Web-tools for the genomic analysis of the 2022 Monkeypox virus global outbreak / Herramientas web para el análisis genómico del virus de la viruela símica durante el brote mundial de 2022

Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.

Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.

Cambios en las características clínicas y desenlaces de pacientes hospitalizados por COVID-19 durante dos años de pandemia: experiencia en un hospital venezolano / Changes in clinical characteristics and outcomes of patients hospitalized with COVID-19 during two years of the pandemic: experience in a venezuelan hospital

RESUMEN Objetivos. Determinar los cambios en las características clínicas y desenlaces intrahospitalarios de los pacientes hospitalizados por COVID-19 en un hospital privado de Caracas durante dos años de pandemia. Materiales y métodos. Estudio retrospectivo, observacional, de pacientes hospitalizados por COVID-19. Se investigó la correspondencia entre las olas de ingresos hospitalarios con las variantes circulantes del SARS-CoV-2 en la población general del Distrito Capital y estado Miranda. Resultados. Se incluyeron 1025 pacientes (569 hombres y 456 mujeres), con edad promedio de 62,9 DE: 16,2 años. Cuatro olas de ingresos hospitalarios fueron identificadas: primera (marzo-noviembre 2020) 150/1025 (14,6%) casos; segunda (diciembre-2020 a mayo-2021) 415/1025 (40,5%) casos; tercera (junio-diciembre 2021) 344/1025 (33,6%) casos; cuarta (enero-febrero 2022) 116/1025 (11,3%) casos. La edad promedio fue mayor en la cuarta ola (primera 64,0±15,7, segunda 61,4±15,8, tercera 62,1±16,5, y cuarta ola 68,5±16,4), mientras que la proporción de pacientes masculinos (primera 66,7%, segunda 58,8%, tercera 50,3%, y cuarta 44,8%), los pacientes con enfermedad grave-crítica (primera 65,3%, segunda 57%, tercera 51,7% y cuarta 44,8%), la estadía intrahospitalaria (primera 9,1±6,0, segunda 9,0±7,3, tercera 8,8±7,7, y cuarta 6,9±5,0 días), los ingresos a la UCI (primera 23,3%, segunda 15,7%, tercera 14,0%, y cuarta 11,2%; p=0,027) y la mortalidad (primera 21.8%, segunda 10,7%, tercera 9,1%, y cuarta 7,1%; p<0,001) disminuyeron progresivamente con el tiempo. Conclusiones. Los resultados muestran menor frecuencia de casos severos y mejoría de los desenlaces intrahospitalarios en dos años de pandemia. Es probable que los cambios en las variantes circulantes, las mejoras del manejo de la enfermedad y la vacunación hayan influido sobre estos resultados.

ABSTRACT Objectives. To determine changes in the clinical characteristics and in-hospital outcomes of patients hospitalized for COVID-19 in a private hospital in Caracas during two years of the pandemic. Materials and Methods. Retrospective, observational study of patients hospitalized for COVID-19. We evaluated the correspondence between waves of hospital admissions and circulating variants of SARS-CoV-2 in the general population of the Capital District and Miranda state. Results. A total of 1025 patients (569 men and 456 women) were included, with a mean age of 62.9 SD: 16.2 years. Four waves of hospital admissions were identified: first (March-November 2020) 150/1025 (14.6%) cases; second (December 2020 to May 2021) 415/1025 (40.5%) cases; third (June-December 2021) 344/1025 (33.6%) cases; fourth (January-February 2022) 116/1025 (11.3%) cases. The mean age was higher in the fourth wave (first: 64.0±15.7, second: 61.4±15.8, third: 62.1±16.5, and fourth wave: 68.5±16.4), while the proportion of male patients (first: 66.7%, second: 58.8%, third: 50.3%, and fourth wave: 44.8%), patients with severe-critical illness (first: 65.3%, second: 57%, third: 51.7%, and fourth wave: 44.8%), in-hospital stay (first: 9.1±6.0, second: 9.0±7.3, third: 8.8±7.7, and fourth wave: 6.9±5.0 days), ICU admissions (first: 23.3%, second: 15.7%, third: 14.0%, and fourth wave: 11.2%; p=0.027) and mortality (first: 21. 8%, second: 10.7%, third: 9.1%, and fourth wave: 7.1%; p<0.001) progressively decreased over time. Conclusions. The results show lower frequency of severe cases and improvement of in-hospital outcomes in two years of the pandemic. Changes in circulating variants, improvements in disease management and vaccination are likely to have influenced these results.

Sub-lineages of the Omicron variant of SARS-CoV-2: characteristic mutations and their relation to epidemiological behavior / Sub-linajes de la variante Ómicron del SARS-CoV-2: mutaciones características y su relación con el comportamiento epidemiológico

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Detection of the Omicron variant of SARSCoV-2 by restriction analysis targeting the mutations K417N and N440K of the spike protein / Detección de la Variante Ómicron del SARS-CoV-2 por análisis de restricción de dos mutaciones de la proteína de la espiga

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.

Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.

Desempeño de métodos moleculares para la identificación de subtipos poco comunes del virus de la hepatitis C, genotipo 2 / Performance of molecular methods for identification of unusual subtypes of hepatitis C virus genotype 2

Resumen Introducción. El virus de la hepatitis C (HCV) presenta una gran variabilidad genética, con siete genotipos y numerosos subtipos. La determinación del tipo viral ha sido fundamental para la escogencia y la duración del tratamiento antiviral adecuado. En Venezuela, el genotipo 2 del HCV es relativamente diverso, siendo particularmente prevalente el subtipo 2j. Objetivo. Evaluar el desempeño de las metodologías para la determinación del genotipo del HCV, particularmente para la identificación del subtipo 2j. Materiales y métodos. Se determinaron el genotipo y el subtipo del HCV mediante la técnica de hibridación inversa LiPA (Line Probe Assay) y secuenciación de las regiones genómicas 5'NC y NS5B del virus. Resultados. En 65 muestras analizadas, la metodología basada en la amplificación de la región 5'NC mostró mayor sensibilidad (100 %), en comparación con la técnica LiPA (91 %) y la secuenciación de la región NS5B (77 %). La determinación de genotipo, tomando como método de referencia la secuenciación de NS5B, mostró un alto grado de concordancia para la secuenciación de la región 5´NC y la hibridación inversa LiPA, con 100 % en la asignación de genotipos, comparado con 70 % y 66 % para los subtipos, respectivamente. La secuenciación de la región NS5B permitió identificar los subtipos 2j y 2s, los cuales no fueron detectados por las otras metodologías. No se observó un patrón característico para las muestras subtipo 2j en la hibridación inversa LiPA. Conclusión. Aunque es la metodología con menor sensibilidad, la secuenciación de la región NS5B es una herramienta poderosa para la correcta discriminación de los distintos subtipos circulantes del HCV, lo cual reviste importancia epidemiológica.

Abstract Introduction: Hepatitis C virus (HCV) displays high genetic variability, with seven genotypes and numerous subtypes. The determination of the viral type has been essential for the selection and timing of antiviral treatment. In Venezuela, HCV genotype 2 is relatively diverse, being particularly prevalent subtype 2j. Objective: To evaluate the performance of methodologies for genotyping HCV, particularly for identification of subtype 2j. Materials and methods: HCV genotype and subtype were determined by reverse hybridization technique (LiPA) and sequencing of the HCV 5'UTR and NS5B regions. Results: A total of 65 samples from HCV-infected patients were analyzed. PCR amplifications of the 5'UTR region exhibited the highest sensitivity (100% vs 91% for LiPA and 77% for NS5B). Genotype determination, taking as reference test NS5B, showed 100% concordance with the other methods, and 67% and 59% for subtypes with 5´NC and LiPA, respectively. NS5B sequencing allowed the identification of subtypes 2j and 2s, which were not detected by the other methods. A specific LiPA pattern was not observed for HCV subtype 2j. Conclusion: Although being the methodology with lowest sensitivity for amplification of HCV RNA, sequencing NS5B region remains a powerful tool for correct discrimination of the different HCV subtypes, which is of epidemiological relevance.

Mutaciones K130M y V131I del gen X en aislados venezolanos del virus de hepatitis B / K130M and V131L Mutations on the X gene of hepatitis B virus in Venezuelan isolates

Aproximadamente el 50% de los carcinomas hepatocelulares (CHC) en el mundo están etiológicamente asociados con la infección por el virus de hepatitis B (VHB). Se han descrito 10 genotipos del VHB (A-J). En Venezuela y en varios países latinoamericanos predomina el genotipo F. Las mutaciones K130M y V131I presentes en la proteína HBx del VHB han sido asociadas al desarrollo del CHC. El objetivo de este trabajo fue estudiar la variabilidad genética de la proteína HBx del VHB circulante en pacientes venezolanos, con el fin de correlacionar estas mutaciones con los parámetros clínicos y virológicos de la enfermedad. Se analizó la secuencia del gen X del VHB, mediante amplificación por PCR de un fragmento de ese gen, en 45 pacientes infectados (35 crónicos y 10 agudos). Se observó una mayor frecuencia de las mutaciones K130M y V131I en pacientes de 25 o más años y con infección crónica. La presencia de estas mutaciones fue significativamente menor en el subgenotipo F3, comparado con el genotipo C. Estos resultados refuerzan la hipótesis de que el subgenotipo F3, predominante en Venezuela, podría estar asociado a una progresión menos severa de la enfermedad que la descrita para otros subgenotipos americanos, como F1b o F2.

