Microbiome and virome on indoor surfaces of an Antarctic research ship

BACKGROUND Few studies have focused on microbial diversity in indoor environments of ships, as well as the role of the microbiome and its ecological interconnections. In this study, we investigated the microbiome and virome present on the internal surfaces of a polar ship in different stages (beginning, during, and at the end) of the Brazilian Antarctic expedition in order to evaluate abundance of microorganisms in different periods. OBJECTIVES AND METHODS We used shotgun metagenomic analysis on pooled samples from sampling surfaces in the ship's interior to track the microbial diversity. FINDINGS Considering the total fraction of the microbiome, the relative abundance of bacteria, eukaryotes, viruses, and archaea was 83.7%, 16.2%, 0.04%, and 0.002%, respectively. Proteobacteria was the most abundant bacterial phyla, followed by Firmicutes, Actinobacteria, and Bacteroidetes. Concerning the virome, the greatest richness of viral species was identified during the middle of the trip, including ten viral families after de novo assembly: Autographiviridae, Chrysoviridae, Genomoviridae, Herelleviridae, Myoviridae, Partitiviridae, Podoviridae, Potyviridae, Siphoviridae, and Virgaviridae. MAIN CONCLUSIONS This study contributed to the knowledge of microbial diversity in naval transportation facilities, and variations in the abundance of microorganisms probably occurred due to factors such as the number of passengers and activities on the ship.

Antimicrobial activity of honeys from two stingless honeybee species and Apis mellifera (Hymenoptera: Apidae) against pathogenic microorganisms / Atividade antimicrobiana de méis de duas espécies de abelhas sem ferrão e Apis mellifera (Hymenoptera, Apidae) contra micro-organismos patogênicos

Honeys are described possessing different properties including antimicrobial. Many studies have presented this activity of honeys produced by Apis mellifera bees, however studies including activities of stingless bees honeys are scarce. The aim of this study was to compare the antimicrobial activity of honeys collected in the Amazonas State from Melipona compressipes, Melipona seminigra and Apis mellifera against Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Chromobacterium violaceum, and Candida albicans. Minimum inhibitory concentrations were determined using the agar dilution method with Müller-Hinton agar (for bacteria) or Saboraud agar (for yeast). Staphylococcus aureus and E. faecalis were inhibited by all honeys at concentrations below 12%, while E. coli and C. violaceum were inhibited by stingless bee honeys at concentrations between 10 and 20%. A. mellifera honey inhibited E. coli at a concentration of 7% and Candida violaceum at 0.7%. C. albicans were inhibited only with honey concentrations between 30 and 40%. All examined honey had antimicrobial activity against the tested pathogens, thus serving as potential antimicrobial agents for several therapeutic approaches.

Méis são descritos possuindo diferentes propriedades, incluindo a antimicrobiana. Muitos estudos têm apresentado essa atividade de méis produzidos por abelhas Apis mellifera, no entanto estudos incluindo atividades de méis de abelhas sem ferrão são escassos. O objetivo deste estudo foi comparar a atividade antimicrobiana de méis de Melipona compressipes, Melipona seminigra e A. mellifera, coletados no Estado do Amazonas, contra Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Chromobacterium violaceum, e Candida albicans. As concentrações inibitórias mínimas foram determinadas usando o método de diluição em ágar, com ágar Muller-Hinton (para bactérias) ou ágar Sabouraud (para a levedura). S. aureus e E. faecalis foram inibidos por todos os méis em concentrações inferiores a 12%, enquanto E. coli e C. violaceum foram inibidos por méis de abelhas sem ferrão em altas concentrações entre 10 e 20%. A. mellifera inibiu E. coli na concentração de 7% e C. violaceum em baixa concentração (0,7%). C. albicans foi inibida apenas em concentrações entre 30 e 40% dos méis. Assim, todas as variedades de mel testadas apresentaram atividade antimicrobiana sobre os patógenos testados, servindo assim como agente antimicrobiano potencial para diversas abordagens terapêuticas.

Avaliação in vitro da atividade antimicrobiana de pastas endodônticas à base de extrato glicólico de Musa paradisiaca frente a Enterococcus faecalis / In vitro evaluation of the antimicrobial activity of endodontic pastes made of Musa paradisiaca glycolic extract over Enterococcus faecalis

