Transferability of microssatellite markers to Trichogramma pretiosum Riley, 1879 (Hymenoptera: Trichogrammatidae) / Transferibilidade de marcadores microssatélites para Trichogramma pretiosum Riley, 1879 (Hymenoptera: Trichogrammatidae)

The biological pest control has expanded in Brazil with the Trichogramma pretiosumas the main natural enemy. The microsatellite molecular markers Simple Sequence Repeat (SSR) have been the most used, as they are multiallelic, robust and reproducible, in several species. In order to optimize future processes of identification and analysis of the parasitoid's genetic diversity, twenty markers, isolated and characterized for the parasitoid wasp Trichogramma dendrolimi,were tested in 15 generations of T. pretiosum. Those markers, ten have been transferred and can be used to evaluate the genetic variation of T. pretiosum.(AU)

O controle biológico de pragas tem expandido no Brasil com o Trichogramma pretiosumcomo o principal inimigo natural. Os marcadores moleculares microssatélites de repetição de sequência simples (SSR) temsido os mais utilizados, por serem multialélicos, robustos e reprodutíveis, em várias espécies. No intuito de otimizar futuros processos de identificação e análise de diversidade genética do parasitoide, 20marcadores, isolados e caracterizados para a vespa parasitoide Trichogramma dendrolimi, foram testados em 15 gerações de T. pretiosum. Destes marcadores, dez foram transferidos e podem ser utilizados para avaliar a variação genética de T. pretiosum.(AU)

Obtaining microsatellite markers for Pseudoplatystoma reticulatum using heterologous primers / Obtenção de marcadores microssatélites para Pseudoplatystoma reticulatum a partir de primers heterólogos

Studies on genetic composition in fish populations contribute to conservationist practices and inbreeding control in fish stocks. To this end, molecular tools such as microsatellite markers (SSRs) are often used, but they are expensive and time-consuming to develop. A species-specific heterologous marker emerges as an alternative, which can be used in taxonomically related species in a fast way. Our goal was to test SSRs markers of Brachyplatystoma rousseauxi and Pseudoplatystoma punctifer in P. reticulatum in an unprecedented way. For this purpose, DNA was extracted from fragments of the caudal fin of 222 P. reticulatum adults, using a NaCl-based method. Then, DNA samples were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) using six markers, four from B. rousseauxi (BR38, 47, 51, and 61) and two from P. punctifer (PPU13 and PPU15). Two primers showed non-specific amplification and were disregarded (BR38 and PPU13). In the remaining four primers, the number of alleles per locus varied between two (BR47) to sixteen (BR51), and the average size of alleles was between 142 and 400 bp. Mean effective number of alleles per locus ranged from 10,650 (BR51) to 1,784 (BR47), with null or low-frequency alleles in all studied loci. Observed heterozygosity ranged from 0.299 (BR47) to 0.640 (BR51) and was always lower than the expected heterozygosity. Hardy-Weinberg balance was significant (p < 0.05) in all loci, and inbreeding coefficient (FIS) was always positive. Polymorphic Information Content (PIC) confirmed the efficiency of the markers since they had moderate (BR47) to high levels of information (BR51, BR61, and PPU15). Transferability test showed that the heterologous microsatellite molecular markers, originally for B. rousseauxi and P. punctifer, were efficient in P. reticulatum, producing three primers with high information content. Therefore, these markers can be safely used in future population studies of this species.(AU)

Estudos acerca da composição genética de populações de peixes contribuem para a elaboração de práticas conservacionista, bem como para controle da consanguinidade em estoques de piscicultura. Neste sentido, ferramentas moleculares como os marcadores microssatélites (SSR's) são comumente utilizados, contudo, seu desenvolvimento corresponde a um processo caro e demorado. Surge como alternativa a utilização dos marcadores heterólogos, originalmente desenvolvidos para uma espécie, mas que podem ser utilizados de maneira rápida em outras taxonomicamente relacionadas. O objetivo desta pesquisa foi testar de maneira inédita a utilização de marcadores SSR's de Brachyplatystoma rousseauxi e Pseudoplatystoma punctifer em P. reticulatum. Para tanto, foram extraídas amostras de DNA a partir de fragmentos de nadadeira caudal de 222 indivíduos adultos de P. reticulatum por metodologia a base de NaCl. As amostras foram então amplificadas por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) utilizandose seis marcadores, quatro de B. rousseauxi (BR38, 47, 51 e 61) e dois de P. punctifer (PPU13 e PPU15). Dois primers apresentaram amplificação inespecífica e foram desconsiderados (BR38 e PPU13). Entre os quatro restantes, o número de alelos por locus variou entre dois (BR47) a dezesseis (BR51), com tamanho médio de alelos entre 142 e 400 pb. O número efetivo médio de alelos por locus variou de 10,650 (BR51) à 1,784 (BR47), com alelos nulos ou de baixa frequência presentes em todos os loci estudados. Os valores de heterozigosidade observada variaram de 0,299 (BR47) à 0,640 (BR51), e foram sempre menores que os de heterozigosidade esperada. O Equilíbrio de Hardy-Weinberg foi significativo (P < 0,05) em todos os locus e o coeficiente de endogamia Fis sempre apresentou valores positivos. Os valores de Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) confirmaram a eficiência dos marcadores utilizados, já que possuíram de moderado (BR47) a alto nível de informação (BR51, BR61 e PPU15). O teste de transferibilidade de marcadores moleculares microssatélites heterólogos, originalmente desenvolvidos para B. rousseauxi e P. punctifer em P. reticulatum se mostrou eficiente, produzindo três primers com alto nível de informação, fato que garante sua utilização segura em estudos populacionais futuros voltados à esta espécie.(AU)

Transferability of heterologous primers in Brycon falcatus / Transferibilidade de primers heterólogos em Brycon falcatus

The genusBryconcomprises fish species of significant socioeconomic and biological importance in Brazil. Despite that, the genetic knowledge about these species is scarce, especially regardingBrycon falcatus. Thus, the objective of this study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers inB. falcatus for the first time. Heterologous primers obtained from B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum were evaluated. The primers that showed the best amplification patterns were applied to a sample of 22 individuals and the genetic parameters were calculated. Nine primers displayed satisfactory cross-amplification withB. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus); Bh8, Bh13 and Bh16 (B. hilarii); Borg59 (B. orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (P. argenteus), and Cm1A8 (C. macropomum). The genetic parameters (number of alleles, effective alleles, allele richness, and expected and observed heterozygosity) and the polymorphic information content (PIC) confirmed the viability of these primers for population genetics analyses. Our study demonstrates the potential of transferability of microsatellite markers from related species and even different genera to B. falcatus, providing usefull tools for future population genetic studies in this species.(AU)

