Genome-sequence, annotation and phylogenetic insights of the lactic acid bacterium Limosilactobacillus fermentum strain LAB1 obtained from the dairy beverage borhani

Limosilactobacillus fermentum is a promising probiotic with several documented health benefits. LAB1 is an antagonistic L. fermentum strain isolated from borhani, a traditional South Asian beverage prepared from dairy and plant ingredients. Here, I present the genome sequence of the L. fermentum LAB1 strain, its annotation, and phylogenetic features. The 2.01 Mb genome with a G+C content of 51.9% was assembled into 221 contigs and predicted to have 1,913 protein-coding genes, 98 pseudo genes, 7 rRNAs, 60 tRNAs, and 1 CRISPR array. As much as 91.1% of the coding sequences could be assigned to known functional genes. Determination of average nucleotide identity (ANI) of the genome sequence revealed 99.37% identity to that of the type strain ATCC 14931. Its 16S rRNA gene sequence extracted from the genome sequence showed close phylogenetic association with several L. fermentum strains. The genome sequence is expected to provide useful insights with regard to the phenotypic, metabolic and beneficial aspects of this lactic acid bacterium.(AU)

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly / Novo mapeamento de mutações patogênicas do gene ASPM em famílias consanguíneas com microcefalia primária do Paquistão

Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be "disease causing", with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.

Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser "causador de doenças", com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly / Novo mapeamento de mutações patogênicas do gene ASPM em famílias consanguíneas com microcefalia primária do Paquistão

Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be "disease causing", with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.(AU)

Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser "causador de doenças", com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.(AU)

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly

Abstract Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be disease causing, with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.

Resumo Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser causador de doenças, com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.(AU)

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).(AU)

Pantoea ananatis in Oryza sativa in Brazil / Pantoea ananatis em Oryza sativa no Brasil

ABSTRACT: The state of Santa Catarina is the second-largest producer of rice seeds in Brazil. Research on phytopathogenicbacterias in this crop is scarce and the high frequency of panicle diseases leads to the hypothesis that seeds may be infected by bacteria. This research quantified the incidence of bacteria in the seeds, verified the bacteria viability during the storage period and characterized the associated bacteria. Seeds from the 2018/19 and 2019/20 seasons were analyzed. To check the incidence, the seeds were disinfected, plated on a nutrient agar + fungicide culture medium, and incubated for seven days at 27 °C. To assess viability, every 45 days, three cultivars stored in a processing unit were subjected to the same detection methodology. To characterize, prevalent colonies were isolated on semi-selective culture medium Pantoea genus-specific agar (PGSA), where the ones that showed growth were subjected to deoxyribonucleic acid (DNA) extraction and Polymerase Chain Reaction (PCR), DNA sequencing, and sequence comparison on GenBank. The hypersensitivity reaction (HR) in tobacco was performed using a bacterial suspension of each isolate. All seed samples had an average incidence of 83%. During storage, the seeds maintained stable bacterial viability, with an average incidence of 95% at the beginning of storage and 99% at the end of it. All isolates that grew in PGSA culture medium were identified by molecular characterization with 100% identity with two specimens of Pantoeaananatis and one of them induced RH in tobacco.

RESUMO: O estado de Santa Catarina é o segundo maior produtor de sementes de arroz do Brasil. As pesquisas com bactérias fitopatogênicas nesta cultura são escassas e a alta frequência de doenças da panícula leva à hipótese de que sementes podem estar infectadas por bactérias. O objetivo desta pesquisa foi quantificar a incidência de bactérias nas sementes, verificar a viabilidade das bactérias durante o período de armazenamento e caracterizar as bactérias associadas. Foram analisadas sementes das safras 2018/19 e 2019/20. Para verificar a incidência, as sementes foram desinfestadas, plaqueadas em meio de cultura ágar nutriente + fungicida e incubadas por sete dias a 27 °C. Para avaliar a viabilidade, a cada 45 dias, três cultivares armazenadas em uma unidade de beneficiamento foram submetidas à mesma metodologia de detecção. Para caracterizar, colônias prevalentes foram isoladas em meio de cultura semisseletivo Pantoea genus-specific ágar (PGSA), onde as que apresentaram crescimento foram submetidas à extração do ácido desoxirribonucléico (DNA) e Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), sequenciamento do DNA e comparação de sequências no GenBank. A reação de hipersensibilidade (HR) em tabaco foi realizada utilizando uma suspensão bacteriana de cada isolado. Todas as amostras de sementes apresentaram incidência média de 83%. Durante o armazenamento, as sementes mantiveram viabilidade bacteriana estável, com incidência média de 95% no início do armazenamento e 99% ao fim. Todos os isolados que cresceram no meio de cultura PGSA, foram identificados por caracterização molecular com 100% de identidade com dois espécimes de Pantoea ananatis e um deles induziu HR em tabaco.

