Bioinformatics and expression analysis of the Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) of Trypanosoma evansi in Trypanosoma cruzi cells / Análises de bioinformática e da expressão do gene Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) de Trypanosoma evansi em células de Trypanosoma cruzi

Abstract Nucleotide excision repair (NER) acts repairing damages in DNA, such as lesions caused by cisplatin. Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) protein is involved in recognition of global genome DNA damages during NER (GG-NER) and it has been studied in different organisms due to its importance in other cellular processes. In this work, we studied NER proteins in Trypanosoma cruzi and Trypanosoma evansi, parasites of humans and animals respectively. We performed three-dimensional models of XPC proteins from T. cruzi and T. evansi and observed few structural differences between these proteins. In our tests, insertion of XPC gene from T. evansi (TevXPC) in T. cruzi resulted in slower cell growth under normal conditions. After cisplatin treatment, T. cruzi overexpressing its own XPC gene (TcXPC) was able to recover cell division rates faster than T. cruzi expressing TevXPC gene. Based on these tests, it is suggested that TevXPC (being an exogenous protein in T. cruzi) interferes negatively in cellular processes where TcXPC (the endogenous protein) is involved. This probably occurred due interaction of TevXPC with some endogenous molecules or proteins from T.cruzi but incapacity of interaction with others. This reinforces the importance of correctly XPC functioning within the cell.

Resumo O reparo por excisão de nucleotídeos (NER) atua reparando danos no DNA, como lesões causadas por cisplatina. A proteína Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) está envolvida no reconhecimento de danos pela via de reparação global do genoma pelo NER (GG-NER) e tem sido estudada em diferentes organismos devido à sua importância em outros processos celulares. Neste trabalho, estudamos proteínas do NER em Trypanosoma cruzi e Trypanosoma evansi, parasitos de humanos e animais, respectivamente. Modelos tridimensionais das proteínas XPC de T. cruzi e T. evansi foram feitos e observou-se poucas diferenças estruturais entre estas proteínas. Durante testes, a inserção do gene XPC de T. evansi (TevXPC) em T. cruzi resultou em crescimento celular mais lento em condições normais. Após o tratamento com cisplatina, T. cruzi superexpressando seu próprio gene XPC (TcXPC) foi capaz de recuperar as taxas de divisão celular mais rapidamente do que T. cruzi expressando o gene TevXPC. Com base nesses testes, sugere-se que TevXPC (sendo uma proteína exógena em T. cruzi) interfere negativamente nos processos celulares em que TcXPC (a proteína endógena) está envolvida. Isso provavelmente ocorreu pois TevXPC é capaz de interagir com algumas moléculas ou proteínas endógenas de T.cruzi, mas é incapaz de interagir com outras. Isso reforça a importância do correto funcionamento de XPC dentro da célula.

Bioinformatics and expression analysis of the Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) of Trypanosoma evansi in Trypanosoma cruzi cells / Análises de bioinformática e da expressão do gene Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) de Trypanosoma evansi em células de Trypanosoma cruzi

Nucleotide excision repair (NER) acts repairing damages in DNA, such as lesions caused by cisplatin. Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) protein is involved in recognition of global genome DNA damages during NER (GG-NER) and it has been studied in different organisms due to its importance in other cellular processes. In this work, we studied NER proteins in Trypanosoma cruzi and Trypanosoma evansi, parasites of humans and animals respectively. We performed three-dimensional models of XPC proteins from T. cruzi and T. evansi and observed few structural differences between these proteins. In our tests, insertion of XPC gene from T. evansi (TevXPC) in T. cruzi resulted in slower cell growth under normal conditions. After cisplatin treatment, T. cruzi overexpressing its own XPC gene (TcXPC) was able to recover cell division rates faster than T. cruzi expressing TevXPC gene. Based on these tests, it is suggested that TevXPC (being an exogenous protein in T. cruzi) interferes negatively in cellular processes where TcXPC (the endogenous protein) is involved. This probably occurred due interaction of TevXPC with some endogenous molecules or proteins from T. cruzi but incapacity of interaction with others. This reinforces the importance of correctly XPC functioning within the cell.

