ABSTRACT
Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.
Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.
Subject(s)
HIV Protease , Polyproteins , Software , Molecular Docking SimulationABSTRACT
Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.
Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.
ABSTRACT
The aim of this study was to report the first record of Trichodina heterodentata in banded knifefish Gymnotus carapo. Banded knifefish cultivated in the municipality of Jataí, state of Goiás, in the central western region of Brazil, experienced fish mortality rates of 3-4% per tank. Macroscopic analysis found that fish had lesions on their skin and gills. Smears of the integument and gills were confectioned and air-dried at room temperature and impregnated with silver nitrate to identify the Trichodinidae species causing the lesions. The trichodinid were identified as T. heterodentata, and their characteristics were compared to those from T. heterodentata recorded from other species of host fish. It was observed that the presence of T. heterodentata was associated with inadequate fish management, low water quality, high rates of stocking density, and inadequate nutritional management.
O objetivo deste estudo foi relatar o primeiro registro de Trichodina heterodentata em tuviras Gymnotus carapo. Um cultivo de tuviras no município de Jataí, estado de Goiás, na região Centro-Oeste do Brasil, apresentou taxas de mortalidade de peixes de 3-4% por tanque. A análise macroscópica constatou que os peixes tinham lesões na pele e brânquias. Raspados do tegumento e brânquias foram confeccionadas e secas ao ar à temperatura ambiente e impregnadas com nitrato de prata para identificar as espécies de Trichodinidae causadoras das lesões. Os tricodinídeos foram identificados como T. heterodentata, e suas características foram comparadas com as de T. heterodentata registradas para outras espécies de peixes hospedeiros. Observou-se que a presença de T. heterodentata estava associada ao manejo inadequado dos peixes, baixa qualidade da água, altas taxas de densidade de estocagem e manejo nutricional inadequado.
Subject(s)
Animals , Water Quality Control , Gymnotiformes/parasitology , Population DensityABSTRACT
Abstract The aim of this study was to report the first record of Trichodina heterodentata in banded knifefish Gymnotus carapo. Banded knifefish cultivated in the municipality of Jataí, state of Goiás, in the central western region of Brazil, experienced fish mortality rates of 3-4% per tank. Macroscopic analysis found that fish had lesions on their skin and gills. Smears of the integument and gills were confectioned and air-dried at room temperature and impregnated with silver nitrate to identify the Trichodinidae species causing the lesions. The trichodinid were identified as T. heterodentata, and their characteristics were compared to those from T. heterodentata recorded from other species of host fish. It was observed that the presence of T. heterodentata was associated with inadequate fish management, low water quality, high rates of stocking density, and inadequate nutritional management.
Resumo O objetivo deste estudo foi relatar o primeiro registro de Trichodina heterodentata em tuviras Gymnotus carapo. Um cultivo de tuviras no município de Jataí, estado de Goiás, na região Centro-Oeste do Brasil, apresentou taxas de mortalidade de peixes de 3-4% por tanque. A análise macroscópica constatou que os peixes tinham lesões na pele e brânquias. Raspados do tegumento e brânquias foram confeccionadas e secas ao ar à temperatura ambiente e impregnadas com nitrato de prata para identificar as espécies de Trichodinidae causadoras das lesões. Os tricodinídeos foram identificados como T. heterodentata, e suas características foram comparadas com as de T. heterodentata registradas para outras espécies de peixes hospedeiros. Observou-se que a presença de T. heterodentata estava associada ao manejo inadequado dos peixes, baixa qualidade da água, altas taxas de densidade de estocagem e manejo nutricional inadequado.
ABSTRACT
The aim of this study was to report the first record of Trichodina heterodentata in banded knifefish Gymnotus carapo. Banded knifefish cultivated in the municipality of Jataí, state of Goiás, in the central western region of Brazil, experienced fish mortality rates of 3-4% per tank. Macroscopic analysis found that fish had lesions on their skin and gills. Smears of the integument and gills were confectioned and air-dried at room temperature and impregnated with silver nitrate to identify the Trichodinidae species causing the lesions. The trichodinid were identified as T. heterodentata, and their characteristics were compared to those from T. heterodentata recorded from other species of host fish. It was observed that the presence of T. heterodentata was associated with inadequate fish management, low water quality, high rates of stocking density, and inadequate nutritional management.
O objetivo deste estudo foi relatar o primeiro registro de Trichodina heterodentata em tuviras Gymnotus carapo. Um cultivo de tuviras no município de Jataí, estado de Goiás, na região Centro-Oeste do Brasil, apresentou taxas de mortalidade de peixes de 3-4% por tanque. A análise macroscópica constatou que os peixes tinham lesões na pele e brânquias. Raspados do tegumento e brânquias foram confeccionadas e secas ao ar à temperatura ambiente e impregnadas com nitrato de prata para identificar as espécies de Trichodinidae causadoras das lesões. Os tricodinídeos foram identificados como T. heterodentata, e suas características foram comparadas com as de T. heterodentata registradas para outras espécies de peixes hospedeiros. Observou-se que a presença de T. heterodentata estava associada ao manejo inadequado dos peixes, baixa qualidade da água, altas taxas de densidade de estocagem e manejo nutricional inadequado.
