Emerging porcine adenovirus PAdV-SVN1 and other enteric viruses in samples of industrialized meat by-products / Detecção de adenovírus suíno PAdV-SVN1 emergente e outros vírus entéricos em amostras de subprodutos de carne industrializados

Foodborne diseases are often related to consumption of contaminated food or water. Viral agents are important sources of contamination and frequently reported in food of animal origin. The goal of this study was to detect emerging enteric viruses in samples of industrialized foods of animal origin collected in establishments from southern of Brazil. In the analyzed samples, no Hepatitis E virus (HEV) genome was detected. However, 21.8% (21/96) of the samples were positive for Rotavirus (RVA) and 61.4% (59/96) for Adenovirus (AdV), including Human adenovirus-C (HAdV-C), Porcine adenovirus-3 (PAdV-3) and new type of porcine adenovirus PAdV-SVN1. In the present research, PAdV-SVN1 was detected in foods for the first time. The presence of these viruses may be related to poor hygiene in sites of food preparation, production or during handling.(AU)

As doenças transmitidas por alimentos são frequentemente descritas e relacionadas ao consumo de alimentos ou água contaminados, sendo alguns agentes virais importantes fontes de contaminação e frequentemente encontrados em alimentos de origem animal. O objetivo deste trabalho foi detectar patógenos entéricos emergentes em amostras de alimentos industrializados de origem animal coletados em estabelecimentos da região sul do Brasil. Nas amostras analisadas, não foi detectado o genoma do vírus da Hepatite E (HEV). No entanto, 21,8% (21/96) das amostras foram positivas para Rotavírus (RV) e 61,4% (59/96) para adenovírus (AdV), incluindo Adenovírus humano-C (HAdV-C), Adenovírus porcino-3 (PAdV-3) e novo tipo de suíno adenovírus PAdV-SVN1. No presente trabalho, é descrito pela primeira vez em alimentos a presença de PAdV-SVN1. A presença desses vírus pode estar relacionada à falta de higiene em locais de preparo de alimentos, manipulação de produção.(AU)

High frequency of hepatitis E virus infection in swine from South Brazil and close similarity to human HEV isolates

Hepatitis E virus is responsible for acute and chronic liver infections worldwide. Swine hepatitis E virus has been isolated in Brazil, and a probable zoonotic transmission has been described, although data are still scarce. The aim of this study was to investigate the frequency of hepatitis E virus infection in pigs from a small-scale farm in the rural area of Paraná State, South Brazil. Fecal samples were collected from 170 pigs and screened for hepatitis E virus RNA using a duplex real-time RT-PCR targeting a highly conserved 70 nt long sequence within overlapping parts of ORF2 and ORF3 as well as a 113 nt sequence of ORF2. Positive samples with high viral loads were subjected to direct sequencing and phylogenetic analysis. hepatitis E virus RNA was detected in 34 (20.0%) of the 170 pigs following positive results in at least one set of screening real-time RT-PCR primers and probes. The swine hepatitis E virus strains clustered with the genotype hepatitis E virus-3b reference sequences in the phylogenetic analysis and showed close similarity to human hepatitis E virus isolates previously reported in Brazil.(AU)

