Padronização de uma PCR multiplex para a detecção de fraude em leite bubalino e caprino por adição de leite bovino / Standardization of a multiplex PCR for detection of fraud in buffalo and goat milk by addition of bovine milk

O consumo de leite de espécies como bubalino e caprino tem se popularizado por representarem uma alternativa para indivíduos que possuem restrições alimentares relacionadas ao leite bovino e em virtude das propriedades nutricionais desses alimentos. No entanto, fatores como a baixa produção e a sazonalidade predispõem a adulterações destes alimentos, principalmente pela adição de leite bovino, visando maior rendimento e lucratividade. Assim, o objetivo do estudo foi padronizar um método de PCR multiplex para autenticação de leites bubalino e caprino. Para isso, amostras de leite exclusivamente de cada espécie foram utilizados para a padronização da técnica. Em seguida, foi realizada a fraude pela adição de leite bovino ao caprino e ao bubalino, em proporções de 0,1% até 100%. A técnica foi eficaz, precisa, rápida e prática para a detecção do DNA de bovino, bubalino e caprino, separadamente e em conjunto. Na fraude experimental, o limite de detecção da técnica ocorreu a partir do menor percentual testado (0,1%) tanto no leite caprino quanto no bubalino. Dessa forma, a PCR multiplex testada mostrou ser uma importante ferramenta para a autenticação de leite, pendendo ser utilizada para fins de fiscalização por órgãos competentes.

Milk consumption of species such as buffalo and goat has become popular due to the nutritional properties of these foods and because they represent an alternative for individuals who have dietary restrictions related to bovine milk. However, factors such as low production and seasonality predispose to adulteration, mainly by the addition of bovine milk, aiming at higher yield and profitability. Thus, the aim of the present study was to standard a multiplex PCR method for buffalo and goat milks authentication. For this, the milks exclusively of each species were used to standardize the technique. Subsequently, fraud was performed by the addition of bovine milk to goat and buffalo in proportions from 0.1% to 100%. The technique was effective and accurate for detecting bovine, buffalo and goat DNA separately and together quickly and practically. In experimental fraud, the detection limit of the technique occurred from the lowest percentage tested (0.1%) in both goat and buffalo milk. Thus, the multiplex PCR tested proved to be an important tool for milk authentication, pending to be used for supervision by competent agencies.

PCR-based identification of Mycobacterium murphy causing Canine Leproid Granuloma Syndrome in Niterói, southeast Brazil - case report / Identificação baseada em PCR de Mycobacterium murphy causando Síndrome do Granuloma Lepróide Canino em Niterói, sudeste do Brasil ˗ Relato de Caso

Canine Leproid Granuloma Syndrome (CLGS), also known as canine leprosy, is a cutaneous nodular infectious disease caused by Mycobacterium sp.. Despite being reported worldwide, it is still quite unknown and underdiagnosed. Diagnosis may be achieved by cytopathology or histopathology of skin lesions, but identification of the infectious agent is complex, since bacterial in vitro growth is not possible, relying upon molecular techniques such as PCR to confirm Mycobacterium DNA in the sample. We report a CLGS case in Niteroi, Rio de Janeiro state, Brazil, diagnosed by cytopathology and submitted to molecular identification of the agent. PCR amplification of hsp65 gene was performed and revealed 100% genetic homology to M. murphy strain. This is the first CLGS report with molecular identification in Rio de Janeiro state, and this finding should raise awareness about CLGS as a differential diagnosis among granulomatous skin diseases in this region.(AU)

A síndrome de granuloma leproide canino (SGLC), também conhecida como lepra canina, é uma doença infecciosa cutânea nodular causada por Mycobacterium sp. Apesar de ser relatada mundialmente, ainda é bastante desconhecida e subdiagnosticada. O diagnóstico pode ser conseguido por citopatologia ou histopatologia de lesões cutâneas, mas a identificação do agente infeccioso é complexa, uma vez que o crescimento in vitro bacteriano não é possível, dependendo de técnicas moleculares como a PCR para confirmar o DNA de Mycobacterium na amostra. Relatou-se um caso da SGLC em Niterói, estado do Rio de Janeiro, Brasil, diagnosticado por citopatologia e submetido à identificação molecular do agente. Foi realizada amplificação por PCR do gene hsp65, que revelou 100% de homologia genética com a cepa M. murphy. Este é o primeiro relato da SGLC com identificação molecular no estado do Rio de Janeiro, o que mostra a importância de se acrescentar a SGLC ao diagnóstico diferencial das doenças granulomatosas de pele nessa região.(AU)

Caracterização de isolados de Xanthomonas sp. associados a sementes de arroz e diferenciação de estirpes de Xanthomonas oryzae / Isolates characterization of Xanthomonas sp. Associated with rice seed and differentiation of Xanthomonas oryzaestrains

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) e X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), são os agentes causais do crestamento bacteriano da folha (CBF) e da estria bacteriana da folha (EBF), respectivamente, são pragas transmitidas por sementes e sofrem restrição no comércio internacional de arroz, por estarem ausentes em muitos países e possuírem potencial de comprometer seriamente a produção de arroz. Vinte e um isolados oriundos de sementes de arroz do Uruguai e Argentina, Gram negativos, oxidase positiva, com pigmentação amarela típica do gêneroXanthomonas e positivos no ELISA para Xoo, foram caracterizados para determinar a associação destes, com X. oryzae e seus patovares. Os isolados foram caracterizados por métodos bioquímicos, biológicos e quanto à sensibilidade a antibióticos. Análises de PCR e qPCR foram realizadas para a confirmação do gênero Xanthomonase identificação de Xoo e Xoc. A caracterização de 21 isolados de Xanthomonassp., positivos no ELISA para Xoo, mostrou variabilidade entre os isolados e distinção de Xo.