Subject(s)
Animals , Oligohymenophorea , Ciliophora Infections/veterinary , Ciliophora , Gymnotiformes , BrazilABSTRACT
Abstract Birds play a key role in ecosystem dynamics, including urban and rural areas, bringing environmental quality improvements and ecological stability. Species contribute directly to natural regeneration of vegetation and succession processes, by offering ecosystem services as seed dispersal, an important role in human-modified areas. We studied the assemblages of fruit-eating birds in riparian environments of Monjolinho basin, central São Paulo state, southeastern Brazil. Birds were recorded in 41 points distributed in riparian ecosystems alongside waterbodies, in landscapes with five types of surrounding matrices: urban, periurban, farmland, and native vegetation. We described how assemblages are structured aiming to evaluate the possible influence of seasonality and landscape type. We recorded 39 bird species that can play a role as seed-dispersers, 32 in wet season and 32 in dry season. There were no significant differences in the diversity and dominance of species between seasons considering the entire area, indicating stability of basic assemblage structure. However, total number of individuals of all species recorded in different landscapes were influenced by seasonality. Also, the composition and abundance of species significantly changed between seasons, leading to a high dissimilarity with almost 50% of the species contributing with almost 90% of the observed variation. A higher taxonomic diversity and distinctness pointed to a wider array of possible seed dispersal services in natural areas, while the lowest values of indexes were found in human-modified areas. The higher number of non-related bird species during dry season contrasted with the higher number of individuals during wet season, indicating that there is more possible ecosystem services offered by frugivorous birds in driest period of the year, while in the rainy period the carrying capacity of the riparian environments was increased.
Resumo As aves desempenham um papel chave na dinâmica dos ecossistemas, incluindo áreas urbanas e rurais, e trazem melhorias na qualidade ambiental e estabilidade ecológica. As espécies contribuem diretamente com a regeneração natural da vegetação e processos de sucessão por oferecerem serviços ecossistêmicos como a dispersão de sementes, um papel fundamental em áreas alteradas. Nós estudamos a assembleia de espécies de aves que se alimentam de frutos em ambientes ripários da bacia do rio Monjolinho, região central do estado de São Paulo, sudeste do Brasil. As aves foram registradas em 41 pontos distribuídos em ecossistemas ripários ao longo dos corpos d'água, em paisagens com quatro tipos de matrizes em seu entorno: urbana, periurbana, rural e vegetação nativa. Nós descrevemos como as assembleias estão estruturadas, objetivando avaliar a possível influência da sazonalidade e do tipo de paisagem do entorno. Foram registradas 39 espécies de aves que podem desempenhar o papel de dispersoras de sementes, sendo 32 espécies no período chuvoso e 32 no período seco. Não foi detectada diferença significativa na diversidade e dominância de espécies entre estações em toda área de estudo, indicando estabilidade da estrutura básica das assembleias. Entretanto, o número total de indivíduos de todas as espécies registrados nas diferentes paisagens foi influenciado pela sazonalidade. Além disso, a composição e abundância de espécies mudou significativamente entre as estações, levando a uma alta dissimilaridade com quase 50% das espécies contribuindo com quase 90% da variação observada. A diversidade e distinção taxonômicas mais altas apontam para maior variedade de serviços ecossistêmicos possíveis relacionados à dispersão de sementes em áreas naturais, enquanto os menores valores desses índices foram encontrados em áreas antropizadas. Um maior número de espécies distintas com menor proximidade taxonômica durante a estação seca, em contraste com um alto número de indivíduos observados na estação chuvosa, indica que existe uma maior gama de possíveis serviços ecossistêmicos oferecidos pelas aves frugívoras no período mais seco do ano, enquanto no período de maior pluviosidade os ecossistemas apresentaram maior capacidade suporte.
Subject(s)
Humans , Animals , Ecosystem , Rivers , Birds , Brazil , Conservation of Natural ResourcesABSTRACT
Abstract The non-native African tuliptree, Spathodea campanulata (P. Beauv), is widely distributed in altered Neotropical environments, where hummingbirds are important pollinators. We investigated the assemblage of hummingbirds which fed on its nectar and described their behavior, to understand possible influences of the exotic tree on the territorial behavior in an altered environment in southeastern Brazil. Seven species fed on flower resources, mainly Eupetomena macroura (Gmelin, 1788), Amazilia lactea (Lesson, 1832), and Florisuga fusca (Vieillot, 1817). Visiting time was positive correlated with number of flowers accessed, but in most visits, hummingbirds get the nectar by pillage, instead of frontal access. Flower availability varied throughout months; however, we found no evidence of significative correlation between available flowers and number of agonistic encounters. Despite a high number of animal-plant interactions and a strong territorialism of some species observed in African tuliptree foraging site, there may be other plants at local scale influencing the behavioral patterns observed.
Resumo A tulipa africana, Spathodea campanulata (P. Beauv), é uma árvore não nativa amplamente distribuída em ambientes Neotropicais alterados, onde os beija-flores são importantes polinizadores. Investigamos a assembleia de beija-flores que se alimentam do néctar e descrevemos seus comportamentos para compreender possíveis influências da árvore exótica sobre o comportamento territorial em um ambiente alterado no sudeste do Brasil. Sete espécies se alimentaram de recursos florais, principalmente Eupetomena macroura (Gmelin, 1788), Amazilia lactea (Lesson, 1832) e Florisuga fusca (Vieillot, 1817). O tempo de visita foi correlacionado positivamente com o número de flores acessadas, mas na maioria das visitas os beija-flores obtiveram o néctar pela pilhagem, em vez do acesso frontal. A disponibilidade de flores variou ao longo dos meses; no entanto, não encontramos evidências de correlação significativa entre flores disponíveis e número de encontros agonísticos. Apesar do grande número de interações entre plantas e animais e um forte territorialismo de algumas espécies observadas no local de forrageamento, pode haver outras plantas em escala local influenciando os padrões comportamentais observados.
