Perfil genético hla en familias venezolanas: útil herramienta biomédica / Hla genetic profile in venezuelan families: biomedical useful tool

El sistema de antígenos leucocitarios Humano (Human Leukocyte Antigen, HLA) regula la respuesta inmune mediante su unión a moléculas como el receptor de células T, participando en la presentación de antígenos y el reconocimiento de lo propio en el organismo. La caracterización genética del sistema HLA en determinada población es de gran utilidad para la comprensión de mecanismos asociados a susceptibilidad o resistencia a enfermedades y en la selección de donantes/receptores en trasplantes de órganos. En este estudio se planteó determinar la frecuencia de los Haplotipos HLA de clase I presentes en individuos sanos, relacionados familiarmente y venezolanos de tercera generación y su correspondiente desequilibrio de ligamiento. Se incluyeron 765 individuos pertenecientes a 218 familias a los cuales se les realizó tipificación HLA A y HLA B por PCR-SSOP (polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probe) en baja resolución. Se identificaron 265 haplotipos de los cuales los más frecuentes fueron HLA A*24 B*35 (11,98 %), A*02 B*51 (9,7%) y A*02 B*35 (8,6 %).Para los cálculos de desequilibrio de ligamiento se consideraron las frecuencias mayores al 1% (28,7%) y no arrojaron valores estadísticamente significativos el 6,78% de estos haplotipos. Los resultados obtenidos corroboran la composición triétnica históricamente conocida de nuestra población, en la cual predominan genes caucásicos, amerindios y afrodescendientes; y su porcentaje marca la diferencia con otras poblaciones americanas estudiadas. Estos resultados representan una aproximación de la conformación genética establecida en Venezuela y aporta datos que podrán ser usados como referencia en programas de salud para la población.

The system of Human leukocyte antigens (HLA) is the most polymorphic in humans. Its function is performed by regulating the immune response by binding to molecules such as T-cell receptor, involved in antigen presentation and recognition of the same in the body. Genetic characterization of HLA system in a given population is useful for understanding the mechanisms associated with susceptibility or resistance to various diseases and selection of donors and recipients in organ transplants, among others. The objective of the present study is to determine the frequency of HLA Class I Haplotypes present in healthy individuals, family relationships and third-generation Venezuelan and their corresponding linkage disequilibrium. We included 765 individuals belonging to 218 families who underwent HLA typing HLA A and B by PCR-SSOP (polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probe) in low resolution. 265 haplotypes were identified of which the most frequent were HLA A * 24 B * 35 (11.98%), A * 02 B * 51 (9.7%) and A * 02 B * 35 (8.6%). Calculations of linkage disequilibrium were considered frequencies above 1% (28.7%) and did not show statistically significant the 6.78% of these haplotypes. The results support the historically known tri-ethnic composition of our population, in which genes predominantly Caucasian, Mongoloid and Negroid, and make a difference with other American populations studied. These data can be used as reference to applications of benefit to this population.

Tendencia preliminar del polimorfismo rs12979860 il28b en la población mestiza venezolana / Preliminary tendency of rs12979860 il28b polymorphism in the mestizo Venezuelan population

Introducción: El polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) rs12979860 en el gen IL28B del cromosoma 19 que codifica al interferón (IFN)-λ-3, se asocia con respuesta viral sostenida a la terapia combinada de IFN-α pegilado y ribavirina en pacientes con virus de hepatitis C (VHC) genotipo 1. La diferencia alélica de este polimorfismo difiere entre grupos étnicos. Objetivo: Comparar las frecuencias alélicas (FA) y genotípicas (FG) del SNP rs12979860 del gen IL28B entre individuos sanos y pacientes con VHC mestizos venezolanos. Material y métodos: De 34 pacientes con VHC genotipo 1 investigados para este polimorfismo, solamente 19 eran venezolanos de tercera generación, a quienes comparamos con 19 individuos sanos conocidos mestizos. La determinación del polimorfismo se realizó mediante el ensayo TaqMAN SNP empleando el sistema de PCR-tiempo real. Resultados: El alelo más prevalente en la población sana fue el alelo silvestre C (55%) y en los pacientes la frecuencia fue igual para el alelo C y para el alelo mutado T (50%) sin diferencia significativa entre las dos poblaciones. El genotipo predominante fue el heterocigoto (C/T) en pacientes y en controles (80% y 58%) evidenciándose mayor valor en el primer grupo pero no llegando a ser significativo. Predominando en controles vs pacientes se aprecian los genotipos homocigotos C/C (26% vs 10%) y T/T (16% vs 10%). Conclusión: La tendencia preliminar apunta al genotipo heterocigoto C/T del gen IL28B como el más frecuente en la población mestiza venezolana.