Toll-like receptor 9 polymorphisms in brazilian patients with systemic lupus erythematosus: a pilot study

Abstract Toll-like receptor 9 (TLR9) is an important component of the innate immune system and have been associated with several autoimmune diseases, such as Systemic Lupus Erythematosus (SLE). The aim of this study was to investigate polymorphisms in TLR9 gene in a Brazilian SLE patients group and their association with clinical manifestation, particularly Jaccouds arthropathy (JA). We analyzed DNA samples from 204 SLE patients, having a subgroup of them presenting JA (n=24). A control group (n=133) from the same city was also included. TLR9 single nucleotide polymorphisms (SNPs) (1237 C>T and +2848 G>A) were identified by sequencing analysis. The TLR9 gene genotype frequency was similar both in SLE patients and the control group. In the whole SLE population, an association between the homozygosis of allele C at position 1237 with psychosis and anemia (p 0.01) was found. Likewise, the homozygosis of allele G at position +2848 was associated with a discoid rash (p 0.05). There was no association between JA and TLR9 polymorphisms. These data show that TLR9 polymorphisms do not seem to be a predisposing factor for SLE in the Brazilian population, and that SNPs are not associated with JA.

Resumo O receptor Toll-like 9 (TLR9) é um componente importante do sistema imunológico inato e tem sido associado a várias doenças autoimunes, como o Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES). O objetivo deste estudo foi investigar polimorfismos no gene TLR9 em um grupo de pacientes brasileiros com LES e sua associação com a manifestação clínica, particularmente a artropatia de Jaccoud (JA). Foram analisadas amostras de DNA de 204 pacientes com LES, e um subgrupo com JA (n=24). Um grupo de controle (n=133) da mesma cidade também foi incluído. Os polimorfismos de nucleotídeos únicos TLR9 (SNPs) (1237 C>T e +2848 G>A) foram identificados pela análise de sequenciamento. A frequência do genótipo genético TLR9 foi semelhante tanto em pacientes com LES quanto no grupo controle. Em toda a população de LES, foi encontrada associação entre a homozigose do alelo C na posição 1237 com psicose e anemia (p 0,01). Da mesma forma, a homozigose do alelo G na posição +2848 foi associada a uma erupção cutânea discoide (p 0,05). Não houve associação entre polimorfismos JA e TLR9. Esses dados mostram que os polimorfismos TLR9 não parecem ser um fator predisponível para o LES na população brasileira, e que os SNPs não estão associados ao JA.

Aeromonas from farmed tambaqui from North Brazil: molecular identification and pathogenic potential / Aeromonas de tambaqui de cultivo do norte do Brasil: identificação molecular e potencial patogênico

ABSTRACT: The aim of this study was to molecularly identify different species of Aeromonas isolated from farmed tambaqui (Colossoma macropomum) from North Brazil, and evaluate their pathogenic potential by the presence of virulence genes. From the extraction of bacterial DNA, PCR (polymerase chain reaction) of the primers 16S rDNA, aerA (cytolytic enterotoxin), ast (cytotoxic enterotoxin) and act (cytotoxic enterotoxin) were performed. Of 24 isolates evaluated, eight amplified the ast gene, one amplified the act gene, but the areA gene was not amplified in any isolate. Sequencing of the 16S rRNA primer revealed a predominance of Aeromonas jandaei specie (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), for the first time isolated from fish in Brazil, and Aeromonas hydrophila (4%) each appeared as just one isolate. Results showed that 32% of Aeromonas isolated from farmed tambaqui have considerable pathogenic potential for systemic damage, since the selected PCR primers are encoding the most common virulence genes in Aeromonas with high pathogenic intensity.

