Econometric Analysis of China-ECOWAS agricultural products trade / Análise econométrica do comércio de produtos agrícolas China-CEDEAO

ABSTRACT: Agriculture trade remains the economic fulcrum of most African countries as the continent continues to host the largest percent of arable land. This research analyzed the Economic Community of West African States (ECOWAS) and China's agricultural products trade determinants based on 19 years (2000-2018) panel dataset of West African countries aggregate agricultural products exports ($) and macroeconomic variables; GDP, population, arable land, language investment, and trade association(WTO)) as predictors. The PPML estimation method was employed due to its prediction accuracy, the size of the data, and potential hetroskadacity issues. With a 78.5% prediction power, the model explained the variation in ECOWAS-China agricultural trade (Exports). GDPj, lnPOPj, lnPOPi, and lnARLj, LndLj, ConfInsj, and WTOij were positive and statistically significant determinants of trade as hypothesized by existing trade literature. In addition, the China's population (lnPOPj) had a value of 0.5877, which is significant at the 5% level, indicating that a 1% increase in the Chinese population significantly increases trade in agricultural products with ECOWAS states. The coefficient of distance (Dij) is -4.4573 statistically significant at the 1% level, indicating that distance between partners impedes trade flow. There are unidentified barriers that delay the progress of trade in agricultural products between ECOWAS and China. Based on the above findings, Investments in ECOWAS arable lands demand urgent attention if significant progress in exports is expected, additionally, governments of both partners should assist Agricultural research and development to identify and rectify stifling trade barriers. Furthermore, as trade between ECOWAS and China has not yet reached its full peak, studies on export determinants of individual Agro-commodities and potentials are needed to enrich literature.

RESUMO: O comércio agrícola continua sendo o sustentáculo econômico da maioria dos países africanos, visto que o continente continua a hospedar a maior porcentagem de terras aráveis. Este trabalho analisou os determinantes do comércio de produtos agrícolas de paises do oeste da África ECOWAS e da China com base em um conjunto de dados de painel de 19 anos (2000-2018) dos países da África Ocidental, agregando exportações de produtos agrícolas ($) e variáveis macroeconômicas (PIB, população, terras aráveis, investimento linguístico e associação comercial (OMC)) como preditores. O método de estimativa PPML foi empregado devido à sua precisão de previsão, o tamanho dos dados e possíveis problemas de heteroscedasticidade. Com um poder de previsão de 78,5%, o modelo explicou a variação do comércio agrícola Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO) -China (Exportações). GDPj, lnPOPj, lnPOPi e lnARLj, LndLj, ConfInsj e WTOij foram determinantes positivos e estatisticamente significativos do comércio, conforme hipotetizado pela literatura comercial existente. Além disso, a população chinesa (lnPOPj) teve um valor de 0,5877, o que é significativo ao nível de 5%, indicando que um aumento de 1% na população chinesa aumenta significativamente o comércio de produtos agrícolas com os estados da Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO).O coeficiente de distância (Dij) é -4,4573 estatisticamente significativo no nível de 1%, indicando que a distância entre os parceiros impede o fluxo comercial. Existem barreiras não identificadas que atrasam o progresso do comércio de produtos agrícolas entre a Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO) e a China. Com base nas conclusões acima, os investimentos em terras aráveis da Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO) exigem atenção urgente se houver progresso significativo nas exportações. Além disso, os governos de ambos os parceiros devem ajudar a pesquisa e o desenvolvimento agrícola a identificar e retificar as barreiras comerciais sufocantes. Além disso, como o comércio entre a Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO) e a China ainda não atingiu o seu pico, são necessários estudos sobre os determinantes das exportações de produtos agrícolas individuais e potenciais para enriquecer a literatura.

Presence of selected organochlorine pesticides (OCPs) in sediments and biota of River Satluj, Pakistan: first report / Presença de pesticidas organoclorados selecionados (OCPs) em sedimentos e biota do Rio Satluj, Paquistão: primeiro relatório

In the developed countries, the use of OCPs (organochlorine pesticides) has been banned. However, in South Asia several of them are still in use. In Pakistan and India a constant addition of OCPs into the atmosphere has been indicated by various researchers. In this study levels of selected organochlorine pesticide residues were assessed in sediment and biota collected from four (4) water reservoirs (3 Barrages & 1 Siphon) on the River Satluj Pakistan, along 231 miles (372 km) of River stretch which was further divided into 12 sampling sites. It was aimed to find out the levels of organochlorine pesticide (OCPs) residues in sediments and from selected fish species (Labeo rohita, Wallagu attu, Cyprinus carpio) of the River Satluj Pakistan. The Organochlorine residues (seven pesticides) present in samples of sediments and biota were investigated through multi residue method, using Gas Chromatograph (GC-ECD).In the current study, the concentration of DDT, was investigated in Wallago attu (0.786-3.987 ppb), Labeo rohita (0.779-4.355 ppb) and Cyprinus carpio (1.234-5.654 ppb). DDE was also found in Cyprinus carpio (1.244-6.322 ppb), Wallag attu (0.877-4.221 ppb) and Labeo rohita (2.112-5.897 ppb). Aldrin was not observed in Labeo rohita and Wallago attu. Currently, lindane and DDE was found predominately high in the sediments of study area at SZ-4 (Panjnad Barrage) ranging (2.238-8.226 ppb) and (4.234-6.876 ppb), respectively. Heaptachlor was found only at SZ-4 (Panjnad Barrage) from the sediments with concentration ranging (0.032-234 ppb). In short all other residues investigated were found below the MCL (maximum concentration level) in all the compartments of the study area set by various agencies like WHO/FAO- Codex Alimenterious.

