Chemical and microbiological properties of Lake Aygr in Turkey and usage of drinking, fisheries, and irrigation

Abstract Since water is one of the essentials for life, the presence and quality of water in the habitat is extremely important. Therefore, water quality change and management of Lake Aygr was investigated in this study. For this, water samples collected from the lake and the irrigation pool between May 2015 and May 2016 were analyzed monthly. Spectrophotometric, titrimetric and microbiological methods were used to determine the water quality. According to some water quality regulations, HCO3, NH4, Cu, Mo, Br, fecal coliform and total suspended solid (TSS) values were found above the limit values. The other 29 parameters comply with Turkish national and international legislations. Lake Aygr was negatively affected by the surrounding settlements and agricultural activities. It is thought that the water resource should be monitored periodically and remedial studies should be done to prevent parameters exceeding the limits. However, Lake Aygr was generally suitable for drinking, use, fishing and irrigation.

Resumo Como a água é um dos elementos essenciais para a vida, a presença e a qualidade da água no habitat são extremamente importantes. Portanto, a mudança da qualidade da água e a gestão do lago Aygr foram investigadas neste estudo. Para isso, amostras de água coletadas no lago e na piscina de irrigação entre maio de 2015 e maio de 2016 foram analisadas mensalmente. Métodos espectrofotométricos, titulométricos e microbiológicos foram usados para determinar a qualidade da água. De acordo com alguns regulamentos de qualidade da água, os valores de HCO3, NH4, Cu, Mo, Br, coliformes fecais e total sólido suspenso (TSS) foram encontrados acima dos valores limite. Os outros 29 parâmetros estão em conformidade com as legislações nacionais e internacionais turcas. O lago Aygr foi afetado negativamente pelos assentamentos e atividades agrícolas ao redor. Pensa-se que o recurso hídrico deve ser monitorado periodicamente e estudos corretivos devem ser feitos para evitar que os parâmetros ultrapassem os limites. No entanto, o lago Aygr era geralmente adequado para beber, usar, pescar e irrigar.

Chemical and microbiological properties of Lake Aygir in Turkey and usage of drinking, fisheries, and irrigation / Propriedades químicas e microbiológicas do lago Aygir na Turquia e uso de bebidas, pescarias e irrigação

Since water is one of the essentials for life, the presence and quality of water in the habitat is extremely important. Therefore, water quality change and management of Lake Aygır was investigated in this study. For this, water samples collected from the lake and the irrigation pool between May 2015 and May 2016 were analyzed monthly. Spectrophotometric, titrimetric and microbiological methods were used to determine the water quality. According to some water quality regulations, HCO3, NH4, Cu, Mo, Br, fecal coliform and total suspended solid (TSS) values were found above the limit values. The other 29 parameters comply with Turkish national and international legislations. Lake Aygır was negatively affected by the surrounding settlements and agricultural activities. It is thought that the water resource should be monitored periodically and remedial studies should be done to prevent parameters exceeding the limits. However, Lake Aygır was generally suitable for drinking, use, fishing and irrigation.

Como a água é um dos elementos essenciais para a vida, a presença e a qualidade da água no habitat são extremamente importantes. Portanto, a mudança da qualidade da água e a gestão do lago Aygır foram investigadas neste estudo. Para isso, amostras de água coletadas no lago e na piscina de irrigação entre maio de 2015 e maio de 2016 foram analisadas mensalmente. Métodos espectrofotométricos, titulométricos e microbiológicos foram usados para determinar a qualidade da água. De acordo com alguns regulamentos de qualidade da água, os valores de HCO3, NH4, Cu, Mo, Br, coliformes fecais e total sólido suspenso (TSS) foram encontrados acima dos valores limite. Os outros 29 parâmetros estão em conformidade com as legislações nacionais e internacionais turcas. O lago Aygır foi afetado negativamente pelos assentamentos e atividades agrícolas ao redor. Pensa-se que o recurso hídrico deve ser monitorado periodicamente e estudos corretivos devem ser feitos para evitar que os parâmetros ultrapassem os limites. No entanto, o lago Aygır era geralmente adequado para beber, usar, pescar e irrigar.

Chemical and microbiological properties of Lake Aygir in Turkey and usage of drinking, fisheries, and irrigation / Propriedades químicas e microbiológicas do lago Aygir na Turquia e uso de bebidas, pescarias e irrigação

Since water is one of the essentials for life, the presence and quality of water in the habitat is extremely important. Therefore, water quality change and management of Lake Aygır was investigated in this study. For this, water samples collected from the lake and the irrigation pool between May 2015 and May 2016 were analyzed monthly. Spectrophotometric, titrimetric and microbiological methods were used to determine the water quality. According to some water quality regulations, HCO3, NH4, Cu, Mo, Br, fecal coliform and total suspended solid (TSS) values were found above the limit values. The other 29 parameters comply with Turkish national and international legislations. Lake Aygır was negatively affected by the surrounding settlements and agricultural activities. It is thought that the water resource should be monitored periodically and remedial studies should be done to prevent parameters exceeding the limits. However, Lake Aygır was generally suitable for drinking, use, fishing and irrigation.(AU)