O reparo por excisão de nucleotídeos (NER) atua reparando danos no DNA, como lesões causadas por cisplatina. A proteína Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) está envolvida no reconhecimento de danos pela via de reparação global do genoma pelo NER (GG-NER) e tem sido estudada em diferentes organismos devido à sua importância em outros processos celulares. Neste trabalho, estudamos proteínas do NER em Trypanosoma cruzi e Trypanosoma evansi, parasitos de humanos e animais, respectivamente. Modelos tridimensionais das proteínas XPC de T. cruzi e T. evansi foram feitos e observou-se poucas diferenças estruturais entre estas proteínas. Durante testes, a inserção do gene XPC de T. evansi (TevXPC) em T. cruzi resultou em crescimento celular mais lento em condições normais. Após o tratamento com cisplatina, T. cruzi superexpressando seu próprio gene XPC (TcXPC) foi capaz de recuperar as taxas de divisão celular mais rapidamente do que T. cruzi expressando o gene TevXPC. Com base nesses testes, sugere-se que TevXPC (sendo uma proteína exógena em T. cruzi) interfere negativamente nos processos celulares em que TcXPC (a proteína endógena) está envolvida. Isso provavelmente ocorreu pois TevXPC é capaz de interagir com algumas moléculas ou proteínas endógenas de T. cruzi, mas é incapaz de interagir com outras. Isso reforça a importância do correto funcionamento de XPC dentro da célula.

Bioinformatics and expression analysis of the Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) of Trypanosoma evansi in Trypanosoma cruzi cells / Análises de bioinformática e da expressão do gene Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) de Trypanosoma evansi em células de Trypanosoma cruzi

Nucleotide excision repair (NER) acts repairing damages in DNA, such as lesions caused by cisplatin. Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) protein is involved in recognition of global genome DNA damages during NER (GG-NER) and it has been studied in different organisms due to its importance in other cellular processes. In this work, we studied NER proteins in Trypanosoma cruzi and Trypanosoma evansi, parasites of humans and animals respectively. We performed three-dimensional models of XPC proteins from T. cruzi and T. evansi and observed few structural differences between these proteins. In our tests, insertion of XPC gene from T. evansi (TevXPC) in T. cruzi resulted in slower cell growth under normal conditions. After cisplatin treatment, T. cruzi overexpressing its own XPC gene (TcXPC) was able to recover cell division rates faster than T. cruzi expressing TevXPC gene. Based on these tests, it is suggested that TevXPC (being an exogenous protein in T. cruzi) interferes negatively in cellular processes where TcXPC (the endogenous protein) is involved. This probably occurred due interaction of TevXPC with some endogenous molecules or proteins from T. cruzi but incapacity of interaction with others. This reinforces the importance of correctly XPC functioning within the cell.(AU)

O reparo por excisão de nucleotídeos (NER) atua reparando danos no DNA, como lesões causadas por cisplatina. A proteína Xeroderma Pigmentosum complementation group C (XPC) está envolvida no reconhecimento de danos pela via de reparação global do genoma pelo NER (GG-NER) e tem sido estudada em diferentes organismos devido à sua importância em outros processos celulares. Neste trabalho, estudamos proteínas do NER em Trypanosoma cruzi e Trypanosoma evansi, parasitos de humanos e animais, respectivamente. Modelos tridimensionais das proteínas XPC de T. cruzi e T. evansi foram feitos e observou-se poucas diferenças estruturais entre estas proteínas. Durante testes, a inserção do gene XPC de T. evansi (TevXPC) em T. cruzi resultou em crescimento celular mais lento em condições normais. Após o tratamento com cisplatina, T. cruzi superexpressando seu próprio gene XPC (TcXPC) foi capaz de recuperar as taxas de divisão celular mais rapidamente do que T. cruzi expressando o gene TevXPC. Com base nesses testes, sugere-se que TevXPC (sendo uma proteína exógena em T. cruzi) interfere negativamente nos processos celulares em que TcXPC (a proteína endógena) está envolvida. Isso provavelmente ocorreu pois TevXPC é capaz de interagir com algumas moléculas ou proteínas endógenas de T. cruzi, mas é incapaz de interagir com outras. Isso reforça a importância do correto funcionamento de XPC dentro da célula.(AU)

Genome-sequence, annotation and phylogenetic insights of the lactic acid bacterium Limosilactobacillus fermentum strain LAB1 obtained from the dairy beverage borhani

Limosilactobacillus fermentum is a promising probiotic with several documented health benefits. LAB1 is an antagonistic L. fermentum strain isolated from borhani, a traditional South Asian beverage prepared from dairy and plant ingredients. Here, I present the genome sequence of the L. fermentum LAB1 strain, its annotation, and phylogenetic features. The 2.01 Mb genome with a G+C content of 51.9% was assembled into 221 contigs and predicted to have 1,913 protein-coding genes, 98 pseudo genes, 7 rRNAs, 60 tRNAs, and 1 CRISPR array. As much as 91.1% of the coding sequences could be assigned to known functional genes. Determination of average nucleotide identity (ANI) of the genome sequence revealed 99.37% identity to that of the type strain ATCC 14931. Its 16S rRNA gene sequence extracted from the genome sequence showed close phylogenetic association with several L. fermentum strains. The genome sequence is expected to provide useful insights with regard to the phenotypic, metabolic and beneficial aspects of this lactic acid bacterium.(AU)

