National retrospective cohort study to identify risk factors for in-hospital 30-day lethality in laboratory-confirmed cases of influenza. / Estudio de cohorte retrospectivo nacional para identificar los factores de riesgo de letalidad por hospitalización durante 30 días en casos de gripe confirmados por laboratorio.

OBJECTIVE: To identify factors associated with the risk of death in adolescent and adult inpatients with laboratory-positive (reverse-transcription polymerase chain reaction) influenza in Mexico during consecutive influenza seasons (2018-2020). PATIENTS AND METHODS: A retrospective cohort study used national surveillance system data, enrolling 3422 individuals. The association between various risk factors and 30-day in-hospital lethality were evaluated through risk ratios (RR) and 95% confidence intervals (CI). RESULTS: The lethality rate was 18.1%. Flu vaccination history (RR = 0.56, 95% CI 0.42-0.78), early antiviral drug administration (≤ two days from symptom onset [reference ≥ 5 days], RR = 0.68, 95% CI 0.58-0.81), and a history of asthma (RR = 0.66, 95% CI 0.47-0.95) showed protective effects against influenza-attributable death. Mechanical ventilator support produced the highest increase in death risk (RR = 3.31, 95% CI 2.89-3.79). Male sex, older age, AH1N1 subtype, and other chronic diseases were also associated with fatal in-hospital influenza-related outcomes. CONCLUSIONS: Our findings highlight the major relevance of promoting immunization in high-risk individuals, together with ensuring early and effective antiviral management in suspected influenza cases.

National retrospective cohort study to identify risk factors for in-hospital 30-day lethality in laboratory-confirmed cases of influenza.

OBJECTIVE: To identify factors associated with the risk of death in adolescent and adult inpatients with laboratory-positive (reverse-transcription polymerase chain reaction) influenza in Mexico during consecutive influenza seasons (2018-2020). METHODS: A retrospective cohort study used national surveillance system data, enrolling 3.422 individuals. The association between various risk factors and 30-day in-hospital lethality were evaluated through risk ratios (RRs) and 95% confidence intervals (CIs). RESULTS: The lethality rate was 18.1%. Flu vaccination history (RR=0.56, 95% CI 0.42-0.78), early antiviral drug administration (≤2 days from symptom onset [reference ≥5 days], RR=0.68, 95% CI 0.58-0.81), and a history of asthma (RR=0.66, 95% CI 0.47-0.95) showed protective effects against influenza-attributable death. Mechanical ventilator support produced the highest increase in death risk (RR=3.31, 95% CI 2.89-3.79). Male sex, older age, AH1N1 subtype, and other chronic diseases were also associated with fatal in-hospital influenza-related outcomes. CONCLUSIONS: Our findings highlight the major relevance of promoting immunization in high-risk individuals, together with ensuring early and effective antiviral management in suspected influenza cases.

Caracterização e investigação da expressão do sistema CRISPR/Cas em isolados clínicos de Acinetobacter baumannii

