Complete genome sequence of the sugarcane nitrogen-fixing endophyte Gluconacetobacter diazotrophicus Pal5.

BACKGROUND: Gluconacetobacter diazotrophicus Pal5 is an endophytic diazotrophic bacterium that lives in association with sugarcane plants. It has important biotechnological features such as nitrogen fixation, plant growth promotion, sugar metabolism pathways, secretion of organic acids, synthesis of auxin and the occurrence of bacteriocins. RESULTS: Gluconacetobacter diazotrophicus Pal5 is the third diazotrophic endophytic bacterium to be completely sequenced. Its genome is composed of a 3.9 Mb chromosome and 2 plasmids of 16.6 and 38.8 kb, respectively. We annotated 3,938 coding sequences which reveal several characteristics related to the endophytic lifestyle such as nitrogen fixation, plant growth promotion, sugar metabolism, transport systems, synthesis of auxin and the occurrence of bacteriocins. Genomic analysis identified a core component of 894 genes shared with phylogenetically related bacteria. Gene clusters for gum-like polysaccharide biosynthesis, tad pilus, quorum sensing, for modulation of plant growth by indole acetic acid and mechanisms involved in tolerance to acidic conditions were identified and may be related to the sugarcane endophytic and plant-growth promoting traits of G. diazotrophicus. An accessory component of at least 851 genes distributed in genome islands was identified, and was most likely acquired by horizontal gene transfer. This portion of the genome has likely contributed to adaptation to the plant habitat. CONCLUSION: The genome data offer an important resource of information that can be used to manipulate plant/bacterium interactions with the aim of improving sugarcane crop production and other biotechnological applications.

Epidemiological analysis of bacterial strains involved in hospital infection in a University Hospital from Brazil

Hospital infections cause an increase in morbidity and mortality of hospitalized patients with significant rise in hospital costs. The aim of this work was an epidemiological analysis of hospital infection cases occurred in a public University Hospital in Rio de Janeiro. Hence, 238 strains were isolated from 14 different clinical materials of 166 patients hospitalized in the period between August 1995 and July 1997. The average age of the patients was 33.4 years, 72.9 per cent used antimicrobials before having a positive culture. The most common risk conditions were surgery (19.3 per cent), positive HIV or AIDS (18.1 per cent) and lung disease (16.9 per cent). 24 different bacterial species were identified, S. aureus (21 per cent) and P. aeruginosa (18.5 per cent) were predominant. Among 50 S. aureus isolated strains 36 per cent were classified as MRSA (Methicillin Resistant S. aureus). The Gram negative bacteria presented high resistance to aminoglycosides and cephalosporins. A diarrhea outbreak, detected in high-risk neonatology ward, was caused by Salmonella serovar Infantis strain, with high antimicrobial resistance and a plasmid of high molecular weight (98Mda) containing virulence genes and positive for R factor.

Epidemiologia molecular na análise de cepas bacterianas envolvidas em infecçäo hospitalar / Molecular Epidemiologia in the analysis of cepas bacterial involved in hospital infection

Os objetivos deste estudo foram detectar, isolar e identificar microrganismos associados com casos de sepsis em pacientes admitidos na unidade de tratamento intensivo neonatal (UTIN) do hospital Maternidade Alexander Fleming II(HMAF), Rio de Janeiro,Brasil, num período de 2 anos. Um total de 255 hemoculturas positivas e prontuários médicos de neonatos admitidos na UTIN-HMAF, de julho de 1997 à julho de 1999 foram analisados. Identificaçöes e testes de susceptibilidade a antimicrobianos das cepas isoladas foram realizados de acordo com procedimentos de rotina laboratorial. As análises de DNA cromossomal das cepas de Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae e pseudomonas aeruginosa foram realizados pelo método de PFGE. As análises filogenéticas das cepas foram determinadas utilizando o software II. Os dados demográficos e microbiológicos foram analisados no programa Epi-Info. Em geral, a idade média dos neonatos foi de 13,1 dias, com média de 1,2 cepas isoladas por paciente. Antimicrobianos foram administrados a 207 (83,1 por cento) pacientes antes de apresentarem hemocultura positiva. Foram isoladas 301 microorganismos com predominância para K. pneumoniae (22,9 por cento taphylococcus coagulase-negativo (17,3 por cento) Serratia marcescens(15,9 por cento) e P. aeruginosa (10,6 por cento). As cepas Gram negativas apresentaram altos níveis de resistência a cefalosporinas e aminoglicosídeos. Um total de 93,3 por cento das cepas de S. aureus foram meticilino-resistentes(MRSA). Em maio de 1998, um surto causado por cepas endêmicas de MRSA na UTIN-HMAF foi detectado e controlado. Num estudo de P. aeruginosa, uma cepa epidêmica multirresistente, isolada durante o primeiro ano de estudo(clone A), o qual totaliza 75 por cento (24/32) das cepas isoladas, foi detectada. Nas cepas de K. pneumoniae, foi verificado que 60,9 por cento (42/69) das cepas eram produtoras de ß-lactamases de espectro estendido(ESBL), e dentre estas cepas, quatro clones foram responsáveis por três surtos distintos na UTIN-HMAF(clon e clone D) durante o período de estudo. De maneira geral, os neonatos analisados apresentaram muitas condiçöes de risco para aquisiçäo de IH e os microorganismos isolados apresentaram altos níveis de resistência para a maioria dos antimicrobianos utilizados na rotina do hospital e do laboratório de microbiologia.(AU)