RESUMO: O objetivo deste estudo foi identificar molecularmente diferentes espécies de Aeromonas isoladas de tambaqui (Colossoma macropomum) de cultivo do norte do Brasil e avaliar seu potencial patogênico pela presença de genes de virulência. A partir da extração do DNA bacteriano, foi realizada a PCR (reação em cadeia da polimerase) dos primers 16S rDNA, aerA (enterotoxina citolítica), ast (enterotoxina citotóxica) e act (enterotoxina citotóxica). Dos 24 isolados avaliados, oito amplificaram o gene ast, um amplificou o gene act, mas o gene areA não foi amplificado em nenhum isolado. O sequenciamento do primer 16S rRNA revelou uma predominância da espécie Aeromonas jandaei (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), pela primeira vez isolada em peixes no Brasil, e Aeromonas hydrophila (4%) apareceram cada uma como apenas um isolado. Os resultados mostram que 32% das Aeromonas isoladas de tambaqui de cultivo apresentam considerável potencial patogênico para danos sistêmicos, uma vez que os primers de PCR selecionados estão codificando os genes de virulência mais comuns em Aeromonas com alta intensidade patogênica.

Novel Pathogenic Mutation Mapping of ASPM Gene in Consanguineous Pakistani Families with Primary Microcephaly / Novo mapeamento de mutações patogênicas do gene ASPM em famílias consanguíneas com microcefalia primária do Paquistão

Abstract Autosomal recessive primary microcephaly (MCPH) is a neurodevelopmental disorder characterized by a congenitally reduced head circumference (-3 to -5 SD) and non-progressive intellectual disability. The objective of the study was to evaluate pathogenic mutations in the ASPM gene to understand etiology and molecular mechanism of primary microcephaly. Blood samples were collected from various families across different remote areas of Pakistan from February 2017 to May 2019 who were identified to be affected with primary microcephaly. DNA extraction was performed using the salting-out method; the quality and quantity of DNA were evaluated using spectrophotometry and 1% agarose gel electrophoresis, respectively in University of the Punjab. Mutation analysis was performed by whole exome sequencing from the Cologne Center for Genomics, University of Cologne. Sanger sequencing was done in University of the Punjab to confirm the pathogenic nature of mutation. A novel 4-bp deletion mutation c.3877_3880delGAGA was detected in exon 17 of the ASPM gene in two primary microcephaly affected families (A and B), which resulted in a frame shift mutation in the gene followed by truncated protein synthesis (p.Glu1293Lysfs*10), as well as the loss of the calmodulin-binding IQ domain and the Armadillo-like domain in the ASPM protein. Using the in-silico tools Mutation Taster, PROVEAN, and PolyPhen, the pathogenic effect of this novel mutation was tested; it was predicted to be "disease causing," with high pathogenicity scores. One previously reported mutation in exon 24 (c.9730C>T) of the ASPM gene resulting in protein truncation (p.Arg3244*) was also observed in family C. Mutations in the ASPM gene are the most common cause of MCPH in most cases. Therefore, enrolling additional affected families from remote areas of Pakistan would help in identifying or mapping novel mutations in the ASPM gene of primary microcephaly.