O gênero Brycon compreende um grupo de espécies de peixes de grande importância socioeconômica e biológica no Brasil. Entretanto, o conhecimento genético dessas espécies é escasso, principalmente no caso do Brycon falcatus. Diante disso, objetivou-se verificar a transferibilidade de primers heterólogos em B. falcatus. Foram avaliados primers heterólogos provenientes das espécies B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus e Colossoma macropomum. Os primers que demonstraram melhores padrões de amplificação foram aplicados a uma amostra de 22 indivíduos e os parâmetros genéticos foram calculados. Nove primers apresentaram resultados satisfatórios de amplificação cruzada com B. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus), Bh8, Bh13 e Bh16 (B. hilarii); Borg59 (Brycon orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (Prochilodus argenteus) e Cm1A8 (Colossoma macropomum). Os parâmetros genéticos (número de alelos, alelos efetivos, riqueza de alelos e heterozigosidade esperada e observada) e o conteúdo de informação polimórfica (PIC) demonstraram a viabilidade da utilização dos primers para análises genéticas populacionais. Nosso estudo demonstra o potencial de transferibilidade de marcadores microssatélites de espécies relacionadas e até de gêneros diferentes para B. falcatus, fornecendo ferramentas úteis para futuros estudos genéticos populacionais nessa espécie.(AU)

Transferability of heterologous microsatellite primers in Leiarius marmoratus / Transferibilidade de primers microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus

The Amazonian Jundiá (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) is a species of catfish with social and economic importance in some South American countries such as Brazil and Colombia. Genetic evaluation of this species is limited due to the lack of specific molecular markers, hindering studies on genetic diversity and structure in animals under captive conditions or in natural populations. The objective of the present study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite markers in Leiarius marmoratus. Thirty-two heterologous primers were tested in L. marmoratus. The primers that presented the best standards were applied to 20 specimens, and the number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), gene diversity per Locus (GdL) and percentage of amplification failure (Md) were calculated. Eleven primers demonstrated satisfactory transferability patterns, all from the fish of the Pimelodidae family, of which, seven were monomorphic and four polymorphic. The eleven markers presented low percentage of Md (mean was 5.9% samples per locus). Na varied from one to two alleles per locus, revealing low polymorphism in the evaluated samples. The mean Ne and GdL numbers were 1.77 and 0.32, respectively. The transferability of the heterologous microsatellite loci in L. marmoratus was shown to be possible. However, further tests are needed to apply these markers inpopulation genetic studies.

O Jundiá da Amazônia (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) é uma espécie de catfish com importância social e econômica em alguns países Sul americanos como Brasil e Colômbia. A avaliação genética dessa espécie é limitada devido a ausência de marcadores moleculares específicos para L. marmoratus, dificultando estudos sobre a diversidade e estrutura genética em animais em condições de cativeiro ou em populações naturais. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de 32 marcadores microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus. Os primers que apresentaram melhores padrões foram aplicados em 20 espécimes, sendo calculados o número de alelos (Na), número de alelos efetivos (Ne), diversidade gênica por Locus (GdL) e porcentagem de falha na amplificação (Md). Onze primers demonstraram padrões satisfatórios de transferibilidade, todos oriundos de peixes da família Pimelodidae, dos quais sete foram monomórficos e quatro polimórficos. Os onze marcadores apresentaram baixa porcentagem de Md (média 5,9% amostras por loco). O Na variou deum a dois alelos por loco, revelando baixo polimorfismo nas amostras avaliadas. O número médio de Ne e GdL foram 1,77 e 0,32, respectivamente. Estudos genéticos envolvendo indivíduos de diferentes regiões poderão apresentar novos alelos e maior número de loci polimórficos. A transferibilidade de loci microssatélites heterólogos em L. marmoratus se mostrou possível, no entanto, novos testes são necessários para aplicação desses marcadores em estudos genéticos populacionais.

Transferability of heterologous microsatellite primers in Leiarius marmoratus / Transferibilidade de primers microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus

The Amazonian Jundiá (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) is a species of catfish with social and economic importance in some South American countries such as Brazil and Colombia. Genetic evaluation of this species is limited due to the lack of specific molecular markers, hindering studies on genetic diversity and structure in animals under captive conditions or in natural populations. The objective of the present study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite markers in Leiarius marmoratus. Thirty-two heterologous primers were tested in L. marmoratus. The primers that presented the best standards were applied to 20 specimens, and the number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), gene diversity per Locus (GdL) and percentage of amplification failure (Md) were calculated. Eleven primers demonstrated satisfactory transferability patterns, all from the fish of the Pimelodidae family, of which, seven were monomorphic and four polymorphic. The eleven markers presented low percentage of Md (mean was 5.9% samples per locus). Na varied from one to two alleles per locus, revealing low polymorphism in the evaluated samples. The mean Ne and GdL numbers were 1.77 and 0.32, respectively. The transferability of the heterologous microsatellite loci in L. marmoratus was shown to be possible. However, further tests are needed to apply these markers inpopulation genetic studies.(AU)

O Jundiá da Amazônia (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) é uma espécie de catfish com importância social e econômica em alguns países Sul americanos como Brasil e Colômbia. A avaliação genética dessa espécie é limitada devido a ausência de marcadores moleculares específicos para L. marmoratus, dificultando estudos sobre a diversidade e estrutura genética em animais em condições de cativeiro ou em populações naturais. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de 32 marcadores microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus. Os primers que apresentaram melhores padrões foram aplicados em 20 espécimes, sendo calculados o número de alelos (Na), número de alelos efetivos (Ne), diversidade gênica por Locus (GdL) e porcentagem de falha na amplificação (Md). Onze primers demonstraram padrões satisfatórios de transferibilidade, todos oriundos de peixes da família Pimelodidae, dos quais sete foram monomórficos e quatro polimórficos. Os onze marcadores apresentaram baixa porcentagem de Md (média 5,9% amostras por loco). O Na variou deum a dois alelos por loco, revelando baixo polimorfismo nas amostras avaliadas. O número médio de Ne e GdL foram 1,77 e 0,32, respectivamente. Estudos genéticos envolvendo indivíduos de diferentes regiões poderão apresentar novos alelos e maior número de loci polimórficos. A transferibilidade de loci microssatélites heterólogos em L. marmoratus se mostrou possível, no entanto, novos testes são necessários para aplicação desses marcadores em estudos genéticos populacionais.(AU)