Como a água é um dos elementos essenciais para a vida, a presença e a qualidade da água no habitat são extremamente importantes. Portanto, a mudança da qualidade da água e a gestão do lago Aygır foram investigadas neste estudo. Para isso, amostras de água coletadas no lago e na piscina de irrigação entre maio de 2015 e maio de 2016 foram analisadas mensalmente. Métodos espectrofotométricos, titulométricos e microbiológicos foram usados para determinar a qualidade da água. De acordo com alguns regulamentos de qualidade da água, os valores de HCO3, NH4, Cu, Mo, Br, coliformes fecais e total sólido suspenso (TSS) foram encontrados acima dos valores limite. Os outros 29 parâmetros estão em conformidade com as legislações nacionais e internacionais turcas. O lago Aygır foi afetado negativamente pelos assentamentos e atividades agrícolas ao redor. Pensa-se que o recurso hídrico deve ser monitorado periodicamente e estudos corretivos devem ser feitos para evitar que os parâmetros ultrapassem os limites. No entanto, o lago Aygır era geralmente adequado para beber, usar, pescar e irrigar.(AU)

Chemical and microbiological properties of Lake Aygir in Turkey and usage of drinking, fisheries, and irrigation / Propriedades químicas e microbiológicas do lago Aygir na Turquia e uso de bebidas, pescarias e irrigação

Abstract Since water is one of the essentials for life, the presence and quality of water in the habitat is extremely important. Therefore, water quality change and management of Lake Aygır was investigated in this study. For this, water samples collected from the lake and the irrigation pool between May 2015 and May 2016 were analyzed monthly. Spectrophotometric, titrimetric and microbiological methods were used to determine the water quality. According to some water quality regulations, HCO3, NH4, Cu, Mo, Br, fecal coliform and total suspended solid (TSS) values were found above the limit values. The other 29 parameters comply with Turkish national and international legislations. Lake Aygır was negatively affected by the surrounding settlements and agricultural activities. It is thought that the water resource should be monitored periodically and remedial studies should be done to prevent parameters exceeding the limits. However, Lake Aygır was generally suitable for drinking, use, fishing and irrigation.

Resumo Como a água é um dos elementos essenciais para a vida, a presença e a qualidade da água no habitat são extremamente importantes. Portanto, a mudança da qualidade da água e a gestão do lago Aygır foram investigadas neste estudo. Para isso, amostras de água coletadas no lago e na piscina de irrigação entre maio de 2015 e maio de 2016 foram analisadas mensalmente. Métodos espectrofotométricos, titulométricos e microbiológicos foram usados para determinar a qualidade da água. De acordo com alguns regulamentos de qualidade da água, os valores de HCO3, NH4, Cu, Mo, Br, coliformes fecais e total sólido suspenso (TSS) foram encontrados acima dos valores limite. Os outros 29 parâmetros estão em conformidade com as legislações nacionais e internacionais turcas. O lago Aygır foi afetado negativamente pelos assentamentos e atividades agrícolas ao redor. Pensa-se que o recurso hídrico deve ser monitorado periodicamente e estudos corretivos devem ser feitos para evitar que os parâmetros ultrapassem os limites. No entanto, o lago Aygır era geralmente adequado para beber, usar, pescar e irrigar.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

First constitutive heterochromatin characterization and Karyotype of white stork Ciconia ciconia (Aves: Ciconiidae)

Abstract The karyotype and constitutive heterochromatin pattern of the white stork Ciconia ciconia samples obtained from Manzala lake, Dimiaat, Egypt was described. Somatic cells of Ciconia ciconia samples have diploid number 2n= 68 chromosomes. Out of 68 chromosomes, 11 pairs including sex chromosomes were macrochromosomes and the remaining pairs were microchromosomes. Of the 11 macrochromosome pairs, no.1, 2, 4 and 5 were submetacentric and pairs no. 6, 7 and 8 were described as metacentric. In addition, the autosome pair no.3 was subtelocentric, while autosome pair no.9 was acrocentric. Also, the sex chromosome Z represents the fourth one in size and it was classified as submetacentric while, W chromosome appeared as medium size and was acrocentric. Furthermore, C-banding pattern (constitutive heterochromatin) revealed variation in their sizes and occurrence between macrochromosomes. Pairs no. 7 and 8 of autosomes exhibited unusual distribution of heterochromatin, where they appeared as entirely heterochromatic. This may be related to the origin of sex chromosomes Z and W. However, there is no sufficient evidence illustrate the appearance of entirely heterochromatic autosomes. Therefore, there is no available cytogenetic literature that describes the C-banding and karyotype of Ciconia Ciconia, so the results herein are important and may assist in cytogenetic study and evolutionary pattern of Ciconiiformes.