Resumo Microcefalia primária autossômica recessiva (MCPH) é um distúrbio do neurodesenvolvimento caracterizado por uma redução congênita do perímetro cefálico (-3 a -5 DP) e deficiência intelectual não progressiva. O objetivo do estudo foi avaliar mutações patogênicas no gene ASPM a fim de compreender a etiologia e o mecanismo molecular da microcefalia primária. Amostras de sangue foram coletadas de várias famílias em diferentes áreas remotas do Paquistão de fevereiro de 2017 a maio de 2019, que foram identificadas como afetadas com microcefalia primária. A extração do DNA foi realizada pelo método salting-out; a qualidade e a quantidade de DNA foram avaliadas por espectrofotometria e eletroforese em gel de agarose a 1%, respectivamente, na Universidade de Punjab. A análise de mutação foi realizada por sequenciamento completo do exoma do Cologne Center for Genomics, University of Cologne. O sequenciamento de Sanger foi feito na Universidade do Punjab para confirmar a natureza patogênica da mutação. Uma nova mutação de deleção de 4 bp c.3877_3880delGAGA foi detectada no exon 17 do gene ASPM em duas famílias afetadas por microcefalia primária (A e B), que resultou em uma mutação de frame shift no gene seguida por síntese de proteína truncada (pGlu1293Lysfs * 10), bem como a perda do domínio IQ de ligação à calmodulina e o domínio do tipo Armadillo na proteína ASPM. Usando as ferramentas in-silico Mutation Taster, PROVEAN e PolyPhen, o efeito patogênico dessa nova mutação foi testado; foi previsto ser "causador de doenças", com altos escores de patogenicidade. Uma mutação relatada anteriormente no exon 24 (c.9730C > T) do gene ASPM, resultando em truncamento de proteína (p.Arg3244 *) também foi observada na família C. Mutações no gene ASPM são a causa mais comum de MCPH na maioria dos casos . Portanto, a inscrição de famílias afetadas adicionais de áreas remotas do Paquistão ajudaria a identificar ou mapear novas mutações no gene ASPM da microcefalia primária.

Fatal and disseminated infection by Entamoeba invadens in a red-footed tortoise (Chelonoidis carbonaria)

Amebiasis is an important parasitosis that can affect reptiles, specially caused by protozoas of the genus Entamoeba, which include pathogenic or commensal species. Entamoeba invadens is the most common amoeba to cause serious disease and death in reptiles. This paper aims to report a case of a sudden death due to a disseminated infection by Entamoeba invadens in a red-footed tortoise (Chelonoidis carbonaria). The animal was brought to the Center for Management and Conservation of Wild Animals of the Fauna Division and found dead after being kept in an enclousure with other captive tortoises for 11 months. Macroscopic findings evidenced necrotizing typhlitis and proctitis and round yellow areas in the right lobe of liver parenchyma. In the histological examination, necrotizing and heterophilic enteritis and necrotizing hepatitis with macrovesicular degeneration of hepatocytes, associated with mixed inflammatory infiltrate were present. Both organs revealed numerous amoebic trophozoites, morphologically suggestive of the genus Entamoeba, and bacterial colonies. The agent was confirmed by PCR and Sanger DNA sequencing, which leads this study to be the first confirmed case report of E. invadens infection in Brazil in a red-footed tortoise.(AU)

Morphological and molecular characterization of the monogenean gill parasite, Acleotrema maculatus, infecting Argyrops filamentosus fish in the Red Sea, Saudi Arabia / Caracterização morfológica e molecular do parasita monogênico de brânquias, Acleotrema maculatus, que infecta o peixe Argyrops filamentosus no Mar Vermelho, Arábia Saudita

Fish are considered one of the important sources of protein which are invaded by different parasites. This study aimed to shed light on monogenean parasites that infect fish within the family Sparidae in Saudi Arabia. A total of 30 Argyrops filamentosus specimens were collected from the Red Sea, the city of Jeddah (Saudi Arabia), and then examined for the presence of monogenean parasites. Parasitic species were isolated and studied morphologically using light microscopic examination and molecularly via the partial sequencing of the 28S rRNA gene. Only a monogenean parasitic species has been identified. This parasite is morphologically and morphometric compatible with previously Acleotrema maculatus Morsy, El-Fayoumi & Fahmy (2014), identified from Plectropomus maculatus in the Red Sea, Egypt. Phylogeny revealed that this putative diplectanid species nested well within a clade clustering Diplectanidae species, which along with morphological data, suggests it is a member of the genus Acleotrema. Query sequences showed identities of 98.92% for 28S rRNA (AF026118.1) of Acleotrema sp. This study reflects the first account of this genus as endoparasite taxa of the examined sparid fish, as well as providing novel DNA data for this species.