Molecular detection of Toxoplasma gondii, Neospora caninum and Sarcocystis spp in tissues of Sus scrofa slaughtered in southern Brazil / Detecção molecular de Toxoplasma gondii, Neospora caninum e Sarcocystis spp. em tecidos de Sus scrofa abatidos no Sul do Brasil

The aim of this study was to determine the presence of deoxyribonucleic acid (DNA) from Toxoplasma gondii, Sarcocystis spp. and Neospora caninum, in tissues of wild boars slaughtered in southern Brazil. A total of 156 samples were collected from different organs of 25 wild boars, and DNA from at least one of the protozoa investigated was detected in 79 samples. To differentiate between infectious agents, restriction fragment length polymorphism was performed using the restriction enzymes DdeI and HpaII. For N. caninum, conventional PCR was performed with specific primers. The DNA of at least one of the studied pathogens was detected in each animal: 26.58% for T. gondii, 68.36% for Sarcocystis spp. and 5.06% for N. caninum. Coinfection between T. gondii and Sarcocystis spp. occurred in 14 animals, between T. gondii and N. caninum in only one male animal, between Sarcocystis spp. and N. caninum in a female, while co-infection with the three agents was equally observed in only one male animal. Considering the high frequency of detection and its zoonotic risk, especially T. gondii, it appears that wild boars can be potential sources of transmission of infectious agents and the adoption of monitoring measures in these populations should be prioritized.(AU)

O objetivo deste estudo foi determinar a presença de ácido desoxirribonucléico (DNA) de Toxoplasma gondii, Sarcocystis spp. e Neospora caninum, em tecidos de javalis abatidos no sul do Brasil. Foram coletadas 156 amostras de diferentes órgãos de 25 javalis, sendo detectado o DNA de pelo menos um dos protozoários pesquisados em 79 amostras. Para diferenciar entre os agentes infecciosos, o polimorfismo do comprimento do fragmento de restrição, foi realizado usando-se as enzimas de restrição DdeI e HpaII. Para N. caninum, a PCR convencional foi realizada com "primers" específicos. O DNA de pelo menos um dos patógenos estudados foi detectado em cada animal: 26,58% para T. gondii, 68,36% para Sarcocystis spp. e 5,06% para N. caninum. Coinfecção entre T. gondii e Sarcocystis spp. ocorreu em 14 animais; entre T. gondii e N. caninum em apenas um animal macho; entre Sarcocystis spp. e N. caninum em uma fêmea, enquanto a coinfecção com os três agentes foi observada igualmente em apenas um animal macho. Considerando-se a alta frequência de detecção e seu risco zoonótico, especialmente T. gondii, constata-se que os javalis podem ser potenciais fontes de transmissão de agentes infecciosos, e a adoção de medidas de monitoramento nessas populações devem ser priorizadas.(AU)

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

Analysis of nuclear maturation, DNA damage and repair gene expression of bovine oocyte and cumulus cells submitted to ionizing radiation'

Radiotherapy causes destruction of tumor cells, but also threatens the integrity and survival of surrounding normal cells. Then, woman submitted to irradiation for cancer treatment may present permanent ovary damage, resulting in impaired fertility. The objective of this study was to investigate the effects of therapeutic doses of ionizing radiation (IR), used for ovarian cancer treatment in humans, on bovine cumulus-oocyte complexes (COCs) as experimental model. Bovine ovaries were exposed to 0.9 Gy, 1.8 Gy, 3.6 Gy or 18.6 Gy IR, and then COCs were collected and used to evaluate: (a) oocyte nuclear maturation; (b) presence of phosphorylated H2A.X (γH2AX), as an indicator of DNA double-strand breaks (DSBs); and (c) expression of genes involved in DNA repair (TP53BP1, RAD52, ATM, XRCC6 and XRCC5) and apoptosis (BAX). The radiation doses tested in this study had no detrimental effects on nuclear maturation and did not increase γH2AX in the oocytes. However, IR treatment altered the mRNA abundance of RAD52 (RAD52 homolog, DNA repair protein) and BAX (BCL2-associated X protein). We conclude that although IR doses had no apparent effect on oocyte nuclear maturation and DNA damage, molecular pathways involved in DNA repair and apoptosis were affected by IR exposure in cumulus cells.(AU)

Phylogeography of cliff racer (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) from Punjab, Pakistan

Abstract The present study reports the existence of cliff racer, Platyceps rhodorachis from the plains of Punjab, Pakistan. A total of 10 specimens were captured during the field surveys from June to September, 2018 from different sites of Punjab. Platyceps rhodorachis was identify on the basis of morphology and confirmed through COI gene sequences. The obtained DNA sequences have shown reliable and exact species identification. Newly produced DNA sequences of Platyceps rhodorachis were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MK936174.1, MK941839.1 and MT790210.1). N-J tree based on COI sequences of Platyceps rhodorachis clearly separated as out-group with other members of family Colubridae based on p-distance. The intra-specific genetic variation ranges from 12% to 18%. The DNA sequences of Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis and Platyceps ventromaculatus indusai are not available at NCBI to validate their taxonomic positions. In our recommendations, a large scale molecular based identification of Pakistans herpetofauna is required to report more new or subspecies from country.