Nos países desenvolvidos, o uso de OCPs (pesticidas organoclorados) foi proibido. No entanto, no sul da Ásia, vários deles ainda estão em uso. No Paquistão e na Índia, uma adição constante de OCPs na atmosfera foi indicada por vários pesquisadores. Neste estudo, os níveis de resíduos de pesticidas organoclorados selecionados foram avaliados em sedimentos e biota coletados de 4 reservatórios de água (3 barragens e 1 sifão) no rio Satluj, Paquistão, ao longo de 231 milhas (372 km) do trecho do rio, que foi posteriormente dividido em 12 locais de amostragem. O objetivo foi descobrir os níveis de resíduos de pesticidas organoclorados (OCPs) em sedimentos e de espécies de peixes selecionadas (Labeo rohita, Wallagu attu, Cyprinus carpio) do rio Satluj, Paquistão. Os resíduos de organoclorados (7 pesticidas) presentes em amostras de sedimentos e biota foram investigados através do método multirresíduos, utilizando cromatógrafo a gás (GC-ECD). No presente estudo, a concentração de DDT foi investigada em Wallago attu (0,786-3,987 ppb ), Labeo rohita (0,779-4,355 ppb) e Cyprinus carpio (1,234-5,654 ppb). DDE também foi encontrado em Cyprinus carpio (1.244-6.322 ppb), Wallag attu (0.877-4.221 ppb) e Labeo rohita (2.112-5.897 ppb). Aldrin não foi observada em Labeo rohita e Wallago attu. Atualmente, lindano e DDE foram encontrados predominantemente altos nos sedimentos da área de estudo em SZ-4 (Panjnad Barrage) variando (2.238-8.226 ppb) e (4.234-6.876 ppb), respectivamente. Heaptacloro foi encontrado apenas em SZ-4 (Panjnad Barrage) dos sedimentos com concentração variando (0,032-234 ppb). Em suma, todos os outros resíduos investigados foram encontrados abaixo do MCL (nível de concentração máxima) em todos os compartimentos da área de estudo definidos por várias agências como a OMS / FAO-Codex Alimenterious.

Ecological structure of aquatic macroinvertebrate communities in the Hauts Plateaux of Northeast Algeria / Estrutura ecológica das comunidades de macroinvertebrados aquáticos nos Hauts Plateaux do nordeste da Argélia

Aquatic macroinvertebrates are integral parts of functioning wetlands, inhabiting a diversity of aquatic ecosystems where communities are spatially structured. Macroinvertebrates of some Mediterranean regions such as North Africa are still not well studied. Here, we study the community structure of benthic macroinvertebrates in four different types of lotic and lentic wetlands in the semiarid Haut Plateaux of Northeast Algeria. Macroinvertebrates and 06 physicochemical parameters were sampled in 12 sites belonging to four types of habitats (lotic river, lentic river, dams, and sebkha [saline lentic water body]) during January-December 2021. Eventually, the character lentic-lotic was the most important variable affecting the affecting invertebrate communities in the Mediterranean region. The results revealed that sebkha and dams had a lower Shannon index than lentic and lotic rivers. Non-metric multidimensional scaling analysis showed a strong overlap between the community composition in lotic and lentic sites . Howeverin the three types of aquatic groups lentic river, dam and lotic habitats showed a strong overlap between the community whereas sebkha was markedly separated. Redundancy analysis showed that water velocity and pH, were the main drivers of community structure of macroinvertebrates, revealed a strong effect with pH (F1,8=4.15, P = 0.001) and water velocity (F1,8= 3.22, P = 0.002) , separating lotic communities from those that inhabited dams, lentic rivers, and sebkhas. As conclusion, this study contributes to the better understanding of the community structure of macroinvertebrates in semiarid North Africa where wetlands have been experiencing high anthropogenic disturbance.

Macroinvertebrados aquáticos são partes integrantes de zonas úmidas em funcionamento, habitando uma diversidade de ecossistemas aquáticos onde as comunidades são espacialmente estruturadas. Os macroinvertebrados de algumas regiões mediterrâneas, como o norte da África, ainda não foram especificamente analisados. Neste trabalho, almejou-se analisar a estrutura da comunidade de macroinvertebrados bentônicos em 4 tipos diferentes de pântanos lóticos e lênticos no semiárido Haut Plateaux do nordeste da Argélia. Os macroinvertebrados e 6 parâmetros físico-químicos foram amostrados mensalmente em 12 locais pertencentes a 4 categorias de habitats diferentes (rio lótico, rio lêntico, barragens e sebkha - corpo de água salina lêntica) de janeiro a dezembro de 2021. Os resultados revelaram que sebkha e barragens tiveram um pH mais baixo do que os rios lênticos e lóticos. A análise de escala multidimensional não-métrica mostrou uma forte sobreposição entre a composição da comunidade em sítios lóticos e lênticos, mas nos 3 tipos de sítios lênticos, barragem e rio lêntico mostraram uma forte sobreposição, enquanto sebkha foi marcadamente separado. A análise de redundância mostrou que a velocidade da água e o pH foram os principais impulsionadores da estrutura da comunidade de macroinvertebrados, separando as comunidades lóticas daquelas que habitavam barragens, rios lênticos e sebkhas. Assim, à guisa de conclusão, este estudo contribui para a melhor compreensão da estrutura da comunidade de macroinvertebrados no semiárido norte da África, onde as zonas úmidas têm sofrido alta perturbação antrópica.