Subject(s)
Animals , Bignoniaceae , Birds , Brazil , Flowers , Feeding Behavior , Plant NectarABSTRACT
The Brasilia Tapaculo, Scytalopus novacapitalis Sick, 1958, is a rare, geographically restricted, and endangered bird species that inhabits riparian vegetation of Cerrado, mainly Gallery Forests. In Serra da Canastra National Park, southeastern Brazil, wetlands are under threat due to frequent non-natural burnings and invasion by feral pigs, Sus scrofa, Linnaeus, 1758. We aimed to evaluate the possible effects of seasonal variations on S. novacapitalis records in undisturbed habitats and answer questions about how fire and feral pigs may affect site occupancy of the species. Transects alongside riparian environments were used to survey n=21 sites, totalizing 7.5 Km, from 2014 to 2019. Results indicated the season influenced both, spontaneous records and induced encounters by playback method, which were more abundant in breeding period, from early spring to summer. The use of playback significantly increased the amount of records in all seasons. The probability of site occupancy in all studied area was higher in late spring (ψ=0.91) and lower in autumn (ψ=0.73). In burned sites (n=8), the first post-fire month showed the lowest probability of occupancy, but there was a rapid recovery in 2nd month and stabilization similar to control area from the 3rd month ahead. After sites (n=11) were invaded by feral pigs, the estimation of site occupancy indicated a slight drop in first two months, but after the 3rd month of invasion the decreasing pattern enhanced the discrepancy with undisturbed areas. It is important to keep monitoring S. novacapitalis population and their threats, to subsidize management actions, especially to avoid frequently unusual burnings in riparian forests, and to block the access of feral pigs to wetlands.
O tapaculo-de-Brasília, Scytalopus novacapitalis, Sick 1958, é uma espécie de ave rara, geograficamente restrita e ameaçada de extinção que habita vegetação ripária do Cerrado, principalmente matas de galeria. No Parque Nacional da Serra da Canastra, sudeste do Brasil, áreas úmidas estão ameaçadas devido a frequentes queimadas não naturais e a invasão por javaporco, Sus scrofa Linnaeus, 1758. Avaliamos os possíveis efeitos da sazonalidade na quantidade de registros de S. novacapitalis em habitats sem perturbação e buscamos responder questões sobre como o fogo e a invasão por javaporco pode afetar a ocupação de área pela ave. Transecções paralelas aos ambientes ripários foram usadas para amostrar n=21 áreas, totalizando 7,5 km, de 2014 a 2019. Os resultados indicaram que a estação do ano influenciou na quantidade de registros espontâneos e de registros induzidos por playback, os quais foram mais abundantes durante o período reprodutivo. O uso de playback aumentou significativamente a quantidade de registros em todas as estações. A probabilidade de ocupação considerando toda área de estudo foi maior no fim da primavera (ψ=0,91) e menor no outono (ψ=0,73). Em áreas queimadas (n=8 trechos), o primeiro mês após o fogo apresentou a menor probabilidade de ocupação, mas houve uma rápida recuperação no 2º mês, e estabilização similar na área controle a partir do 3º mês. Após n=11 trechos terem sido invadidos por javaporcos, a estimativa de ocupação de área indicou pequena queda nos dois primeiros meses, mas a partir do 3º mês, o padrão de decréscimo ampliou a discrepância com áreas não perturbadas. É importante continuar monitorando a população de S. novacapitalis e suas ameaças, para subsidiar ações de manejo, principalmente para evitar queimadas não naturais frequentes nas florestas ripárias e bloquear o acesso de javaporcos às áreas úmidas.
Subject(s)
Animals , Sus scrofa , Passeriformes , Parks, Recreational , Brazil , Ecosystem , Wildfires , Wetlands , Introduced SpeciesABSTRACT
A Força de Preensão Manual (FPM) é uma medida bastante utilizada na prática clínica como um indicador de saúde, por representar a força muscular global. O objetivo deste estudo foi analisar os coeficientes de concordância entre dinamometria e diferentes equações antropométricas preditoras da força de preensão manual em idosos. Trata-se de um estudo transversal baseado nos dados da pesquisa epidemiológica de base populacional e domiciliar. Participaram do estudo 283 (85,8%) idosos, residentes na zona urbana do município de Lafaiete Coutinho, com idade > 60 anos. A força de preensão manual foi mensurada por meio da dinamometria e estimada por diferentes equações antropométricas: Tveter et al., Novaes et al., e Fortes et al. As medidas antropométricas utilizadas no estudo foram: peso e estatura. O coeficiente de Lin e os gráficos de Bland Altman foram usados para observar concordância da FPM entre as equações. A média de idade dos idosos foi de 73,8±8,9 anos, peso corporal 60,11 ± 12,54 Kg, estatura média foi 154,83 ± 9,1 cm e IMC 25,05 ± 4,7 kg/m2 . Para os coeficientes houve moderada concordância nas equações antropométricas de Fortes 0,62 (0,55 0,68), Novaes 0,60 (0,53 0,66) e Tveter 0,60 (0,53 0,65) comparada a dinamometria, respectivamente. As equações antropométricas utilizadas para estimar a força de preensão manual apresentaram moderada concordância com o método padrão ouro (dinamometria)....(AU)
The handgrip strength (HGS) is a measure widely used in clinical practice as a health indicator, to represent the overall muscle strength. The aim this study was to analyze the concordance coefficients between dynamometry and different anthropometric equations predictor handgrip strength of elderly. This is a cross-sectional study that analyzed data from epidemiological research of a home and population-based epidemiological survey. Participated in the study 283 (85,8%) elderly people, living in the urban área of the municipality of Lafaiete Coutinho, aged > 60 years. Handgrip strength was measured using dynamometry and different anthropometric equations: Tveter et al., Novaes et al., and Fortes et al. Anthropometric measurements used in the study were: weight and height. The Lin coefficient and the Bland Altman graphics were used to observe the HGS concordance between the different equations. The mean age of the elderly was 73.8 ± 8.9 years, mean body weight was 60.11 ± 12.54 kg, mean height was 154.83 ± 9.1 cm and BMI 25.05 ± 4.7 kg/m2 . For the coefficients there was moderate concordance in the anthropometric equations of Fortes 0,62 (0,55 0,68), Novaes 0,60 (0,53 0,66) e Tveter 0,60 (0,53 0,65) compared to dynamometry, respectively. The anthropometric equations used to estimate the handgrip strength showed moderate concordance with the gold standard test (dynamometry)....(AU)
Subject(s)
Humans , Aged , Anthropometry , Physical Education and TrainingABSTRACT
Currently, there is great clinical need for suitable synthetic grafts that can be used in vascular diseases. Synthetic grafts have been successfully used in medium and large arteries, however, their use in small diameter vessels is limited and presents a high failure rate. In this context, the aim of this study was to develop tissue engineering scaffolds, using poly(trimethylene carbonate-co-L-lactide) (PTMCLLA), for application as small diameter vascular grafts. For this, copolymers with varying trimethylene carbonate/lactide ratios - 20/80, 30/70, and 40/60 - were submitted to electrospinning and the resulting scaffolds were evaluated in terms of their physicochemical and biological properties. The scaffolds produced with PTMCLLA 20/80, 30/70, and 40/60 showed smooth fibers with an average diameter of 771±273, 606±242, and 697±232 nm, respectively. When the degradation ratio was evaluated, the three scaffold groups had a similar molecular weight (Mw) on the final day of analysis. PTMCLLA 30/70 and 40/60 scaffolds exhibited greater flexibility than the PTMCLLA 20/80. However, the PTMCLLA 40/60 scaffolds showed a large wrinkling and their biological properties were not evaluated. The PTMCLLA 30/70 scaffolds supported the adhesion and growth of mesenchymal stem cells (MSCs), endothelial progenitor cells, and smooth muscle cells (SMCs). In addition, they provided a spreading of MSCs and SMCs. Given the results, the electrospun scaffolds produced with PTMCLLA 30/70 copolymer can be considered promising candidates for future applications in vascular tissue engineering.