Soil type spatial prediction from Random Forest: different training datasets, transferability, accuracy and uncertainty assessment

Different uses of soil legacy data such as training dataset as well as the selection of soil environmental covariables could drive the accuracy of machine learning techniques. Thus, this study evaluated the ability of the Random Forest algorithm to predict soil classes from different training datasets and extrapolate such information to a similar area. The following training datasets were extracted from legacy data: a) point data composed of 53 soil samples; b) 30 m buffer around the soil samples, and soil map polygons excluding: c) 20 m; and d) 30 m from the boundaries of polygons. These four datasets were submitted to principal component analysis (PCA) to reduce multidimensionality. Each dataset derived a new one. Different combinations of predictor variables were tested. A total of 52 models were evaluated by means of error of models, prediction uncertainty and external validation for overall accuracy and Kappa index. The best result was obtained by reducing the number of predictors with the PCA along with information from the buffer around the points. Although Random Forest has been considered a robust spatial predictor model, it was clear it is sensitive to different strategies of selecting training dataset. Effort was necessary to find the best training dataset for achieving a suitable level of accuracy of spatial prediction. To identify a specific dataset seems to be better than using a great number of variables or a large volume of training data. The efforts made allowed for the accurate acquisition of a mapped area 15.5 times larger than the reference area.

Soil type spatial prediction from Random Forest: different training datasets, transferability, accuracy and uncertainty assessment

Different uses of soil legacy data such as training dataset as well as the selection of soil environmental covariables could drive the accuracy of machine learning techniques. Thus, this study evaluated the ability of the Random Forest algorithm to predict soil classes from different training datasets and extrapolate such information to a similar area. The following training datasets were extracted from legacy data: a) point data composed of 53 soil samples; b) 30 m buffer around the soil samples, and soil map polygons excluding: c) 20 m; and d) 30 m from the boundaries of polygons. These four datasets were submitted to principal component analysis (PCA) to reduce multidimensionality. Each dataset derived a new one. Different combinations of predictor variables were tested. A total of 52 models were evaluated by means of error of models, prediction uncertainty and external validation for overall accuracy and Kappa index. The best result was obtained by reducing the number of predictors with the PCA along with information from the buffer around the points. Although Random Forest has been considered a robust spatial predictor model, it was clear it is sensitive to different strategies of selecting training dataset. Effort was necessary to find the best training dataset for achieving a suitable level of accuracy of spatial prediction. To identify a specific dataset seems to be better than using a great number of variables or a large volume of training data. The efforts made allowed for the accurate acquisition of a mapped area 15.5 times larger than the reference area.(AU)

Genetic variability in a population of Astyanax scabripinnis: recent bottleneck and the possible influence of individuals with B chromosomes

Access the genetic variability of endangered and isolated populations has become an important conservation tool. Astyanax scabripinnis is a well-known fish model for genetic studies, forming very isolated populations in headwaters. Besides that, this species frequently presents supernumerary chromosomes, which elevates the interest on genetic studies. Genetic diversity of an Astyanax scabripinnispopulation from the Atlantic Forest (Serra da Mantiqueira region, Brazil) was assessed with microsatellite markers for the first time. Since microsatellite markers are not described for this species, we tested markers described for a related species for transferability to A. scabripinnis. Six polymorphic loci were sufficiently reliable for population genetic analysis. We found that this population passed through a recent bottleneck because of the presence of an excess of heterozygotes, low allelic diversity, heterozygosity excess, and small effective population size. Individuals with and without B chromosomes were previously identified in this population and our study found private alleles in the individuals without B chromosomes. Furthermore, when individuals without B chromosomes were removed from the analysis, the population did not present heterozygosity excess, suggesting that the bottleneck event was driven by individuals with B chromosomes. Our results provide an insight into the value of microsatellite markers as molecular tools and is the first genetic study using molecular data of A. scabripinnis from this area.

Transferability of heterologous microsatellite primers in Brycon gouldingi / Transferibilidade de primers microssatélites heterólogos em Brycon gouldingi

Brycon gouldingi is a species of neotropical fish of socioeconomic and environmental importance in the Tocantins-Araguaia Basin. Genetic studies on this species are still limited, making it difficult to evaluate the population structure and genetic diversity in natural and captive stocks. Here, we aimed to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers in B. gouldingi. A total of 30 primers for eight species were evaluated: Brycon hilarii, Brycon opalinus, Brycon cephalus, Brycon orbignyanus, Prochilodus lineatus, Prochilodus argenteus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum. The primers that showed the best amplification patterns were applied to 20 specimens of B. gouldingi, and their genetic parameters were assessed. Among the 30 primers, seven showed satisfactory transferability, six of which belonged to the genus Brycon: Bh13 (B. hilarii), BoM5, BoM13 (B. opalinus), Borg9, Borg13, and Borg59 (B. orbignyanus), and one belonged to P. argenteus (Par80). The primers for the other species tested showed non-specificity or monomorphism; and were therefore, excluded from the analyses. The number of alleles ranged between two (Borg13 and Borg59) and three (Bh13, BoM5, BoM13, Borg9 and Par80), with sizes varying between 103 bp (BoM5) and 430 bp (Borg9). Four primers showed evidence of null alleles (BoM13, Borg9, Borg13, and Par80), which could probably be attributed to the respective Hardy-Weinberg deviation. Thus, seven primers were validated for cross-amplification in B. gouldingi, which may be used in future studies involving this species.(AU)

Brycon gouldingi é uma espécie de peixe neotropical com importância socioeconômica e ambiental na Bacia do Tocantins-Araguaia. Estudos genéticos nessa espécie ainda são escassos, dificultando o conhecimento sobre a estrutura populacional e a diversidade genética nos estoques naturais e em cativeiro. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de primers microssatélites heterólogos em B. gouldingi. Foram avaliados um total de 30 primers de oito espécies: Brycon hilarii, Brycon opalinus, Brycon cephalus, Brycon orbignyanus, Prochilodus lineatus, Prochilodus argenteus, Piaractus mesopotamicus e Colossoma macropomum. Os primers que demonstraram melhores padrões de amplificação foram aplicados em 20 espécimes de B. gouldingi para os cálculos dos parâmetros genéticos. Sete dos 30 primers apresentaram resultados satisfatórios de transferibilidade, sendo seis oriundos do gênero Brycon: Bh13 (B. hilarii), BoM5, BoM13 (B. opalinus), Borg9, Borg13 e Borg59 (B. orbignyanus), e um oriundo de P. argenteus (Par80). Os primer das outras espécies testados mostraram inespecificidade ou monomorfismo, sendo excluídos das análises. O número de alelos variou de dois (Borg13 e Borg59) a três (Bh13, BoM5, BoM13, Borg9 e Par80), com tamanhos entre 103 pb (BoM5) e 430 pb (Borg9). Quatro primers apresentaram evidências de alelos nulos (BoM13, Borg9, Borg13 e Par80), o que provavelmente inferiu sobre o desvio de Hardy-Weinberg nos mesmos. Concluindo, sete primers foram validados para a amplificação cruzada em B. gouldingi e poderão ser utilizados em futuros estudos com essa espécie.(AU)