Econometric Analysis of China­ECOWAS agricultural products trad / Análise econométrica do comércio de produtos agrícolas China-CEDEAO

Agriculture trade remains the economic fulcrum of most African countries as the continent continues to host the largest percent of arable land. This research analyzed the Economic Community of West African States (ECOWAS) and China's agricultural products trade determinants based on 19 years (2000-2018) panel dataset of West African countries aggregate agricultural products exports ($) and macroeconomic variables; GDP, population, arable land, language investment, and trade association(WTO)) as predictors. The PPML estimation method was employed due to its prediction accuracy, the size of the data, and potential hetroskadacity issues. With a 78.5% prediction power, the model explained the variation in ECOWAS-China agricultural trade (Exports). GDPj, lnPOPj, lnPOPi, and lnARLj, LndLj, ConfInsj, and WTOij were positive and statistically significant determinants of trade as hypothesized by existing trade literature. In addition, the China's population (lnPOPj) had a value of 0.5877, which is significant at the 5% level, indicating that a 1% increase in the Chinese population significantly increases trade in agricultural products with ECOWAS states. The coefficient of distance (Dij) is -4.4573 statistically significant at the 1% level, indicating that distance between partners impedes trade flow. There are unidentified barriers that delay the progress of trade in agricultural products between ECOWAS and China. Based on the above findings, Investments in ECOWAS arable lands demand urgent attention if significant progress in exports is expected, additionally, governments of both partners should assist Agricultural research and development to identify and rectify stifling trade barriers. Furthermore, as trade between ECOWAS and China has not yet reached its full peak, studies on export determinants of individual Agro-commodities and potentials are needed to enrich literature.

O comércio agrícola continua sendo o sustentáculo econômico da maioria dos países africanos, visto que o continente continua a hospedar a maior porcentagem de terras aráveis. Este trabalho analisou os determinantes do comércio de produtos agrícolas de paises do oeste da África ECOWAS e da China com base em um conjunto de dados de painel de 19 anos (2000-2018) dos países da África Ocidental, agregando exportações de produtos agrícolas ($) e variáveis macroeconômicas (PIB, população, terras aráveis, investimento linguístico e associação comercial (OMC)) como preditores. O método de estimativa PPML foi empregado devido à sua precisão de previsão, o tamanho dos dados e possíveis problemas de heteroscedasticidade. Com um poder de previsão de 78,5%, o modelo explicou a variação do comércio agrícola Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO) -China (Exportações). GDPj, lnPOPj, lnPOPi e lnARLj, LndLj, ConfInsj e WTOij foram determinantes positivos e estatisticamente significativos do comércio, conforme hipotetizado pela literatura comercial existente. Além disso, a população chinesa (lnPOPj) teve um valor de 0,5877, o que é significativo ao nível de 5%, indicando que um aumento de 1% na população chinesa aumenta significativamente o comércio de produtos agrícolas com os estados da Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO).O coeficiente de distância (Dij) é -4,4573 estatisticamente significativo no nível de 1%, indicando que a distância entre os parceiros impede o fluxo comercial. Existem barreiras não identificadas que atrasam o progresso do comércio de produtos agrícolas entre a Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO) e a China. Com base nas conclusões acima, os investimentos em terras aráveis da Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO) exigem atenção urgente se houver progresso significativo nas exportações. Além disso, os governos de ambos os parceiros devem ajudar a pesquisa e o desenvolvimento agrícola a identificar e retificar as barreiras comerciais sufocantes. Além disso, como o comércio entre a Comunidade Económica dos Estados da África Ocidental (CEDEAO) e a China ainda não atingiu o seu pico, são necessários estudos sobre os determinantes das exportações de produtos agrícolas individuais e potenciais para enriquecer a literatura.

Identification by molecular techniques of halophilic bacteria producing important enzymes from pristine area in Campeche, Mexico / Identificação por técnicas moleculares de bactérias halofílicas que produzem enzimas importantes em área intocada de Campeche, México

Abstract Isla Arena is located in the coordinate 20° 70´ N - 90° 45´ W, from Campeche, Mexico. In these estuaries, the ocean mixes with fresh water, and ecosystems are concentrated where petenes and pink flamingos proliferate. Crustaceans and mollusks abound in the sea. Despite its enormous marine wealth, there are no studies carried out on which halophilic microorganisms are present in these waters. In this work, the diversity and structure of the microbial community was investigated through a metagenomics approach and corroborated for sequencing of 16S rRNA genes. It was found that the phylum Fimicutes predominates with more than 50%, in almost the same proportion of the class Bacilli and with almost 41% of relative abundance of the order Bacillales. The sequencing results showed that one of the samples presented a high percentage of similarity (99.75%) using the Nucleotide BLAST program with a peculiar microorganism: Bacillus subtilis. This microorganism is one of the best characterized bacteria among the gram-positive ones. Our results demonstrate that B. subtilis can be an efficient source of proteases, lipases and cellulases, from halophilic microbial communities located in poorly explored areas.

Resumo Isla Arena está localizada na coordenada 20°70'N - 90°45'W, de Campeche, México. Nesses estuários, o oceano se mistura com a água doce e os ecossistemas se concentram onde proliferam petenos e flamingos rosa. Crustáceos e moluscos abundam no mar. Apesar de sua enorme riqueza marinha, não há estudos realizados sobre a presença de microrganismos halofílicos nessas águas. Neste trabalho, a diversidade e estrutura da comunidade microbiana foram investigadas através de uma abordagem metagenômica e corroboradas para o sequenciamento de genes 16S rRNA. Verificou-se que o filo Fimicutes predomina com mais de 50%, quase na mesma proporção da classe Bacilli e com quase 41% de abundância relativa da ordem Bacillales. Os resultados do sequenciamento mostraram que uma das amostras apresentou alto percentual de similaridade (99,75%) pelo programa Nucleotide BLAST com um microrganismo peculiar: Bacillus subtilis. Nossos resultados demonstram que B. subtilis pode ser uma fonte eficiente de proteases, lipases e celulases, provenientes de comunidades microbianas halofílicas localizadas em áreas pouco exploradas.