Subject(s)
Humans , Polyesters/chemistry , Blood Vessel Prosthesis , Dioxanes/chemistry , Tissue Scaffolds/chemistry , Materials Testing , Cells, Cultured/cytology , Myocytes, Smooth Muscle/cytology , Cell Proliferation , Mesenchymal Stem Cells/cytology , Endothelial Progenitor Cells/cytologyABSTRACT
O objetivo deste trabalho foi avaliar as respostas hematológicas do acari-bola Peckoltia oligospila submetido ao estresse de transporte. Variações nos parâmetros de sangue foram analisadas às zero, seis, 24, 48, 72 e 96 horas após o transporte. Respostas ao estresse foram observadas entre zero e seis horas do transporte, mas a maioria dos parâmetros retornou aos valores basais em 24 horas. O tempo de zero hora (momento imediato após transporte) foi o mais crítico, com valores elevados de glicemia, eritrócitos e eritroblastos. Respostas secundárias tardias foram observadas para a proteína plasmática total, o volume corpuscular médio (VCM) e a hemoglobina corpuscular média (HCM) em seis horas após o transporte dos peixes, retornando aos valores basais após esse período. O número de leucócitos não sofreu alterações após o transporte. O estresse de transporte não comprometeu a fisiologia de P. oligospila, o que indica que esse peixe é resistente ao estresse se comparado com outras espécies. Porém, recomenda-se que não se realize qualquer outro procedimento estressante durante pelo menos 24 horas da recuperação dos peixes após transporte, para garantir a saúde e a sobrevivência dos animais transportados.(AU)
The objective of this work was to evaluate the hematological responses of bola-pleco (Peckoltia oligospila) undergoing the stress of transportation. Variations on blood parameters were analyzed at 0, 6, 24, 48, 72 and 96h after transportation. Responses to stress were detected from 0 to 6h after the transportation of fish, however, most parameters returned to baselines values within 24h of transportation. The moment of 0h was the most critical, presenting higher values of glycemia, erythroblasts and erythrocytes. Late secondary responses were observed to total plasmatic protein, mean corpuscular volume (MCV) and mean corpuscular hemoglobin (MCH) at 6h, returning to baselines values after this time. Leukocyte number was not affected by stress of transportation. The stress by transportation was not severe to influence the health of P. oligospila, indicating that fish is resistant to stress if compared to other species. However, we recommended no stressful procedures for at least 24 hours for recovery, in order to ensure health and survival of fish.(AU)
Subject(s)
Animals , Catfishes/abnormalities , Catfishes/blood , Hematologic Diseases/classification , Exercise TestABSTRACT
This study determined the distribution of stx1 and stx2 genes in Escherichia coli isolated from dairy herds with regard to animal age, season, and farm production-scale, and analyzed the phylogenetic distribution of the groups A, B1, B2, and D of 276 isolates of bovine feces Shiga toxin-producing E. coli (STEC). The stx1 profile was the most common, detected in 20.4% (202/990) of the isolates, followed by stx2 (4.54%, 45/990) and stx1+stx2 (2.92%, 29/990). The stx1 gene was detected more frequently in calves than in adult animals. In the dry season (winter), the presence of stx1+stx2 profile in cattle feces was higher than in the rainy season (summer), while no significant changes were observed between seasons for the stx1 and stx2 profiles. The most predominant phylogenetic groups in adult animals were B1, A, and D, while groups A and B1 prevailed in calves. Our data highlight the importance of identifying STEC reservoirs, since 7.5% of the tested isolates were positive for stx2, the main profile responsible for the hemolytic-uremic syndrome (HUS). Moreover, these microorganisms are adapted to survive even in hostile environments and can contaminate the food production chain, posing a significant risk to consumers of animal products.(AU)
Esse estudo determinou a distribuição dos genes stx1 e stx2 em Escherichia coli isolados de rebanhos leiteiros em relação a idade, estação e produção, e analisaram a distribuição filogenética dos grupos A, B1, B2 e D de 276 E. coli produtoras de toxina Shiga (STEC). O perfil stx1 foi mais comum, detectado em 20,4% (202/990) dos isolados, seguido de stx2 (4,54%, 45/990) e stx1+stx2 (2,92%, 29/990). O gene stx1 foi detectado mais frequentemente em bezerros que animais adultos. No período de seca (inverno), a presença do perfil stx1+stx2 nas fezes dos bovinos foi mais prevalente que no período chuvoso (verão), apesar de não haver diferença significativa entre estações para os perfis stx1 e stx2. Os grupos filogenéticos mais predominantes em animais adultos foram B1, A e D, enquanto grupos A e B2 prevaleceram em bezerros. Nossos dados enfatizam a importância de se detectar reservatórios de STEC já que 7,5% dos isolados testados foram positivos para stx2, o perfil mais prevalente em casos de síndrome hemolítica-urêmica. Ademais, esses microorganismos são adaptados à sobreviver em ambientes hostis e contaminam a cadeia alimentar, levando a risco significativo para consumidores de alimentos de origem animal.(AU)
Subject(s)