Resumo O cariótipo e o padrão constitutivo de heterocromatina das amostras de cegonha-branca Ciconia ciconia obtidas no lago Manzala, Dimiaat, Egito, foram descritos. As células somáticas de amostras de Ciconia ciconia possuem número diploide 2n = 68 cromossomos. Dos 68 cromossomos, 11 pares incluindo cromossomos sexuais eram macrocromossomos e os pares restantes eram microcromossomos. Dos 11 pares de macrocromossomos, os nos 1, 2, 4 e 5 eram submetacêntricos, e os pares nos 6, 7 e 8 foram descritos como metacêntricos. Além disso, o par de autossomos no 3 era subtelocêntrico, enquanto o par de autossomos no 9 era acrocêntrico. Além disso, o cromossomo sexual Z representa o quarto em tamanho e foi classificado como submetacêntrico, enquanto o cromossomo W apareceu como de tamanho médio e acrocêntrico. Além disso, o padrão de bandamento C (heterocromatina constitutiva) revelou variação em seus tamanhos e ocorrência entre macrocromossomos. Pares nos 7 e 8 dos autossomos exibiram distribuição incomum de heterocromatina, onde apareceram como totalmente heterocromáticos. Isso pode estar relacionado à origem dos cromossomos sexuais Z e W. No entanto, não há evidências suficientes para ilustrar o aparecimento de autossomos totalmente heterocromáticos. Portanto, não há literatura citogenética disponível que descreva o bandamento C e o cariótipo de Ciconia ciconia, portanto os resultados aqui apresentados são importantes e podem auxiliar no estudo citogenético e no padrão evolutivo de Ciconiiformes.

First constitutive heterochromatin characterization and Karyotype of white stork Ciconia ciconia (Aves: Ciconiidae) / Primeira caracterização constitutiva de heterocromatina e cariótipo de cegonhabranca Ciconia ciconia (Aves: Ciconiidae)

The karyotype and constitutive heterochromatin pattern of the white stork Ciconia ciconia samples obtained from Manzala lake, Dimiaat, Egypt was described. Somatic cells of Ciconia ciconia samples have diploid number 2n= 68 chromosomes. Out of 68 chromosomes, 11 pairs including sex chromosomes were macrochromosomes and the remaining pairs were microchromosomes. Of the 11 macrochromosome pairs, no.1, 2, 4 and 5 were submetacentric and pairs no. 6, 7 and 8 were described as metacentric. In addition, the autosome pair no.3 was subtelocentric, while autosome pair no.9 was acrocentric. Also, the sex chromosome Z represents the fourth one in size and it was classified as submetacentric while, W chromosome appeared as medium size and was acrocentric. Furthermore, C-banding pattern (constitutive heterochromatin) revealed variation in their sizes and occurrence between macrochromosomes. Pairs no. 7 and 8 of autosomes exhibited unusual distribution of heterochromatin, where they appeared as entirely heterochromatic. This may be related to the origin of sex chromosomes Z and W. However, there is no sufficient evidence illustrate the appearance of entirely heterochromatic autosomes. Therefore, there is no available cytogenetic literature that describes the C-banding and karyotype of Ciconia Ciconia, so the results herein are important and may assist in cytogenetic study and evolutionary pattern of Ciconiiformes.

O cariótipo e o padrão constitutivo de heterocromatina das amostras de cegonha-branca Ciconia ciconia obtidas no lago Manzala, Dimiaat, Egito, foram descritos. As células somáticas de amostras de Ciconia ciconia possuem número diploide 2n = 68 cromossomos. Dos 68 cromossomos, 11 pares incluindo cromossomos sexuais eram macrocromossomos e os pares restantes eram microcromossomos. Dos 11 pares de macrocromossomos, os nos 1, 2, 4 e 5 eram submetacêntricos, e os pares nos 6, 7 e 8 foram descritos como metacêntricos. Além disso, o par de autossomos no 3 era subtelocêntrico, enquanto o par de autossomos no 9 era acrocêntrico. Além disso, o cromossomo sexual Z representa o quarto em tamanho e foi classificado como submetacêntrico, enquanto o cromossomo W apareceu como de tamanho médio e acrocêntrico. Além disso, o padrão de bandamento C (heterocromatina constitutiva) revelou variação em seus tamanhos e ocorrência entre macrocromossomos. Pares nºs 7 e 8 dos autossomos exibiram distribuição incomum de heterocromatina, onde apareceram como totalmente heterocromáticos. Isso pode estar relacionado à origem dos cromossomos sexuais Z e W. No entanto, não há evidências suficientes para ilustrar o aparecimento de autossomos totalmente heterocromáticos. Portanto, não há literatura citogenética disponível que descreva o bandamento C e o cariótipo de Ciconia ciconia, portanto os resultados aqui apresentados são importantes e podem auxiliar no estudo citogenético e no padrão evolutivo de Ciconiiformes.