Ozone technology to enhance quality of Nipa palm (Nypa fruticans Wrumb.) products for community enterprise / Emprego de ozônio para melhorar a qualidade da palmeira Nipa (Nypa fruticans Wrumb.) e sua comercialização

ABSTRACT: The application of ozone as a treatment system for reducing microbial contaminant in Nipa bowls which are local products of the Palian river basin community, Trang province in Southern Thailand, was presented in this research. The ozone treatment system was designed and investigated for its performance to reduce microbial contaminant in nipa bowl products. Parameters affecting the performance of the system were optimized as well as ozone amount and treatment time. Under optimum condition (600 mg/h ozone and treatment time of 4 hours), the microbial decontamination was 4 log reduction, and the products could be stored for one month. The moisture content and the brightness of the ozone-treated products were significantly different from the untreated products when statistically tested at 95% confidence level. The moisture contents were 9.46 ± 0.10 and 10.54±0.31 %, and the brightness (L* value) were 74.93 ± 0.49 and 70.47 ± 0.65 for the ozone-treated and untreated products, respectively. Furthermore, the residual heavy metals were investigated, and no trace of metals was reported in nipa bowl samples. As a result, the nipa bowl products had met the standards as regards safety of food containers required by the Department of Medical Sciences Ministry of Public Health, Thailand. Following this collaboration between the university and the community, over 251,564 pieces of nipa bowls were sold which generated a total income of more than 84,000 USD to the Palian river basin community.

RESUMO: A aplicação do ozônio como um sistema de tratamento para reduzir o contaminante microbiano em Nipa bowl-a produtos locais da comunidade da bacia do rio Palian, província de Trang no sul da Tailândia, é apresentada neste trabalho. O sistema de tratamento de ozônio foi projetado e investigado por seu desempenho na redução de contaminantes microbianos em produtos de palmeira. Os parâmetros que afetam o desempenho do sistema foram otimizados, incluindo a quantidade de ozônio e o tempo de tratamento. Em condições ótimas (600 mg de ozônio e tempo de tratamento de 4 horas), a descontaminação microbiana foi de 100% e os produtos puderam ser armazenados por um mês. As propriedades físicas dos produtos tratados com ozônio foram significativamente diferentes dos produtos não tratados quando testados estatisticamente no nível de confiança de 95%. Os conteúdos de umidade foram 9,46 ± 0,10 e 10,54 ± 0,31%, e o brilho (valor L *) foram 74,93 ± 0,49 e 70,47 ± 0,65 para produtos tratados e não tratados com ozônio, respectivamente. Além disso, os metais pesados residuais foram investigados e nenhum traço de metais foi encontrado nas amostras da palmeira Nipa .Como resultado, os produtos da palmeira Nipa atenderam aos requisitos de segurança de recipientes de alimentos do Departamento de Ciências Médicas do Ministério da Saúde Pública da Tailândia. Após esta colaboração entre a universidade e a comunidade, mais de 251.564 peças de taças de palmeira nipa foram vendidas, gerando uma renda total de mais de US $ 84.000 para a comunidade da bacia do rio Palian.

Microbiological properties of soils are sensitive to changes provided by organic cultivation of banana 'BRS Princesa' in the semi-arid region

Soil microbiota has a key role in the dynamics of natural and agro-ecosystems and is sensitive to changes in these environments. This study evaluated changes in the microbiological properties of soils under an organic production system of banana 'BRS Princesa' (Musa spp.). The experimental design consisted of completely randomized blocks, with four replications. Treatments consisted of 1) soil cover with green manure and agricultural gypsum at a dose of 2,820 kg ha−1, 2) soil cover with green manure without gypsum application, 3) soil cover with weeds and agricultural gypsum at a dose of 2,820 kg ha−1, 4) soil cover with spontaneous plants without gypsum application, and two controls: 5) soil under native Caatinga and 6) soil under regenerating forest (capoeira). The evaluated properties were ß-glucosidase, arylsulfatase, acid phosphatase, fluorescein diacetate hydrolysis activities (FDA), carbon and phosphorus contents in microbial biomass, basal soil respiration, microbial and metabolic quotients, and arbuscular mycorrhizal fungi spore density. Soil samples were collected from the 0­0.20m depth layer in two seasons. No parameter could distinguish the treatments. Spontaneous plants provided conditions equivalent to those under green manure. Agricultural gypsum application also did not influence the microbial biomass and microbiota activity, in the analyzed soil depth. However, ß-glucosidase and arylsulfatase activities, the carbon content in microbial biomass, and metabolic and microbial quotients were sensitive to land-use changes and could distinguish areas under organic cultivation from those under native vegetation. Therefore, these properties can be considered good indicators for monitoring the quality of these soils. Furthermore, microbial communities of soils under organic cultivation responded with arylsulfatase activity corresponding to that found in soils under regenerating forest, which may indicate that organic management tends to provide the microbiota with a condition similar to that found under situations that are little disturbing to edaphic living.(AU)

Identification by molecular techniques of halophilic bacteria producing important enzymes from pristine area in Campeche, Mexico / Identificação por técnicas moleculares de bactérias halofílicas que produzem enzimas importantes em área intocada de Campeche, México

Isla Arena is located in the coordinate 20° 70´ N - 90° 45´ W, from Campeche, Mexico. In these estuaries, the ocean mixes with fresh water, and ecosystems are concentrated where petenes and pink flamingos proliferate. Crustaceans and mollusks abound in the sea. Despite its enormous marine wealth, there are no studies carried out on which halophilic microorganisms are present in these waters. In this work, the diversity and structure of the microbial community was investigated through a metagenomics approach and corroborated for sequencing of 16S rRNA genes. It was found that the phylum Fimicutes predominates with more than 50%, in almost the same proportion of the class Bacilli and with almost 41% of relative abundance of the order Bacillales. The sequencing results showed that one of the samples presented a high percentage of similarity (99.75%) using the Nucleotide BLAST program with a peculiar microorganism: Bacillus subtilis. This microorganism is one of the best characterized bacteria among the gram-positive ones. Our results demonstrate that B. subtilis can be an efficient source of proteases, lipases and cellulases, from halophilic microbial communities located in poorly explored areas.