Animals , Cattle , Cattle/genetics , Shiga Toxin 1/genetics , Shiga Toxin 2/genetics , Escherichia coli/isolation & purification , Escherichia coli/geneticsABSTRACT
A endometrose é uma alteração degenerativa das glândulas uterinas e do estroma circundante, caracterizada pelo arranjo periglandular de miofibroblastos e pela deposição de matriz extracelular (ECM). O presente trabalho objetivou avaliar a expressão de colágenos tipos I, III e IV e α-actina de músculo liso (α-SMA) nas endometroses equinas, procurando esclarecer a participação dos miofibroblastos na progressão desses processos. Foram utilizadas 24 biópsias uterinas com diagnóstico de endometrose, recebidas pelo Serviço de Patologia Veterinária e de Reprodução Animal da FMVZ, Unesp, Botucatu, SP. Cortes histológicos foram submetidos às técnicas histoquímicas de tricrômico de Masson, picrosirius red sob luz polarizada e ácido periódico de Schiff (PAS) e imuno-histoquímicas para os três tipos de colágeno citados e α-SMA. Ainda, traçou-se um paralelo entre a técnica de picrosirius red e a imunomarcação dos colágenos tipos I e III. A análise histológica revelou que as fibras de colágeno denso correspondem ao colágeno tipo I, predominantes nas endometroses inativa e inativa destrutiva. As fibras de colágeno frouxo correspondem ao colágeno tipo III, predominantes nas endometroses ativas e ativas destrutivas. Nesses mesmos processos, a membrana basal revelou espessamento, aparentemente não relacionado ao colágeno tipo IV, e uma maior imunomarcação de miofibroblastos periglandulares em relação às endometroses inativa e inativa destrutiva. Dessa forma, nota-se que os miofibroblastos estão relacionados ao aumento na deposição de colágeno tipo III nos ninhos fibróticos ativos.(AU)
Endometriosis is a degenerative change of the uterine glands and surrounding stroma, characterized by periglandular arrangement of myofibroblasts and deposition of extracellular matrix (ECM). The aim of this study was to evaluate the expression of collagen type I, III and IV and α-smooth muscle actin (α-SMA) in equine endometriosis, and investigate the role of myofibroblasts in the progression of these processes. A parallel was made with histochemical techniques of Masson's trichrome, Picrosirius Red under polarized light and Periodic Acid-Schiff (PAS). Twenty four uterine biopsies received by the Veterinary Pathology Service and Animal Reproduction of FMVZ, UNESP, Botucatu, SP, were diagnosed with endometriosis. Histological analysis revealed that the orange dense collagen fibers correspond to type I collagen, being prevalent in inactive and inactive destructive endometriosis. The green loose collagen fibers correspond to type III collagen, and are predominant in active and active destructive endometriosis. In the same processes, a greater amount of periglandular myofibroblasts were observed in comparison to inactive and inactive destructive endometriosis. The presence of these cells in active processes are strongly related to an increased deposition of collagen type III in fibrotic nests. Regarding the basement membrane, the active destructive and active endometriosis shows thickening, apparently not related to an increase in expression of type IV collagen. The active destructive and inactive destructive endometriosis exhibited disruption areas in type IV collagen fibers. Thus, it is noted that the myofibroblasts are related to increased deposition of type III collagen in active fibrotic nests.(AU)
Subject(s)
Animals , Female , Actins/analysis , Collagen Type III/analysis , Collagen Type IV/analysis , Collagen Type I/analysis , Endometriosis/physiopathology , Horses , Myofibroblasts , Immunohistochemistry/veterinaryABSTRACT
Abstract The objective of this study was to compare and correlate the ecology of neonates and young individuals of Potamotrygon wallacei, Potamotrygon motoro and Paratrygon aiereba with regard to their hematological profile and the physicochemical parameters of the water that they inhabit. Principal component analysis (PCA) on the complete blood count revealed total variation of 72.92%, thus demonstrating a differentiation system for oxygen demand. On the other hand, P. motoro was considered to be an intermediate species, given that its complete blood count characteristics interacted with both P. wallacei and with P. aiereba. The interaction among the biochemical variables was shown to total 64.67% of the factors. This allowed differentiation of P. wallacei from P. aiereba, while P. motoro maintained an intermediate position. These characteristics of differentiation within the preferred environment corroborate the PCA of the present study and confirm that these species can be differentiated through considering the complete blood count and biochemical parameters. The PCA on water properties showed 68.57% differentiation, mainly comprising the x axis (49.44%). It can be affirmed that P. motoro has the capacity to inhabit the preferential areas of P. wallacei and P. aiereba, as well as occupying localities in which other stingrays are not found. In conclusion, P. wallacei presents patterns differentiating it from P. aiereba, while P. motoro is a species that presents intermediate characteristics. The latter can be considered to be a more broadly distributed species regarding its ecophysiological characteristics.