Approximately 50% of the hepatocellular carcinomas (HCC) in the world are etiologically associated to hepatitis B virus (HBV) infection. Ten HBV genotypes (A-J) have been described in Venezuela and in other Latin American countries where the F genotype predominates. The K130M and V131I mutations present in the HBx protein of HBV have been associated with the development of HCC. The aim of this work was to study the genetic variability of HBx protein from HBV circulating in Venezuelan patients, in order to correlate these mutations with clinical and virus factors involved in the disease. The X HBV gene sequence was analyzed by PCR amplification of that gene in 45 infected patients (35 with chronic and 10 with acute stages of hepatitis). A higher frequency K130M and V131I mutations was observed in subjects 25 years of age and older with chronic infection. The presence of these mutations was significantly lower in the F3 subgenotype compared with genotype C. These results support the hypothesis that the F3 subgenotype, predominant in Venezuela, could be associated with a less severe progression of the disease than that described for other American subgenotypes, such as F1b or F2.

Caracterización molecular del virus de la Hepatitis C en pacientes remitidos al Laboratorio Regional de Salud Pública del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalá”, Cumaná, Venezuela / Molecular characterization of hepatitis C virus in patients referred to a reference laboratory of public health, University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”, Cumaná, Venezuela

La Organización Mundial de la Salud estima que aproximadamente 170 millones de personas están crónicamente infectadas por el virus de la hepatitis C (VHC). En este estudio se evaluó la presencia de anticuerpos contra el VHC en pacientes remitidos durante enero de 2010 a febrero de 2013, al Laboratorio Regional de Salud Pública del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalᔠen Cumaná, Venezuela. La presencia de anticuerpos se hizo mediante dos ensayos de ELISA y se determinaron los genotipos circulantes a través de análisis filogenéticos de fragmentos de genoma viral amplificados por la región 5’ no codificante (5’NC) y región no estructural 5b (NS5b) usando la transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa en dos rondas (RT-PCR). Se encontró una prevalencia de anticuerpos contra el VHC del 0,57 % (17/3005), siendo el grupo etario mayor de 41 años el más afectado (0,9 %). Un total de 16 muestras resultaron positivas para la presencia del ARN viral por RT-PCR en la región 5´NC (16/17, 94 %). El análisis filogenético de la región 5´NC permitió identificar la circulación del genotipo 2 y 1 y de un genotipo 3 y uno 4. Mediante análisis filogenéticos de la región NS5b, se observó la presencia de diversos subtipos dentro del genotipo 2 (2a, 2j y 2s), lo que concuerda con estudios anteriores que muestran que este genotipo es relativamente diverso en nuestro país.

The World Health Organization estimates that approximately 170 million people are chronically infected with hepatitis C virus (HCV). This study evaluated the presence of antibodies against HCV by two immunoassays. HCV genotypes were analyzed by phylogenetic analysis of viral genome fragments amplified from the 5 ‘non-coding (5’NC) region and non-structural region 5b (NS5b), using reverse transcription and nested polymerase chain reaction (RT-PCR), in patients referred from January 2010 to February 2013 to the Reference Laboratory of Public Health, University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”. The prevalence of anti-HCV antibodies was 0.57% (17/3005), being the group of patients older than 41 years the most affected (0.9%). A total of 16 samples were found positive for HCV RNA by RT-PCR in the 5’NC region (16/17, 94%). Phylogenetic analysis of the 5´NC region allowed to identify the circulation of genotypes 2 and 1, and one genotype 3 and one 4. By phylogenetic analysis of the NS5b region, diverse subtypes of HCV genotype 2 were identified (2a, 2j and 2s). This finding is in accordance with previous studies that indicate that this genotype is relatively diverse in our country.

Genetic diversity of hepatitis B virus and mutations associated to hepatocellular carcinoma in patients from Venezuela, with different stages of liver disease / Diversidad genética del virus de la hepatitis B y mutaciones asociadas con carcinoma hepatocelular en pacientes de Venezuela, con diferentes estados de la enfermedad del hígado

Globally, about 50% of liver cancer originates as a result of long term infection with hepatitis B virus (HBV), and some genotypes and mutations have been associated with an increased severity of infection. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of HBV in patients from Venezuela, with chronic infection, cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC) and to compare the occurrence of mutations in all patient groups. Samples from patients with different pathologies of the liver, associated with HBV infection, were collected. The HBV S region was analyzed for genotype determination and, when available, the whole genome sequence was examined for mutations analysis. Genotype F was the most common genotype (87%). While the HBV subgenotype F3 was the most frequent genotype in the whole group of samples (44%), the subgenotype F2 predominated in HCC patients (56%). Mutations were more common in HCC and cirrhosis cases (p=0.01). The A1762T mutation was significantly associated with the advanced stage of liver disease (p=0.008). Additionally, mutations were more common in early stages of liver disease in HBV subgenotype F2- infected patients, and a significant association between this subgenotype and the emergence of T1753C, A1762T, A1762T/G1764A (p=0.04) and C1773T (p=0.001) mutations in chronic patients was found, when compared to the HBV subgenotype F3. By comparing F2 with all other HBV subgenotypes, a positive association for the three basal core promoter (BCP) mutants (A1762T, A1762T/G1764A p=0.01, G1764A p=0.04) was found. These results suggest that the HBV subgenotype F2 might be associated to more severe forms of liver disease in comparison with the HBV subgenotype F3.