First constitutive heterochromatin characterization and Karyotype of white stork Ciconia ciconia (Aves: Ciconiidae) / Primeira caracterização constitutiva de heterocromatina e cariótipo de cegonha-branca Ciconia ciconia (Aves: Ciconiidae)

Abstract The karyotype and constitutive heterochromatin pattern of the white stork Ciconia ciconia samples obtained from Manzala lake, Dimiaat, Egypt was described. Somatic cells of Ciconia ciconia samples have diploid number 2n= 68 chromosomes. Out of 68 chromosomes, 11 pairs including sex chromosomes were macrochromosomes and the remaining pairs were microchromosomes. Of the 11 macrochromosome pairs, no.1, 2, 4 and 5 were submetacentric and pairs no. 6, 7 and 8 were described as metacentric. In addition, the autosome pair no.3 was subtelocentric, while autosome pair no.9 was acrocentric. Also, the sex chromosome Z represents the fourth one in size and it was classified as submetacentric while, W chromosome appeared as medium size and was acrocentric. Furthermore, C-banding pattern (constitutive heterochromatin) revealed variation in their sizes and occurrence between macrochromosomes. Pairs no. 7 and 8 of autosomes exhibited unusual distribution of heterochromatin, where they appeared as entirely heterochromatic. This may be related to the origin of sex chromosomes Z and W. However, there is no sufficient evidence illustrate the appearance of entirely heterochromatic autosomes. Therefore, there is no available cytogenetic literature that describes the C-banding and karyotype of Ciconia Ciconia, so the results herein are important and may assist in cytogenetic study and evolutionary pattern of Ciconiiformes.

Resumo O cariótipo e o padrão constitutivo de heterocromatina das amostras de cegonha-branca Ciconia ciconia obtidas no lago Manzala, Dimiaat, Egito, foram descritos. As células somáticas de amostras de Ciconia ciconia possuem número diploide 2n = 68 cromossomos. Dos 68 cromossomos, 11 pares incluindo cromossomos sexuais eram macrocromossomos e os pares restantes eram microcromossomos. Dos 11 pares de macrocromossomos, os nos 1, 2, 4 e 5 eram submetacêntricos, e os pares nos 6, 7 e 8 foram descritos como metacêntricos. Além disso, o par de autossomos no 3 era subtelocêntrico, enquanto o par de autossomos no 9 era acrocêntrico. Além disso, o cromossomo sexual Z representa o quarto em tamanho e foi classificado como submetacêntrico, enquanto o cromossomo W apareceu como de tamanho médio e acrocêntrico. Além disso, o padrão de bandamento C (heterocromatina constitutiva) revelou variação em seus tamanhos e ocorrência entre macrocromossomos. Pares nos 7 e 8 dos autossomos exibiram distribuição incomum de heterocromatina, onde apareceram como totalmente heterocromáticos. Isso pode estar relacionado à origem dos cromossomos sexuais Z e W. No entanto, não há evidências suficientes para ilustrar o aparecimento de autossomos totalmente heterocromáticos. Portanto, não há literatura citogenética disponível que descreva o bandamento C e o cariótipo de Ciconia ciconia, portanto os resultados aqui apresentados são importantes e podem auxiliar no estudo citogenético e no padrão evolutivo de Ciconiiformes.

First constitutive heterochromatin characterization and Karyotype of white stork Ciconia ciconia (Aves: Ciconiidae) / Primeira caracterização constitutiva de heterocromatina e cariótipo de cegonhabranca Ciconia ciconia (Aves: Ciconiidae)

The karyotype and constitutive heterochromatin pattern of the white stork Ciconia ciconia samples obtained from Manzala lake, Dimiaat, Egypt was described. Somatic cells of Ciconia ciconia samples have diploid number 2n= 68 chromosomes. Out of 68 chromosomes, 11 pairs including sex chromosomes were macrochromosomes and the remaining pairs were microchromosomes. Of the 11 macrochromosome pairs, no.1, 2, 4 and 5 were submetacentric and pairs no. 6, 7 and 8 were described as metacentric. In addition, the autosome pair no.3 was subtelocentric, while autosome pair no.9 was acrocentric. Also, the sex chromosome Z represents the fourth one in size and it was classified as submetacentric while, W chromosome appeared as medium size and was acrocentric. Furthermore, C-banding pattern (constitutive heterochromatin) revealed variation in their sizes and occurrence between macrochromosomes. Pairs no. 7 and 8 of autosomes exhibited unusual distribution of heterochromatin, where they appeared as entirely heterochromatic. This may be related to the origin of sex chromosomes Z and W. However, there is no sufficient evidence illustrate the appearance of entirely heterochromatic autosomes. Therefore, there is no available cytogenetic literature that describes the C-banding and karyotype of Ciconia Ciconia, so the results herein are important and may assist in cytogenetic study and evolutionary pattern of Ciconiiformes.(AU)

O cariótipo e o padrão constitutivo de heterocromatina das amostras de cegonha-branca Ciconia ciconia obtidas no lago Manzala, Dimiaat, Egito, foram descritos. As células somáticas de amostras de Ciconia ciconia possuem número diploide 2n = 68 cromossomos. Dos 68 cromossomos, 11 pares incluindo cromossomos sexuais eram macrocromossomos e os pares restantes eram microcromossomos. Dos 11 pares de macrocromossomos, os nos 1, 2, 4 e 5 eram submetacêntricos, e os pares nos 6, 7 e 8 foram descritos como metacêntricos. Além disso, o par de autossomos no 3 era subtelocêntrico, enquanto o par de autossomos no 9 era acrocêntrico. Além disso, o cromossomo sexual Z representa o quarto em tamanho e foi classificado como submetacêntrico, enquanto o cromossomo W apareceu como de tamanho médio e acrocêntrico. Além disso, o padrão de bandamento C (heterocromatina constitutiva) revelou variação em seus tamanhos e ocorrência entre macrocromossomos. Pares nºs 7 e 8 dos autossomos exibiram distribuição incomum de heterocromatina, onde apareceram como totalmente heterocromáticos. Isso pode estar relacionado à origem dos cromossomos sexuais Z e W. No entanto, não há evidências suficientes para ilustrar o aparecimento de autossomos totalmente heterocromáticos. Portanto, não há literatura citogenética disponível que descreva o bandamento C e o cariótipo de Ciconia ciconia, portanto os resultados aqui apresentados são importantes e podem auxiliar no estudo citogenético e no padrão evolutivo de Ciconiiformes.(AU)