Isla Arena está localizada na coordenada 20°70’N - 90°45’W, de Campeche, México. Nesses estuários, o oceano se mistura com a água doce e os ecossistemas se concentram onde proliferam petenos e flamingos rosa. Crustáceos e moluscos abundam no mar. Apesar de sua enorme riqueza marinha, não há estudos realizados sobre a presença de microrganismos halofílicos nessas águas. Neste trabalho, a diversidade e estrutura da comunidade microbiana foram investigadas através de uma abordagem metagenômica e corroboradas para o sequenciamento de genes 16S rRNA. Verificou-se que o filo Fimicutes predomina com mais de 50%, quase na mesma proporção da classe Bacilli e com quase 41% de abundância relativa da ordem Bacillales. Os resultados do sequenciamento mostraram que uma das amostras apresentou alto percentual de similaridade (99,75%) pelo programa Nucleotide BLAST com um microrganismo peculiar: Bacillus subtilis. Nossos resultados demonstram que B. subtilis pode ser uma fonte eficiente de proteases, lipases e celulases, provenientes de comunidades microbianas halofílicas localizadas em áreas pouco exploradas.

Community-Based Approach for Agricultural Water Management of Summer Crops / Abordagem comunitária para gestão de águasvoltada para culturas agrícolas de verão

Globalization, population change, and rural-to-urban movement are the main causes of the enormous issues faced by rural communities. Every growing nation, including the Kurdistan Region of Iraq (KRI), has a sizable proportion of rural farmers among its populace. This study was done in the Sulaimani Governorate, which was divided into six main districts namely; Garmian, Penjwin, Halabja, Chamchamal, Sharazur, and Raniya, and aimed to compare the groundwater level with summer crop water demand. The weighted Sum Method (WSM) and a Normalized Difference Vegetation Index map (NDVI) were used to analyze and illustrate the current water demand status for summer crops. The study employed a participatory research design, utilizing a purposive sampling method to select 60representative farmers, 25key decision-makers, representatives from Non-Governmental Organizations (NGOs), and experts in the field of water management. Data was collected through the use of focus group discussions (FGDs) and Key Informant Interviews (KIIs) to gather information from the selected participants. This study is innovative in its attempt to establish a correlation between the yield of summer crops and the availability of groundwater. As a conclusion for this study, the results suggest that thelevel of groundwater playsa significant role in determining the production of summer crops. Additionally, the sustainable development of various regions within the Sulaimani Governorate is influenced by a complex interplay of environmental, economic, andsocial factors. Future work will be focus on doing a detail research regarding time series for ground water level (GWL) vs.crop production vs.NDVI.(AU)

A globalização, a transição demográfica e o êxodo rural são as principais problemas enfrentados pelas comunidades rurais. Cada nação em crescimento, incluindo a região do Curdistão do Sul no Iraque, ainda mantém uma proporção considerável de agricultores em propriedades rurais. Este estudo foi feito na província de Sulaimani, que foi dividida em seis distritos principais, a saber; Garmian, Penjwin, Halabja, Chamchamal, Sharazur e Raniya, e teve como objetivo comparar o nível das águas subterrâneas com a demanda de água das culturas de verão existentes. O Método da Soma Ponderada e o índice de vegetação de diferença normalizada (IVDN) foram usados para analisar e ilustrar o estado atual da demanda de água para as culturas de verão da região. Oestudo empregou um projetode pesquisa participativa, utilizando um método de amostragem intencional para selecionar 60 agricultores representativos, 25 tomadores de decisão, representantes de organizações não governamentais e especialistas na área de gestão de recursoshídricos. Os dados foram coletados por meio do uso de discussões de grupos focais e entrevistas com pessoas-chave para coletar informações dos participantes selecionados. Este estudo é inovador em sua tentativa de estabelecer uma correlação entre o rendimento das culturas de verão e a disponibilidade de água subterrânea. Como conclusão para este estudo, os resultados sugerem que o nível das águas subterrâneas desempenha um papel significativo na determinação da produção de culturas de verão. Além disso, odesenvolvimento sustentável de várias regiões da província de Sulaimani é influenciado por uma complexa interação de fatores ambientais, econômicos e sociais. O trabalho futuro será focado em fazer uma pesquisa detalhada sobre séries temporais para nível de água subterrânea vs. produção agrícola vs. IVDN.(AU)

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

Microbial diversity in artisanal cheese produced and commercialized in Vale do Taquari in southern Brazil / Diversidade microbiana encontrada em queijos artesanais produzidos e comercializados no Vale do Taquari no sul do Brasil

Researchers have been utilizing matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) to identify bacteria and fungi directly from isolates obtained on culture plates; the resulting mass spectrum is then compared with spectra stored in the instrument software. Hence, a fast analytical response is obtained, and the more spectra are known to compare, the safer and more reliable the interpretation of the method will be. Thus, this study sought to identify the diversity of strains found in 10 samples of artisan cheese produced and commercialized in Vale do Taquari (Rio Grande do Sul State, Brazil) using MALDI-TOF MS. From the analyzed cheese, 22 strains were identified at the species level; one sample presented the pathogen Staphylococcus aureus, two showed the presence of lactic acid bacteria (Lactococcus lactis), and the vast majority (68.18%) of strains were composed of species of the Enterobacteriaceae family, with the prevalence of the genera Escherichia, Enterobacter, and Klebsiella. Escherichia coli was present in 50% of the samples analyzed. This demonstrates the need for greater control during all stages of artisanal cheese production and evaluation of the raw material, including safe practices during milking, so that the product meets the identity and quality parameters suitable for human consumption.

