ABSTRACT
Background: Pathology reports are stored as unstructured, ungrammatical, fragmented, and abbreviated free text with linguistic variability among pathologists. For this reason, tumor information extraction requires a significant human effort. Recording data in an efficient and high-quality format is essential in implementing and establishing a hospital-based-cancer registry Objective: This study aimed to describe implementing a natural language processing algorithm for oncology pathology reports. Methods: An algorithm was developed to process oncology pathology reports in Spanish to extract 20 medical descriptors. The approach is based on the successive coincidence of regular expressions. Results: The validation was performed with 140 pathological reports. The topography identification was performed manually by humans and the algorithm in all reports. The human identified morphology in 138 reports and by the algorithm in 137. The average fuzzy matching score was 68.3 for Topography and 89.5 for Morphology. Conclusions: A preliminary algorithm validation against human extraction was performed over a small set of reports with satisfactory results. This shows that a regular-expression approach can accurately and precisely extract multiple specimen attributes from free-text Spanish pathology reports. Additionally, we developed a website to facilitate collaborative validation at a larger scale which may be helpful for future research on the subject.
Introducción: Los reportes de patología están almacenados como texto libre sin estructura, gramática, fragmentados o abreviados, con variabilidad lingüística entre patólogos. Por esta razón, la extracción de información de tumores requiere un esfuerzo humano significativo. Almacenar información en un formato eficiente y de alta calidad es esencial para implementar y establecer un registro hospitalario de cáncer. Objetivo: Este estudio busca describir la implementación de un algoritmo de Procesamiento de Lenguaje Natural para reportes de patología oncológica. Métodos: Desarrollamos un algoritmo para procesar reportes de patología oncológica en Español, con el objetivo de extraer 20 descriptores médicos. El abordaje se basa en la coincidencia sucesiva de expresiones regulares. Resultados: La validación se hizo con 140 reportes de patología. La identificación topográfica se realizó por humanos y por el algoritmo en todos los reportes. La morfología fue identificada por humanos en 138 reportes y por el algoritmo en 137. El valor de coincidencias parciales (fuzzy matches) promedio fue de 68.3 para Topografía y 89.5 para Morfología. Conclusiones: Se hizo una validación preliminar del algoritmo contra extracción humana sobre un pequeño grupo de reportes, con resultados satisfactorios. Esto muestra que múltiples atributos del espécimen pueden ser extraídos de manera precisa de texto libre de reportes de patología en Español, usando un abordaje de expresiones regulares. Adicionalmente, desarrollamos una página web para facilitar la validación colaborativa a gran escala, lo que puede ser beneficioso para futuras investigaciones en el tema.
ABSTRACT
El sarcoma de Ewing es una neoplasia de hueso y tejidos blandos, cuyo manejo se relaciona con toxicidad hematológica. Este aspecto representa un desafío médico y ético en los pacientes testigos de Jehová quienes, por sus creencias religiosas, rechazan la aplicación de hemoderivados, con riesgo de que se descontinúe la quimioterapia o de que se utilicen dosis subóptimas. Se presenta el caso de una mujer colombiana de 34 años, testigo de Jehová, con diagnóstico de sarcoma de Ewing con estadificación clínica IIB (T1N0M0) en las regiones maxilar y mandibular izquierdas, tratada con quimioterapia, quien presentó un valor mínimo de hemoglobina de hasta 4,5 g/dl y tuvo indicación quirúrgica como parte del tratamiento. En estos pacientes, la decisión de practicar una transfusión comprende implicaciones éticas que requieren alternativas terapéuticas y un abordaje multidisciplinario.
Ewing's sarcoma is a bone and soft tissue neoplasm, whose management is related to hematological toxicity. This aspect represents a medical and ethical challenge in Jehovah's Witnesses patients, who, due to their religious beliefs, reject the blood component transfusion, with the risk of discontinuing chemotherapy or using suboptimal doses. We present the case of a 34-year-old Colombian woman, Jehovah's Witness, diagnosed with Ewing's sarcoma with clinical stage IIB (T1N0M0) in the left maxillary and mandibular regions, treated with chemotherapy, who presented a hemoglobin nadir of up to 4.5 g/dL, and surgical indication as part of the treatment. In these patients, the transfusion decision has ethical implications that require therapeutic alternatives and a multidisciplinary approach.