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.(AU)

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).(AU)

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

The flood pulse regulates the longitudinal distribution of fish assemblages in the amazonian floodplain lakes / O pulso de inundação regula a distribuição longitudinal das assembleias de peixes nos lagos de várzea amazônicos

The present study evaluated the incidence of fish species in Cujubim Lake in Porto Velho (Rondô-nia, Brazil) concerning periods of flood and low water. For this, we used experimental fisheries, with ichthyofauna samplings carried out in the years 2019 and 2020, which resulted in 2,508 specimens. For quantifying the ecological data, we analyzed Shannon-Weaver diversity, species richness, Simpson dominance and Pielou evenness. The predominant fish orders were Characiformes and Siluriformes, and the species Anchovia aff. surinamensis was the most abundant (N=809/35.49%). Diversity indi-cators were similar across all sectors (S1=the lower margin - end, S2=center and S3=mouth of the lake). Only the levels of richness and abundance were lower in the S3 sector, despite the importance of this habitat as a link to the Madeira River, which indicates transient diversity, followed by active selection of the S1 and S2 sectors in the lake by most fish. Limnological data, such as those of tempera-ture (30.30±1.20°C), conductivity (35.82±5.98 µS cm-1), dissolved oxygen (7.38±3.56 mg L-1) and pH (6.70±0.54), were within the acceptable levels for tropical fish. The non-metric multidimensional sca-ling (NMDS) analysis showed the ordering of parameters by sector and species with greater affinity for each environmental attribute, in which dissolved oxygen (NMDS1=-0.720; r2=0.862 and p=0.043) and electrical conductivity stood out. Thus, it can be concluded that the behavior of the fish diversity of Cujubim Lake is affected both seasonally and longitudinally.(AU)

O presente estudo avaliou a incidência de espécies de peixes no lago Cujubim em Porto Velho (Ron-dônia, Brasil), com os períodos de cheia e seca. Para tal, utilizou-se de pescarias experimentais, com coletas da ictiofauna realizadas nos anos de 2019 e 2020, totalizando 2.508 peixes amostrados. Na quantificação dos dados ecológicos, foram aplicados os métodos de Shannon-Weaver para diver-sidade, riqueza, dominância de Simpson e equabilidade de Pielou. As ordens predominantes foram Characiformes e Siluriformes, sendo a espécie Anchovia aff. surinamensis a mais abundante (N=809, 35,49%). Os indicadores de diversidade foram semelhantes em todos os setores (S1=a margem infe-rior - extremidade, S2=centro e S3=entrada do lago). Somente a riqueza e a abundância foram meno-res no setor S3, mesmo com a importância desse hábitat como conexão com o rio Madeira, indicando diversidade transitória, seguida de seleção ativa dos setores S1 e S2 pela maioria dos peixes no lago. Os dados limnológicos, como temperatura (30,30±1,20°C), condutividade (35,82±5,98 µS cm-1), oxi-gênio dissolvido (7,38±3,56 mg L-1) e pH (6,70±0,54), estiveram de acordo com a média aceitável para peixes tropicais. A análise de escalonamento multidimensional não métrico (NMDS) evidenciou a ordenação dos parâmetros por setor e espécies com maior afinidade para cada atributo ambiental, no qual se destacaram o oxigênio dissolvido (NMDS1=-0,720; r2=0,862 e p=0,043) e a condutividade elétrica. Assim, pode ser concluído que o comportamento de colonização da diversidade de peixes do lago Cujubim é afetado de forma sazonal e longitudinal.(AU)

Abundance of Odonata in different microhabitats at an oxbow lake in the Peruvian Amazon / Abundancia de Odonata en diferentes micro-hábitats en un lago de herradura en la Amazonía peruana

The relationship between Odonata and vegetation in Amazonia has been studied primarily in streams. In this study, I examined the abundance of adult Odonata in two vegetation types (shrubs and herbs) surrounding an oxbow lake in the Peruvian Amazon. Daytime visual samplings of Odonata were carried out in time blocks along transects in each habitat. Thirteen taxa were identified. Five species were similarly abundant in both habitats, three used mainly herbs, and one mainly shrubs, with no variation among time blocks. The results suggest that most Anisoptera and Zygoptera are adapted to unshaded areas of the lake. Some Odonata also were observed during sunless days with light rainfall, suggesting they are adapted to rainy conditions in tropical climate.(AU)