Identificação de regiões microssatélites potencialmente amplificáveis e desenvolvimento de marcadores para codornas de corte a partir do genoma da codorna japonesa

Os objetivos do presente estudo foram identificar loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs) e desenvolver marcadores para codornas de corte (Coturnix coturnix) a partir do genoma completo da codorna japonesa (Coturnix japonica), obtido através do banco de dados Ensembl (acesso GCA_001577835.1). Após uma mineração in silico no genoma, foram encontrados 1.524 loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs), sendo esses polimórficos e com primers. A classe com maior número de PALs foi a dinucleotídeos, seguida de tetra-, penta-, tri- e hexanucleotídeos totalizando 718 (47,11%), 310 (20,34%), 270 (17,71%), 132 (8,66%) e 94 loci (6,17%), respectivamente. Foram identificadas 350 loci com maior potencial de amplificação (bPALs), tendo como critérios o polimorfismo, ser tetra-, penta- ou hexanucleotídeos e possuir oito repetições. O número de alelos encontrados para tetra-, penta- e hexanucleotídeos foram 1287, 963 e 223, respectivamente. Para o desenvolvimento de marcadores microssatélites, foi utilizado o genoma completo da Coturnix japonica depositado no banco de dados Genbank do National Center of Biotechnology Information (NCBI) (acesso GCA_001577835.2). Após varredura no genoma, foram selecionados os três melhores marcadores tetranucleotídeos e sintetizados para análise. Para validação e avaliação da transferibilidade foram genotipados 90 codornas de uma linhagem de corte, de três gerações, e estimados os valores de conteúdo de informação polimórfica (PIC), número de alelos por locus, heterozigosidade esperada (He), heterozigosidade observada (Ho) e coeficiente de endogamia (FIS). Amplificaram 65 indivíduos para Coturnix01, bem como 84 e 42 para CcoUFPel03 e CcoUFPel04. A média de alelos observados foi dez, com tamanhos entre 260 a 300 pares de base (pb) para Coturnix01, 245 a 330pb para CcoUFPel03 e 285 a 385pb para CcoUFPel04. Todos os marcadores foram altamente polimórficos, com PIC variando de 0,72 a 0,84. A Ho média foi baixa em todas as gerações, sendo inferiores as médias da He, resultando em valores de coeficiente de endogamia total (FIS) positivos. Os marcadores desenvolvidos apresentaram transferibilidade para a espécie de estudo, no qual a sua validação demostrou alta capacidade de detecção de polimorfismos, possibilitando a utilização destes em estudos populacionais de codornas de corte. Um grande número de PALs e bPALs foram encontrados com grande potencial para uso nos programas de melhoramento genético.

This work presents a study to identify microsatellites potentially amplifiable loci (PALs) and develop markers from meat quails (Coturnix coturnix) using the complete genome from Japanese quail (Coturnix japonica) obtained from the collection of the database Ensembl (access GCA_001577835.1). Were match 1,524 matches of PALs, being those polymorphic and with primers. The highest classes of PALs were dinucleotides, with sequence of tetra-, penta-, tri- and hexanucleotides, with a total of 718 (47 %), 310 (20 %), 270 (18 %), 132 (9 %) and 94 loci (6 %), respectively. Were identified 350 loci with better potential of amplifiable (bPALs), having as criteria the polymorphism, being tetra-, penta- or hexanucleotides and possessing eight repetitions. The numbers of alleles found for tetra-, penta- and hexanucleotides were 1287, 963 and 223, respectively. The development of the microsatellite markers used the complete genome of Coturnix japonica, supplied by the database of Genbank from the National Center of Biotechnology Information (NCBI accessed GCA 001577835.2). Three markers of tetranucleotides were selected and synthetized. The validation and evaluation of transferability were genotypated 90 meat quails, from three generation and estimated the polymorphic information content values (PIC), the number of alleles per locus, expected heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho) and inbreeding coefficient (Fis). Were amplified 65 animals for Coturnix01, 84 for CcoUFPel03 and 42 for CcoUFPel04. The observed number of alleles were 10, with sizes between 260 and 300 base pairs (bp) for Coturnix01, between 245 and 330bp for CcoUFPel03 and between 285 and 385bp for CcoUFPel04. All the markers were highly polymorphic, with PIC between 0.72 and 0.84. The average Ho was low in all generations, being lower than He average, resulting in positive values of total inbreeding coefficient (Fis). The developed markers present transferability from the studied species, as its validation show highly capacity of polymorphisms detection, allowing the use of these in populational studies of meat quails. A large number of PALs and bPALs have been found with great potential for use in breeding programs.

DESENVOLVIMENTO DE MARCADORES MICROSSATÉLITES E ANÁLISE POPULACIONAL NO Hyphessobrycon eques E AMPLIFICAÇÃO CRUZADA EM Serrapinnus notomelas

O Mato Grosso (Hyphessobrycon eques) é um peixe de água doce presente em diversos rios e bacias da América do Sul. Esse peixe possui grande importância do ponto de vista biológico, científico e econômico no Brasil e no mundo. Nesse estudo, foi desenvolvido e caracterizado os primeiros primers microssatélites para o H. eques, e testado a transferibilidade dos primers em uma espécie ornamental relacionada (Serrapinnus notomelas) (Characidae). Uma análise genética de 44 espécimes de H. eques, oriundos de uma população natural (WIL) e um estoque em cativeiro (CAP), revelou oito loci com elevado grau de polimorfismo. Foram produzidos um total de 45 alelos, variando de 126 pb (Hype2G2) e 420 pb (Hype2E2). Um desvio no equilíbrio de Hardy-Weinberg (p<0,05) foi observado em um loci em WIL (Hype1G4) e três loci em CAP (Hype1F4, Hype2C3 e Hype2G2). A presença de alelos nulos (p<0,05) ocorreu em apenas um locus (Hype1G4). As populações WIL e CAP apresentaram alta diferenciação genética entre si. O teste de amplificação cruzada em S. notomelas, revelou que apenas dois loci (Hype2C3 e Hype2G2B) apresentaram resultados satisfatórios de transferibilidade. Os primers microssatélites desenvolvidos serão uteis em estudos de diversidade genética e estrutura populacional em populações selvagens e pisciculturas de H.eques no Brasil e nas bacias da América do Sul.