Acinetobacter baumannii é um dos principais patógenos nosocomiais, cujas características contribuem para o desenvolvimento de surtos, principalmente em Unidades de Tratamento Intensivo (UTIs). Dentre os mecanismos de defesa que a espécie dispõe, destaca-se o sistema CRISPR/Cas, que confere aos seus hospedeiros a proteção contra a invasão de elementos genéticos móveis indesejados, como bacteriófagos. O CRISPR ( Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats ) corresponde a uma família de DNA repetitivo, presente no genoma de procariotos e arqueas, associados aos genes cas (CRISPR- associated ), que codificam para proteínas com diversas funções. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a expressão do sistema CRISPR/Cas em condições padrão, bem como a conferência de imunidade a bacteriófagos. Os genomas de 14 isolados foram analisados acerca da presença de profagos utilizando a ferramenta Phaster. O alinhamento de sequências através da ferramenta BLASTn contra os bancos de dados NCBI, Uniprot, CRISPRdb e CRISPR Target foi realizado para identificar a origem dos espaçadores nos CRISPR. A ferramenta AcrFinder e o alinhamento por BLASTx com sequências do banco de dados AcrHub, foram utilizados para identificar genes anti-CRISPR ( acr ). Para avaliar a expressão do sistema, foi aplicada a técnica de RT-PCR para os genes cas1 e csy1 , tendo como controle o gene rpoB . Foram identificadas regiões correspondentes a profagos em 13 isolados. Do total de 150 sequências espaçadoras, 48 apresentaram correspondência com bacteriófagos. Nenhum gene acr foi identificado nos genomas analisados. Todos os isolados estudados expressaram os genes cas1 e csy1 . Sete dos 14 genomas possuem uma região de profago e, pelo menos, um espaçador correspondente de forma simultânea. Tais achados sugerem que a defesa promovida pelo CRISPR esteja mantendo os profagos em estado de dormência. No entanto, demais estudos sobre a funcionalidade do sistema são necessários em bactérias de interesse clínico.

Desenvolvimento e validação de plataformas do tipo "Point-of-Care" para o diagnóstico molecular de arbovírus emergentes

As arboviroses, como as provocadas pelo o vírus Zika (ZIKV) e o vírus chikungunya (CHIKV), têm sido associadas a surtos em larga escala e epidemias em vários países de clima tropical e subtropical nos últimos anos. Atualmente, o diagnóstico dos pacientes infectados por estes vírus é realizado em laboratórios centralizados utilizando a reação de transcriptase reversa seguida da reação em cadeia da polimerase quantitativa (RT-qPCR), que, embora seja o método molecular padrão-ouro para o diagnóstico molecular, tem várias desvantagens para uso em áreas remotas e de poucos recursos, como alto custo e necessidade de equipamentos especializados. Essas desvantagens dificultam a aplicação e utilização para um grande número de amostras. As plataformas de diagnóstico point-of-care (POC) têm o potencial de superar essas limitações, especialmente em países em desenvolvimento. Com isso em mente, nós desenvolvemos e validamos duas plataformas de diagnóstico baseadas em RT-LAMP e biossensores moleculares para a detecção rápida do ZIKV e CHIKV em amostras de pacientes e amostras de mosquitos. O RT-LAMP foi capaz de detectar o ZIKV em diversos tipos de amostras (soro, urina, saliva e sêmen) em apenas 20 minutos, sem extração de RNA. O ensaio RT-LAMP foi altamente específico e até 100 vezes mais sensível do que RT-qPCR. Em seguida, validamos o ensaio com 100 amostras de soro de pacientes coletadas de casos suspeitos de infecção por arbovírus no estado de Pernambuco, epicentro da última epidemia de Zika. Comparado com a RT-qPCR, o ensaio RT-LAMP forneceu sensibilidade de 100%, especificidade de 93,75% e uma precisão geral de 95,00%. Por outro lado, os biossensores moleculares apresentaram sensibilidade similar e alta especificidade quando comparado a RTqPCR. Na sequência, validamos os biossensores com 268 amostras clínicas e as análises demonstraram sensibilidade de 94,52%, especificidade de 100% e uma precisão geral de 98,51%. Demonstrando a programabilidade e extensibilidade de ambas as plataformas de diagnóstico, alcançamos um desempenho de diagnóstico semelhante para a detecção do CHIKV em soro, saliva, urina e amostras de mosquitos. Por fim, também foi otimizado um método alternativo de extração do RNA baseado em fervura acoplado a técnica de RT-qPCR para a detecção molecular do ZIKV. Tomados em conjunto, o ensaio RT-LAMP e os biossensores moleculares fornecem duas alternativas promissoras e de baixo custo para o diagnóstico rápido do ZIKV e CHIKV e possuem o potencial de aumentar a capacidade diagnóstica em áreas afetadas por estes arbovírus emergentes, particularmente em países com baixa infraestrutura laboratorial.