La relación entre Odonata y vegetación en la Amazonía ha sido estudiada principalmente en arroyos. En este estudio, se examinó la abundancia de adultos de Odonata en dos tipos de vegetación (arbustos y hierbas) alrededor de un lago de herradura en la Amazonía peruana. Muestreos visuales diurnos fueron realizados en bloques temporales a lo largo de cada hábitat. Trece taxones fueron identificados. Cinco especies fueron similarmente abundantes en los dos tipos de hábitat, tres usaron principalmente hierbas y una principalmente arbustos, esto no varió entre los bloques temporales. Los resultados sugieren que la mayoría de Anisoptera y Zygoptera están adaptados a áreas sin sombra del lago. Algunas libélulas fueron observadas durante días sin sol y con llovizna, sugiriendo que se encuentran adaptadas a condiciones de lluvia en climas tropicales.(AU)

Monogeneans from Catfishes in Lake Tanganyika. I: Two new species of Bagrobdella (Dactylogyridae) from Auchenoglanis occidentalis (Siluriformes: Claroteidae)

In the framework of the study of Siluriform fish monogeneans of Lake Tanganyika, we described two new species of Bagrobdella Paperna, 1969 from Auchenoglanis occidentalis (Valenciennes, 1840). Bagrobdella vanhovei sp. nov. is characterized by the morphology of its MCO which is unique among its congeners, presenting a non-terminal opening, whereas the other species have a terminal opening, and Bagrobdella vansteenbergei sp. nov. characterized by the size of its hooks, which are almost all of the same size, and its male copulating organ with a unique shape: a sub-terminal opening and no membrane surrounding. The Multivariate analysis done on morphometrical characters shows that the new and already described species are well individualized, except for Bagrobdella parauchenoglanii Akoumba, Pariselle, Tombi & Bilong Bilong, 2017 and Bagrobdella fraudulenta Euzet & Le Brun, 1990 (but these two species are easily distinguishable by their morphology), and that B. vanhovei sp. nov. has a great intra-specific morphometrical variation.

Trophic relationships among three species of ornamental fish from the region of Lake Amanã, Amazon / Relações tróficas entre três espécies de peixes ornamentais da região do lago de Amanã, Amazonas

The present study objectified to evaluate the trophic relationships and the possible aggressive mimicry involving Carnegiella strigata, Carnegiella marthae and Gnathocharax steindachneri, in lowland forest streams. Samplings occurred in November 2002, March and August 2003 in Amanã Sustainable Development Reserve (ASDR). The total of 943 fish was caught, being 79.43% of C. marthae, 3.18% of C. strigata and 17.39% of G. steindachneri. Stomach contents, degree of stomach repletion, relative volume and frequency of occurrence of food items were evaluated. Thirteen food items were identified, and the presence of terrestrial and aquatic insects indicates the high dependence of these species and the flooded forest. Low feeding overlap was observed between Carnegiella strigata and C. marthae compared to Gnathocharax steindachneri. However, the overlap between the two Carnegiella species was relatively high, which could explain the low frequency of syntopic occurrence among these species, suggesting a possible case of competitive exclusion.

Este estudo teve como objetivo analisar as relações tróficas e a possível existência de uma relação de mimetismo agressivo envolvendo Carnegiella strigata, Carnegiella marthae e Gnathocharax steindachneri, em igarapés de terra firme. As coletas ocorreram em novembro de 2002, março e agosto de 2003 e foram realizadas na Reserva de Desenvolvimento Sustentável de Amanã (RDSA). Foram capturados 943 peixes, onde C. marthae representou 79,43%, C. strigata 3,18% e G. steindachneri 17,39%. Foram analisados os conteúdos estomacais e verificados grau de repleção, volume relativo e frequência de ocorrência dos alimentos. Foram identificados 13 itens alimentares, onde insetos terrestres e aquáticos denotaram alto grau de dependência destas espécies em relação à floresta alagada. Ocorreu baixa sobreposição alimentar das espécies Carnegiella strigata e C. marthae em relação a Gnathocharax steindachneri. Entretanto, a sobreposição entre as duas espécies de Carnegiella foi relativamente alta, o que poderia explicar a baixa frequência de ocorrência sintópica entre essas espécies, sugerindo um possível caso de exclusão competitiva.

An assessment of the urban water footprint and blue water scarcity: A case study for Van (Turkey)

Abstract Today, most of the worlds population faces water scarcity, while global warming, urbanization, industrialization and population increases continue to increase the severity of the pressure on water resources. Management of water resources plays a key role in the sustainability of agricultural production. The water footprint (WF) is different in comparison to other water statistics because it takes direct and indirect water consumption into account, and helps in the management of water resources. Within this context, the WF of Van province, which is Turkeys most easterly located arid region, was calculated from 2004 to 2019. The study area covers lake Van, which is Turkey's largest lake, and the Van basin with an area of 23.334 km2 and a population of 1.136.757 (2019). In the calculations, crop (WFcrop), livestock (WFlivestock), and domestic and industrial water footprints (WFdomestic+industrial) were evaluated separately, and blue and green water footprints (WFblue and WFgreen) were analyzed in detail. According to the results, the average WF of Van province was found to be 8.73 billion m3 year-1. Throughout the province, 87.6% of the WF is composed of WFcrop, 4.9% is WFlivestock and 7.5% is WFdomestic+industrial. Of the WFcrop, 62.5% depends on WFblue, i.e., freshwater. Most of the WFlivestock consisted of dairy cattle (49%) and sheep (38%). The average WFdomestic+industrial for 2004 to 2019 was 0.64 billion m3 year-1. The average per capita water footprint of Van province was found to be 889.9 m3 year-1 capita-1. In addition, the province is classified as severe water scarcity (257%). This study is one of the first province-based calculations of WF in Turkey and is the first study to bring a different aspect to published literature by including residual soil moisture from the winter months. As a result of this study, the WFblue of the WFcrop is above the worldwide average and should be reduced by changing the crop pattern or synchronizing the planting and harvest dates of the crops to a period that benefits from precipitation. In addition, this study is expected to contribute to new studies for calculating the provincial scale WF and will have positive effects on agricultural planning, water allocation and the sustainability of water resources.

