ABSTRACT
O mapeamento genético é um passo necessário para entender a organização genômica e a relação entre genes e o fenótipo. Um dos principais problemas está em encontrar a ordem, o espaçamento correto dos marcadores em um mapa genético, assim como o número de indivíduos a compor uma população. Deste modo, o objetivo deste estudo foi avaliar o nível de saturação do genoma e o tamanho ideal de populações simulada duplo-haplóide para a construção de mapas de ligação mais confiáveis por meio de simulação computacional. Foram simulados genomas parentais e populações duplo-haplóide considerando marcadores moleculares do tipo dominante, espaçados de forma equidistante a 5, 10 e 20 cM. Os tamanhos das populações geradas foram de 100, 200, 300, 500, 800 e 1000 indivíduos, com dez grupos de ligação cada e 100 repetições por amostra. Procedeu-se a análise de todas as populações geradas obtendo um genoma analisado o qual foi comparado com o genoma simulado inicialmente. Observou-se que o tamanho ideal de populações duplo-haplóide para mapeamento genético foi de no mínimo 200, 500 e 1000 indivíduos para genomas saturados, medianamente saturados e com baixa saturação. Populações de mesmo tamanho tendem a produzir mapas com maior acurácia em níveis de saturação do genoma mais elevados.
Genetic mapping is a necessary step to understand the genomic organization and the relationship between genes and phenotypes. A major problem is to find the order, the correct spacing of the markers in a genetic map, and the number of individuals to compose a population. Thus, the objective of this study was to evaluate the saturation level of the genome and the optimal size of simulated double-haploid populations for the construction reliable linkage maps by means of computer simulation. Parental genomes and double-haploid populations were simulated considering dominant molecular markers, spaced equidistantly at 5, 10 and 20 cM. The sizes of the generated populations were 100, 200, 300, 500, 800 and 1000 individuals, with ten linking groups and 100 replicates per sample. It was proceeded the analysis of all generated population obtaining a genome which was compared with the first simulated genome. It was observed that the optimal size of double-haploid populations for genetic mapping has been at least 200, 500 and 1000 individuals for saturated genomes, medium unsaturated and low saturation. Populations of the same size tend to produce maps with greater accuracy in higher levels of genome saturation.