MALDI-TOF MS vendo sendo utilizado em laboratórios para identificar bactérias e fungos diretamente de isolados obtidos em placas de cultura. O espectro de massa resultante é então comparado com espectros armazenados no software do equipamento. Assim, obtém-se uma resposta analítica rápida, sendo que, quanto mais espectros forem conhecidos para comparar, mais seguro e confiável será a interpretação do método. Desta maneira, o presente trabalho teve por objetivo, identificar por MALDI-TOF MS, a diversidade de cepas encontrados em 10 amostras de queijos artesanais produzidos e comercializados no Vale do Taquari, Rio Grande do Sul, Brasil. Dos queijos analisados, 22 cepas foram identificadas a nível de espécie, sendo uma (1) amostra apresentou o patógeno Staphylococcus aureus, duas a presença da bactéria ácido láctica (Lactococcus lactis) e a grande maioria (68,18%) das cepas era composta por espécies da família Enterobacteriaceae, com prevalência dos gêneros Escherichia, Enterobacter e Klebsiella. E. coli estava presente em 50% das amostras analisadas. Isso demonstra a necessidade de um maior controle durante todas as etapas de produção do queijo artesanal, bem como a avaliação da matéria-prima, incluindo práticas seguras durante a ordenha para que o produto atenda aos parâmetros de identidade e qualidade, sendo apto ao consumo humano.

Antagonistic activity of lactic acid bacteria isolated from Minas artisanal cheeses against Brucella abortus / Atividade antagonista de bactérias lácticas isoladas de queijos Minas artesanais contra Brucella abortus

This study aimed to evaluate methods for studying the in vitro antimicrobial activity of lactic acid bacteria (LAB) against Brucella abortus and to evaluate the antagonistic effect of LAB on the viability of this pathogen. A total of 18 LAB strains (Lactobacillus plantarum, n = 11; Pediococcus acidilactici, n = 1; Lactobacillus rhamnosus, n = 4; and Lactobacillus brevis,n = 2), isolated from Minas artisanal cheeses produced in three regions (Canastra, Campos das Vertentes, and Araxá) of Minas Gerais State, Brazil, were tested for their antimicrobial activity against B. abortus using three methods: spot-on-lawn, agar well diffusion assay, and antagonistic activity of the culture supernatants. None of the tested LAB strains could inhibit B. abortus in the spot-on-lawn and agar-well diffusion assays. The supernatants produced by LAB had an acidic pH, with intensity depending on bacterial growth and strain, and could inhibit the growth of B. abortus. In contrast, pH-neutralized (pH 7.0) LAB supernatants did not suppress the growth of B. abortus. The results showed that the best technique to study the in vitro antagonism of LAB against B. abortus was the antagonistic activity of culture supernatants. The growth of B. abortus may have been inhibited by acid production.(AU)

Este estudo teve como objetivo avaliar métodos de estudo in vitro da atividade antimicrobiana de bactérias lácticas contra Brucella abortus e avaliar o efeito antagônico das mesmas sobre a viabilidade deste patógeno. Um total de 18 amostras de bactérias lácteas (Lactobacillus plantarum, n = 11; Pediococcus acidilactici, n = 1; Lactobacillus rhamnosus, n = 4; e Lactobacillus brevis, n = 2), isoladas de exemplares de Queijo Minas Artesanal produzidos em três regiões (Canastra, Campos das Vertentes e Araxá) do estado de Minas Gerais, Brasil, foram testados quanto à sua atividade antimicrobiana contra B. abortus usando três métodos: spot-on-lawn, ensaio de difusão em poço e atividade antagonista de sobrenadante de cultura. Nenhuma das cepas testadas foi capaz de inibir B. abortus nos ensaios spot-on-lawm e de difusão em poço. Os sobrenadantes produzidos pelas bactérias lácteas apresentaram pH ácido, com intensidade dependente do crescimento bacteriano e da amostra, podendo inibir o crescimento de B. abortus. Em contraste, os sobrenadantes com pH neutralizado (pH 7,0) não inibiram o crescimento de B. abortus. Os resultados mostraram que a melhor técnica para estudar o antagonismo in vitro de bactérias lácteas contra B. abortus foi a atividade antagonista de sobrenadante de cultura. O crescimento de B. abortus pode ter sido inibido pela produção de ácido.(AU)

Stream and well water samples from two rural communities in Ekiti State, Nigeria: assessment of physicochemical parameters, bacteriological quality and public health significance

Infectious diseases caused by microorganisms are widespread health risks associated with drinking water. This study evaluated the physicochemical parameters and bacteriological quality of the stream and well water using standard protocols. The bacteria were identified by conventional and molecular methods. Antibiotic susceptibility and location of antibiotic resistance markers (ARMs) were determined using disc diffusion and acridine orange, respectively. The highest mean Total Heterotrophic Bacterial Counts (THBC), Total Coliform Counts (TCC) and Faecal Coliform Counts (FCC) from the stream water was 4.3 ± 0.3×106, 8.9 ± 0.0×105, and 3.5 ± 0.1×104 (CFU mL-1), respectively. The well water had mean TCC ranging between 2.8 ± 0.0×103 and 2.1 ± 0.1×104 (CFU mL-1). Six bacterial genera: Staphyloccocus, Pseudomonas, Escherichia, Enterobacter, Klebsiella, and Shigella were isolated. The mean temperature of the water ranged from 26.0 ± 0.3oC to 27.0 ± 0.1oC. The highest mean dissolved oxygen, total hardness, sulphate and magnesium was 24.0 ± 1.0, 40.1 ± 0.8, 11.0± 1.0, and 67.0 ± 1.5 (mg L-1), respectively. The results showed that ≥ 66.7 S. aureus were Levofloxacin and Streptomycin sensitive; between 45.5 and 68.1% of the isolates were Gentamycin and Chloramphenicol resistant, while 81.8% exhibited multidrug resistance. Escherichia coli EcSW3, E. aerogenes EeWW2, K. pneumoniae KpSW3, and S. aureus SaSW had their entire ARMs located on the plasmids with the molecular sizes ˂ 2.027 Kbp. This study showed that the stream and well water harboured bacteria with some ARMs on plasmids, indicating the possibility of horizontal transfer of antibiotic-resistant genes among the bacteria. In addition, it showed the necessity to enlighten the rural populace on the importance of cleaning the surroundings near water sources so as to prevent water-borne diseases.(AU)