Epidemiologia molecular na análise de cepas bacterianas envolvidas em infecçäo hospitalar / Molecular Epidemiologia in the analysis of cepas bacterial involved in hospital infection

Os objetivos deste estudo foram detectar, isolar e identificar microrganismos associados com casos de sepsis em pacientes admitidos na unidade de tratamento intensivo neonatal (UTIN) do hospital Maternidade Alexander Fleming II(HMAF), Rio de Janeiro,Brasil, num período de 2 anos. Um total de 255 hemoculturas positivas e prontuários médicos de neonatos admitidos na UTIN-HMAF, de julho de 1997 à julho de 1999 foram analisados. Identificaçöes e testes de susceptibilidade a antimicrobianos das cepas isoladas foram realizados de acordo com procedimentos de rotina laboratorial. As análises de DNA cromossomal das cepas de Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae e pseudomonas aeruginosa foram realizados pelo método de PFGE. As análises filogenéticas das cepas foram determinadas utilizando o software II. Os dados demográficos e microbiológicos foram analisados no programa Epi-Info. Em geral, a idade média dos neonatos foi de 13,1 dias, com média de 1,2 cepas isoladas por paciente. Antimicrobianos foram administrados a 207 (83,1 por cento) pacientes antes de apresentarem hemocultura positiva. Foram isoladas 301 microorganismos com predominância para K. pneumoniae (22,9 por cento taphylococcus coagulase-negativo (17,3 por cento) Serratia marcescens(15,9 por cento) e P. aeruginosa (10,6 por cento). As cepas Gram negativas apresentaram altos níveis de resistência a cefalosporinas e aminoglicosídeos. Um total de 93,3 por cento das cepas de S. aureus foram meticilino-resistentes(MRSA). Em maio de 1998, um surto causado por cepas endêmicas de MRSA na UTIN-HMAF foi detectado e controlado. Num estudo de P. aeruginosa, uma cepa epidêmica multirresistente, isolada durante o primeiro ano de estudo(clone A), o qual totaliza 75 por cento (24/32) das cepas isoladas, foi detectada. Nas cepas de K. pneumoniae, foi verificado que 60,9 por cento (42/69) das cepas eram produtoras de ß-lactamases de espectro estendido(ESBL), e dentre estas cepas, quatro clones foram responsáveis por três surtos distintos na UTIN-HMAF(clon e clone D) durante o período de estudo. De maneira geral, os neonatos analisados apresentaram muitas condiçöes de risco para aquisiçäo de IH e os microorganismos isolados apresentaram altos níveis de resistência para a maioria dos antimicrobianos utilizados na rotina do hospital e do laboratório de microbiologia.(AU)

Epidemiologia molecular na análise de cepas bacterianas envolvidas em infecção hospitalar / Molecular Epidemiologia in the analysis of cepas bacterial involved in hospital infection

Os objetivos deste estudo foram detectar, isolar e identificar microrganismos associados com casos de sepsis em pacientes admitidos na unidade de tratamento intensivo neonatal (UTIN) do hospital Maternidade Alexander Fleming II(HMAF), Rio de Janeiro,Brasil, num período de 2 anos. Um total de 255 hemoculturas positivas e prontuários médicos de neonatos admitidos na UTIN-HMAF, de julho de 1997 à julho de 1999 foram analisados. Identificações e testes de susceptibilidade a antimicrobianos das cepas isoladas foram realizados de acordo com procedimentos de rotina laboratorial. As análises de DNA cromossomal das cepas de Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae e pseudomonas aeruginosa foram realizados pelo método de PFGE. As análises filogenéticas das cepas foram determinadas utilizando o software II. Os dados demográficos e microbiológicos foram analisados no programa Epi-Info. Em geral, a idade média dos neonatos foi de 13,1 dias, com média de 1,2 cepas isoladas por paciente. Antimicrobianos foram administrados a 207 (83,1 por cento) pacientes antes de apresentarem hemocultura positiva. Foram isoladas 301 microorganismos com predominância para K. pneumoniae (22,9 por cento taphylococcus coagulase-negativo (17,3 por cento) Serratia marcescens(15,9 por cento) e P. aeruginosa (10,6 por cento). As cepas Gram negativas apresentaram altos níveis de resistência a cefalosporinas e aminoglicosídeos. Um total de 93,3 por cento das cepas de S. aureus foram meticilino-resistentes(MRSA). Em maio de 1998, um surto causado por cepas endêmicas de MRSA na UTIN-HMAF foi detectado e controlado. Num estudo de P. aeruginosa, uma cepa epidêmica multirresistente, isolada durante o primeiro ano de estudo(clone A), o qual totaliza 75 por cento (24/32) das cepas isoladas, foi detectada. Nas cepas de K. pneumoniae, foi verificado que 60,9 por cento (42/69) das cepas eram produtoras de ß-lactamases de espectro estendido(ESBL), e dentre estas cepas, quatro clones foram responsáveis por três surtos distintos na UTIN-HMAF(clon e clone D) durante o período de estudo. De maneira geral, os neonatos analisados apresentaram muitas condições de risco para aquisição de IH e os microorganismos isolados apresentaram altos níveis de resistência para a maioria dos antimicrobianos utilizados na rotina do hospital e do laboratório de microbiologia.(AU)