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Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-219338

Resumo

Os objetivos do presente estudo foram identificar loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs) e desenvolver marcadores para codornas de corte (Coturnix coturnix) a partir do genoma completo da codorna japonesa (Coturnix japonica), obtido através do banco de dados Ensembl (acesso GCA_001577835.1). Após uma mineração in silico no genoma, foram encontrados 1.524 loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs), sendo esses polimórficos e com primers. A classe com maior número de PALs foi a dinucleotídeos, seguida de tetra-, penta-, tri- e hexanucleotídeos totalizando 718 (47,11%), 310 (20,34%), 270 (17,71%), 132 (8,66%) e 94 loci (6,17%), respectivamente. Foram identificadas 350 loci com maior potencial de amplificação (bPALs), tendo como critérios o polimorfismo, ser tetra-, penta- ou hexanucleotídeos e possuir oito repetições. O número de alelos encontrados para tetra-, penta- e hexanucleotídeos foram 1287, 963 e 223, respectivamente. Para o desenvolvimento de marcadores microssatélites, foi utilizado o genoma completo da Coturnix japonica depositado no banco de dados Genbank do National Center of Biotechnology Information (NCBI) (acesso GCA_001577835.2). Após varredura no genoma, foram selecionados os três melhores marcadores tetranucleotídeos e sintetizados para análise. Para validação e avaliação da transferibilidade foram genotipados 90 codornas de uma linhagem de corte, de três gerações, e estimados os valores de conteúdo de informação polimórfica (PIC), número de alelos por locus, heterozigosidade esperada (He), heterozigosidade observada (Ho) e coeficiente de endogamia (FIS). Amplificaram 65 indivíduos para Coturnix01, bem como 84 e 42 para CcoUFPel03 e CcoUFPel04. A média de alelos observados foi dez, com tamanhos entre 260 a 300 pares de base (pb) para Coturnix01, 245 a 330pb para CcoUFPel03 e 285 a 385pb para CcoUFPel04. Todos os marcadores foram altamente polimórficos, com PIC variando de 0,72 a 0,84. A Ho média foi baixa em todas as gerações, sendo inferiores as médias da He, resultando em valores de coeficiente de endogamia total (FIS) positivos. Os marcadores desenvolvidos apresentaram transferibilidade para a espécie de estudo, no qual a sua validação demostrou alta capacidade de detecção de polimorfismos, possibilitando a utilização destes em estudos populacionais de codornas de corte. Um grande número de PALs e bPALs foram encontrados com grande potencial para uso nos programas de melhoramento genético.

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This work presents a study to identify microsatellites potentially amplifiable loci (PALs) and develop markers from meat quails (Coturnix coturnix) using the complete genome from Japanese quail (Coturnix japonica) obtained from the collection of the database Ensembl (access GCA_001577835.1). Were match 1,524 matches of PALs, being those polymorphic and with primers. The highest classes of PALs were dinucleotides, with sequence of tetra-, penta-, tri- and hexanucleotides, with a total of 718 (47 %), 310 (20 %), 270 (18 %), 132 (9 %) and 94 loci (6 %), respectively. Were identified 350 loci with better potential of amplifiable (bPALs), having as criteria the polymorphism, being tetra-, penta- or hexanucleotides and possessing eight repetitions. The numbers of alleles found for tetra-, penta- and hexanucleotides were 1287, 963 and 223, respectively. The development of the microsatellite markers used the complete genome of Coturnix japonica, supplied by the database of Genbank from the National Center of Biotechnology Information (NCBI accessed GCA 001577835.2). Three markers of tetranucleotides were selected and synthetized. The validation and evaluation of transferability were genotypated 90 meat quails, from three generation and estimated the polymorphic information content values (PIC), the number of alleles per locus, expected heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho) and inbreeding coefficient (Fis). Were amplified 65 animals for Coturnix01, 84 for CcoUFPel03 and 42 for CcoUFPel04. The observed number of alleles were 10, with sizes between 260 and 300 base pairs (bp) for Coturnix01, between 245 and 330bp for CcoUFPel03 and between 285 and 385bp for CcoUFPel04. All the markers were highly polymorphic, with PIC between 0.72 and 0.84. The average Ho was low in all generations, being lower than He average, resulting in positive values of total inbreeding coefficient (Fis). The developed markers present transferability from the studied species, as its validation show highly capacity of polymorphisms detection, allowing the use of these in populational studies of meat quails. A large number of PALs and bPALs have been found with great potential for use in breeding programs.

Biblioteca responsável: BR68.1