Resumo Este trabalho tem por objetivo investigar o perfil hematológico e os parâmetros físico-químicos da água, comparando e correlacionando ecologicamente entre neonatos e jovens de Potamotrygon wallacei (arraia cururu), Potamotrygon motoro e Paratrygon aiereba. A análise de componentes principais (PCA) do hemograma revelou um total 72,92% de variação, constituindo-se em um sistema de diferenciação na demanda por oxigênio. P. wallacei apresenta diferenciação no eixo X quando comparada a P. aiereba, por outro lado P. motoro constitui-se como uma espécie intermediária que apresenta as características do hemograma interagindo tanto com P. wallacei quanto com P. aiereba. A interação entre as variáveis bioquímica demonstram um total de 64,67% dos fatores, no qual foi possível diferenciar, a arraia P. wallacei de P. aiereba, tendo P. motoro uma aspecto de espécie intermediária entre as demais. Esses aspectos de diferenciação de ambiente de preferência corroboraram a PCA obtida no presente estudo e confirmam que essas espécies podem ser diferenciadas quando se considerar as variáveis referentes ao hemograma e a bioquímica. Nos íons, no trombograma e no leucograma, não foi possível diferenciar as espécies. O PCA das propriedades da água foi constituído por 68,57% de diferenciação que se constituiu principalmente no eixo x (49,44%). É possível confirmar que P. motoro tem a capacidade de habitar as áreas preferências de P. wallacei e P. aiereba, além do mais esta possui uma localidade que as demais arraias não são encontradas. Conclui-se que P. wallacei, apresenta padrões diferenciados de P. aiereba, além do mais P. motoro é uma espécie que apresenta características intermediárias entre as descritas, o qual pode ser considerado uma espécie com distribuição mais ampla em seus aspectos ecofisiológicos.
ABSTRACT
Abstract The objective of this study was to compare and correlate the ecology of neonates and young individuals of Potamotrygon wallacei, Potamotrygon motoro and Paratrygon aiereba with regard to their hematological profile and the physicochemical parameters of the water that they inhabit. Principal component analysis (PCA) on the complete blood count revealed total variation of 72.92%, thus demonstrating a differentiation system for oxygen demand. On the other hand, P. motoro was considered to be an intermediate species, given that its complete blood count characteristics interacted with both P. wallacei and with P. aiereba. The interaction among the biochemical variables was shown to total 64.67% of the factors. This allowed differentiation of P. wallacei from P. aiereba, while P. motoro maintained an intermediate position. These characteristics of differentiation within the preferred environment corroborate the PCA of the present study and confirm that these species can be differentiated through considering the complete blood count and biochemical parameters. The PCA on water properties showed 68.57% differentiation, mainly comprising the x axis (49.44%). It can be affirmed that P. motoro has the capacity to inhabit the preferential areas of P. wallacei and P. aiereba, as well as occupying localities in which other stingrays are not found. In conclusion, P. wallacei presents patterns differentiating it from P. aiereba, while P. motoro is a species that presents intermediate characteristics. The latter can be considered to be a more broadly distributed species regarding its ecophysiological characteristics.
Resumo Este trabalho tem por objetivo investigar o perfil hematológico e os parâmetros físico-químicos da água, comparando e correlacionando ecologicamente entre neonatos e jovens de Potamotrygon wallacei (arraia cururu), Potamotrygon motoro e Paratrygon aiereba. A análise de componentes principais (PCA) do hemograma revelou um total 72,92% de variação, constituindo-se em um sistema de diferenciação na demanda por oxigênio. P. wallacei apresenta diferenciação no eixo X quando comparada a P. aiereba, por outro lado P. motoro constitui-se como uma espécie intermediária que apresenta as características do hemograma interagindo tanto com P. wallacei quanto com P. aiereba. A interação entre as variáveis bioquímica demonstram um total de 64,67% dos fatores, no qual foi possível diferenciar, a arraia P. wallacei de P. aiereba, tendo P. motoro uma aspecto de espécie intermediária entre as demais. Esses aspectos de diferenciação de ambiente de preferência corroboraram a PCA obtida no presente estudo e confirmam que essas espécies podem ser diferenciadas quando se considerar as variáveis referentes ao hemograma e a bioquímica. Nos íons, no trombograma e no leucograma, não foi possível diferenciar as espécies. O PCA das propriedades da água foi constituído por 68,57% de diferenciação que se constituiu principalmente no eixo x (49,44%). É possível confirmar que P. motoro tem a capacidade de habitar as áreas preferências de P. wallacei e P. aiereba, além do mais esta possui uma localidade que as demais arraias não são encontradas. Conclui-se que P. wallacei, apresenta padrões diferenciados de P. aiereba, além do mais P. motoro é uma espécie que apresenta características intermediárias entre as descritas, o qual pode ser considerado uma espécie com distribuição mais ampla em seus aspectos ecofisiológicos.
Subject(s)
Animals , Skates, Fish/physiology , Life History Traits , Fresh Water/chemistry , Skates, Fish/growth & development , Skates, Fish/blood , Hematologic TestsABSTRACT
Abstract Intraerythrocytic parasites are frequently found in fish, including elasmobranchs. The Amazonian rivers present well defined annual hydrological cycles that results in drastic modifications of the environmental conditions with deep implications in the life cycle of the whole associated biota in those fluvial systems. The freshwater stingray Potamotrygon wallacei (stingray cururu) is a new species restricted to the Middle Rio Negro basin and it is subject to strong alterations in their natural habitats (igapós) a result of the constant variations in the water level of Rio Negro. This work demonstrates the occurrence of intraerythrocytic parasite Cyrilia sp. in this stingray species. Additionally, the prevalence and quantification of hemoparasites in different phases of Rio Negro were also established. Field sampling was carried in the Archipelago of Mariuá, Middle Rio Negro, involving different stages of the water cycle. The intraerythrocytic parasites were quantified by direct counting in blood smears using a total counting of 2000 erythrocytes in each blood smear. The presence of parasites intraerythrocytic generates changes in the morphology of blood cell. The largest amount of the hemoparasites was recorded in the drought period. We observed a decreasing tendency in the number of parasites in the blood between the drought periods and inundation. We concluded that the level of Negro River influences the incidence of intraerythrocytic parasites in the cururu stingray and the drought represents the period of larger susceptibility to the infestation.