Ozone technology to enhance quality of Nipa palm (Nypa fruticans Wrumb) products for community enterprise / Emprego de ozônio para melhorar a qualidade da palmeira Nipa (Nypa fruticans Wrumb) e sua comercialização

The application of ozone as a treatment system for reducing microbial contaminant in Nipa bowls which are local products of the Palian river basin community, Trang province in Southern Thailand, was presented in this research. The ozone treatment system was designed and investigated for its performance to reduce microbial contaminant in nipa bowl products. Parameters affecting the performance of the system were optimized as well as ozone amount and treatment time. Under optimum condition (600 mg/h ozone and treatment time of 4 hours), the microbial decontamination was 4 log reduction, and the products could be stored for one month. The moisture content and the brightness of the ozone-treated products were significantly different from the untreated products when statistically tested at 95% confidence level. The moisture contents were 9.46 ± 0.10 and 10.54±0.31 %, and the brightness (L* value) were 74.93 ± 0.49 and 70.47 ± 0.65 for the ozone-treated and untreated products, respectively. Furthermore, the residual heavy metals were investigated, and no trace of metals was reported in nipa bowl samples. As a result, the nipa bowl products had met the standards as regards safety of food containers required by the Department of Medical Sciences Ministry of Public Health, Thailand. Following this collaboration between the university and the community, over 251,564 pieces of nipa bowls were sold which generated a total income of more than 84,000 USD to the Palian river basin community.

A aplicação do ozônio como um sistema de tratamento para reduzir o contaminante microbiano em Nipa bowl-a produtos locais da comunidade da bacia do rio Palian, província de Trang no sul da Tailândia, é apresentada neste trabalho. O sistema de tratamento de ozônio foi projetado e investigado por seu desempenho na redução de contaminantes microbianos em produtos de palmeira. Os parâmetros que afetam o desempenho do sistema foram otimizados, incluindo a quantidade de ozônio e o tempo de tratamento. Em condições ótimas (600 mg de ozônio e tempo de tratamento de 4 horas), a descontaminação microbiana foi de 100% e os produtos puderam ser armazenados por um mês. As propriedades físicas dos produtos tratados com ozônio foram significativamente diferentes dos produtos não tratados quando testados estatisticamente no nível de confiança de 95%. Os conteúdos de umidade foram 9,46 ± 0,10 e 10,54 ± 0,31%, e o brilho (valor L *) foram 74,93 ± 0,49 e 70,47 ± 0,65 para produtos tratados e não tratados com ozônio, respectivamente. Além disso, os metais pesados residuais foram investigados e nenhum traço de metais foi encontrado nas amostras da palmeira Nipa .Como resultado, os produtos da palmeira Nipa atenderam aos requisitos de segurança de recipientes de alimentos do Departamento de Ciências Médicas do Ministério da Saúde Pública da Tailândia. Após esta colaboração entre a universidade e a comunidade, mais de 251.564 peças de taças de palmeira nipa foram vendidas, gerando uma renda total de mais de US $ 84.000 para a comunidade da bacia do rio Palian.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.(AU)

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).(AU)

Ganoderma Lucidum Extract Modulates Cecal Microbiota Community in Broilers under Dextran Sulfate Sodium Challenge During the Starter Phase

In this study, we investigated the effects of Ganoderma lucidum extract (GLE) supplementation on the cecal microbiota of broilers challenged with dextran sulfate sodium (DSS) during the starter phase. A total of 32 one-day-old, unsexed broiler chicks were randomly divided into four dietary treatments with eight birds per treatment and reared individually for 14 days (n = 8). The diet treatments were: non-DSS challenge, DSS challenge only, DSS challenge plus 0.5 mL/L GLE, and DSS challenge plus 1 mL/L GLE. The results showed that DSS challenge plus 0.5 mL GLE alleviated inflammatory gene expression in the duodenum of broilers (p≤0.01). The alpha diversity of bacterial species in the cecal digesta increased in the group treated with DSS plus 1 mL/L GLE compared with the DSS challenge-only group (p≤0.01). Principal component analysis and principal coordinate analysis indicated distinct clusters between groups treated with DSS-only and DSS plus GLE (0.5 and 1 mL/L). The abundance of the genera Ruminiclostridium 9, Enterococcus, and Sellimonas increased in the group treated with DSS plus GLE (0.5 and 1 mL/L) compared with the other groups (p≤0.01). Comparative microbial function analysis demonstrated that the immune system was promoted in the group treated with DSS plus GLE (0.5 and 1 mL/L) compared to the DSS challenge-only group (p≤0.001). These results demonstrated that GLE supplementation can modulate the cecal microbial community of broilers under DSS challenge during the starter phase.(AU)

Tungíase em cão de uma comunidade rural do estado do Maranhão / Tungíasis in a dog from a rural community in the state of Maranhão

A tungíase é uma infecção parasitária causada pela fêmea da pulga Tunga penetrans, que penetra na pele do hospedeiro para se alimentar e desenvolver seus ovos, gerando lesões que provocam prurido e dor. Assim, o objetivo deste trabalho foi relatar um caso de tungíase em um cão domiciliado em uma comunidade rural de Colinas, Maranhão. Em julho de 2020, um cachorro da raça American Pit Bull Terrier, com um ano e oito meses de idade, foi levado a uma clínica veterinária apresentando irritação e incômodo nas patas, o que dificultava sua locomoção. O cão vivia em uma residência com solo de chão batido, com acesso à rua e o tutor não possuía outros animais. Ao exame físico, constatou-se a presença de ectoparasitos nos coxins palmares e plantares, que foram retirados com auxílio de pinça cirúrgica e encaminhados ao Laboratório de Parasitologia da UFPI para identificação, confirmando tratar-se de pulgas da espécie Tunga penetrans. O cão recebeu tratamento à base de ivermectina 1%, 0,5mL via subcutânea, dose única, apresentando melhora no quadro clínico, e o tutor recebeu orientações sobre a desinfestação do ambiente. Conclui-se que a tungíase pode acometer cães em áreas rurais de um município do Maranhão, sendo importante o diagnóstico precoce e o tratamento adequado.