Resumo Hoje, a maior parte da população mundial enfrenta a escassez de água, enquanto o aquecimento global, a urbanização, a industrialização e o crescimento da população continuam a aumentar a gravidade da pressão sobre os recursos hídricos. A gestão dos recursos hídricos desempenha papel fundamental na sustentabilidade da produção agrícola. A pegada hídrica (WF) é diferente em comparação com outras estatísticas hídricas porque leva em consideração o consumo direto e indireto de água e auxilia na gestão dos recursos hídricos. Nesse contexto, o WF da província de Van, que é a região árida localizada mais a leste da Turquia, foi calculado de 2004 a 2019. A área de estudo cobre o lago Van, que é o maior lago da Turquia, e a bacia de Van, com uma área de 23,334 km2 e uma população de 1.136.757 (2019). Nos cálculos, as pegadas hídricas de safra (WFcrop), pecuária (WFlivestock) e doméstica e industrial (WFdomestic+industrial) foram avaliadas separadamente, e as pegadas hídricas azul e verde (WFblue e WFgreen) foram analisadas em detalhes. De acordo com os resultados, o WF médio da província de Van foi encontrado em 8,73 bilhões de m3 ano-1. Em toda a província, 87,6% do WF são compostos por WFcrop, 4,9% são WFlivestock e 7,5% são WFdomestic+industrial. Do WFcrop, 62,5% dependem do WFblue, ou seja, de água doce. A maior parte do gado WFlivestock era composto por gado leiteiro (49%) e ovelhas (38%). O WFdomestic+industrial médio de 2004 a 2019 foi de 0,64 bilhão de m3 ano-1. A pegada hídrica per capita média da província de Van foi encontrada em 889,9 m3 ano-1 capita-1. Além disso, a região é classificada como grave escassez de água (257%). Este estudo é um dos primeiros cálculos de WF baseados em províncias na Turquia e é o primeiro estudo a trazer um aspecto diferente para a literatura publicada, incluindo a umidade residual do solo dos meses de inverno. Como resultado deste estudo, o WFblue do WFcrop está acima da média mundial e deve ser reduzido alterando o padrão de cultivo ou sincronizando as datas de plantio e colheita das safras para um período que se beneficie da precipitação. Além disso, espera-se que este estudo contribua para novos estudos para o cálculo da escala provincial WF e terá efeitos positivos no planejamento agrícola, alocação de água e a sustentabilidade dos recursos hídricos.

Trophic relationships among three species of ornamental fish from the region of Lake Amanã, Amazon

Abstract The present study objectified to evaluate the trophic relationships and the possible aggressive mimicry involving Carnegiella strigata, Carnegiella marthae and Gnathocharax steindachneri, in lowland forest streams. Samplings occurred in November 2002, March and August 2003 in Amanã Sustainable Development Reserve (ASDR). The total of 943 fish was caught, being 79.43% of C. marthae, 3.18% of C. strigata and 17.39% of G. steindachneri. Stomach contents, degree of stomach repletion, relative volume and frequency of occurrence of food items were evaluated. Thirteen food items were identified, and the presence of terrestrial and aquatic insects indicates the high dependence of these species and the flooded forest. Low feeding overlap was observed between Carnegiella strigata and C. marthae compared to Gnathocharax steindachneri. However, the overlap between the two Carnegiella species was relatively high, which could explain the low frequency of syntopic occurrence among these species, suggesting a possible case of competitive exclusion.

Resumo Este estudo teve como objetivo analisar as relações tróficas e a possível existência de uma relação de mimetismo agressivo envolvendo Carnegiella strigata, Carnegiella marthae e Gnathocharax steindachneri, em igarapés de terra firme. As coletas ocorreram em novembro de 2002, março e agosto de 2003 e foram realizadas na Reserva de Desenvolvimento Sustentável de Amanã (RDSA). Foram capturados 943 peixes, onde C. marthae representou 79,43%, C. strigata 3,18% e G. steindachneri 17,39%. Foram analisados os conteúdos estomacais e verificados grau de repleção, volume relativo e frequência de ocorrência dos alimentos. Foram identificados 13 itens alimentares, onde insetos terrestres e aquáticos denotaram alto grau de dependência destas espécies em relação à floresta alagada. Ocorreu baixa sobreposição alimentar das espécies Carnegiella strigata e C. marthae em relação a Gnathocharax steindachneri. Entretanto, a sobreposição entre as duas espécies de Carnegiella foi relativamente alta, o que poderia explicar a baixa frequência de ocorrência sintópica entre essas espécies, sugerindo um possível caso de exclusão competitiva.