Jewel tetra (Hyphessobrycon eques) (Characidae) is a freshwater fish present in several rivers and basins in South America. This fish has great importance for the biological, scientific, and economic point of view in Brazil and in the world. In this study, we report the development and characterisation of the first microsatellite primers of H. eques, and we tested the transferability of primers in a related ornamental species (Serrapinus notomelas) (Characidae). A genetic analysis of 44 specimens of H. eques, from a natural population (WIL) and a stock in captivity (CAP), revealed eight loci with a high degree of polymorphism. A total of 45 alleles were produced, ranging from 126 bp (Hype2G2) to 420 bp (Hype2E2). A deviation in the Hardy-Weinberg balance (p <0.05) was observed in one locus in WIL (Hype1G4) and three loci in CAP (Hype1F4, Hype2C3 and Hype2G2). The presence of null alleles (p <0.05) occurred in only one locus (Hype1G4). The WIL and CAP populations showed high genetic differentiation between them. The cross amplification test in S. notomelas, revealed that only two loci (Hype2C3 and Hype2G2B) showed satisfactory transferability results. The microsatellite primers developed will be useful in studies of the genetic diversity and population structure in wild populations and fish farms of H. eques in Brazilian and other South American basins.

Transferibilidade de primers SSR heterólogos em Pseudoplatystoma reticulatum

As cacharas pertencem ao gênero Pseudoplatystoma, têm como base sua diferenciação por meio somente de coloração padrão e morfologia externa, além de apresentarem grande potencial para a aquicultura pelas suas características zootécnicas, organolépticas e de rendimento de carcaça favoráveis ao atendimento do mercado consumidor, porém seus estoques naturais vêm sofrendo redução nos últimos anos. Para reduzir esse impacto negativo, estudos voltados à conservação estão sendo realizados e cada vez mais, a obtenção de ferramentas genéticas que permitam a discriminação de parâmetros populacionais ou de estoques se torna de grande importância. Em função de seu estado de conservação e seu potencial para o cultivo e apesar de pesquisadores terem desenvolvimento primers microssatélites para a espécie P. reticulam, objetivou-se através do presente estudo avaliar a transferibilidade de primers heterólogos SSR de espécies dos grupos Brachyplatystoma Pseudoplatystoma na cachara (P.reticulam). Foram analisadas amostras de nadadeira caudal de 222 indivíduos. A extração de DNA foi realizada utilizando protocolo com NaCl. A integridade do DNA extraído foi checada em gel de agarose 1%. Foram avaliados 11 primers desenvolvidos para as espécies: Brachyplatystoma rousseauxii, Pseudoplatystoma corruscans, Pseudoplatystoma punctifer. Foi observada amplificação cruzada de três primers específicos para a espécie B. rousseauxii (BR47, BR51 e BR61) e cinco primers específicos para a espécie P. punctifer (PPU01, PPU04, PPU09, PPU10 e PPU15), em P. reticulatum. Três primers: um de B. rousseauxii (BR38), um de P. corruscans (PCOR1) e um de P. punctifer (PPU13) não mostraram amplificação cruzada na espécie analisada. Os resultados indicaram a possibilidade de uso dos oito primers heterólogos amplificados em estudos genéticos em P. reticulatum, os quais amplificaram o total de 97 alelos, com variação de 142pb a 400pb.

The cacharas belong to the genus Pseudoplatystoma, their differentiation is based on standard color and external morphology and presenting great potential for aquaculture due to their zootechnical, organoleptic characteristics and favorable carcass yield, but their stocks natural resources have been decreasing in recent years. To reduce this negative impact, studies on conservation are being carried out and increasingly, then obtaining genetic tools that allow the population parameters or stocks discrimination becomes of great importance. Due to its conservation status and its potential for cultivation and although researchers have developed microsatellite primers for the species P. reticulam, the objective of this study was to evaluate the transferability of heterologous SSR primers from groups of Brachyplatystoma and Pseudoplatystoma species in the cachara (P. reticulam). Caudal fin samples from 222 individuals were analyzed. DNA extraction was performed using NaCl protocol. The extracted DNA integrity was checked on 1% agarose gel. Eleven primers developed for the species were evaluated: Brachyplatystoma rousseauxii, Pseudoplatystoma corruscans, Pseudoplatystoma punctifer. Cross amplification of three B. rousseauxii-specific primers (BR47, BR51 and BR61) and five P. punctifer-specific primers (PPU01, PPU04, PPU09, PPU10 and PPU15) were observed in P. reticulatum. Three primers: one from B. rousseauxii (BR38), one from P. corruscans (PCOR1) and one from P. punctifer (PPU13) did not show cross amplification in the analyzed species. The results indicated the possibility of using eight amplified heterologous primers in genetic studies in P. reticulatum, which amplified a total of 97 alleles, ranging from 142bp to 400bp

Aspectos bioecológicos e genético-comportamentais envolvidos na conservação da abelha Jandaíra, Melipona subnitida Ducke (Apidae, Meliponini), e o uso de ferramentas moleculares nos estudos de diversidade / Bioecological and behavioral genetic aspects involved in the conservation of the stingless bee Melipona subnitida Ducke (Apidae, Meliponini) and the use of molecular tools in studies of diversity