Os peixes são considerados uma das fontes importantes de proteína e são invadidos por diferentes parasitas. O objetivo deste estudo foi esclarecer os parasitas monogênicos que infectam peixes da família Sparidae na Arábia Saudita. Um total de 30 espécimes de Argyrops filamentosus foi coletado no Mar Vermelho, na cidade de Jeddah (Arábia Saudita), e depois examinado quanto à presença de parasitas monogênicos. As espécies parasitárias foram isoladas e estudadas morfologicamente por meio de exame microscópico leve e molecularmente por meio do sequenciamento parcial do gene 28S rRNA. Apenas uma espécie de parasita monogênico foi identificada. Esse parasita é morfologicamente e morfometricamente compatível com o Acleotrema maculatus Morsy, El-Fayoumi & Fahmy (2014), identificado anteriormente em Plectropomus maculatus no Mar Vermelho, Egito. A filogenia revelou que essa suposta espécie de diplectanídeo se aninhou bem em um clado que agrupa espécies de Diplectanidae, o que, juntamente com dados morfológicos, sugere que é um membro do gênero Acleotrema. As sequências de consulta mostraram identidades de 98,92% para 28S rRNA (AF026118.1) de Acleotrema sp. Este estudo reflete o primeiro relato desse gênero como táxon endoparasitário do peixe esparídeo examinado, além de fornecer novos dados de DNA para essa espécie.

Performance of the tetra-primer PCR technique compared to PCR-RFLP in the search for rs12979860 (C/T) and rs8099917 (T/G) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IFNL4 gene / Desempenho da técnica tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP na pesquisa de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) rs12979860 (C/T) e rs8099917 (T/G) no gene IFNL4

Single nucleotide polymorphisms (SNPs, rs12979860 e rs8099917) in the Interferon Lambda 4 gene (IFNL4, formerly IFNL3and/or IL28B) has been associated with failure in the innate immune response, sustained virological response in hepatitis C, and HTLV-1-associated myelopathy (HAM) development. To search for these polymorphisms several methodologies can be employed, such as sequencing, real-time or quantitative polymerase chain reaction (qPCR), restriction fragment length polymorphism analysis in PCR products (PCR-RFLP), and tetra-primer PCR. The present study compared the performance of the tetra-primer PCR in relation to the PCR-RFLP, both optimized in the Research HTLV Laboratory of the Center of Immunology of Instituto Adolfo Lutz in São Paulo. One hundred DNA samples obtained from patients of STD/Aids Reference Centre in São Paulo, previously analyzed for IL28B SNPs by PCR-RFLP were selected for analysis, after confirming that they represent all IL28B SNPs patterns described in the literature. The results obtained showed concordance between the PCR-RFLP and the tetra-primer PCR SNPs results, and because of the low cost, easy to perform, and minor employment of biological specimen and reagents, the tetra-primer PCR is of choice to be used in routine. (AU)

Polimorfismos de nucleotídeos únicos (single nucleotide polymorphisms, SNPs rs12979860 e rs8099917) no gene que codifica o Interferon Lambda 4 (IFNL4, antigamente IFNL3 e/ou IL28B) têm sido associados às falhas na resposta imune inata e resposta virológica sustentada na hepatite C, e a mielopatia associada ao HTLV-1 (HTLV-1-associated myelopathy, HAM). A pesquisa destes polimorfismos pode empregar diversas metodologias: sequenciamento, reação em cadeia da polimerase em tempo real ou quantitativa (quantitative polymerase chain reaction, qPCR), análise de fragmentos de restrição enzimática em produtos de PCR (restriction fragment length polymorphism in PCR products, PCR-RFLP) e a tetra-primer PCR. Este estudo comparou o desempenho da tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP, ambas otimizadas no Laboratório de Pesquisa em HTLV do Centro de Imunologia do Instituto Adolfo Lutz de São Paulo. Foram selecionadas 100 amostras de DNA obtidas de pacientes do Centro de Referência e Treinamento em DST/Aids de São Paulo cujos SNPs na IL28B foram anteriormente determinados por PCR-RFLP e representaram todos os perfis descritos em literatura. Os resultados obtidos mostraram concordância entre elas, e pelo fato da tetra-primer PCR ter menor custo, ser de fácil execução, empregar menos tempo, insumos e material biológico, é a técnica de escolha para uso em rotina. (AU)

Aeromonas from farmed tambaqui from North Brazil: molecular identification and pathogenic potential / Aeromonas de tambaqui de cultivo do norte do Brasil: identificação molecular e potencial patogênico