Mundialmente, alrededor del 50% del cáncer de hígado se origina como consecuencia de la infección a largo plazo con el virus de la hepatitis B (VHB), y algunos genotipos y mutaciones han sido asociados con severidad incrementada de la infección. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad genética del VHB en pacientes de Venezuela con infección crónica, cirrosis y carcinoma hepatocelular (CHC) y comparar la ocurrencia de mutaciones en los tres grupos de pacientes. Se reunieron muestras de pacientes con diferentes patologías de la enfermedad del hígado asociada a la infección por VHB. La región S del VHB fue analizada para la determinación del genotipo y cuando estuvo disponible, la secuencia del genoma completo fue examinada para análisis de mutaciones. El genotipo F de VHB fue el más frecuente (87%). Mientras que el F3 fue el subgenotipo más encontrado en el grupo completo de muestras (44%), el F2 fue predominante en pacientes con CHC (56%). Las mutaciones fueron más comunes en casos de pacientes con cirrosis y CHC (p=0,01). La mutación A1762T estuvo asociada significativamente con estado avanzado de la enfermedad del hígado (p=0,008). Adicionalmente, las mutaciones fueron más comunes en estados tempranos de la enfermedad del hígado en pacientes infectados con el subgenotipo F2, encontrándose una asociación significativa entre este subgenotipo y la ocurrencia de las mutaciones T1753C, A1762T, A1762T/ G1764A (p=0,04) y C1773T (p=0,001) en pacientes crónicos, en comparación con el subgenotipo F3. Por otro lado, al comparar F2 con los demás subgenotipos de VHB, se encontró una asociación positiva para las tres mutantes del promotor basal de la cápside (PBC) (A1762T, A1762T/G1764A p=0,01, G1764A p=0,04). Estos resultados sugieren que el subgenotipo F2 de VHB puede estar asociado a formas más severas de la enfermedad del hígado en comparación al subgenotipo F3.

Presente y futuro de la terapia contra la hepatitis C / Present and future of therapy against hepatitis C

Un 3% de la población mundial está infectado por el virus de la hepatitis C (VHC). Un 70-80% de los individuos infectados desarrollan una infección crónica. No se dispone de una vacuna contra la hepatitis C y aproximadamente 50% de los pacientes infectados no responden a la terapia estándar basada en la combinación de interferón-alfa (IFN-α) y ribavirina. Recientemente se han hecho disponibles drogas antivirales de acción directa contra el VHC, que representan una mejora significativa en el éxito terapéutico. En el 2014, la agencia reguladora de drogas y alimentos de Estados Unidos (de sus siglas en inglés FDA), aprobó el uso de ledipasvir más sofosbuvir para el tratamiento crónico de la infección, siendo el primer régimen aprobado que no requiere la administración de IFN-α ó ribavirina. Estos avances hacen esperar la erradicación de esta enfermedad, si no fuera por los altos costos asociados al tratamiento. Una alternativa emergente es la terapia enfocada a la inhibición de blancos celulares que intervienen en la infección por el VHC. Esta terapia podría aumentar tanto el número de opciones para la terapia como la barrera genética para la selección de variantes virales resistentes. El tratamiento de la hepatitis C podría llevar al uso de la terapia enfocada en blancos celulares en combinación con la terapia tradicional, esperando un posible efecto sinérgico.

Around 3% of the human population is infected with hepatitis C virus (HCV) and 70-80% of these individuals develop a chronic infection. There is no vaccine available against HCV and up to 50% of the infected patients do not respond to standard therapy, based on the combination of interferon-alpha (IFN-α) and ribavirin. Recently, direct acting antiviral drugs against HCV have been made available for treatment, leading to a significant improvement in therapeutic success. In 2014, the U.S. Food and Drug Administration approved ledipasvir plus sofosbuvir to treat the chronic infection, the first IFN- and ribavirin-free approved treatment. With such treatment, the eradication of the disease would be feasible, although drug costs are high. Host target therapy represents an emerging alternative, based on the understanding of host factors involved in the HCV infection. This therapy might show at least two theoretical benefits, increasing the number of options for therapy and raising the genetic barrier for selection of resistant variants. New treatment regimens may consist of classical therapy combined with host target-based therapy, hopefully in a synergistic manner.