Resumo Parasitas intraeritrocitários são frequentemente encontrados em peixes, incluindo elasmobrânquios. Os rios Amazônicos possuem ciclos hidrológicos anuais que resultam em modificações drásticas nas condições ambientais, com implicação profunda no ciclo de vida associada a biota dos sistemas fluviais. A arraia de água doce Potamotrygon wallacei (arraia cururu) é uma nova espécie restrita a bacia do médio Rio Negro e sujeita a fortes alterações em seus habitats naturais (igapós) resultantes das constantes variações do nível de água do Rio Negro. Este trabalho demonstra a ocorrência de parasita intraeritrocitário Cyrilia sp. em espécimes de arraias de água doce. Além disso, a prevalência e quantificação de hemoparasitas em diferentes fases do Rio Negro foi estabelecida. Coletas de campo foram realizadas no Arquipélago de Mariuá, médio Rio Negro, envolvendo diferentes fases do ciclo hidrológico. Os parasitas intraeritrocitários foram quantificados por contagem direta em esfregaços de sangue usando a contagem total de 2000 eritrócitos em cada esfregaço sanguíneo. A presença de parasitas intraeritrocitários gera alterações na morfologia da célula sanguínea. A maior quantidade dos hemoparasitas foi registrado no período de seca. Observou-se a tendência de diminuição no número de parasitas no sangue entre o período de seca e de cheia. Concluiu-se que o nível de Rio Negro influencia a incidência de parasitas intraeritrocitários na arraia cururu, e a seca representa o período de maior susceptibilidade à infestação.
Subject(s)
Animals , Skates, Fish , Coccidia/isolation & purification , Coccidiosis/veterinary , Fish Diseases/epidemiology , Brazil/epidemiology , Coccidiosis/parasitology , Coccidiosis/epidemiology , Rivers , Erythrocytes/parasitology , Fish Diseases/parasitologyABSTRACT
Abstract The present study evaluates the influence of anesthesia on the parasitic fauna of monogenea fish parasites, as its intensity and viability. Two experiments were conducted: Evaluation of an anesthetic method by sprinkling eugenol directly on gills and evaluation of monogenea motility and viability; Comparison of immersion and directly sprinkling on the gills with benzocaine and eugenol followed by evaluation on parasite intensity. The results suggest that the anesthetic sprinkling didn't interfere in the parasite motility, morphology and body surface integrity analyzed by fluorescence method. The monogenean intensity in the gills was lower in fish anesthetized by immersion method compared to the sprinkling method and the control group. This method of anesthesia can be used in parasitological studies.
Resumo O presente estudo avalia a influência da anestesia sobre a fauna parasitária de monogeneas em peixes, sua intensidade e sua viabilidade. Dois experimentos foram realizados: Avaliação de um método anestésico por aspersão eugenol diretamente nas brânquias e avaliação da motilidade das monogeneas e sua viabilidade; e Comparação entre imersão e aspersão diretamente nas brânquias com benzocaína e eugenol, seguido de avaliação sobre a intensidade parasitária. Os resultados sugerem que a aspersão do anestésico não interferiu na motilidade, morfologia, superfície corporal e integridade do parasita, analisadas pelo método de fluorescência. A intensidade de monogenéticos nas brânquias foi menor nos peixes anestesiados pelo método de imersão em comparação com o método de aspersão e o grupo controle. O método de anestesia por aspersão nas brânquias pode ser utilizado em estudos parasitológicos.
Subject(s)
Animals , Platyhelminths/drug effects , Benzocaine/pharmacology , Eugenol/pharmacology , Characiformes/physiology , Characiformes/parasitology , Anesthetics/pharmacology , Gills/drug effects , Gills/physiology , Gills/parasitology , Anesthesia/veterinaryABSTRACT
The purpose of this study was to establish the biochemical parameters of the abaxial wall, dorsal wall and sole of the hoof of the medial thoracic, lateral, and medial pelvic digits of buffalos. The hoof samples were subjected to destructive biochemical analyses to identify the dry material (DM), mineral matter (MM), organic matter (OM), crude protein (CP) and ether extract (EE) contents. Sulfur (S), calcium (Ca), potassium (K), phosphorus (P), zinc (Zn) and copper (Cu) levels were determined based on nondestructive biochemical analyses. The parameters of dry material, mineral matter, organic matter, crude protein and ether extract of hoof capsule of the digits of buffalos can be determined by means of both destructive and nondestructive biochemical analysis. In addition, this study revealed that the highest concentrations of DM, CP and minerals such as, K, Zn and Cu are concentrated in the digits that bear the greatest body mass weight, suggesting that there is a positive correlation between the aforementioned parameters and the strength and growth of the hoof capsule in the digits. As for the element S, this study demonstrated that its highest concentration is located in the lateral digits of the pelvic members.(AU)
O presente estudo objetivou estabelecer os parâmetros bioquímicos da muralha abaxial, muralha dorsal e sola do casco dos dígitos torácico medial e pélvico lateral dos bubalinos. Foram realizadas analises bioquímicas destrutivas das amostras dos cascos para se obterem os teores de matéria seca (MS), matéria mineral (MM), matéria orgânica (MO), proteína bruta (PB) e extrato etéreo (EE). As análises bioquímicas não destrutivas foram empregadas para se avaliarem os níveis de enxofre (S), cálcio (Ca), potássio (K), fósforo (P), zinco (Zn) e cobre (Cu). Concluiu-se que os parâmetros matéria seca, matéria mineral, matéria orgânica, proteína bruta e extrato etéreo do estojo córneo dos dígitos de bubalinos podem ser definidos por análises bioquímicas destrutivas e não destrutivas. Os maiores valores dos elementos minerais estão concentrados nos dígitos que suportam o maior peso do animal, sugerindo que existe uma relação positiva entre esses parâmetros. Além disso, este estudo revelou que as maiores concentrações de MS, PB e minerais como, K, Zn e Cu estão nos dígitos que carregam o maior peso de massa corporal, o que indica que há uma correlação positiva entre os parâmetros acima referidos, resistência e crescimento do estojo córneo dos dígitos. Em relação ao elemento de S, este estudo demonstrou que a sua maior concentração situa-se nos dígitos laterais dos membros pélvicos.(AU)
Subject(s)
Animals , Buffaloes/anatomy & histology , Epidermis/chemistry , Hoof and Claw/chemistry , Body CompositionABSTRACT
Abstract The non-native African tuliptree, Spathodea campanulata (P. Beauv), is widely distributed in altered Neotropical environments, where hummingbirds are important pollinators. We investigated the assemblage of hummingbirds which fed on its nectar and described their behavior, to understand possible influences of the exotic tree on the territorial behavior in an altered environment in southeastern Brazil. Seven species fed on flower resources, mainly Eupetomena macroura (Gmelin, 1788), Amazilia lactea (Lesson, 1832), and Florisuga fusca (Vieillot, 1817). Visiting time was positive correlated with number of flowers accessed, but in most visits, hummingbirds get the nectar by pillage, instead of frontal access. Flower availability varied throughout months; however, we found no evidence of significative correlation between available flowers and number of agonistic encounters. Despite a high number of animal-plant interactions and a strong territorialism of some species observed in African tuliptree foraging site, there may be other plants at local scale influencing the behavioral patterns observed.