Resumo O presente estudo relata a existência de um corredor de penhasco, Platyceps rhodorachis, das planícies de Punjab, Paquistão. Um total de 10 espécimes foi capturado durante os levantamentos de campo de junho a setembro de 2018 em diferentes locais de Punjab. Platyceps rhodorachis foi identificada com base na morfologia e confirmada por meio de sequências do gene COI. As sequências de DNA obtidas mostraram identificação de espécies confiável e exata. Sequências de DNA de Platyceps rhodorachis recém-produzidas foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MK936174.1, MK941839.1 e MT790210.1). Árvore N-J baseada em sequências COI de Platyceps rhodorachis claramente separadas como out-group com outros membros da família Colubridae com base na distância-p. A variação genética intraespecífica varia de 12% a 18%. As sequências de DNA de Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis e Platyceps ventromaculatus indusai não estão disponíveis no NCBI para validar suas posições taxonômicas. Em nossas recomendações, uma identificação de base molecular em grande escala da herpetofauna do Paquistão é necessária para relatar mais novas ou subespécies do país.

Effects of Gundelia tournefortii L. on biochemical parameters, antioxidant activities and DNA damage in a rat model of experimental obesity

Abstract The present study was designed to investigate the effects of Gundelia tournefortii L. plant extract on different tissues in terms of DNA damage, biochemical and antioxidant parameter values in rats with high-calorie diets. With this aim, Wistar albino male rats were divided into 4 groups containing 6 rats each and the study was completed over 12 weeks duration. At the end of the implementation process over the 12 weeks, rats were sacrificed and blood and tissue samples were obtained. Analyses were performed on blood and tissue samples. According to results for DNA damage (8-OHdG), in brain tissue the OG2 group was significantly reduced compared to the NC group. For MDA results in liver tissue, OG1 and OG2 groups were determined to increase by a significant degree compared to the control group, while the OG2 group was also increased significantly compared to the obese group. In terms of the other parameters, comparison between the groups linked to consumption of a high calorie diet (HCD) and administration of Gundelia tournefortii L. in terms of antioxidant activities and serum samples obtained statistically significant results. Gundelia tournefortii L. plant extracts had effects that may be counted as positive on antioxidant parameter activity and were especially identified to improve DNA damage and MDA levels in brain tissues. Additionally, consumption of Gundelia tournefortii L. plant extract in the diet may have antiobesity effects; thus, it should be evaluated for use as an effective weight-loss method and as a new therapeutic agent targeting obesity.

Resumo O presente estudo foi desenhado para investigar os efeitos do extrato da planta Gundelia tournefortii L. em diferentes tecidos em termos de danos ao DNA, valores de parâmetros bioquímicos e antioxidantes em ratos com dietas hipercalóricas. Com esse objetivo, ratos Wistar albinos machos foram divididos em 4 grupos contendo 6 ratos cada e o estudo foi concluído ao longo de 12 semanas de duração. No final desse processo de implementação, os ratos foram sacrificados e amostras de sangue e tecido foram obtidas. As análises foram realizadas em amostras de sangue e tecido. De acordo com os resultados para danos ao DNA (8-OHdG), no tecido cerebral o grupo OG2 foi significativamente reduzido em comparação com o grupo NC. Para os resultados de MDA no tecido hepático, os grupos OG1 e OG2 aumentaram significativamente em comparação ao grupo controle, enquanto o grupo OG2 também aumentou significativamente em comparação ao grupo obeso. Quanto aos demais parâmetros, a comparação entre os grupos ligados ao consumo de dieta hipercalórica (DC) e à administração de Gundelia tournefortii L. em termos de atividades antioxidantes e amostras de soro obteve resultados estatisticamente significativos. Os extratos de plantas de Gundelia tournefortii L. tiveram efeitos que podem ser considerados positivos na atividade dos parâmetros antioxidantes e foram especialmente identificados para melhorar os danos ao DNA e os níveis de MDA nos tecidos cerebrais. Além disso, o consumo de extrato vegetal de Gundelia tournefortii L. na dieta pode ter efeitos antiobesidade; portanto, deve ser avaliado para uso como um método eficaz de perda de peso e como um novo agente terapêutico voltado para a obesidade.