The aim of this study was to molecularly identify different species of Aeromonas isolated from farmed tambaqui (Colossoma macropomum) from North Brazil, and evaluate their pathogenic potential by the presence of virulence genes. From the extraction of bacterial DNA, PCR (polymerase chain reaction) of the primers 16S rDNA, aerA (cytolytic enterotoxin), ast (cytotoxic enterotoxin) and act (cytotoxic enterotoxin) were performed. Of 24 isolates evaluated, eight amplified the ast gene, one amplified the act gene, but the areA gene was not amplified in any isolate. Sequencing of the 16S rRNA primer revealed a predominance of Aeromonas jandaei specie (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), for the first time isolated from fish in Brazil, and Aeromonas hydrophila (4%) each appeared as just one isolate. Results showed that 32% of Aeromonas isolated from farmed tambaqui have considerable pathogenic potential for systemic damage, since the selected PCR primers are encoding the most common virulence genes in Aeromonas with high pathogenic intensity.

O objetivo deste estudo foi identificar molecularmente diferentes espécies de Aeromonas isoladas de tambaqui (Colossoma macropomum) de cultivo do norte do Brasil e avaliar seu potencial patogênico pela presença de genes de virulência. A partir da extração do DNA bacteriano, foi realizada a PCR (reação em cadeia da polimerase) dos primers 16S rDNA, aerA (enterotoxina citolítica), ast (enterotoxina citotóxica) e act (enterotoxina citotóxica). Dos 24 isolados avaliados, oito amplificaram o gene ast, um amplificou o gene act, mas o gene areA não foi amplificado em nenhum isolado. O sequenciamento do primer 16S rRNA revelou uma predominância da espécie Aeromonas jandaei (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), pela primeira vez isolada em peixes no Brasil, e Aeromonas hydrophila (4%) apareceram cada uma como apenas um isolado. Os resultados mostram que 32% das Aeromonas isoladas de tambaqui de cultivo apresentam considerável potencial patogênico para danos sistêmicos, uma vez que os primers de PCR selecionados estão codificando os genes de virulência mais comuns em Aeromonas com alta intensidade patogênica.

Pantoea ananatis in Oryza sativa in Brazil / Pantoea ananatis em Oryza sativa no Brasil

The state of Santa Catarina is the second-largest producer of rice seeds in Brazil. Research on phytopathogenicbacterias in this crop is scarce and the high frequency of panicle diseases leads to the hypothesis that seeds may be infected by bacteria. This research quantified the incidence of bacteria in the seeds, verified the bacteria viability during the storage period and characterized the associated bacteria. Seeds from the 2018/19 and 2019/20 seasons were analyzed. To check the incidence, the seeds were disinfected, plated on a nutrient agar + fungicide culture medium, and incubated for seven days at 27 °C. To assess viability, every 45 days, three cultivars stored in a processing unit were subjected to the same detection methodology. To characterize, prevalent colonies were isolated on semi-selective culture medium Pantoea genus-specific agar (PGSA), where the ones that showed growth were subjected to deoxyribonucleic acid (DNA) extraction and Polymerase Chain Reaction (PCR), DNA sequencing, and sequence comparison on GenBank. The hypersensitivity reaction (HR) in tobacco was performed using a bacterial suspension of each isolate. All seed samples had an average incidence of 83%. During storage, the seeds maintained stable bacterial viability, with an average incidence of 95% at the beginning of storage and 99% at the end of it. All isolates that grew in PGSA culture medium were identified by molecular characterization with 100% identity with two specimens of Pantoeaananatis and one of them induced RH in tobacco.