Introduction: Single-nucleotide polymorphism (SNP) rs12979860 in the region of the IL28B gene on chromosome 19, coding for the interferon (IFN)-λ-3 are associated with sustained viral response to combined therapy with pegylated IFN-α and ribavirin in patients with hepatitis C virus (HCV) genotype 1. Allelic difference from this polymorphism varies among ethnic groups. Objective: To compare allelic frequencies (AF) and genotypes frequencies (GF) of SNP rs12979860 of the IL28B gene between healthy individuals and mestizos Venezuelan HCV patients. Material and Methods: From 34 patients with HCV genotype 1 investigated for this polymorphism only 19 were third generation mestizo Venezuelan patients who were compared to 19 healthy individuals known mestizos. SNP determination was carried-out by TaqMAN SNP assay employing real-time PCR system. Results: Most prevalent allele in the healthy population was the C wild (55%) while in patients similar frequency was found for C allele or the mutant allele (50% each) with no significant difference. The heterozygote genotype (C/T) was predominant in patients and controls (80% and 58%) with a higher value for the former group but without significance. Homozygote genotypes were more prevalent in controls vs. patients: C/C (26% vs. 10%) and T/T (16% vs. 10%). Conclusion: Preliminary tendency points-out that heterozygote genotype C/T from the IL28B gene is the most frequent in the Venezuelan mestizo population.

Asociación del polimorfismo del gen ICOS (c.1564 t/c) con hepatitis autoinmune tipo 1 en población mestiza venezolana / Association of icos (c.1564 T/C) gene poymorphims with autoimmune hepatitis type 1 in Venezuelan mestizo population)

Introducción: Un evento inmunopatológico característico en la hepatitis autoinmune (HAI) es la activación prolongada de la respuesta Th1. Diferentes promotores genéticos pueden predisponer a esta activación provocando ruptura de la inmunotolerancia. Uno de estos promotores es ICOS perteneciente a la familia de CD28, moléculas involucradas en funciones que regulan las respuestas Th1 y Th2 previniendo la activación prolongada de la respuesta Th1. Objetivo: Determinar el polimorfismo del gen ICOS (c.1564 T/C) en pacientes mestizos venezolanos con HAI tipo 1 y su posible asociación con la expresión clínica. Materiales y Métodos: Se investigaron 70 pacientes con HAI tipo 1 y 121 individuos sanos, ambos grupos venezolanos de tercera generación. La determinación del polimorfismo se realizó mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) seguida por polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP). Resultados: El alelo silvestre T fue el más frecuente tanto en pacientes como en controles siendo mayor en el segundo grupo (60,7% vs 70,4%; p=0,05; pc=ns OR 1,45 p<0,05). El alelo mutado C se observó más en los pacientes con respecto al grupo control (39,3% vs 29,6%; p=0,05; pc=ns OR 1,45 (p<0,05). En las frecuencias genotípicas, se demostraron los genotipos heterocigotos (T/C) y homocigotos para el alelo mutado (C/C) más prevalentes en el grupo de pacientes que en controles y el genotipo silvestre T/T más frecuente en controles que en pacientes siendo estas diferencias significativas al 10% (χ2=5,31;2GL;p=0,07); OR 2,08 (p<0,05). Los pacientes con el genotipo heterocigoto demostraron niveles más elevados de globulinas, de IgG y mayor presencia de anticuerpos anti-mitocondriales que los observados en el genotipo T/T con diferencia estadística significativa al 10%. Además, se observa menor presencia de anticuerpos antinucleares en el genotipo T/C vs. T/T (p<0,10; pc=ns). Conclusiones: En el estudio del polimorfismo del gen ICOS (c.1564 T/C) los genotipos heterocigoto T/C y homocigoto mutado C/C son más frecuentes en pacientes mestizos venezolanos con HAI tipo 1 que en controles con riesgo significativo. Este polimorfismo se asocia a ciertas variables inmunodiagnósticas.

Introduction: A characteristic immunopathological event in autoinmune hepatitis (AIH) type 1 is the prolonged activation of Th1 response. Different promoters might predispose to this activation inducing immunotolerance breaking. ICOS is one of these promoters which belong to CD28 family, molecules involved in Th1 and Th2 regulating functions to prevent Th1 longer activation. Objective: To determine gen ICOS (c.1564 T/C) polymorphism in Venezuelan mestizo patients with AIH type 1 and its possible association with clinical expression. Materials and Methods: Seventy patients with AIH type 1 and 121 healthy individuals, both third generation Venezuelan groups, were investigated. Polymorphism determination was performed by polymerase chain reaction (PCR) following by restriction fragments longitudinal polymorphisms (RFLP). Results: The most frequent allele was wild T either in patients and controls, being higher in the second group (60,7% vs. 70,4%; p=0,05; pc=ns OR 1,45 p<0,05). The mutant C allele was observed more in patients than controls (39,3% vs. 29,6%; p=0,05; pc=ns OR 1,45 (p<0,05). In the genotypes frequencies, heterozygote genotypes (T/C) and homozygote mutant allele (C/C) were prevalent in the patient’s group while in the control´s group the wild genotype T/T was the most frequent being these differences significantly to 10% (χ2=5,31;2GL;p=0,07); OR 2,08 (p<0,05). Compared to the T/T genotype group, patients with heterozygote genotype shown higher levels of globulins, IgG and presence of anti-mithocondrial antibodies with a significant difference to 10%. Moreover, presence of antinuclear antibodies was less frequent in the T/C genotype vs. T/T (p<0,10; pc=ns). Conclusion: Heterozygote genotype T/C and homozygote mutant genotype C/C of gen ICOS (c.1564 T/C) with a significantly risk are more frequent in Venezuelan mestizo patients with AIH type 1 than in controls with a significantly risk. This polymorphism is associated with certain immunodiagnostic variables.