Infección por el virus de la hepatitis C (HCV) en pacientes hemodializados seronegativos para anticuerpos anti-HCV / Hepatitis C virus (HCV) infection in hemodialysed patients seronegative for anti-HCV antibodies

La infección por el virus de la hepatitis C (HCV) es común en pacientes hemodializados. Se evaluaron 43 sueros de pacientes de la Unidad de Diálisis “Dr. José Maza Carvajal” del Servicio Autónomo del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalᔠ(SAHUAPA), en Cumaná, estado Sucre. Se determinaron anticuerpos IgG séricos contra el HCV (anti-HCV) utilizando tres técnicas inmunoenzimáticas. Para amplificar la región 5’ no codificante (5’NC) se usó la técnica de transcripción reversa de la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR), en muestras positivas y negativas para anti-HCV. La presencia de anticuerpos y RNA del HCV fue de 9,3% y la presencia de RNA del HCV en pacientes con anti-HCV negativos fue de 42%, lo cual representó una frecuencia de infección activa de 51%. Análisis filogenéticos de la región 5’NC evidenciaron que el genotipo 2 fue el más prevalente, en particular el subtipo 2b, seguido por el genotipo 1, mientras que en siete muestras no se logró identificar el subtipo. La presencia de un alto número de pacientes seronegativos e infectados con el HCV puede deberse al estado de inmunocompromiso de estos pacientes; de allí la importancia de la determinación de la viremia.

Hepatitis C virus infection is common in hemodialysed patients. Sera from 43 patients from the Dialysis Unit “Dr. José Maza Carvajal” of the University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”, in Cumana, Sucre state, were evaluated. Antibodies against HCV (anti-HCV) were determined using three immunosorbent assays. The 5 ‘non-coding (5’NC) HCV region was amplified by RT-PCR in all samples. The presence of antibodies and HCV RNA was 9.3% and of HCV RNA in seronegative sera 42%, which represents a frequency of infection of 51%. Phylogenetic analysis of the 5’NC region showed that genotype 2 was the most frequently found, particularly due to subtype 2b, followed by genotype 1, while seven subtypes could not be determined. The presence of a high number of seronegative HCV-infected hemodialysed patients might be due to the immunocompromised condition of these patients; hence the importance of determining the viremia.

Interacción entre el virus de la inmunodeficiencia humana y el virus GB tipo-C durante el estado de co-infección / Interaction between HIV-1 and GB virus type-C during coinfection status

The human immunodeficiency virus (HIV) infection is one of the most important problems in public health. It is estimated that 3 3 million people are infected around the world. HIV and GBV-C share the same transmission route, being frequent the co-infection. Since both viruses replicate in CD4+ lymphocytes, recent studies have described an interaction. Decreasing of HIV viral load and higher CD4 counts have been observed in co-infected patients, leading a better clinical outcome. Nevertheless, some epidemiological studies have shown contradictory results. Additionally, in vitro models report inhibition of HIV by E1, E2, NS3 and NS5A GBV-C proteins, resulting in a decreasing of p24 antigen. This review summarizes the principal findings about co-infection and mechanisms that have been proposed for HIV-1 inhibition.

La infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) continúa siendo uno de los principales problemas en salud pública; se estima que existen actualmente más de 33 millones de personas infectadas en el mundo. El VIH y el virus GB tipo C (GBV-C) comparten la misma vía de transmisión, por lo que es frecuente encontrar individuos co-infectados. Estudios recientes han descrito un efecto inhibitorio asociado a disminución en la carga viral de VIH, altos recuentos de CD4 y mayor tiempo de sobrevida en pacientes co-infectados, resultando en un mejor pronóstico y menor progreso a SIDA; adicionalmente, estudios in vitro indican que las proteínas virales E1, E2, NS3 y NS5A del GBV-C estarían implicadas en la inhibición del VIH-1. En el presente artículo se revisan los principales aspectos de la co-infección, y se describen los mecanismos propuestos para la inhibición de la replicación del VIH-1 mediada por las proteínas virales del GBV-C.

Desempeño de estuches comerciales para el diagnóstico serológico de las hepatitis virales B y C en poblaciones yanomami y piaroa del estado Amazonas / Performance of commercial kits for serologic diagnosis of viral hepatitis B and C in yanomami and piaroa populations from Amazonas State

Los virus de hepatitis son una causa importante de morbilidad y mortalidad en la cuenca amazónica. El objetivo de este estudio fue evaluar el desempeño de estuches serológicos para la determinación de marcadores de VHB y VHC en población indígena. Se determinó la presencia de anti-HBc, agsHB, anti-VHC y de genomas virales en sueros de individuos piaroa y yanomami. Más de 50% de las muestras reactivas por un inmunoensayo comercial no resultaron positivas al usar otros estuches. El marcador serológico para el cual se observó una mayor concordancia entre los estuches comerciales fue el anti-HBc, posiblemente porque se trata de un ensayo de inhibición. La concordancia entre los ensayos para agsHB con la positividad de la PCR fue de pobre a moderada, coincidiendo sólo dos de los ensayos con los resultados de la PCR. No existió concordancia entre los distintos ensayos inmunoezimáticos, ni con la presencia del ARN viral para VHC. Las discrepancias inesperadas entre distintos estuches comerciales pudieran deberse a características inherentes a estas poblaciones, tales como múltiples coinfecciones, en especial parasitarias. Estos factores pudiesen estar afectando la especificidad de los estuches diagnósticos, situación observada con menor frecuencia en otras poblaciones venezolanas. Estos estudios refuerzan la importancia de la validación de pruebas serológicas en estas poblaciones, con ensayos confirmatorios y moleculares.