Effects of Gundelia tournefortii L. on biochemical parameters, antioxidant activities and DNA damage in a rat model of experimental obesity / Efeitos de Gundelia tournefortii L. em parâmetros bioquímicos, atividades antioxidantes e danos ao DNA em um modelo de obesidade experimental de rato

Abstract The present study was designed to investigate the effects of Gundelia tournefortii L. plant extract on different tissues in terms of DNA damage, biochemical and antioxidant parameter values in rats with high-calorie diets. With this aim, Wistar albino male rats were divided into 4 groups containing 6 rats each and the study was completed over 12 weeks duration. At the end of the implementation process over the 12 weeks, rats were sacrificed and blood and tissue samples were obtained. Analyses were performed on blood and tissue samples. According to results for DNA damage (8-OHdG), in brain tissue the OG2 group was significantly reduced compared to the NC group. For MDA results in liver tissue, OG1 and OG2 groups were determined to increase by a significant degree compared to the control group, while the OG2 group was also increased significantly compared to the obese group. In terms of the other parameters, comparison between the groups linked to consumption of a high calorie diet (HCD) and administration of Gundelia tournefortii L. in terms of antioxidant activities and serum samples obtained statistically significant results. Gundelia tournefortii L. plant extracts had effects that may be counted as positive on antioxidant parameter activity and were especially identified to improve DNA damage and MDA levels in brain tissues. Additionally, consumption of Gundelia tournefortii L. plant extract in the diet may have antiobesity effects; thus, it should be evaluated for use as an effective weight-loss method and as a new therapeutic agent targeting obesity.

Resumo O presente estudo foi desenhado para investigar os efeitos do extrato da planta Gundelia tournefortii L. em diferentes tecidos em termos de danos ao DNA, valores de parâmetros bioquímicos e antioxidantes em ratos com dietas hipercalóricas. Com esse objetivo, ratos Wistar albinos machos foram divididos em 4 grupos contendo 6 ratos cada e o estudo foi concluído ao longo de 12 semanas de duração. No final desse processo de implementação, os ratos foram sacrificados e amostras de sangue e tecido foram obtidas. As análises foram realizadas em amostras de sangue e tecido. De acordo com os resultados para danos ao DNA (8-OHdG), no tecido cerebral o grupo OG2 foi significativamente reduzido em comparação com o grupo NC. Para os resultados de MDA no tecido hepático, os grupos OG1 e OG2 aumentaram significativamente em comparação ao grupo controle, enquanto o grupo OG2 também aumentou significativamente em comparação ao grupo obeso. Quanto aos demais parâmetros, a comparação entre os grupos ligados ao consumo de dieta hipercalórica (DC) e à administração de Gundelia tournefortii L. em termos de atividades antioxidantes e amostras de soro obteve resultados estatisticamente significativos. Os extratos de plantas de Gundelia tournefortii L. tiveram efeitos que podem ser considerados positivos na atividade dos parâmetros antioxidantes e foram especialmente identificados para melhorar os danos ao DNA e os níveis de MDA nos tecidos cerebrais. Além disso, o consumo de extrato vegetal de Gundelia tournefortii L. na dieta pode ter efeitos antiobesidade; portanto, deve ser avaliado para uso como um método eficaz de perda de peso e como um novo agente terapêutico voltado para a obesidade.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.(AU)

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).(AU)

Oxidative stress caused by lead in the lichen Xanthoria parietina

The assessment of the air quality is a major concern to the current time. The monitoring and maintenance of air quality necessarily pass by detecting and estimating the overall air pollution. The use of lichens must be an assessmenttool to be studied. In our work we were interested about the toxicity of lead on the various parameters of stress in the lichen Xanthoria parietina. For this purpose, lichen thalli have been incubated at lead concentrations of 0, 0.5, 1.0, 5.0 and 10.0 mM, for time scale of 0, 24, 48 and 96 hours. The obtained results showed that lead has an action on the various studied parameters, and the intensity of oxidative stress observed in lichens thalli depends on the concentration, and time of exposure. Lead induced a decrease in chlorophyll and protein contents, and an increase in the contents of catalase, hydrogen peroxide and reduced glutathione. Furthermore, the results also showed that high concentrations of lead caused total destruction of reduced glutathione.(AU)

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

Cryptosporidium sp. in cultivated oysters and the natural oyster stock of the state of Maranhão, Brazil / Detecção de Cryptosporidium sp. em ostras de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão, Brasil