A abelha sem ferrão Melipona subnitida atualmente está presente em quase toda a região nordeste, em função da boa adaptabilidade ao semiárido nordestino e do potencial econômico-ecológico proporcionado pela produção de mel e pela polinização de cultivos em condições de confinamento. Apesar disso, é uma espécie ameaçada devido a processos de degradação ambiental, dentre os quais estão o desmatamento, o uso indiscriminado de agrotóxicos e o extrativismo. Tais interferências tendem a isolar as populações de Jandaíra, provocando uma queda na variabilidade genética e, consequentemente, uma redução na capacidade adaptativa da espécie. Porém, técnicas de biologia molecular estão sendo implementadas, possibilitando que populações desse tipo sejam avaliadas quanto ao seu grau de variabilidade genética. Marcadores moleculares do tipo microssatélites de DNA vêm sendo bastante usados, porém, em função do alto custo exigido para seu desenvolvimento, diversos estudos vêm empregando microssatélites transferidos de táxons próximos com amplo sucesso em estudos voltados à caracterização e à diversidade genética. Dessa forma, a presente revisão objetivou avaliar os mais relevantes aspectos bioecológicos e genético-comportamentais envolvidos na conservação da abelha Jandaíra, a fim de auxiliar na avaliação do grau de diversidade genética da espécie, bem como da sua distribuição entre indivíduos e populações da abelha sem ferrão M. subnitida.(AU)

The stingless bee Melipona subnitida is now present almost everywhere in the Brazilian Northeastern, as a consequence of its good adaptability to the semiarid and economic and ecological potential offered by the honey production and pollination of commercial crops under confined conditions. Nevertheless, it is an endangered species due to environmental degradation processes, among which are: deforestation, indiscriminate use of pesticides and honey extraction. Such interference tends to isolate populations of Jandaíra causing a decrease in genetic variability, and therefore a reduction in the adaptive capacity of the species. However, advanced Molecular Biology techniques have been used allowing such populations to be assessed for their degree of genetic variability. Molecular markers such as microsatellite DNA are widely applied to genetic diversity studies. However, due to the high costs required for their development, several studies have been focused on the use of microsatellites transferred from closely related taxa with much success in studies on the genetic characterization of species and their populations. Therefore, this review aimed to evaluate the most relevant ecological and behavioral aspects in order to assist the population genetic studies of the stingless bee M. subnitida.(AU)

Aspectos bioecológicos e genético-comportamentais envolvidos na conservação da abelha Jandaíra, Melipona subnitida Ducke (Apidae, Meliponini), e o uso de ferramentas moleculares nos estudos de diversidade / Bioecological and behavioral genetic aspects involved in the conservation of the stingless bee Melipona subnitida Ducke (Apidae, Meliponini) and the use of molecular tools in studies of diversity

A abelha sem ferrão Melipona subnitida atualmente está presente em quase toda a região nordeste, em função da boa adaptabilidade ao semiárido nordestino e do potencial econômico-ecológico proporcionado pela produção de mel e pela polinização de cultivos em condições de confinamento. Apesar disso, é uma espécie ameaçada devido a processos de degradação ambiental, dentre os quais estão o desmatamento, o uso indiscriminado de agrotóxicos e o extrativismo. Tais interferências tendem a isolar as populações de Jandaíra, provocando uma queda na variabilidade genética e, consequentemente, uma redução na capacidade adaptativa da espécie. Porém, técnicas de biologia molecular estão sendo implementadas, possibilitando que populações desse tipo sejam avaliadas quanto ao seu grau de variabilidade genética. Marcadores moleculares do tipo microssatélites de DNA vêm sendo bastante usados, porém, em função do alto custo exigido para seu desenvolvimento, diversos estudos vêm empregando microssatélites transferidos de táxons próximos com amplo sucesso em estudos voltados à caracterização e à diversidade genética. Dessa forma, a presente revisão objetivou avaliar os mais relevantes aspectos bioecológicos e genético-comportamentais envolvidos na conservação da abelha Jandaíra, a fim de auxiliar na avaliação do grau de diversidade genética da espécie, bem como da sua distribuição entre indivíduos e populações da abelha sem ferrão M. subnitida.(AU)

The stingless bee Melipona subnitida is now present almost everywhere in the Brazilian Northeastern, as a consequence of its good adaptability to the semiarid and economic and ecological potential offered by the honey production and pollination of commercial crops under confined conditions. Nevertheless, it is an endangered species due to environmental degradation processes, among which are: deforestation, indiscriminate use of pesticides and honey extraction. Such interference tends to isolate populations of Jandaíra causing a decrease in genetic variability, and therefore a reduction in the adaptive capacity of the species. However, advanced Molecular Biology techniques have been used allowing such populations to be assessed for their degree of genetic variability. Molecular markers such as microsatellite DNA are widely applied to genetic diversity studies. However, due to the high costs required for their development, several studies have been focused on the use of microsatellites transferred from closely related taxa with much success in studies on the genetic characterization of species and their populations. Therefore, this review aimed to evaluate the most relevant ecological and behavioral aspects in order to assist the population genetic studies of the stingless bee M. subnitida.(AU)

Transferibilidade de primers heterólogos para Brycon falcatus e análise citogenética em Oreochromis niloticus

O aumento da população humana mundial reflete diretamente na demanda por alimentos, com destaque a produção e o consumo de peixe, importante fonte de proteína de alto valor nutricional e excelente quantidade e qualidade de vitaminas e minerais. O Brasil é o maior mercado da América Latina com grande e importante potencial de exploração econômica devido a grande variedade de peixes nativos e não nativos. Por isso, potencializar a produção de peixes através de ferramentas que gerem informações relevantes deve ser buscado. Marcadores moleculares microssatélites são importantes ferramentas para a obtenção de informações genéticas, que visam analisar a variabilidade genética de populações e estoques de peixes. Marcadores citogenéticos auxiliam na identificação de espécies e melhor conhecimento cariotípico, facilitando o aprimoramento de cultivo de espécies. Brycon falcatus tem grande importância socioeconômica e biológica no Brasil, porém, o conhecimento genético da espécie ainda é escasso. Oreochromis niloticus é destaque na produção aquícola mundial e brasileira, principalmente devido ao emprego e desenvolvimento de programas de melhoramento genético. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a transferibilidade de primers heterólogos para Brycon falcatus, e analisar citogeneticamente Oreochromis niloticus variedade Tilamax. Foram avaliados 28 primers heterólogos aplicados em 22 indivíduos de Brycon falcatus amostrados ao longo do Rio Araguaia no Estado do Mato Grosso, a partir de fragmentos de nadadeira caudal (0,5 cm2 aproximadamente). Análise de amostras de sangue de 40 indivíduos de Oreochromis niloticus (16 indivíduos da geração de reprodutores (G7), 10 indivíduos da geração subsequente (G8) e 14 indivíduos comerciais (plantel comercial PC)), provenientes da Estação de Piscicultura Codapar/UEM, no estado do Paraná, também foram analisadas. Primers heterólogos de sete espécies diferentes apresentaram resultados satisfatórios de amplificação cruzada com B. falcatus BoM5 (B. opalinus); Bh8, Bh13 e Bh16 (B. hilarii); Borg59 (Brycon orbignyanus); Par80 (Prochilodus argenteus) e Cm1A8 (Colossoma macropomum). Primers com ausência de amplificação, inespecificidade ou monomorfismo, foram excluídos das análises. Os parâmetros genéticos e o PIC (Conteúdo de informação polimórfica) demonstraram a viabilidade na utilização dos primers para análises genéticas populacionais. Os resultados validaram a utilização de primers de diferentes espécies e gêneros em B. falcatus, o que viabilizará a realização de futuros estudos genéticos nessa espécie, colaborando para melhor entendimento de amplificação cruzada ou até o desenvolvimento de futura amplificação específica. Em Oreochromis niloticus os resultados revelaram que as gerações (G7 e G8) e o plantel comercial (PC) apresentaram número diplóide (2n) igual 44, as regiões organizadoras de nucléolos pela impregnação de nitrato de prata (AgRONs) foram evidenciadas em até quatro cromossomos e a hibridização fluorescente in situ, com sonda de DNAr 18S, detectou sinais em 5 cromossomos, localizados em posição terminal do braço curto. A heterocromatina, pela técnica de banda C, teve ampla distribuição em regiões centroméricas, ricas em pares de base CG (citosina e guanina). Os resultados do presente estudo coincidem com os dados disponíveis na literatura e não apresentaram diferenças quanto às avaliações citogenéticas. Não foram observadas alterações nas características cromossômicas das gerações e o plantel comercial analisados de Oreochromis niloticus (variedade Tilamax).