Hepatitis viruses are an important morbility and mortality cause in the Amazon basin. The goal of this study was to evaluate the performance of commercial serologic kits for determination of HVB and HVC markers in indigenous populations. Presence of anti-HBc, HBags, anti-HVC and viral genomes was determined in sera from piaroa and yanomami individuals. Over 50% of the samples reactive with one of the commercial kits were not positive when using other kits. The serologic marker which showed the highest concordance among the commercial kits was anti-HBc, possibly because it is an inhibition assay. Concordance among assays for HBags and PCR positivity varied between poor and moderate; only two of the tests coincided with the PCR results. There was no concordance among the various immunoenzymatic assays, nor in viral RNA presence for HVC. The unexpected discrepancies among the various commercial kits could be due to inherent characteristics of these populations such as multiple co-infections, especially parasitic. These factors could be affecting the specificity of the diagnostic kits, situation less frequently observed in other Venezuelan populations. This study emphasizes the importance of validating serologic tests in these populations, through confirmation and molecular assays.

Prevalence of antiretroviral drug resistance among treatment-naive and treated HIV-infected patients in Venezuela

An in-house, low-cost method was developed to determine the genotypic resistance of immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolates. All 179 Venezuelan isolates analysed belonged to subtype B. Primary drug resistance mutations were found in 11 percent of 63 treatment-naïve patients. The prevalence of resistance in isolates from 116 HIV-positive patients under antiretroviral treatment was 47 percent to protease inhibitors, 65 percent to nucleoside inhibitors and 38 percent to non-nucleoside inhibitors, respectively. Around 50 percent of patients in the study harboured viruses with highly reduced susceptibility to the three classical types of drugs after only five years from their initial diagnoses.

Diversidad mitooondrial en el nor-occidente de enezuela. implicaciones para prrobables rutas migratorias prehispániass / Mitochondrial diversity in Northwest Venezuela. Implications for probable prehispanic migratory routes.

La utilidad del ADN mitocondrial (ADNmt) para determinar afinidad genética entre grupos indígenas contemporáneos e inferir sobre migraciones, ha sido demostrada; pero la imposibilidad de estudiar grupos prehispánicos extintos, limita las inferencias sobre migraciones en esa época. El mestizaje en poblaciones neoamericanas ha sido caracterizado por uniones entre hombres europeos y mujeres indígenas, permitiendo detectar en la población contemporánea haplogrupos mitocondriales amerindios que informan sobre poblaciones extintas. Para conocer los linajes femeninos en el occidente de Venezuela, se estudiaron los haplogrupos del ADNmt a partir de RFLP, en una muestra de 193 individuos con antepasados procedentes del occidente de Venezuela, 81 del Estado Lara (Barquisimeto) y 112 de tres pueblos del Estado Falcón (Macu-quita=25, Macanillas=29 y Churuguara=58). Se comparó la distribución de haplogrupos entre las poblaciones y se estimó el mestizaje por línea femenina en ellas. Se comparó la distribución de cuatro haplogrupos indígenas con otras regiones de América. Se observa que en las cuatro poblaciones predominan haplogrupos amerindios, seguidos de los africanos. Al comparar la fracción indígena con el resto de América encontramos que Macanillas, Lara y Churuguara se asemejan a grupos de Amazonas y Suramérica, mientras que Macuquita a Aruba. Esto sugiere una diversidad genética importante en esa zona como probable ruta de paso hacia el sur y el Caribe; además refleja vínculos genéticos importantes entre grupos prehispánicos de Aruba y los de la Península de Paraguaná. Evidencias arqueológicas soportan estos postulados. Se recomienda aumentar la muestra y realizar análisis de secuencias para un nivel mayor de precisión.

Mitocondrial DNA (mtDNA) has been widely used to study genetic relationships between contemporary Amerindian groups and to infer ancestral migration movements; however inferences about migration routes of prehispanic extinct groups are difficult. Admixture of Neoamerican groups has been characterized by unions between European males and Amerindian females. This allows the identification in present populations of Amerindian mitocondrial haplogroups which give information on ancestral groups. In order to investigate female lineages present in western Venezuela, RFLP haplogroups from mtDNA were obtained from 193 individuals with grandparents from this region, 81 from the State of Lara (Barquisimeto) and 112 from 3 towns of the State of Falcon (Macuquita=25; Macanilla=29 and Churuguara=58). Comparison of haplogroup distributions between groups was performed, and admixture estimates based on female lineages were obtained. The distribution of four Amerindian haplogroups was compared with those of other populations from the American Continent. In our four samples Amerindian haplogroups predominate, followed by those of African origin. In the comparison of the mtDNA Amerindian fraction with other populations we find that Macanillas, Lara and Churuguara are similar to South American and Amazonian groups whilst Macuquita is similar to groups from Aruba. Our findings suggest an important genetic diversity in this region, explained by migration routes to and from the south and the Caribean. They also suggest genetic relationship between prehispanic groups from Aruba and those from the Paraguaná peninsula, which have been inferred by archeological evidences. An increase in sample size and analysis of sequences for more precision is recommended.