This study detected Cryptosporidium spp. in cultivated oysters and the natural oyster stock of the state of Maranhão and determine the elective tissue(s) to examine this protozoan. For this purpose, 200 cultivated oysters were purchased from the municipality of Raposa and another 100 from Paço do Lumiar. Additionally, 100 oysters were extracted from the natural stock of the municipality of Primeira Cruz, thus making up a total of 400 oysters. They were grouped into 80 pools consisting of 5 oysters each. From each pool, the gills and visceral mass were removed to obtain 160 pools, 80 pools for the gill group and another 80 for the visceral mass group. Then, DNA was extracted from each pool using a commercial kit with modifications. Subsequently, the protozoan DNA was detected using nested polymerase chain reaction. With this technique, the DNA of the protozoan under investigation was detected in 2.5% (n = 2/80) of the pools containing gills, with 1.25% of the pools (n = 1/80) belonging to the cultivation group of oysters and the other 1.25% (n = 1/80) to the natural stock. With the results obtained in this study, it was concluded that the analyzed oysters of the genus Crassostrea, from cultivation and natural stock groups, found in the state of Maranhão, were contaminated by Cryptosporidium spp. and may become potential sources of infection in humans and other animals. In addition, the gills are the elective tissue for the study of Cryptosporidium spp. in oysters.

Objetivou-se com o estudo detectar Cryptosporidium sp. em ostras de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão e determinar o(s) tecido(s) eletivo(s) para pesquisa desse protozoário. Para a realização do estudo foram adquiridas 200 ostras de cultivo do município de Raposa e 100 de Paço do Lumiar, além de 100 ostras extraídas de estoque natural do município de Primeira Cruz, totalizando 400 ostras. Estas foram agrupadas em 80 pools constituídos por cinco animais. De cada pool, as brânquias e a massa visceral foram removidas totalizando 160 pools, sendo 80 para o grupo das brânquias e 80 para o grupo de massa visceral. Na sequência, procedeu-se à extração de DNA de cada pool com a utilização de kit comercial com modificações. Posteriormente, realizou-se a detecção do DNA do protozoário por meio da técnica de Nested-PCR. Com a técnica utilizada, foi detectado o DNA do protozoário pesquisado em 2,5% (n=2/80) pools apenas de brânquias, sendo 1,25% pools (n=1/80) oriundos de cultivo e os outros 1,25% (n=1/80) de estoque natural. Com os resultados obtidos nesse estudo, conclui-se que as ostras analisadas do gênero Crassostrea sp., oriundas de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão, estavam contaminadas por Cryptosporidium sp. e podem se reverter em fontes potenciais para seres humanos e outros animais. Para a pesquisa de Cryptosporidium sp. em ostras, as brânquias são o tecido eletivo.

Integrative analysis in toxicological assessment of the insecticide Malathion in Allium cepa L. system / Análise integrativa na avaliação toxicológica do inseticida Malation no sistema Allium cepa L

Abstract For many centuries human populations have been suffering and trying to fight with disease-bearing mosquitoes. Emerging and reemerging diseases such as Dengue, Zika, and Chikungunya affect billions of people around the world and recently has been appealing to control with chemical pesticides. Malathion (MT) is one of the main pesticides used against mosquitoes, the vectors of these diseases. This study aimed to assess cytotoxicity and mutagenicity of the malathion for the bioindicator Allium cepa L. using a multivariate and integrative approach. Moreover, an appendix table was compiled with all available literature of insecticides assessed by the Allium cepa system to support our discussion. Exposures during 48h to 0.5 mg mL-1 and 1.0 mg mL-1 MT were compared to the negative control (distilled water) and positive control (MMS solution at 10 mg L-1). The presence of chromosomal aberrations, micronuclei frequency, and mitotic index abnormalities was evaluated. Anaphase bridges were the alterations with higher incidence and presented a significantly elevated rate in the concentration of 0.5 mg mL-1, including when compared to the positive control. The integrative discriminant analysis summarizes that MT in assessed concentrations presented effects like the positive control, corroborating its potential of toxicity to DNA. Therefore, it is concluded that MT in its pure composition and in realistic concentrations used, has genotoxic potential in the biological assessment of A. cepa cells. The multivariate integrative analysis was fundamental to show a whole response of all data, providing a global view of the effect of MT on DNA.

Resumo Por muitos séculos, as populações humanas sofrem e tentam combater os mosquitos transmissores de doenças. Doenças emergentes e reemergentes como Dengue, Zika e Chikungunya afetam bilhões de pessoas em todo o mundo e, recentemente, vem apelando ao controle com pesticidas químicos. O Malation (MT) é um dos principais pesticidas usados ​​contra mosquitos, vetores dessas doenças. O objetivo deste estudo foi avaliar a citotoxicidade e a mutagenicidade do MT para o bioindicador Allium cepa L. usando uma abordagem multivariada e integrativa. Além disso, uma tabela suplementar foi compilada com toda a literatura disponível de inseticidas avaliada pelo sistema Allium cepa para apoiar nossa discussão. Exposições ao MT durante 48h a 0,5 mg mL-1 e 1,0 mg mL-1 foram comparadas a um controle negativo (água destilada) e um controle positivo (10 mg L-1 de MMS). Foram avaliadas a presença de aberrações cromossômicas, frequência de micronúcleos e anormalidades no índice mitótico. As pontes anafásicas foram as alterações com maior incidência e apresentaram uma taxa significativamente elevada na concentração de 0,5 mg mL-1, inclusive quando comparadas ao controle positivo. A análise discriminante integrativa resume que o MT nas concentrações avaliadas apresentou efeitos semelhantes ao controle positivo, corroborando seu potencial de toxicidade para o DNA. Portanto, conclui-se que o MT, em sua composição pura e nas concentrações realistas utilizadas, possui potencial genotóxico na avaliação biológica de células de A. cepa. A análise integrativa multivariada foi fundamental para mostrar uma resposta completa de todos os dados, fornecendo uma visão global do efeito da MT no DNA.