Epidemiologia da infecção pelo vírus da hepatite E no Rio Grande do Sul

As Hepatites virais têm alta morbidade e mortalidade e representam um dos principais desafios para a saúde pública mundial. Entre os agentes virais causadores de hepatites, o Vírus da Hepatite E (HEV) é o único que contém genótipos com potencial zoonótico. No Rio Grande do Sul (RS), a infecção pelo HEV é comum em criações não comerciais de suínos. Estudos preliminares indicaram também uma alta prevalência de anticorpos anti-HEV em voluntários doadores de sangue. Neste estudo, o objetivo foi determinar a prevalência de anticorpos anti-HEV na população de três importantes municípios do RS (Caxias do Sul, Passo Fundo e Santa Maria) e verificar a existência de portadores do HEV. Amostras de soro sanguíneo (n = 1.000) foram obtidas aleatoriamente de laboratórios de análises clínicas de cada um dos municípios, totalizando 3.000 amostras. A presença de anticorpos anti-HEV (imunoglobulina G = IgG) foi analisada por meio de um teste ELISA indireto em todas as amostras de soro; a presença do HEV foi investigada por meio da transcrição reversa e reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-qPCR) em grupos de amostras (50 soros por grupo, 20 grupos por município). A prevalência em cada município foi analisada considerando-se o gênero e faixa etária. Em Caxias do Sul, a prevalência de anticorpos antiHEV foi de 58,2% entre as mulheres e 56,1% entre os homens. A presença de anticorpos antiHEV foi progressivamente maior e proporcional a faixa etária, sem diferenças em relação ao gênero: 29,9% (0 a 20 anos); 48,3% (21 40 anos); 61,4% (41 60 anos) e 75,0% (acima de 60 anos). Em Passo Fundo, a prevalência de anticorpos anti-HEV foi maior em pessoas do sexo masculino (67,2% em homens versus 64,2% em mulheres); em relação à faixa etária, a soroprevalência observada seguiu o mesmo padrão, aumentando conforme a idade: 40,0% (0 a 20 anos); 55,3% (21 40 anos); 71,1% (41 60 anos) e 77,2% (acima de 60 anos). Em Santa Maria, anticorpos anti-HEV foram mais prevalentes em homens (58,5%) do que mulheres (53,4%) e seguiu o mesmo padrão em relação à faixa etária: 34,2% (0 a 20 anos); 47,8% (21 40 anos); 60,8% (41 60 anos) e 72,8% (acima de 60 anos). No geral, desconsiderando-se gênero e faixa etária, a prevalência de anticorpos anti-HEV foi maior em Passo Fundo (65,5%), seguido de Caxias do Sul (57,4%) e Santa Maria (55,4%). Todos os grupos de amostras resultaram negativas na RT-qPCR. A alta prevalência de anticorpos antiHEV indica que o vírus está amplamente disseminado; a crescente prevalência de anticorpos anti-HEV em relação à faixa indica que o vírus está continuadamente presente no ambiente e ou alimentos e representa um desafio constante a saúde dos indivíduos. A ausência de amostras positivas para o HEV na RT-qPCR, no entanto, indica que não havia amostras de soro positivas para o HEV ou que havia amostras positivas, no entanto o limiar de detecção do HEV na RT-qPCR está acima daquele possivelmente presente em um grupo de amostras. De qualquer maneira, esse dado não diminui a importância dos nossos resultados; ao contrário, corrobora nossos estudos prévios e reforça a tese de que o HEV é endêmico no RS.

The high morbidity and mortality rates observed in viral hepatitis poses a major threat to public health system worldwide. Amongst viral hepatitis agents, the hepatitis E virus (HEV) is the only one with zoonotic genotypes and commonly found on non-commercial swine herds in Rio Grande do Sul (RS). Here, our main goal was to evaluate the anti-HEV antibody prevalence in humans from three major RS municipalities (Caxias do Sul, Passo Fundo and Santa Maria) and to investigate the existence of HEV carriers. Serum blood samples (n = 1000) were randomly obtained from clinical laboratories from each municipality totalizing 3.000 samples. The presence of immunoglobulin G (IgG) antibodies was assayed by an in house ELISA in all serum samples; the presence of HEV was investigated by the reverse transcription real time polymerase chain reaction (RT-qPCR) in pools of 50 samples (20 pools per municipality). The serum prevalence in each municipality was analyzed considering gender and age range. In Caxias do Sul, the prevalence of anti-HEV antibodies within women was 58.2% and 56.1% within men. In addition, the prevalence of antibodies to HEV was progressively higher and proportional to age range with no gender distinction: 29.9% (0 to 20 years); 48.3% (21 to 40 years); 61.4% (41 to 60 years) and 75.0% (over 60 years). In Passo Fundo, anti-HEV antibodies were more prevalent in men (67.2%) than in women (64.2%); however, age range distribution was similar and increased with age range: 40.0% (0 to 20 years); 55.3% (21 to 40 years); 71.1% (41 to 60 years) and 77.2% (over 60 years). Similarly, in Santa Maria, the prevalence of anti-HEV antibodies was higher in men (58.5%) than in women (53.4%) and followed the same age range pattern: 34.2% (0 to 20 years); 47.8% (21 to 40 years); 60.8% (41 to 60 years) and 72.8% (over 60 years). Overall, disregarding gender and age range, the prevalence of anti-HEV antibodies was higher in Passo Fundo (65.5%), followed by Caxias do Sul (57.4%) and Santa Maria (55.4%). Despite the high antibody prevalence, no HEV virus carrier was detected by RT-qPCR amongst all pools samples. The high prevalence of anti-HEV antibodies indicates that the virus is ubiquitously distributed and the increasing prevalence directly related to age range suggests that the virus is continuously present on the environment and/or foodstuff and poses a permanent threat to human health. The absence of positive samples to the HEV RNA indicates that all samples had no virus or that there were samples with HEV but the detection threshold of our RT-qPCR was higher than the minimum amount of HEV that could be present in a given serum pool. Nonetheless, this finding does not lessen our results, at contrary, it strengthen our previous findings indicating that HEV is endemic in RS.

