a molecular validation of the morphometric differentiation based on the idiosomal length of the larvae of A. dubitatum and A. sculptum. Unfed larvae were collected in two BSF-transmission areas, using the attractive CO2 trap technique. Larvae were identified at the species level by comparative morphometry, molecular analysis by PCR and genomic sequencing, with validation through agreement analysis by the Kappa test. The larvae of A. dubitatum showed a significantly longer idiosomal length than A. sculptum larvae. Although no other species of the genus Amblyomma has been tested in this study, this technique can be applied to places where previous acarological surveillances based on adult and nymphal ticks stages have indicated the presence of only A. sculptum and A. dubitatum, usually sustained by capybaras. Noteworthy, this condition is very common among many BSF-endemic areas in southeastern Brazil.(AU)

Diferenciação morfométrica entre larvas de Amblyomma sculptum Berlese, 1888 e Amblyomma dubitatum Neumann, 1899 / Morphometric differentiation between larvae of Amblyomma sculptum Berlese, 1888 and Amblyomma dubitatum Neumann, 1899

Os carrapatos estão envolvidos em processos biológicos de uma grande variedade de organismos patogênicos. O gênero Amblyomma é o de maior importância médica, com a espécie Amblyomma sculptum Berlese, 1888 envolvida no ciclo de transmissão da febre maculosa brasileira (FMB). Neste estudo, objetivou-se a validação molecular para uma diferenciação na característica morfométrica e no tamanho de idiossoma de larvas de duas espécies de carrapatos, Amblyomma dubitatum Neumann, 1899 e A. sculptum. Larvas não alimentadas foram coletadas em duas áreas de transmissão para FMB, por meio da técnica de armadilha atrativa de CO2. Foram identificadas em nível de espécie por morfometria comparativa, análise molecular por PCR e sequenciamento genômico, com validação pela análise de concordância pelo teste Kappa. As larvas de A. dubitatum apresentaram um comprimento significativamente maior que as larvas de A. sculptum. Embora nenhuma outra espécie do gênero Amblyomma tenha sido testada neste estudo, essa técnica poderá ser utilizada nos locais onde levantamentos acarológicos prévios, baseados nos estádios de ninfa e adultos, indicaram a presença de apenas A. sculptum e A. dubitatum, geralmente mantidos por capivaras. Digno de nota, essa condição é muito comum ao longo das áreas endêmicas para FMB na região Sudeste do Brasil.(AU)

Ticks are involved in biological processes of a wide variety of pathogenic organisms. The genus Amblyomma presents the greatest medical importance, with the species Amblyomma sculptum Berlese, 1888 involved in the transmission cycle of Brazilian Spotted Fever (BSF). In this study, we performed a molecular validation of the morphometric differentiation based on the idiosomal length of the larvae of A. dubitatum and A. sculptum. Unfed larvae were collected in two BSF-transmission areas, using the attractive CO2 trap technique. Larvae were identified at the species level by comparative morphometry, molecular analysis by PCR and genomic sequencing, with validation through agreement analysis by the Kappa test. The larvae of A. dubitatum showed a significantly longer idiosomal length than A. sculptum larvae. Although no other species of the genus Amblyomma has been tested in this study, this technique can be applied to places where previous acarological surveillances based on adult and nymphal ticks stages have indicated the presence of only A. sculptum and A. dubitatum, usually sustained by capybaras. Noteworthy, this condition is very common among many BSF-endemic areas in southeastern Brazil.(AU)