Oxidative damage and exocrine dysfunction of ovine fetal pancreas are induced by maternal nutritional restriction

This study investigated oxidative damage and exocrine dysfunction of fetal pancreas caused by maternal nutritional restriction. Eighteen ewes carrying singleton fetus were randomly divided into control group (CG, ad libitum, 0.67 MJ ME/BW0.75/d, n = 6), restricted group 1 (RG1, 0.33 MJ ME/BW0.75/d, n = 6), and restricted group 2 (RG2, 0.18 MJ ME/BW0.75/d, n = 6) at d 90 of pregnancy. Maternal undernutrition was imposed from d 90 to 140 of pregnancy. At 140 d of gestation, fetal blood and pancreas tissue were collected to determine fetal pancreatic extracellular matrix, antioxidant capacity, and indicators of exocrine dysfunction. With the decrease of maternal nutrition, the fetal body weight, pancreatic weight, and DNA content were reduced in RG2 compared with CG, and increased and thickened collagen fibers were observed in RG2. Fetuses in RG2 exhibited increased collagen 3 (COL3) and fibronectin (FN) levels relative to CG, and the COL1:COL3 ratio was lower than that of the CG. For RG1, we found increased COL3 compared with CG. Malondialdehyde, serum amylase, and serum lipase in fetal pancreas in RG2 increased, but the total antioxidant capacity (T-AOC) decreased compared with the CG. The impaired ovine fetal pancreas growth, antioxidant imbalance, and pancreatic exocrine dysfunction are induced by maternal undernutrition during late pregnancy.

Cryptosporidium sp. in cultivated oysters and the natural oyster stock of the state of Maranhão, Brazil / Detecção de Cryptosporidium sp. em ostras de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão, Brasil

ABSTRACT: This study detected Cryptosporidium spp. in cultivated oysters and the natural oyster stock of the state of Maranhão and determine the elective tissue(s) to examine this protozoan. For this purpose, 200 cultivated oysters were purchased from the municipality of Raposa and another 100 from Paço do Lumiar. Additionally, 100 oysters were extracted from the natural stock of the municipality of Primeira Cruz, thus making up a total of 400 oysters. They were grouped into 80 pools consisting of 5 oysters each. From each pool, the gills and visceral mass were removed to obtain 160 pools, 80 pools for the gill group and another 80 for the visceral mass group. Then, DNA was extracted from each pool using a commercial kit with modifications. Subsequently, the protozoan DNA was detected using nested polymerase chain reaction. With this technique, the DNA of the protozoan under investigation was detected in 2.5% (n = 2/80) of the pools containing gills, with 1.25% of the pools (n = 1/80) belonging to the cultivation group of oysters and the other 1.25% (n = 1/80) to the natural stock. With the results obtained in this study, it was concluded that the analyzed oysters of the genus Crassostrea, from cultivation and natural stock groups, found in the state of Maranhão, were contaminated by Cryptosporidium spp. and may become potential sources of infection in humans and other animals. In addition, the gills are the elective tissue for the study of Cryptosporidium spp. in oysters.

RESUMO: Objetivou-se com o estudo detectar Cryptosporidium sp. em ostras de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão e determinar o(s) tecido(s) eletivo(s) para pesquisa desse protozoário. Para a realização do estudo foram adquiridas 200 ostras de cultivo do município de Raposa e 100 de Paço do Lumiar, além de 100 ostras extraídas de estoque natural do município de Primeira Cruz, totalizando 400 ostras. Estas foram agrupadas em 80 pools constituídos por cinco animais. De cada pool, as brânquias e a massa visceral foram removidas totalizando 160 pools, sendo 80 para o grupo das brânquias e 80 para o grupo de massa visceral. Na sequência, procedeu-se à extração de DNA de cada pool com a utilização de kit comercial com modificações. Posteriormente, realizou-se a detecção do DNA do protozoário por meio da técnica de Nested-PCR. Com a técnica utilizada, foi detectado o DNA do protozoário pesquisado em 2,5% (n=2/80) pools apenas de brânquias, sendo 1,25% pools (n=1/80) oriundos de cultivo e os outros 1,25% (n=1/80) de estoque natural. Com os resultados obtidos nesse estudo, conclui-se que as ostras analisadas do gênero Crassostrea sp., oriundas de cultivo e estoque natural no estado do Maranhão, estavam contaminadas por Cryptosporidium sp. e podem se reverter em fontes potenciais para seres humanos e outros animais. Para a pesquisa de Cryptosporidium sp. em ostras, as brânquias são o tecido eletivo.

