Análise da diversidade genética do HIV-1 e da prevalência de mutações de resistência aos antirretrovirais em uma população de crianças e adolescentes do estado do Rio de Janeiro / Analysis of HIV-1 genetic diversity and prevalence of resistance mutations to antiretroviral drugs in a population of children and adolescents from Rio de Janeiro state

A introdução da terapia antirretroviral altamente ativa (highly active antiretroviral treatment, HAART) tem reduzido as taxas de morbimortalidade em crianças infectadas pelo HIV-1, porém a seleção de vírus resistentes aos medicamentos pode limitar a eficácia do tratamento. A alternativa é a adoção de terapias de resgate, entretanto, as opções para as crianças que não respondem à HAART permanecem limitadas e há poucos estudos abordando a prevalência de mutações de resistência a estes medicamentos. [...] O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética do HIV-1, a prevalência de mutações de resistência aos antirretrovirais adquiridas (DRM) e transmitidas (TDRM) para inibidores da transcriptase reversa análogos de nucleos(t)ídeos (ITRN) e não-análogos de nucleosídeos (ITRNN) e protease (IP), além de TDRM para inibidores da integrase(IIN) e fusão (IF) e tropismo viral na população pediátrica do Rio de Janeiro - Brasil. Com esta finalidade foram analisadas 276 sequências nucleotídicas das regiões protease e transcriptase reversa provenientes da RENAGENO entre 2008 a 2012, armazenadas no banco de dados no laboratório de Aids e Imunologia Molecular. Estasforam classificadas em dois grupos, indivíduos virgens de terapia (VT, n = 97) etratados falhando à HAART (n = 179). Em uma parcela de cada grupo foi realizada aextração do RNA viral, amplificação e sequenciamento das regiões integrase (VT n =24, multiexperimentados n = 48), gp41 (VT = 14, multiexperimentados n = 26) e C2V3(VT n = 7, multiexperimentados n = 26). Os subtipos foram determinados pelo REGAe confirmados por análises filogenéticas e de recombinação. As TDRM e DRM foram determinadas pelos algoritmos disponíveis no HIV Drug Resistance Database. O tropismo viral foi determinado pela ferramenta geno2pheno e na regra 11/25...

The introduction of highly active antiretroviral therapy (HAART) has reducedmorbidity and mortality rates in HIV-1-infected children, however, the emergence ofdrug-resistant virus may limit the treatment efficacy. The alternative is the adoption ofrescue therapies, however, the options for children who do not respond to HAARTremain limited and there are few studies on the prevalence of drug resistancemutations to these drugs.[...] The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of HIV-1, the prevalence of acquired (DRM) and transmitted (TDRM) antiretroviral resistancemutations for Nucleos(t)ide (NRTI) and Non-Nucleoside (NNRTI) ReverseTranscriptase Inhibitors and Protease Inhibitors (IP), in addition to TDRM for Integrase(IIN) and Fusion (IF) Inhibitors and viral tropism in the prediatric population from Riode Janeiro – Brazil. To this end, 276 nucleotide sequences of the protease and reversetranscriptase regions obtained from RENAGENO from 2008 to 2012 and stored in theLaboratory of AIDS and Molecular Immunology database were analyzed. Thesequences were classified into two groups, treatment-naive (VT, n = 97) and treatedand failing HAART (n = 179) individuals. In a subsets of each group were performedviral RNA extraction, amplification and sequencing of the integrase (VT n = 24, n = 48multiexperienced), gp41 (VT = 14, multiexperienced = 26) and C2V3 (VT n = 7,multiexperienced n = 26) regions. The subtypes were determined by REGA andconfirmed by phylogenetic and recombination analysis. The TDRM and DRM weredetermined by algorithms available in the HIV Drug Resistance Database. The viraltropism was determined by geno2pheno tool and 11/25 rule...

Análise da diversidade genética do HIV-1 e da prevalência de mutações de resistência aos antirretrovirais em uma população de crianças e adolescentes do estado do Rio de Janeiro / Analysis of HIV-1 genetic diversity and prevalence of resistance mutations to antiretroviral drugs in a population of children and adolescents from Rio de Janeiro state