La frecuencia del genotipo 1 del virus de hepatitis C no ha variado en Venezuela / Hepatitis C Virus genotype 1 frequency has not varied in Venezuela

Se han reportado cambios en la distribución y frecuencia de los genotipos del virus de hepatitis C (VHC) en algunos países, incluyendo a Venezuela. Analizamos la frecuencia del VHC en nuestro país evaluando un posible cambio en la frecuencia de los genotipos a nivel nacional. Ochocientas nueve muestras de suero de pacientes infectados por VHC provenientes de Caracas y de 11 estados venezolanos, fueron investigadas mediante PCR-RLFP. En 527 identificamos el genotipo 1 (65,1%), 34,4% de los pacientes mostraron genotipo 2 mientras genotipos 3, 4 y 5 fueron altamente infrecuentes. De 316 pacientes infectados con genotipo 1, el 56% mostró dinteles de ARN VHC <600.000 UI/mL y 44% viremia mayor que este dintel. Demostramos que la frecuencia de los genotipos del VHC permanece inalterada en Venezuela, con predominio del genotipo 1b y cerca de la mitad con carga viral elevada.

Changes in hepatitis C virus (HCV) genotypes distribution and frequency have been reported in some countries including Venezuela. We analyze the frequency of the HCV genotypes in our country evaluating a possible distribution change at national level. Eight hundred and nine sera of patients infected by HCV coming from Caracas and of 11 Venezuelan states were investigated by means of PCR-RFLP. In 527 sera we identified the genotype 1 (65.1%), 34.4% showed genotype 2 while genotypes 3, 4 nd 5 were highly uncommon. Of 316 patients infected with genotype 1, 56% showed levels of HCV RNA < 600.000 IU/mL and 44% levels superior to this cut-off. We demonstrate that the distribution and frequency of HCV genotypes remains unaffected in Venezuela, with prevalence of the genotype 1b and near the half with high viral load.

Reacción en cadena de la Polimerasa cuantitativa en tiempo real: Un ensayo esencial para la definición y el manejo de la Hepatitis Crónica B

Introducción: la gran demanda de un método confiable, reproducible, específico y altamente sensible para la cuantificación de ácidos nucleicos (ADN/ ARN), marcó el desarrollo de los ensayos de Reacción en Cadena de la Polimerasa cuantitativa (RCPc) en tiempo real. Objetivo: descripción y análisis de la RCPc en tiempo real para la definición y el manejo actual de los pacientes con hepatitis crónica B (HCB). Material y Método: fueron investigadas cuarenta muestras de suero provenientes de portadores conocidos del VHB empleando RCPc tiempo real mediante el sistema Rotor-Gene 3000 (Corbett Research, Sydney, Australia). Resultados: el sistema utilizado para RCPc tiempo real detecta secuencias de ADN VHB en un amplio rango que puede ser expresado tanto en copias/ml como en UI/ml. Su aplicación permite la clasificación final de los diferentes portadores del VHB, ilustrándose su utilidad en el seguimiento secuencial de aquellos pacientes con HCB en tratamiento. Conclusión: la detección y la medición de secuencias de ADN VHB, en muestras clínicas de suero mediante RCPc en tiempo real, aporta mayor sensibilidad y precisión para definir la historia natural y el estado de replicación viral de los portadores crónicos del VHB antes, durante y posterior al tratamiento.

Introduction: The great need of a reliable, reproducible, specific and highly sensitive method to detect nucleic acids (DNA/RNA), induced the development of real-time quantitative assays based on polymerase chain reaction (real time PCRq). Objective: Description and analysis of a real time PCRq assay for the definition and management of patients with chronic hepatitis B (CHB). Material and Method: Forty serum samples from known HBV carriers were investigated employing real-time PCRq by means of a Rotor-Gene 3000 system (Corbett Research,Sydney,Australia). Results: the system for realtime PCRq detects a wide range of HBV DNA sequences which could be expressed either in copies/mL or in IU/mL .Its application allows the final classification of different HBV carrier status. An illustration of its usefulness in the sequential follow-up of patients on treatment for CHB is made. Conclusion: the detection and measure of HBV DNA sequences in clinical serum samples through real-time PCRq is more sensitive and exact to define the natural history and the status of viral replication in HBV chronic carriers before, during and after treatment.