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Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-217785

Resumo

Análises genômicas têm sido amplamente utilizadas em animais de produção e a utilização de marcadores moleculares possibilitou a identificação de assinatura de seleção no genoma de bovinos, sendo estas regiões associadas às características que estão sob seleção e que apresentam aumento nas frequências alélicas em determinados loci. Assim, o objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar as assinaturas de seleção presentes em animais da raça Canchim (CA) considerando informações dos genótipos das raças fundadoras Nelore (NE) e Charolês (CH). Foram utilizados marcadores em alta densidade do tipo SNP (polimorfismo de nucleotídeo único) obtidos em 395 animais CA (população de interesse), 814 animais NE e 897 animais CH (populações de referência). Após o controle de qualidade e imputação de genótipos, restaram 693.531 SNPs (CA vs. NE) e 707.626 SNPs (CA vs. CH) para identificação de assinaturas de seleção por meio das metodologias XP-EHH e Rsb (baseadas na homozigose do haplótipo estendido entre populações) e Fst (índice de fixação de alelos). Foram definidas como assinaturas de seleção os 50 maiores valores de sinal positivo para cada metodologia. Dentre as várias regiões identificadas como assinaturas de seleção em bovinos Canchim, grande parte está relacionada às características que são objetivos principais de seleção para bovinos de corte, como ganho de peso e qualidade de carne, assim como para características reprodutivas. A identificação de assinaturas de seleção potencialmente associadas às características morfológicas, de imunidade, de comportamento e relacionadas ao ritmo circadiano dão novas perspectivas para compreensão da arquitetura genética presente no Canchim. Foi possível verificar como a contribuição das raças fundadoras (NE e CH) auxiliaram a moldar a composição genética presente no Canchim, assim como compreender quais regiões efetivamente contribuem para a variabilidade genética da raça. Estes resultados poderão auxiliar no direcionamento do programa de avaliação genética da raça.

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Genomic analyses have been widely used in livestock and molecular markers has enabled the identification of selection signature in the bovine genome, which are regions associated with traits under selection and that present an increase in allele frequencies in certain loci. Thus, the aim of this study was to identify and characterize selection signatures present in Canchim (CA) animals considering information on the genotypes of the founders breeds Nelore (NE) and Charolais (CH). High-density SNP genotypes (single nucleotide polymorphism) were considered for 395 CA animals (population of interest), 814 NE animals and 897 CH animals (reference populations). After quality control and genotype imputation, 693,531 SNPs (CA vs. NE) and 707,626 SNPs (CA vs. CH) remained for identification of selection signatures using the XP-EHH and Rsb methodologies (based on the extended haplotype homozygosity between populations) and Fst (allele fixation index). Selection signatures were defined as SNPs that had the 50 highest positive sign values for each methodology. Among the various regions identified as selection signatures in Canchim cattle, a large part was related to the traits that are the main selection objectives for beef cattle, such as weight gain and meat quality, as well as reproductive traits. The identification of selection signatures putatively associated with the morphology, immunity, behavioral traits and circadian rhythm have given new perspectives for understanding the genetic architecture present in the Canchim. It was possible to verify how the contribution of the founding breeds (NE and CH) helped to shape the genetic composition present in Canchim, as well as to understand which regions effectively contribute to the genetic variability of the breed. These results may assist in directing the genetic evaluation program of Canchim.

Biblioteca responsável: BR68.1