Os produtos de Musa paradisiaca (bananeira) são usados como sedativo para odontalgia, cicatrizante de feridas cirúrgicas de exodontia, úlcera gástrica, entre outras indicações em comunidades que têm por tradição o uso das plantas como Medicina alternativa. Na Endodontia, almeja-se uma medicação intracanal ideal contra cepas resistentes em infecções endodônticas refratárias. Por esse motivo, o objetivo desse trabalho foi testar a atividade antimicrobiana do extrato glicólico de Musa paradisiaca (Mp) sobre Enterococcus faecalis (Ef). Para realizar o experimento, o extrato glicólico de Musa paradisiaca (EGB) substituiu o Polietilenoglicol 400 (PEG), que é um veículo que compõe algumas medicações intracanal. Foi utilizado o teste de difusão em ágar, pelo método do poço, para a avaliação da atividade antimicrobiana contra a cepa de Ef, normalmente relacionada a infecções refratárias endodônticas. Experimento “A”: G1, PEG (controle negativo); G2, PEG e Ca(OH) 2 ; G3, EGB; G4, EGB e Ca(OH) 2 e G5, gel de clorexidina 2% (CHX – controle positivo). Experimento “B”: G1, PEG (controle negativo); G2, PEG e ZnO; G3, PEG, Ca(OH) 2 e ZnO; G4, EGB e ZnO; G5, EGB, Ca(OH) 2 e ZnO e G6, CHX (controle positivo). Apenas a pasta de EGB e ZnO obteve atividade antimicrobiana estatisticamente significante, podendo ser uma propriedade importante para a composição de medicação intracanal. Todo novo biomaterial baseado na etnobotânica deve ser testado criteriosamente para viabilizar sua aplicabilidade clínica, o que justificou a pertinência deste estudo preliminar. No entanto, testes físico-químicos e de biocompatibilidade são imprescindíveis para futuro emprego de fitoterápicos na Endodontia

The products of Musa paradisiaca (banana plantain) are used as a sedative for dental pain, healing of tooth extraction surgical wounds, gastric ulcer, among other indications in communities that have the tradition of using plants as alternative Medicine. Endodontics searchs for an ideal intracanal medication for resistant strains on refractory endodontic infections. Therefore, the objective of this study was to test the antimicrobial activity of Musa paradisiaca (Mp) glycolic extract over Enterococcus faecalis (Ef). To perform the experiment, the Polyethyleneglycol 400 (PEG), used to make some intracanal medication, was replaced by Musa paradisiaca glycolic extract. Agar well diffusion test was used to evaluate antimicrobial activity over Ef. Strains normally related to refractory endodontic infections. Experiment “A”: G1, PEG (negative control); G2, PEG and Ca(OH)2; G3, EGB; G4, EGB and Ca(OH)2; and G5, 2% chlorhexidine gel (CHX - positive control). Experiment “B”: G1, PEG (negative control); G2, PEG and ZnO; G3, PEG, Ca(OH)2 and ZnO; G4, ZnO and EGB; G5, EGB, Ca(OH)2 and ZnO; and G6, CHX (positive control). Only the EGB and ZnO paste has obtained statistically significant antimicrobial activity, indicating that it can be an important property for a new intracanal medication. Every new biomaterial based on ethnobotanic should be carefully tested to allow its clinical applicability reinforcing the relevance of this preliminary study. However, physicochemical and biocompatibility tests are essential to future utilization of herbal medicines in Endodontics

Bacterial diversity in the saliva of patients with different oral hygiene indexes

The objective of the present study was to evaluate the bacterial diversity in the saliva of patients with different oral hygiene indexes using of two 16S rRNA gene libraries. Each library was composed of samples from patients with different averages of the differentiated Silness-Löe biofilm index: the first library (A) with an index between 1.0 and 3.0 (considered a high index) and the second library (B) between 0 and 0.5 (considered a low index). Saliva DNA was extracted and the 16S rRNA gene was amplified and cloned. The obtained sequences were compared with those stored at NCBI and RDP GenBank. The saliva of patients with high index presented five known genera - Streptococcus, Granulicatella, Gemella, Veillonella and Peptostreptococcus - and 33.3% of nonculturable bacteria grouped into 23 operational taxonomic units (OTUs). The saliva of patients with low index differed significantly from the first library (p=0.000) and was composed of 42 OTUs distributed into 11 known genera - Streptococcus, Granulicatella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces - including 24.87% of nonculturable bacteria. It was possible to conclude that there is greater bacterial diversity in the saliva of patients with low dental plaque in relation to patients with high dental plaque.

O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade bacteriana da saliva de pacientes com diferentes índices de higiene bucal através da construção de duas bibliotecas do gene 16S rRNA. Cada biblioteca foi composta por amostras de saliva de pacientes com índice de biofilme dental de Silness-Löe diferenciado, sendo a primeira (A) com índice de 1,0 a 3,0 (denominada de alto índice) e a segunda (B), entre 0 a 0,5 (denominada de baixo índice). O DNA da saliva foi extraído e o gene 16S rRNA foi amplificado, clonado e sequenciado. As sequências obtidas foram comparadas com aquelas armazenadas no GenBank do NCBI e RDP. A saliva de pacientes com alto índice de biofilme dental apresentou cinco gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicatella, Gemella, Veillonella e Peptostreptococcus e 33,3% de bactérias não-cultivadas, agrupados em 23 unidades taxonômicas operacionais (UTOs). A saliva de pacientes com baixo índice de biofilme dental, foi diferente significativamente da primeira (p=0,000) e foi composta de 42 UTOs, distribuídas em 11 gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicatella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces, além de 24,87% de bactérias não-cultivadas. Pode-se concluir que existe maior diversidade bacteriana na saliva de pacientes com baixo índice de biofilme dental em relação a pacientes com alto índice de biofilme dental.