O estado de Santa Catarina é o segundo maior produtor de sementes de arroz do Brasil. As pesquisas com bactérias fitopatogênicas nesta cultura são escassas e a alta frequência de doenças da panícula leva à hipótese de que sementes podem estar infectadas por bactérias. O objetivo desta pesquisa foi quantificar a incidência de bactérias nas sementes, verificar a viabilidade das bactérias durante o período de armazenamento e caracterizar as bactérias associadas. Foram analisadas sementes das safras 2018/19 e 2019/20. Para verificar a incidência, as sementes foram desinfestadas, plaqueadas em meio de cultura ágar nutriente + fungicida e incubadas por sete dias a 27 °C. Para avaliar a viabilidade, a cada 45 dias, três cultivares armazenadas em uma unidade de beneficiamento foram submetidas à mesma metodologia de detecção. Para caracterizar, colônias prevalentes foram isoladas em meio de cultura semisseletivo Pantoea genus-specific ágar (PGSA), onde as que apresentaram crescimento foram submetidas à extração do ácido desoxirribonucléico (DNA) e Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), sequenciamento do DNA e comparação de sequências no GenBank. A reação de hipersensibilidade (HR) em tabaco foi realizada utilizando uma suspensão bacteriana de cada isolado. Todas as amostras de sementes apresentaram incidência média de 83%. Durante o armazenamento, as sementes mantiveram viabilidade bacteriana estável, com incidência média de 95% no início do armazenamento e 99% ao fim. Todos os isolados que cresceram no meio de cultura PGSA, foram identificados por caracterização molecular com 100% de identidade com dois espécimes de Pantoea ananatis e um deles induziu HR em tabaco.

Ribosomal, mitochondrial and bacterial (Wolbachia) reference sequences for Dipetalonema gracile obtained from a wild pied tamarin (Saguinus bicolor) host in Manaus, Brazil / Sequências ribossômicas, mitocondriais e bacterianas (Wolbachia) de referência para Dipetalonema gracile obtidas de um hospedeiro sauim-de-coleira (Saguinus bicolor) em Manaus, Brasil

The primates that inhabit the rainforest surrounding the city of Manaus (Amazonas, Brazil) have long been recognised as potentially important reservoirs of emerging and re-emerging infectious diseases (ERIDs). PCR amplification of filarial sequences from wild-caught Simulium oyapockense has been used to incriminate potentially important Amazon-region ERID bridge vectors by showing they had previously fed on non-human primates. The broader use of filarial parasite sequences for the incrimination of biting insects as potentially important zoonotic disease vectors is limited by a paucity of primate-derived filarial parasite reference sequences which can be matched to the PCR amplified sequences obtained from insect-vector vectors. Here we have used shotgun sequencing to obtain reference data from an adult Dipetalonema gracile parasite which was found infecting a wild pied tamarin (Saguinus bicolor) in a peripheral region of Manaus. We report the parasite´s complete mitochondrial genome (which is 13,647 base pairs in length), 894,846 base pairs of its Wolbachia genome and 6,426 base pairs of its ribosomal DNA locus (spanning from the start of its 18S subunit to the end of its 28S subunit). Despite being critically endangered, S. bicolor is commonly encountered around the periphery of Manaus and in urban forest fragments. The reported sequences may be a useful reference tool for identifying ERID bridge vectors and potentially provide some insights into the amount and the nature of contact between primate pathogen reservoirs and the residents of Manaus.(AU)

Os primatas que habitam a floresta tropical ao redor da cidade de Manaus (Amazonas, Brasil) há muito são reconhecidos como reservatórios potencialmente importantes de doenças infecciosas emergentes e reemergentes. Sequências de DNA de parasitas filariais detectadas por PCR em amostras de Simulium oyapockense foram usadas para demonstrar que eles haviam se alimentado anteriormente de primatas não humanos e, dessa maneira, incriminar vetores-ponte da região amazônica. O uso mais amplo de detecção de parasitas filariais para a incriminação de vetores-ponte é limitado por uma escassez de sequências referência de parasitas filarias obtidas de hospedeiros. Aqui nós usamos o sequenciamento tipo shotgun para obter dados de referência de um parasita adulto Dipetalonema gracile encontrado infectando um sauim-de-coleira, Saguinus bicolor no entorno de Manaus. Relatamos o genoma mitocondrial completo do parasita (que tem 13.647 pares de bases de comprimento), 894.846 pares de bases de seu genoma de Wolbachia e 6.426 pares de bases de seu locus de DNA ribossômico (desde o início de sua subunidade 18S até o final de sua subunidade 28S). Apesar de criticamente ameaçado, S. bicolor é comumente encontrado no entorno de Manaus e em fragmentos florestais urbanos. As sequências relatadas podem ser uma ferramenta de referência útil para identificar vetores ponte e potencialmente fornecer algumas informações sobre o contato entre reservatórios de patógenos de primatas e os moradores de Manaus.(AU)