Tungiasis is a parasitic infection caused by the female flea Tunga penetrans, which penetrates the host's skin to feed and develop its eggs, generating lesions that provoke itching and pain. Thus, this study aimed to report a case of tungiasis in a dog domiciled in a rural community in Colinas, Maranhão. In july 2020, an American Pit Bull Terrier dog, one year and eight months old, was taken to a veterinary clinic with irritation and discomfort in the paws, which made it difficult to move. The dog lived in a house with beaten ground soil, had access to the street, and the tutor had no other animals. The physical examination showed the presence of ectoparasites on the palm and plantar pads, which were removed with surgical tweezers and sent to the UFPI Parasitology Laboratory for identification, confirming that they were Tunga penetrans fleas. The dog received a treatment based on ivermectin 1%, 0.5mL subcutaneously, single dose, showing improvement in the clinical picture, and the tutor received guidance on the disinfection of the environment. It is concluded that tungiasis can affect dogs in rural areas of a city in Maranhão, being important the early diagnosis and adequate treatment.

Benefícios do matcha: um estudo de revisão / Benefits of matcha: a review study

O Chá Verde matcha é uma erva muito utilizada na culinária japonesa, produzida a partir das folhas da planta Camellia sinensis. A sua forma tradicional de cultivo, em ambiente sombreado por bambu natural, potencializa o teor de polifenóis, cafeína e clorofila. Suas propriedades promotoras de saúde são atribuídas ao alto teor de antioxidantes e substâncias antiinflamatórias. O objetivo do estudo foi realizar uma revisão narrativa acerca dos efeitos benéficos do matcha para a saúde humana, por meio de buscas nas bases de dados Google Acadêmico, Scientific Electronic Library Online (Scielo), Literatura Latino-americana e do National Library of Medicine (Pubmed), utilizando as palavras-chave: chá verde, matcha, benefícios, matcha tea. Os estudos indicam que o matcha presenta propriedades antioxidantes e antiinflamatórias, melhora as funções imunológicas, atua na prevenção do declínio cognitivo e apresenta potencial de impactar a microbiota intestinal, alterando a composição das bactérias presentes. Diante das evidências encontradas, notase a necessidade de realizar mais estudos para elucidar as propriedades e os mecanismos de ação de cada um dos compostos desta bebida.(AU)

Matcha green tea is an herb widely used in Japanese cuisine, produced from the leaves of the Camellia sinensis plant. Its traditional way of cultivation, in an environment shaded by natural bamboo, enhances the content of polyphenols, caffeine and chlorophyll. Its healthpromoting properties are attributed to its high content of antioxidants and anti inflammatory substances. The aim of the study was to perform a narrative review about the beneficial effects of matcha on human health, through searches in the databases Google Scholar, Scientific Electronic Library Online (Scielo) and Latin American Literature and the National Library of Medicine (Pubmed), using the keywords: green tea, matcha, benefits, matcha tea. Studies indicate that matcha has antioxidant and anti-inflammatory properties, improves immune functions, acts to prevent cognitive decline and has the potential to impact the intestinal microbiota, changing the composition of the bacteria present. In view of the evidence found, there is a need to carry out further studies to elucidate the properties and mechanisms of action of each of the compounds in this drink.(AU)

Identification by molecular techniques of halophilic bacteria producing important enzymes from pristine area in Campeche, Mexico

Abstract Isla Arena is located in the coordinate 20° 70´ N - 90° 45´ W, from Campeche, Mexico. In these estuaries, the ocean mixes with fresh water, and ecosystems are concentrated where petenes and pink flamingos proliferate. Crustaceans and mollusks abound in the sea. Despite its enormous marine wealth, there are no studies carried out on which halophilic microorganisms are present in these waters. In this work, the diversity and structure of the microbial community was investigated through a metagenomics approach and corroborated for sequencing of 16S rRNA genes. It was found that the phylum Fimicutes predominates with more than 50%, in almost the same proportion of the class Bacilli and with almost 41% of relative abundance of the order Bacillales. The sequencing results showed that one of the samples presented a high percentage of similarity (99.75%) using the Nucleotide BLAST program with a peculiar microorganism: Bacillus subtilis. This microorganism is one of the best characterized bacteria among the gram-positive ones. Our results demonstrate that B. subtilis can be an efficient source of proteases, lipases and cellulases, from halophilic microbial communities located in poorly explored areas.

Resumo Isla Arena está localizada na coordenada 20°70N - 90°45W, de Campeche, México. Nesses estuários, o oceano se mistura com a água doce e os ecossistemas se concentram onde proliferam petenos e flamingos rosa. Crustáceos e moluscos abundam no mar. Apesar de sua enorme riqueza marinha, não há estudos realizados sobre a presença de microrganismos halofílicos nessas águas. Neste trabalho, a diversidade e estrutura da comunidade microbiana foram investigadas através de uma abordagem metagenômica e corroboradas para o sequenciamento de genes 16S rRNA. Verificou-se que o filo Fimicutes predomina com mais de 50%, quase na mesma proporção da classe Bacilli e com quase 41% de abundância relativa da ordem Bacillales. Os resultados do sequenciamento mostraram que uma das amostras apresentou alto percentual de similaridade (99,75%) pelo programa Nucleotide BLAST com um microrganismo peculiar: Bacillus subtilis. Nossos resultados demonstram que B. subtilis pode ser uma fonte eficiente de proteases, lipases e celulases, provenientes de comunidades microbianas halofílicas localizadas em áreas pouco exploradas.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).