Diversidad genética del virus de inmunodeficiencia humana en las américas, con énfasis en la epidemia venezolana / Genetic diversity of human immunodeficiency virus in the americas, with emphasis on the venezuelan epidemics / Diversidade genética do vírus da imuodeficiência humana nas américas, com enfase na epidemia venezuelana

Alrededor de 3 millones de personas están infectadas con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) en las Américas y unas 110000 en Venezuela, donde la distribución de subtipos es bastante homogénea, representada principalmente por el subtipo B y una escasa representación de subtipos no B y/o formas recombinantes. El predominio del subtipo B en las Américas quizá se deba al efecto fundador de esta variante viral en los años 1960-1970, siendo Haití uno de los países donde pudo haberse iniciado la epidemia para luego diseminarse hacia otros países. El incremento en la frecuencia de subtipos no B en las Américas ha sido asociado a varios comportamientos de riesgo: el uso de drogas endovenosas, el comercio sexual y movilizaciones sanitarias o militares. En países como Cuba, Brasil y en países del Cono Sur la presencia de subtipos no B y de formas recombinantes es mayor que en el resto de la región. Esta situación pudiera ser el espejo de lo que encontremos en todo el continente americano en décadas futuras.

Around 3 million people are thought to be infected with human immunodeficiency virus (HIV) in the Americas, and around 110000 in Venezuela, where HIV subtype distribution is quite homogenous, with mainly subtype B and few cases of non B subtypes or recombinant forms. The high frequency of subtype B in the Americas is probably due to a founder effect of this viral variant around 1960-1970. The epidemic might have started in Haiti and then was disseminated to other countries. The increase in frequency of non B subtypes in the Americas has been associated to several risk factors: intravenous drug abuse, commercial sex and sanitary and military movilizations. In countries like Cuba, Brasil and countries from the Southern Cone, the presence of non B subtype and recombinant forms is more frequent than in the rest of the region. This situation might mirror what we will find in all the Americas in the next decades.

É estimado em mais de 3 milhões de pessoas infectadas com o vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) nas Américas e cerca de 110000 na Venezuela, onde a distribuição dos subtipos é bastante homogênea, representada principalmente pelo subtipo B e uma baixa representação de subtipos não-B e / ou formas recombinates. O predomínio do subtipo B nas Américas pode ser devido ao efeito fundador desta variante viral nos anos 1960-1970, sendo o Haiti um dos países onde a epidemia pode ter começado, disseminando-se para outros países. O aumento na freqüência de subtipos não-B nas Américas tem sido associada a vários comportamentos de risco: uso de drogas endovenosas, comércio sexual e sanitário e mobilizações militares. Em países como Cuba, Brasil e países do Cone Sul, a presença de subtipos não B e formas recombinates é maior do que nas demais regiões. Esta situação poderá ser o espelho do que encontraremos em todo o continente americano nas futuras décadas.

Virus en primates no humanos: zoonosis antroponosis y biodiversidad / Virus in nonhuman primates: zoonosis anthroponosis and biodiversity

Los primates no humanos son huéspedes de patógenos que pueden infectar al hombre por transmisión zoonótica. El mejor ejemplo de este riesgo es el origen de los virus de inmunodeficiencia humana 1 y 2. Muchos de los primates no humanos están en vías de extinción y a su vez a riesgo de adquirir enfermedades de humanos, como por ejemplo la infección por virus polio. Finalmente, existen diferencias interesantes en el grado de susceptibilidad a distintos agentes virales entre los primates del Nuevo Mundo y del Viejo Mundo. Por ejemplo, se han descrito 40 retrovirus de inmunodeficiencia simia que infectan simios del Viejo Mundo y ninguno que infecte a primates del Nuevo Mundo. El estudio de las infecciones virales en primates no humanos reviste importancia tanto para la preservación de la biodiversidad como para la prevención de epidemias de gran impacto en salud humana

Levels of complement C3 and C4 components in Amerindians living in an area with high prevalence of tuberculosis

The levels of complement C3 and C4 components were determined in non-indigenous (creoles) and indigenous (Warao) populations, the latter with an extremely high tuberculosis (TB) rate. Serum samples from 209 adults were studied and classified in 4 groups taking into account tuberculin skin tests (TST): (1) the group of Warao patients (58 positive for the TST, WP TST+ and 9 negative for the TST, WP TST-), (2) the group of creole patients (34 positive for the TST, CP TST+ and 9 negative for the TST, CP TST-), (3) the group of healthy Warao controls (38 positive and 14 negative for TST, WC TST+ and WC TST-, respectively), (4) the creole controls (26 positive and 21 negative for the TST, CC TST+ and CC TST-, respectively). With respect to the results concerning the measurement of both complement C3 and C4 components with the exception of the WC TST and the CC groups, the WP TST+ and WP TST- as well as WC TST+ groups showed a significant frequency of individuals with decreased levels of complement C3 component (20.6, 33.3, and 26.3 percent, respectively) and also C4 component (12.0, 11.1, and 13.3 percent, respectively) in comparison to both creole patients (CP TST+, 8.82 percent and CP TST-, 0 percent and CP TST+, 5.88 percent and CP TST-, 0 percent) for C3 and C4, respectively. The study of these parameters carried out in 15 Warao subjects with active infection, before and after anti-TB chemotherapy,statisticallyconfirmedthat the effective chemotherapy did not restore normal levels of the complement C3 and C4 components among Warao patients. Aditional tests for hepatitis B or hepatitis C infection, and the profile of the hepatic proteins were not associated to the deficiency in production of the complement components.In conclusion, the results show that within the Warao population, a high percentage of subjects exhibit decreased levels of both complement C3 and C4 components independent of latent or active infection and the status of TST.