The increase in the world's human population directly reflects the demand for food, especially fish production and consumption, an important source of protein with high nutritional value and excellent quantity and quality of vitamins and minerals. Brazil is the largest market in Latin America with great and important potential for economic exploitation due to the wide variety of native and non-native fish. Therefore, enhancing fish production through tools that generate relevant information should be sought. Microsatellite molecular markers are important tools for obtaining genetic information to analyze the genetic variability of fish populations and stocks. Cytogenetic markers assist in the identification of species and better karyotypic knowledge, facilitating the enhancement of species cultivation. Brycon falcatus has great socioeconomic and biological importance in Brazil, however, the genetic knowledge of the species is still scarce. Oreochromis niloticus is prominent in world and Brazilian aquaculture production, mainly due to the use and development of breeding programs. The present work aimed to evaluate the transferability of heterologous primers to Brycon falcatus, and to cytogenetically analyze Oreochromis niloticus variety Tilamax. Twenty-eight heterologous primers applied to 22 Brycon falcatus individuals sampled along the Araguaia River in Mato Grosso State were evaluated from caudal fin fragments (approximately 0.5 cm2). Analysis of blood samples from 40 individuals of Oreochromis niloticus (16 individuals from breeding generation (G7), 10 individuals from subsequent generation (G8) and 14 commercial individuals (commercial squad - PC)) from Codapar / UEM Fish Farming Station, in the state of Paraná, were also analyzed. Heterologous primers of seven different species showed satisfactory results of B. falcatus BoM5 (B. opalinus) cross amplification; Bh8, Bh13 and Bh16 (B. hilarii); Borg59 (Brycon orbignyanus); Par80 (Prochilodus argenteus) and Cm1A8 (Colossoma macropomum). Primers with no amplification, nonspecificity or monomorphism were excluded from the analysis. Genetic parameters and PIC (Polymorphic Information Content) demonstrated the feasibility of using primers for population genetic analysis. The results validated the use of primers of different species and genera in B. falcatus, which will enable future genetic studies in this species, contributing to a better understanding of cross amplification or even the development of future specific amplification. In Oreochromis niloticus the results revealed that the generations (G7 and G8) and the commercial squad (PC) presented diploid number (2n) equal to 44, the nucleolus organizing regions by silver nitrate impregnation (AgRONs) were evidenced in up to four chromosomes. and in situ fluorescent hybridization with 18S rDNA probe detected signals on 5 chromosomes, located in the terminal position of the short arm. Heterochromatin, by C band technique, was widely distributed in centromeric regions, rich in CG base pairs (cytosine and guanine). The results of the present study coincide with the data available in the literature and showed no differences regarding cytogenetic evaluations. No changes were observed in the chromosomal characteristics of the generations and the commercial squad of Oreochromis niloticus (Tilamax variety).

Conjugative transfer of resistance determinants among human and bovine Streptococcus agalactiae

Streptococcus agalactiae (GBS) is a major source of human perinatal diseases and bovine mastitis. Erythromycin (Ery) and tetracycline (Tet) are usually employed for preventing human and bovine infections although resistance to such agents has become common among GBS strains. Ery and Tet resistance genes are usually carried by conjugative transposons (CTns) belonging to the Tn916 family, but their presence and transferability among GBS strains have not been totally explored. Here we evaluated the presence of Tet resistance genes (tetM and tetO) and CTns among Ery-resistant (Ery-R) and Ery-susceptible (Ery-S) GBS strains isolated from human and bovine sources; and analyzed the ability for transferring resistance determinants between strains from both origins. Tet resistance and int-Tn genes were more common among Ery-R when compared to Ery-S isolates. Conjugative transfer of all resistance genes detected among the GBS strains included in this study (ermA, ermB, mef, tetM and tetO), in frequencies between 1.10-7 and 9.10-7, was possible from bovine donor strains to human recipient strain, but not the other way around. This is, to our knowledge, the first report of in vitro conjugation of Ery and Tet resistance genes among GBS strains recovered from different hosts.

