Comprehensive genomic filtering algorithm to expose the cause of skewed X chromosome inactivation. The proof of concept in female haemophilia expression.

BACKGROUND: Exploring the expression of X linked disorders like haemophilia A (HA) in females involves understanding the balance achieved through X chromosome inactivation (XCI). Skewed XCI (SXCI) may be involved in symptomatic HA carriers. We aimed to develop an approach for dissecting the specific cause of SXCI and verify its value in HA. METHODS: A family involving three females (two symptomatic with severe/moderate HA: I.2, the mother, and II.1, the daughter; one asymptomatic: II.2) and two related affected males (I.1, the father and I.3, the maternal uncle) was studied. The genetic analysis included F8 mutational screening, multiplex ligation-dependent probe amplification, SNP microarray, whole exome sequencing (WES) and Sanger sequencing. XCI patterns were assessed in ectoderm/endoderm and mesoderm-derived tissues using AR-based and RP2-based systems. RESULTS: The comprehensive family analysis identifies I.2 female patient as a heterozygous carrier of F8:p.(Ser1414Ter) excluding copy number variations. A consistent XCI pattern of 99.5% across various tissues was observed. A comprehensive filtering algorithm for WES data was designed, developed and applied to I.2. A Gly58Arg missense variant in VMA21 was revealed as the cause for SXCI.Each step of the variant filtering system takes advantage of publicly available genomic databases, non-SXCI controls and case-specific molecular data, and aligns with established concepts in the theoretical background of SXCI. CONCLUSION: This study acts as a proof of concept for our genomic filtering algorithm's clinical utility in analysing X linked disorders. Our findings clarify the molecular aspects of SXCI and improve genetic diagnostics and counselling for families with X linked diseases like HA.

Genética de la hemofilia humana. Diagnóstico molecular de defectos en los genes de los factores VIII y IX de coagulación / Genetics of human haemophilia. Molecular diagnosis of defects affecting coagulation factors VIII and IX

La hemofilia A (HA) y B (HB) son enfermedades hemorrágicas hereditarias ligadas al sexo causadas por defectos de los factores VIII y IX, respectivamente. Excepto grandes inversiones recurrentes involucradas en la mitad de las HA severas, el resto de las hemofilias son causadas por distintos tipos de mutaciones grandes y pequeñas. Fueron estudiadas 70 familias con HA severa (se), 6 con seHB, 1 con HA moderada-leve (m) y 2 con mHB. Primero, en seHA, se estudio la inversión del intrón 22 (Inv22) usando un nuevo abordaje basado en PCR inversa. En los casos negativos para las inversiones se estudiaron primariamente las grandes deleciones y secundariamente las mutaciones pequeñas. En familias con HA, encontramos la Inv22 en 43 por ciento de las seHAs, una única inversión del intrón 1, 10 grandes deleciones (catorce por ciento)y 23 mutaciones pequeñas (incluyendo 10 deleciones, 3 inserciones, 4 cambios nonsense, 5 missense y 1 de splicing); y en HB, 1 deleción afectando un sitio de splicing, 4 missense y 3 nonsense. Este esquema de caracterización de mutaciones permite un estudio y análisis molecular preciso de HA y HB y beneficiará tanto al asesoramiento genético como a la provisión de información clave para el diseño del tratamiento.

Estudios de cuantificación de DNA en linfomas no Hodgkin mediante la técnica de Feulgen y la observación citoespectrofotométrica / Cuantification study of ADN in non Hodgkin lymphoma by means of Feulegen technique and cytopectrophotmetric observation

Se han medido los parámetros ( el contenido celular de DNA y el área nuclear), en poblaciones celulares de tres casos estudiados histopatológicamente y diagnosticadas como proliferaciones linfoides y histiocitaria.El primero es una entidad reactiva benigna, el segundo un linfoma no Hodgkin (LNH) de bajo grado de malignidad histológica (BG) y el tercero un LNH de AG.Los resultados obtenido muestran un patrón de distribución de DNA diferente para cada uno de los tres casos y también un aumento de las áreas nucleares medidas.Estos datos permiten concluir que existen distintos número de poblaciones celulares homogéneas en los tres casos y postular finalmenteuna una hipotesis para explicar el distinto comportamiento clínico de estas entidades,basadas estas diferencias en su biología celular.

Genetica molecular de la hemofilia A / Molecular genetics of hemophilia A

Desde el aislamiento del gen del factor VIII (FVIII) de coagulación, se ha elucidado una gran variedad de mutaciones causales de la hemofilia A (HemA). La imposibilidad de monitorear todas estas mutaciones, hace que en el laboratorio sólo debamos abocarnos a aquellas más prevalentes. Este es el caso de la inversión del intrón 22 sólo detectada por tecnicas de biología molecular, que constituye la causa del 50 por ciento de las HemA severas. En este artículo, se discuten las ventajas e inconvenientes del uso diagnostico de polimorfismos genéticos ligados y se refieren los aspectos moleculares de la enfermedad, tanto de la proteína como del gen del FVIII. Finalmente, se analizan las prospectivas futuras que están ofreciendo las nuevas tecnologías. La ingeniería genética aporta actualmente, dos tipos de estrategias terapéuticas en hemofilia: el uso de factores de coagulación de origen recombinante, que evita los riesgos de infección grave que introducen los concentrados plasmáticos y la terapia génica, que aunque muy promisoria, aún se encuentra en etapa pre-clínica de experimentación.