HEPEVÍRUS E HEPACIVÍRUS EM ANIMAIS DE PRODUÇÃO: UMA ABORDAGEM MOLECULAR E EPIDEMIOLÓGICA

Os cinco principais vírus da hepatite humana, denominados de A-E, possuem estruturas genômicas e estratégias de replicação distintas, além de pertencerem a cinco famílias virais diferentes. As infecções pelo vírus da hepatite A (HAV) e vírus da hepatite E (HEV) são, geralmente, agudas e transmitidas por rotas oro fecais. Em contraste, as infecções pelo vírus da hepatite B (HBV), vírus da hepatite C (HCV) e vírus da hepatite D (HDV) podem ser transitórias ou crônicas e são transmitidas por via parenteral. Apesar dessas diferenças, todos possuem importantes características em comum, como replicação e infecção primária no fígado. HEV, que pertence à família Hepeviridae, possui distribuição mundial e é responsável por causar uma hepatite aguda em humanos com grave apresentação clínica em pacientes imunodeprimidos e mulheres grávidas. Os genótipos HEV-3 e HEV-4 são considerados zoonóticos, sendo os suínos os principais portadores assintomáticos e responsáveis pela manutenção dessa rota de transmissão. O HCV, pertencente à família Flaviviridae, era a única espécie de hepacivírus (HVs) conhecida desde 1989. Recentemente, HVs foram descritos em diversas espécies animais e, apesar de não haver evidência de transmissão zoonótica, o estudo dessas espécies homólogas auxilia no entendimento da origem do HCV, além de fornecer possíveis modelos experimentais para estudos de patogenicidade e compreensão de sua biologia. Assim, o presente estudo estrutura-se em dois capítulos. O Capítulo 1 aborda a soroprevalência e diversidade genética de HEV em suínos de subsistência do Estado do Rio Grande do Sul (RS) provenientes de dois inquéritos soroepidemiológicos (2012 e 2014). Através de um ELISA in house para detecção de anticorpos IgG anti-HEV, os resultados mostraram uma alta soroprevalência de HEV nos suínos do RS (80,6% em 2012 e 67,4% em 2014). Além disso, a análise filogenética confirmou a circulação de HEV-3 zoonótico (0,8%), com a presença de três subtipos distintos que apresentaram alta identidade nucleotídica com sequências de HEV isoladas de humanos. O Capítulo 2 aborda a presença de HVs em amostras de soro de bovinos provenientes do Nordeste do Brasil resultando numa frequência de 0,6%. O sequenciamento completo de duas amostras foi realizado e, a partir de sua análise e de todas as sequências de hepacivírus bovinos (HNVs) disponíveis no GenBank, propusemos uma classificação a nível de genótipo e subtipo, resultando em um genótipo (Genótipo 1) e quatro subtipos (A-D). Além disso, baseado na região NS3, foi realizada uma análise filogenética por inferência Bayesiana e análise de tempo de divergência por datação molecular, utilizando o critério de relógio molecular relaxado. Essa análise indicou uma origem em comum entre os HNVs que circulam na Alemanha e no Brasil; e um maior tempo de circulação desse vírus no continente Africano. O entendimento sobre vírus em animais é de extrema importância para a saúde animal e pública e, além disso, tem o objetivo de mapear reservatórios de doenças zoonóticas e auxiliar na compreensão da origem e evolução viral

The five major human hepatitis viruses, named AE, have distinct genomic structures and replication strategies and belong to five different virus families. Hepatitis A virus (HAV) and hepatitis E virus (HEV) infections are transient and transmitted mainly by oralfecal routes. In contrast, hepatitis B virus (HBV), hepatitis C virus (HCV), and hepatitis delta virus (HDV) infections may be either transient or chronic and are transmitted by parenteral routes. Despite these differences, all viruses share important features, like primary infection and replication in hepatocytes. HEV, which belongs to Hepeviridae family, are worldwide distributed and responsible to acute human hepatitis with severe clinical presentation in immunocompromised patients and pregnant women. HEV-3 and HEV-4 genotypes are zoonotic, and swine are the mainly asymptomatic reservoirs, responsible for this transmission route maintenance. HCV belongs to the Flaviviridae family, and since 1989, was the only recognized HVs specie. Recently, HVs has been detected in several animal species, and besides no zoonotic transmission evidence, this study helps to understand HCV origin. Besides that, it could provide animal models to pathogenesis and biology HCV studies. Therefore, the present study is structured in two chapters. The Chapter 1 addresses HEV seroprevalence and genetic diversity in backyard pigs from two surveillance studies (2012 and 2014) in Rio Grande do Sul State (RS). Through an in-house ELISA for anti-HEV IgG antibodies detection, the results showed a high HEV seroprevalence in pigs in RS (80.6% em 2012 e 67.4% em 2014). Also, phylogenetic analysis confirmed zoonotic HEV-3 presence and three different subtypes with high nucleotide identity with human HEV sequences. Chapter 2 addresses the presence of HVs in bovine serum samples from Northeastern Brazil resulting in 0.6% frequency. Complete sequencing of two samples was performed, and from its analysis with all bovine hepacivirus (HNVs) sequences available on GenBank, we proposed a genotype and subtype classification, resulting into unique genotype (Genotype 1) and four subtypes (A-D). In addition, based on NS3 region, Bayesian phylogenetic inference analysis and molecular clock dating were performed. The analyses indicated a common origin of the HNV circulating in Germany and Brazil, and a long time of circulation of these viruses in the African continent. The understanding of animal viruses is extremely important for animal and public health, and, in addition, aims to map zoonotic reservoirs and assist in evolution and viral origin understanding