Phylogeography of cliff racer (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) from Punjab, Pakistan / Filografia de penhasco (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) de Punjab, Paquistão

The present study reports the existence of cliff racer, Platyceps rhodorachis from the plains of Punjab, Pakistan. A total of 10 specimens were captured during the field surveys from June to September, 2018 from different sites of Punjab. Platyceps rhodorachis was identify on the basis of morphology and confirmed through COI gene sequences. The obtained DNA sequences have shown reliable and exact species identification. Newly produced DNA sequences of Platyceps rhodorachis were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MK936174.1, MK941839.1 and MT790210.1). N-J tree based on COI sequences of Platyceps rhodorachis clearly separated as out-group with other members of family Colubridae based on p-distance. The intra-specific genetic variation ranges from 12% to 18%. The DNA sequences of Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis and Platyceps ventromaculatus indusai are not available at NCBI to validate their taxonomic positions. In our recommendations, a large scale molecular based identification of Pakistan’s herpetofauna is required to report more new or subspecies from country.

O presente estudo relata a existência de um corredor de penhasco, Platyceps rhodorachis, das planícies de Punjab, Paquistão. Um total de 10 espécimes foi capturado durante os levantamentos de campo de junho a setembro de 2018 em diferentes locais de Punjab. Platyceps rhodorachis foi identificada com base na morfologia e confirmada por meio de sequências do gene COI. As sequências de DNA obtidas mostraram identificação de espécies confiável e exata. Sequências de DNA de Platyceps rhodorachis recém-produzidas foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MK936174.1, MK941839.1 e MT790210.1). Árvore N-J baseada em sequências COI de Platyceps rhodorachis claramente separadas como out-group com outros membros da família Colubridae com base na distância-p. A variação genética intraespecífica varia de 12% a 18%. As sequências de DNA de Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis e Platyceps ventromaculatus indusai não estão disponíveis no NCBI para validar suas posições taxonômicas. Em nossas recomendações, uma identificação de base molecular em grande escala da herpetofauna do Paquistão é necessária para relatar mais novas ou subespécies do país.

Phylogeography of cliff racer (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) from Punjab, Pakistan / Filografia de penhasco (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) de Punjab, Paquistão

The present study reports the existence of cliff racer, Platyceps rhodorachis from the plains of Punjab, Pakistan. A total of 10 specimens were captured during the field surveys from June to September, 2018 from different sites of Punjab. Platyceps rhodorachis was identify on the basis of morphology and confirmed through COI gene sequences. The obtained DNA sequences have shown reliable and exact species identification. Newly produced DNA sequences of Platyceps rhodorachis were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MK936174.1, MK941839.1 and MT790210.1). N-J tree based on COI sequences of Platyceps rhodorachis clearly separated as out-group with other members of family Colubridae based on p-distance. The intra-specific genetic variation ranges from 12% to 18%. The DNA sequences of Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis and Platyceps ventromaculatus indusai are not available at NCBI to validate their taxonomic positions. In our recommendations, a large scale molecular based identification of Pakistans herpetofauna is required to report more new or subspecies from country.(AU)

O presente estudo relata a existência de um corredor de penhasco, Platyceps rhodorachis, das planícies de Punjab, Paquistão. Um total de 10 espécimes foi capturado durante os levantamentos de campo de junho a setembro de 2018 em diferentes locais de Punjab. Platyceps rhodorachis foi identificada com base na morfologia e confirmada por meio de sequências do gene COI. As sequências de DNA obtidas mostraram identificação de espécies confiável e exata. Sequências de DNA de Platyceps rhodorachis recém-produzidas foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MK936174.1, MK941839.1 e MT790210.1). Árvore N-J baseada em sequências COI de Platyceps rhodorachis claramente separadas como out-group com outros membros da família Colubridae com base na distância-p. A variação genética intraespecífica varia de 12% a 18%. As sequências de DNA de Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis e Platyceps ventromaculatus indusai não estão disponíveis no NCBI para validar suas posições taxonômicas. Em nossas recomendações, uma identificação de base molecular em grande escala da herpetofauna do Paquistão é necessária para relatar mais novas ou subespécies do país.(AU)