A introdução da terapia antirretroviral altamente ativa (highly active antiretroviral treatment, HAART) tem reduzido as taxas de morbimortalidade em crianças infectadas pelo HIV-1, porém a seleção de vírus resistentes aos medicamentos pode limitar a eficácia do tratamento. A alternativa é a adoção de terapias de resgate, entretanto, as opções para as crianças que não respondem à HAART permanecem limitadas e há poucos estudos abordando a prevalência de mutações de resistência a estes medicamentos. [...] O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética do HIV-1, a prevalência de mutações de resistência aos antirretrovirais adquiridas (DRM) e transmitidas (TDRM) para inibidores da transcriptase reversa análogos de nucleos(t)ídeos (ITRN) e não-análogos de nucleosídeos (ITRNN) e protease (IP), além de TDRM para inibidores da integrase(IIN) e fusão (IF) e tropismo viral na população pediátrica do Rio de Janeiro - Brasil. Com esta finalidade foram analisadas 276 sequências nucleotídicas das regiões protease e transcriptase reversa provenientes da RENAGENO entre 2008 a 2012, armazenadas no banco de dados no laboratório de Aids e Imunologia Molecular. Estasforam classificadas em dois grupos, indivíduos virgens de terapia (VT, n = 97) etratados falhando à HAART (n = 179). Em uma parcela de cada grupo foi realizada aextração do RNA viral, amplificação e sequenciamento das regiões integrase (VT n =24, multiexperimentados n = 48), gp41 (VT = 14, multiexperimentados n = 26) e C2V3(VT n = 7, multiexperimentados n = 26). Os subtipos foram determinados pelo REGAe confirmados por análises filogenéticas e de recombinação. As TDRM e DRM foram determinadas pelos algoritmos disponíveis no HIV Drug Resistance Database. O tropismo viral foi determinado pela ferramenta geno2pheno e na regra 11/25.

A diversidade genética do HIV-1 nos diferentes fragmentos analisados apresentou umaprevalência majoritária do subtipo B (73 por cento - 82 por cento), seguidos do subsubtipo F1 (10 por cento -17,5 por cento), subtipo C (2 por cento - 3 por cento), formas recombinantes circulantes (5 por cento) e únicas (6 por cento -8 por cento). Foi observada uma prevalência de 8 por cento de mutações de resistência transmitida,das quais 4,1 por cento para ITRN, 4,1 por cento para ITRNN e 2 por cento para IP. A prevalência de DRM foide 88,3 por cento aos ITRN, 62 por cento aos ITRNN, 33 por cento aos IP e 41 por cento para todas as classes. [...] Foram observados 71 por cento de vírus R5 e 29 por cento de vírus X4 no grupo VT e 46 por cento de vírus R5 e 54 por cento de vírus X4 nos multiexperimentados. Esses resultados reforçam a necessidadeda vigilância das mutações de resistência do HIV-1 em crianças e adolescentes, umavez que evidenciam uma prevalência moderada TDRM aos inibidores da transcriptase reversa e uma alta prevalência de DRM. Além disso, a ausência de mutações principais para IIN e IF ressalta a indicação dessas classes como opções para aterapia de resgate nesta população. (AU)

The introduction of highly active antiretroviral therapy (HAART) has reducedmorbidity and mortality rates in HIV-1-infected children, however, the emergence ofdrug-resistant virus may limit the treatment efficacy. The alternative is the adoption ofrescue therapies, however, the options for children who do not respond to HAARTremain limited and there are few studies on the prevalence of drug resistancemutations to these drugs.[...] The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of HIV-1, the prevalence of acquired (DRM) and transmitted (TDRM) antiretroviral resistancemutations for Nucleos(t)ide (NRTI) and Non-Nucleoside (NNRTI) ReverseTranscriptase Inhibitors and Protease Inhibitors (IP), in addition to TDRM for Integrase(IIN) and Fusion (IF) Inhibitors and viral tropism in the prediatric population from Riode Janeiro Brazil. To this end, 276 nucleotide sequences of the protease and reversetranscriptase regions obtained from RENAGENO from 2008 to 2012 and stored in theLaboratory of AIDS and Molecular Immunology database were analyzed. Thesequences were classified into two groups, treatment-naive (VT, n = 97) and treatedand failing HAART (n = 179) individuals. In a subsets of each group were performedviral RNA extraction, amplification and sequencing of the integrase (VT n = 24, n = 48multiexperienced), gp41 (VT = 14, multiexperienced = 26) and C2V3 (VT n = 7,multiexperienced n = 26) regions. The subtypes were determined by REGA andconfirmed by phylogenetic and recombination analysis. The TDRM and DRM weredetermined by algorithms available in the HIV Drug Resistance Database. The viraltropism was determined by geno2pheno tool and 11/25 rule.

The genetic diversity ofHIV-1 in the different fragments analyzed showed a majority prevalence of subtype B(73 percent - 82 percent), followed by sub-subtype F1 (10 percent - 17.5 percent), subtype C (2 percent - 3 percent),circulating (5 percent) and unique (6 percent - 8 percent) recombinant forms. The prevalence of TDRMwas 8 percent, of which 4.1 percent for NRTI, 4.1 percent for NNRTI and 2 percent for IP. The prevalence ofDRM was 88.3 percent for NRTI, 62 percent for NNRTI, 33 percent for IP and 41 percent for all classescombined. There were no major resistance mutations for IIN and IF. [...] We observed 71 percent of R5 virus and 29 percent of X4 virus in the VT group and 46 percent of R5 virus and 54 percent ofX4 virus in the multiexperienced group. These results reinforce the need forsurveillance of HIV-1 resistance mutations in children and adolescents, since it showeda moderate prevalence of TDRM for Reverse Transcriptase Inhibitors and a highprevalence of DRM. In addition, the absence of major resistance mutations for IIN andIF highlights the indication of these classes as options for salvage therapy in thispopulation. (AU)