Molecular characterization of swine hepatitis E virus from Southeastern Brazil

Despite serological evidences of presence of hepatitis E virus (HEV) in humans or other animals, until this study the virus had not been detected and molecular characterization of the isolate that circulates in Brazil had not been described. Thus, we collected stool samples of young pigs and tested for presence of HEV RNA by RT-PCR, using primers for partial amplification of ORF2 sequence. Phylogenetic analysis with sequence obtained from the amplified products revealed that the HEV isolate identified here was most closely related to HEV isolates of genotype 3, which is commonly detected in HEV infected pigs. Nucleotide sequence analyses carried out with the entire amplified fragment, ORF2/ORF3 overlapping and ORF2 non-overlapping sequences showed highest identities with the US isolate of genotype 3. Similarly, amino acid sequence analyses done with the entire amplified fragment, ORF2 non-overlapping, ORF2 and ORF3 overlapping sequences also showed highest identities with the genotype 3 isolate. Presence, in Brazil, of HEV of genotype 4, which also infects pigs, as well as HEV strains that infect humans still remain to be detected and characterized.

Apesar de evidências sorológicas da presença do vírus da hepatite E (VHE) em humanos ou outros animais, até o presente estudo o vírus não havia sido detectado e a caracterização molecular da cepa que circula no Brasil não havia sido descrita. Assim, amostras de fezes de porcos jovens foram colhidas e analizadas quanto a presença do ARN do VHE por RT-PCR, utilizando-se oligonucleotídeos para amplificação da seqüência parcial do ORF2 viral. Análise filogenética realizada com a seqüência obtida dos produtos amplificados revelou que a cepa encontrada apresentou relação próxima com cepas do genótipo 3 que são detectadas com freqüência em porcos. Análises das seqüências nucleotídicas realizadas com todo o segmento amplificado, com somente o segmento sobreposto do ORF2/ORF3 e aquele sem sobreposição do ORF2, em comparação com isolados de genótipos conhecidos, mostraram maior identidade com o isolado encontrado nos Estados Unidos (US) do genótipo 3. De maneira semelhante, análises da seqüência de aminoácidos realizadas com os mesmos segmentos também mostraram maior identidade com o isolado de genótipo 3. Presença ou não do vírus de genótipo 4, que também infecta porcos, ainda necessita ser verificada. Da mesma forma, cepas do VHE que infectam humanos ainda necessitam ser detectadas e caracterizadas.

Hepatite E no Brasil e no Mundo: revisão de literatura

Desde sua caracterização em 1983, o vírus da hepatite E (HEV) vem sendo associado à ocorrência de surtos ictéricos de hepatite aguda em regiões endêmicas como a India. Recentemente casos esporádicos de hepatite E comecaram a ser descritos e associados à transmissão zoonótica deste vírus a partir de reservatórios animais, principalmente suínos, cujos vírus foram caracterizados no final dos anos 90. Desta forma hepatite E é a única hepatite viral em que foi evidenciada a transmissão zoonótica Desde então, a descoberta de potenciais reservatórios animais vem cada vez mais contribuindo para mudança do padrão epidemiológico da hepatite E.

Hepatite E no Brasil e no Mundo: revisão de literatura

Desde sua caracterização em 1983, o vírus da hepatite E (HEV) vem sendo associado à ocorrência de surtos ictéricos de hepatite aguda em regiões endêmicas como a India. Recentemente casos esporádicos de hepatite E comecaram a ser descritos e associados à transmissão zoonótica deste vírus a partir de reservatórios animais, principalmente suínos, cujos vírus foram caracterizados no final dos anos 90. Desta forma hepatite E é a única hepatite viral em que foi evidenciada a transmissão zoonótica Desde então, a descoberta de potenciais reservatórios animais vem cada vez mais contribuindo para mudança do padrão epidemiológico da hepatite E.