Pre-copulatory bite wounds as evidence of aggressive competition for mating in the neotropical freshwater stingray Potamotrygon motoro / Lesões por mordidas pré-copulatórias como evidência de competição agressiva para acasalar na raia de água doce neotropical Potamotrygon motoro

Reproductive aspects of Amazonian freshwater stingrays are still poorly studied, however, it is known that the copulatory behavior in some species is related to the hydrometric seasons (high and low water). In order to assess the reproductive activity prior to copulation, we examined bite wounds in Potamotrygon motoro of Catalão Lake, in Amazonas state, Brazil. Specimens of both sexes showed wounds on the pectoral fins. Males presented a large amount of bite wounds, distributed randomly throughout the body, while females had more bite wounds on the posterior region. The higher number of wounds in males is assumed to indicate aggressive interactions among males in competition for females, caused by attempts to prevent other males from mating with the target female. The behavior is likely owed to the confinement of the stingrays in the lake during the low-water period.(AU)

Os aspectos reprodutivos das raias de água doce ainda são pouco estudados, no entanto, sabe-se que algumas espécies apresentam comportamento de cópula relacionado com as estações hidrométricas (águas altas e baixas). Com o intuito de avaliar as atividades reprodutivas que antecedem a cópula, nós examinamos as lesões por mordidas em Potamotrygon motoro do Lago Catalão, Amazonas. Espécimes de ambos os sexos apresentaram lesões nas nadadeiras peitorais. Os machos apresentaram uma maior quantidade de mordidas distribuídas aleatoriamente por todo o corpo, enquanto as fêmeas apresentaram mais lesões de mordidas na região posterior. Acreditamos que o maior número de lesões nos machos indica interações agressivas entre os machos em competição por fêmeas, causada por tentativas de impedir outros machos de acasalar com a fêmea alvo. Tal comportamento provavelmente deve-se ao confinamento das raias no lago durante o período de águas baixas.(AU)

Evaluation of fisheries management strategies using a biotic integrity index in floodplain lakes in the lower Solimões River, Amazonas, Brazil / Avaliação da estratégia de manejo pesqueiro usando um índice de integridade biótica em lagos de várzea no baixo Rio Solimões, Amazonas, Brasil

Fisheries is an important activity in the Amazon basin and potentially has a high impact on ichthyofauna. With the aim of achieving sustainability in fisheries of target species, protected areas were established within a fisheries management framework known as the Amazon Lakes Management System (ALMS). With the aim to evaluate the effect of ALMS on fish assemblages as a whole, we compared floodplain lakes with different levels of fish management in the lower Solimões River, in the Brazilian Amazon, developing an index of biotic integrity, named ALMS-IBI. We sampled fish in three lake categories: protected (PR), managed (MN), and commercially fished (CM). The ALMS-IBI was developed by selecting and testing fish assemblage metrics based on samplings carried out in 2017 and 2018, using gillnets with different mesh sizes. We captured 4565 fish of 113 species and seven trophic categories. The final index is composed of seven metrics related to species richness, trophic structure, and fish abundance, and characterized the fish assemblage in the PR and MN lakes as acceptable, and in the CM lakes as poor. Our results indicate that the ALMS-IBI can be an efficient method to monitor the whole fish assemblage in Amazonian floodplain lakes, and can be used as a complementary tool in the ALMS to assess environmental sustainability.(AU)

A pesca é uma atividade importante na bacia amazônica e tem alto impacto potencial sobre a ictiofauna. Com o objetivo de alcançar sustentabilidade na atividade pesqueira de espécies focais, foram estabelecidas áreas protegidas no marco de um plano de manejo pesqueiro conhecido como Sistema de Manejo dos Lagos da Amazônia (ALMS). Com o objetivo de avaliar o efeito do ALMS sobre toda a assembleia de peixes, nós comparamos lagos de várzea com diferentes níveis de manejo pesqueiro no baixo rio Solimões, na Amazônia brasileira, desenvolvendo um índice de integridade biótica, denominado ALMS-IBI. Amostramos peixes em três categorias de lagos: protegidos (PR), manejados (MN) e de pesca comercial (CM). O ALMS-IBI foi desenvolvido por meio da seleção e teste de métricas das assembleias de peixes, com base em amostragens realizadas em 2017 e 2018, usando redes de emalhar com diferentes tamanhos de malha. Capturamos 4565 peixes de 113 espécies e sete categorias tróficas. O índice final está composto de sete métricas relacionadas à riqueza de espécies, estrutura trófica e abundância de peixes, e caracterizou a assembleia de peixes como regular nos lagos PR e MN, e como pobre nos lagos CM. Nossos resultados indicam que o ALMS-IBI pode ser um método eficiente para monitorar a assembleia de peixes como um todo em lagos de várzea amazônicos, e pode ser usado como uma ferramenta complementar para avaliar a sustentabilidade ambiental no ALMS.(AU)