Incidence and transferability of antibiotic resistance in the enteric bacteria isolated from hospital wastewater

This study reports the occurrence of antibiotic resistance and production of -lactamases including extended spectrum beta-lactamases (ESL) in enteric bacteria isolated from hospital wastewater. Among sixty-nine isolates, tested for antibiotic sensitivity, 73.9% strains were resistant to ampicillin followed by nalidixic acid (72.5%), penicillin (63.8%), co-trimoxazole (55.1%), norfloxacin (53.6%), methicillin (52.7%), cefuroxime (39.1%), cefotaxime (23.2%) and cefixime (20.3%). Resistance to streptomycin, chloramphenicol, nitrofurantoin, tetracycline, and doxycycline was recorded in less than 13% of the strains. The minimum inhibitory concentration (MIC) showed a high level of resistance (800-1600 µg/mL) to one or more antibiotics. Sixty three (91%) isolates produced -lactamases as determined by rapid iodometric test. Multiple antibiotic resistances were noted in both among ESL and non-ESL producers. The -lactamases hydrolyzed multiple substrates including penicillin (78.8% isolates), ampicillin (62.3%), cefodroxil (52.2%), cefotoxime (21.7%) and cefuroxime (18.8%). Fifteen isolates producing ESLs were found multidrug resistant. Four ESL producing isolates could transfer their R-plasmid to the recipient strain E. coli K-12 with conjugation frequency ranging from 7.0 x 10-3 to 8.8 x 10-4. The findings indicated that ESL producing enteric bacteria are common in the waste water. Such isolates may disseminate the multiple antibiotic resistance traits among bacterial community through genetic exchange mechanisms and thus requires immediate attention.(AU)

Development of habitat suitability criteria for Neotropical stream fishes and an assessment of their transferability to streams with different conservation status

We assessed the preference of 10 fish species for depth and velocity conditions in forested streams from southeastern Brazil using habitat suitability criteria (HSC curves). We also tested whether preference patterns observed in forested streams can be transferred to deforested streams. We used data from fish sampled in 62 five-meter sites in three forested streams to construct preference curves. Astyanax altiparanae, A. fasciatus, Knodus moenkhausii, and Piabina argentea showed a preference for deep slow habitats, whereas Aspidoras fuscoguttatus, Characidium zebra, Cetopsorhamdia iheringi, Pseudopimelodus pulcher, and Hypostomus nigromaculatus showed an opposite pattern: preference for shallow fast habitats. Hypostomus ancistroides showed a multimodal pattern of preference for depth and velocity. To evaluate whether patterns observed in forested streams may be transferred to deforested streams, we sampled 64 five-meters sites in three deforested streams using the same methodology. The preference for velocity was more consistent than for depth, as success in the transferability criterion was 86% and 29% of species, respectively. This indicates that velocity is a good predictor of species abundance in streams, regardless of their condition.(AU)

Neste estudo avaliamos a preferência de 10 espécies de peixes por condições de profundidade e fluxo em riachos florestados do sudeste do Brasil por meio do critério de adequabilidade de habitat (habitat suitability criteria - curvas HSC). Testamos também se os padrões de preferência observados nos riachos florestados podem ser transferidos para riachos desmatados. Foram realizadas amostragens da ictiofauna em 62 trechos de cinco metros de extensão em três riachos florestados para a construção das curvas de preferência. Astyanax altiparanae, A. fasciatus, Knodus moenkhausii e Piabina argentea apresentaram preferência por habitats lentos e profundos, enquanto Aspidoras fuscoguttatus, Characidium zebra, Cetopsorhamdia iheringi, Pseudopimelodus pulcher e Hypostomus nigromaculatus apresentaram um padrão oposto de preferência por habitats rasos e de fluxo rápido. Hypostomus ancistroides apresentou um padrão de preferência por profundidade e fluxo multimodal. Para avaliar se os padrões observados nos riachos florestados podem ser transferidos para riachos desmatados foram realizadas amostragens da ictiofauna em 64 trechos de cinco metros de extensão em três riachos desmatados utilizando a mesma metodologia aplicada aos riachos florestados. O sucesso na transferência do critério foi de 86% e 29% para fluxo e profundidade, ou seja, a preferência por fluxo foi mais consistente do que por profundidade. Isso indica que o fluxo é um bom preditor da abundância das espécies em riachos, independentemente do seu estado de conservação.(AU)

Genetic diversity analysis among pigeonpea genotypes adapted to South American regions based on microsatellite markers

The pigeonpea [Cajanus cajan (L) Millspaugh] is one of the most important perennial legume crops utilized in the food, fodder, soil conservation, crop-livestock integrated systems, reclaiming of degraded pastures and symbiotic nitrogen fixation. Microsatellite markers were used to estimate the genetic diversity of 77 pigeonpea genotypes selected from the germplasm collections at Embrapa Cattle-Southeast and, to evaluate their transferability to Phaseolus vulgaris and Vigna unguiculata species. The number of alleles per locus ranged from 2 to12, with an average of 5.1 alleles. The PIC values ranged from 0.11 to 0.80 (average 0.49) and the D values from 0.23 to 0.91 (average 0.58). The averages of observed and expected heterozygosity were 0.25 and 0.47, respectively, showing a deficit in heterozygosity. A model-based Bayesian approach implemented in the software STRUCTURE was used to assign genotypes into clusters. A dendrogram was constructed based on the modified Roger's genetic distances using a neighbor-joining method (NJ). A total of four clusters were assembled by STRUCTURE and a strong tendency of correspondence between the Bayesian clusters in the NJ tree was observed. The genetic distance ranged from 0.09 to 0.62 (average 0.37), showing a low genetic diversity in the pigeonpea genotypes. Transferability of pigeonpea-specific microsatellites revealed a cross-amplification and the presence of polymorphic alleles in P. vulgaris and V. unguiculata.

Genetic diversity analysis among pigeonpea genotypes adapted to South American regions based on microsatellite markers

The pigeonpea [Cajanus cajan (L) Millspaugh] is one of the most important perennial legume crops utilized in the food, fodder, soil conservation, crop-livestock integrated systems, reclaiming of degraded pastures and symbiotic nitrogen fixation. Microsatellite markers were used to estimate the genetic diversity of 77 pigeonpea genotypes selected from the germplasm collections at Embrapa Cattle-Southeast and, to evaluate their transferability to Phaseolus vulgaris and Vigna unguiculata species. The number of alleles per locus ranged from 2 to12, with an average of 5.1 alleles. The PIC values ranged from 0.11 to 0.80 (average 0.49) and the D values from 0.23 to 0.91 (average 0.58). The averages of observed and expected heterozygosity were 0.25 and 0.47, respectively, showing a deficit in heterozygosity. A model-based Bayesian approach implemented in the software STRUCTURE was used to assign genotypes into clusters. A dendrogram was constructed based on the modified Roger's genetic distances using a neighbor-joining method (NJ). A total of four clusters were assembled by STRUCTURE and a strong tendency of correspondence between the Bayesian clusters in the NJ tree was observed. The genetic distance ranged from 0.09 to 0.62 (average 0.37), showing a low genetic diversity in the pigeonpea genotypes. Transferability of pigeonpea-specific microsatellites revealed a cross-amplification and the presence of polymorphic alleles in P. vulgaris and V. unguiculata.