Occurrence of Apicomplexa protozoa in wild birds in the Northeast region of Brazil / Ocorrência de protozoários Apicomplexa em aves silvestres na região Nordeste do Brasil

Protozoa of the Apicomplexa phylum are worldwide distributed with capacity to infect endothermic animals. The study of these protozoa in wild birds in Brazil is scarce. This study aimed to evaluate the occurrence of apicomplexan protozoa in wild birds in the Northeast of Brazil. From October to December 2019, brain tissue samples were collected from 71 captive birds from the Wild Animal Screening Center of the Pernambuco State (CETRAS-Tangara) and 25 free-living birds from the Caatinga biome in Rio Grande do Norte, totaling 96 animals (41 species). Brain fragments were subjected to molecular diagnosis by nested PCR for the 18s rDNA gene of Apicomplexa parasites, followed by DNA sequencing. This gene was detected in 25% (24/96) of the samples, and it was possible to perform DNA sequencing of 14 samples, confirming three genera: Isospora, Sarcocystis and Toxoplasma from eight bird species (Amazona aestiva, Coereba flaveola, Egretta thula, Paroaria dominicana, Sporophila nigricollis, Cariama cristata, Columbina talpacoti, Crypturellus parvirostris). The occurrence these coccidia in wild birds provides important epidemiological information for the adoption of preventive measures for its conservation. Future studies are needed to better understand the consequence of Apicomplexa infection in birds in Caatinga and Atlantic Forest biomes.(AU)

Protozoários do filo Apicomplexa são distribuídos mundialmente e com capacidade de infectar animais endotérmicos. O estudo destes protozoários, em aves silvestres do Brasil, é escasso. Objetivou-se avaliar a ocorrência de protozoários Apicomplexa em aves silvestres na região Nordeste do Brasil. De outubro a dezembro de 2019, foram coletadas amostras de encéfalo de 71 aves de cativeiro do Centro de Triagem e Reabilitação de Animais Silvestres de Pernambuco (CETRAS-Tangara). E 25 aves de vida livre do bioma Caatinga no Rio Grande do Norte, totalizando 96 animais (41 espécies). Os fragmentos de encéfalo foram submetidos ao diagnóstico molecular por nested PCR, para o gene 18s rDNA de protozoários Apicomplexa, seguido por sequenciamento do DNA. Este gene foi detectado em 25% (24/96) das amostras analisadas; foi possível realizar o sequenciamento de 14 amostras, confirmando-se três gêneros: Isospora, Sarcocystis e Toxoplasma em oito espécies de aves (Amazona aestiva, Coereba flaveola, Egretta thula, Paroaria dominicana, Sporophila nigricollis, Cariama cristata, Columbina talpacoti, Crypturellus parvirostris). A ocorrência destes coccídios nas aves silvestres fornece informações epidemiológicas importantes para a adoção de medidas preventivas tendo em vista sua conservação. Estudos futuros são necessários para melhor compreensão da consequência da infecção por Apicomplexa, em aves silvestres dos biomas Caatinga e Floresta Atlântica.(AU)

Association of Palm gene mutations with structure and function of paralemmin proteins in Lori-Bakhtiari and Zel sheep Breeds

The aim of current study was to survey genetic variability of PALM gene'sexon 3 and 4 by PCR-SSCP and DNA sequencing in Zel and Lori Bakhtiari sheep breeds. TheSIFT(Sorting Intolerant from Tolerant) and PHyre2 program were used to predict the possible impact of amino acid substitutions on performance and structure of the paralemmin protein. A total of 140 animal's from 2 Iranian sheep breeds with different fat metabolisms, Lori-Bakhtiari and Zel sheep breeds were considered. The results showed that there are two polymorphic sites including a nonsynonymous substitution and an insertion mutation (49bp). Non-synonymous mutation deduced Thr20Ala amino acid exchange and ensuing two different structures for paralemmin protein that could be potentially affect protein structure and function during the interaction with glutamate in the cytosolic surface of plasma membrane. PALMgene, according to evolutionary path, is classified into two separate categories. In first covey, Gallus gallusand in second one, other species in several branches, so that the sequence of cow and sheep is placed in a sub-branch which forms a clade beside goat. Comparison of illustrated coding region sequences, PALMgene among different species, is of orthologous which are derived from a common ancestor.(AU)