Resumo A tulipa africana, Spathodea campanulata (P. Beauv), é uma árvore não nativa amplamente distribuída em ambientes Neotropicais alterados, onde os beija-flores são importantes polinizadores. Investigamos a assembleia de beija-flores que se alimentam do néctar e descrevemos seus comportamentos para compreender possíveis influências da árvore exótica sobre o comportamento territorial em um ambiente alterado no sudeste do Brasil. Sete espécies se alimentaram de recursos florais, principalmente Eupetomena macroura (Gmelin, 1788), Amazilia lactea (Lesson, 1832) e Florisuga fusca (Vieillot, 1817). O tempo de visita foi correlacionado positivamente com o número de flores acessadas, mas na maioria das visitas os beija-flores obtiveram o néctar pela pilhagem, em vez do acesso frontal. A disponibilidade de flores variou ao longo dos meses; no entanto, não encontramos evidências de correlação significativa entre flores disponíveis e número de encontros agonísticos. Apesar do grande número de interações entre plantas e animais e um forte territorialismo de algumas espécies observadas no local de forrageamento, pode haver outras plantas em escala local influenciando os padrões comportamentais observados.
ABSTRACT
Abstract The Brasilia Tapaculo, Scytalopus novacapitalis Sick, 1958, is a rare, geographically restricted, and endangered bird species that inhabits riparian vegetation of Cerrado, mainly Gallery Forests. In Serra da Canastra National Park, southeastern Brazil, wetlands are under threat due to frequent non-natural burnings and invasion by feral pigs, Sus scrofa, Linnaeus, 1758. We aimed to evaluate the possible effects of seasonal variations on S. novacapitalis records in undisturbed habitats and answer questions about how fire and feral pigs may affect site occupancy of the species. Transects alongside riparian environments were used to survey n=21 sites, totalizing 7.5 Km, from 2014 to 2019. Results indicated the season influenced both, spontaneous records and induced encounters by playback method, which were more abundant in breeding period, from early spring to summer. The use of playback significantly increased the amount of records in all seasons. The probability of site occupancy in all studied area was higher in late spring (=0.91) and lower in autumn (=0.73). In burned sites (n=8), the first post-fire month showed the lowest probability of occupancy, but there was a rapid recovery in 2nd month and stabilization similar to control area from the 3rd month ahead. After sites (n=11) were invaded by feral pigs, the estimation of site occupancy indicated a slight drop in first two months, but after the 3rd month of invasion the decreasing pattern enhanced the discrepancy with undisturbed areas. It is important to keep monitoring S. novacapitalis population and their threats, to subsidize management actions, especially to avoid frequently unusual burnings in riparian forests, and to block the access of feral pigs to wetlands.
Resumo O tapaculo-de-Brasília, Scytalopus novacapitalis, Sick 1958, é uma espécie de ave rara, geograficamente restrita e ameaçada de extinção que habita vegetação ripária do Cerrado, principalmente matas de galeria. No Parque Nacional da Serra da Canastra, sudeste do Brasil, áreas úmidas estão ameaçadas devido a frequentes queimadas não naturais e a invasão por javaporco, Sus scrofa Linnaeus, 1758. Avaliamos os possíveis efeitos da sazonalidade na quantidade de registros de S. novacapitalis em habitats sem perturbação e buscamos responder questões sobre como o fogo e a invasão por javaporco pode afetar a ocupação de área pela ave. Transecções paralelas aos ambientes ripários foram usadas para amostrar n=21 áreas, totalizando 7,5 km, de 2014 a 2019. Os resultados indicaram que a estação do ano influenciou na quantidade de registros espontâneos e de registros induzidos por playback, os quais foram mais abundantes durante o período reprodutivo. O uso de playback aumentou significativamente a quantidade de registros em todas as estações. A probabilidade de ocupação considerando toda área de estudo foi maior no fim da primavera (=0,91) e menor no outono (=0,73). Em áreas queimadas (n=8 trechos), o primeiro mês após o fogo apresentou a menor probabilidade de ocupação, mas houve uma rápida recuperação no 2º mês, e estabilização similar na área controle a partir do 3º mês. Após n=11 trechos terem sido invadidos por javaporcos, a estimativa de ocupação de área indicou pequena queda nos dois primeiros meses, mas a partir do 3º mês, o padrão de decréscimo ampliou a discrepância com áreas não perturbadas. É importante continuar monitorando a população de S. novacapitalis e suas ameaças, para subsidiar ações de manejo, principalmente para evitar queimadas não naturais frequentes nas florestas ripárias e bloquear o acesso de javaporcos às áreas úmidas.