High prevalence of secondary resistance mutations in Venezuelan HIV-1 isolates

Se estudiaron pacientes seropositivos para el virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) con y sin tratamiento, con el fin de determinar el polimorfismo y la prevalencia de mutaciones de resistencia a la terapia antirretroviral. El material genético viral fue extraído a partir de células mononucleares de sangre periféricas (ADN) y del plasma (ARN) de 30 pacientes. Se amplificaron 2 regiones del gen Pol, Transcriptasa Reversa (TR) y Proteasa (Pr) y el gen de envoltura (Env) por medio de la técnica de PCR y se obtuvo la secuencia genómica de los productos. Todos los aislados analizados pertenecieron al subtipo B. No se observaron mutaciones primarias asociadas a resistencia a inhibidores de Pr pero sí un alto porcentaje (86 por ciento, 19/22) de mutaciones no asociadas con resistencia sino a restitución de la capacidad replicativa de cepas mutantes (mutaciones secundarias). Se observó la presencia de mutaciones asociadas a resistencia a inhibidores nucleósidos de la TR (INTR) en 35 por ciento (6/17) de los pacientes sometidos a tratamiento, mientras que 12 por ciento (2/17) de ellos presentaron mutaciones de resistencia a inhibidores no nucleósidos de la TR (INNTR). Interesantemente, un paciente no tratado estaba infectado con una cepa que presentaba mutaciones primarias (7,7 por ciento); este resultado sugiere que podría ser importante plantearse el estudio local de determinación de resistencia genotípica en pacientes antes del tratamiento, con miras a minimizar fallas terapéuticas. Se requieren estudios adicionales para evaluar el rol de las mutaciones secundarias en el éxito de la infección viral

Prevalence of antibodies to dengue virus, hepadnavirus and rotavirus in non-human primates

The aim of this study was to determine the prevalence of several viral antibodies in non-human primates from two zoological gardens from Venezuela. Only two out of 66 sera were positive for antibodies to dengue virus by hemagglutination inhibition. Six out of 62 sera exhibited antibodies against Hepatitis B virus (HBV) core antigen. Viral DNA was detected by nested PCR in one positive serum and in three negative without serological evidence of HBV infection. Sequence analysis showed the circulation of HBV genotype F, predominant in Venezuela. Antibodies against rotavirus antigens were found in 87 percent (20/23) of Old World primates and in 50 percent (13/26) of New World primates. Both the prevalence of antibodies and the mean O.D. value by ELISA were significantly lower in New World primate sera. These results suggest that non-human primates do not seem to represent an important reservoir for dengue virus infection, highly endemic in Venezuela. Anthropozoonotic infection of HBV seems to occur among primates not only from the Old but also from the New World, reinforcing the importance of vaccination of species at risk. This study also suggests a lower frequency of infection by rotavirus of non-human primates from the New World, compared to primates from the Old World.

En este estudio se determinó la prevalencia de anticuerpos contra varios virus en primates no humanos de dos parques zoológicos de Venezuela. Sólo dos de 66 sueros fueron positivos, por inhibición de la hemaglutinación, para anticuerpos contra virus dengue. Seis de 62 sueros presentaron anticuerpos contra la cápside del virus de la hepatitis B virus (VHB). Se detectó el ADN viral, mediante PCR en dos rondas, en uno de éstos y en tres sueros sin evidencia serológica de infección por VHB. El análisis de la secuencia mostró la circulación del VHB genotipo F, predominante en Venezuela. Un 87 por ciento (20/23) de los sueros de primates del Viejo Mundo y un 50 (13/26) de los del Nuevo Mundo mostraron anticuerpos contra antígenos de rotavirus. Tanto la prevalencia de anticuerpos como los valores promedio de D.O. por ELISA fueron significativamente menores en sueros de primates del Nuevo Mundo. Los primates no humanos no parecen jugar un papel importante como reservorio de la infección por virus dengue, altamente prevalente en el país. La infección por cepas humanas del VHB en primates sugiere infección antroponótica y la importancia de vacunar las especies a riesgo. Los resultados sugieren igualmente una menor frecuencia de infección por rotavirus en primates del Nuevo Mundo.