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), causal agents of bacterial leaf blight (BLB) and bacterial leaf streak (BLS), respectively, are pests transmitted by seeds and suffer restriction on international rice trade, because are absent in many countries and have potential to compromise seriously rice production. Twenty-one isolates from rice seeds from Uruguay and Argentina, Gram negative, oxidase positive, with typical yellow pigmentation of genus Xanthomonas and positive in ELISA for Xoo, were characterized to determine their association with X. oryzepathovars. Isolates were characterized by biochemical, biological and antibiogram methods. PCR and qPCR analyzes were performed to confirm genus Xanthomonasand identification of Xoo and Xoc. Characterization of 21 Xanthomonassp. isolates positive on ELISA to Xoo, showed variability among isolates and distinction of Xo.

Detección de genes de virulencia del patotipo enteroagregativo en cepas de Escherichia coli aisladas de fuentes de agua subterránea de la provincia del Chaco, Argentina / Detection of virulence genes of the enteroaggregative pathotype in Escherichia coli strains isolated from groundwater sources in the province of Chaco, Argentina

En la provincia del Chaco, el agua subterránea representa una fuente alternativa, y muchas veces única, para el consumo humano; esta es utilizada en el 14 % de los hogares. A pesar de que se reconoce el riesgo de la exposición al agua contaminada, la prevalencia de los diferentes patotipos de Escherichia coli en ambientes acuáticos no ha sido bien caracterizada. E. coli enteroagregativo (ECEA) es un patógeno emergente cuya importancia en la salud pública mundial se incrementó y quedó claramente establecida en los últimos años. El objetivo del presente trabajo fue detectar la presencia de ECEA típico mediante el reconocimiento de los factores de virulencia aap, AA probe y aggR por reacción en cadena de la polimerasa, en fuentes de agua subterráneas de la provincia del Chaco. Se identificó E. coli en 36 (38,7 %) de las 93 muestras estudiadas, provenientes de diferentes localidades. De esos 36 aislamientos, se identificaron 6 (16,7 %) portadores de los genes de ECEA, lo que representa una prevalencia del 6,4 % considerando las 93 fuentes de agua subterránea estudiadas. De esos 6 aislamientos, 3 eran portadores del gen aap, 2 del gen AA probe y uno de la combinación aggR/aap. El presente trabajo representa el primer aporte en el estudio de la presencia y distribución de genes de virulencia de ECEA en fuentes de agua subterránea de la región.

Groundwater is an important source of drinking water for many communities in Northern Argentina; particularly, in the province of Chaco, where about 14 % of households use this natural resource. Enteroaggregative Escherichia coli is an emerging pathogen whose global importance in public health has increased in recent years. Despite the significant risk of disease linked to contaminated water exposure, the prevalence of E. coli pathotypes in aquatic environments is still not so well defined. The aim of the present study was to detect the presence of typical enteroaggregative E. coli through the recognition of its virulence factors aap, AA probe and aggR by molecular techniques. A total of 93 water samples from different small communities of Chaco were analyzed. E. coli was identified in 36 (38.7 %) of the tested samples. Six strains isolated from different samples harbored the studied genes. Of these 6 isolates, 3 carried the aap gene, 2 the AA probe and the last one the combination of aap/aggR genes. The prevalence of E. coli isolates harboring enteroaggregative virulence genes in groundwater sources was 6.4 %. This work represents the first contribution to the study of the presence and distribution of virulence genes of EAEC in groundwater sources in this region of Argentina.

Molecular characterization of Enterobacteriaceae resistant to carbapenem antimicrobials / Caracterização molecular de enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos

ABSTRACT The present study aimed to genotypically and phenotypically characterize clinical isolates of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae collected from inpatients at the University Hospital of Santa Maria, during seven months. Among the clinical isolates subjected to the modified Hodge test (MHT), 62.5% were positive, indicating possible production of carbapenemase. Polymerase chain reaction (PCR) demonstrated that blaKPC was the most frequently found gene (31%), followed by blaIMP (12.5%). Combined use of the methods is needed to identify carbapenem resistance in enterobacteria to prevent their spread and control the infections caused by these organisms.

RESUMO Objetivou-se caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados clínicos de enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos (CRE) provenientes do Hospital Universitário de Santa Maria (RS). Entre os isolados clínicos submetidos ao teste modificado de Hodge (MHT), 62,5% apresentaram positividade, indicando possível produção de carbapenemase. A reação em cadeia da polimerase (PCR) demonstrou que o blaKPC foi o gene mais encontrado (31%), seguido de blaIMP (12,5%). O uso conjunto de distintas metodologias faz-se necessário para identificar a resistência aos carbapenêmicos produzida pelas enterobactérias, de modo a auxiliar o controle de infecção prevenindo a disseminação desses microrganismos.

Meta-análisis: diagnóstico de tuberculosis resistente por técnicas no comerciales de amplificación / Meta-analysis: drug-resistant tuberculosis diagnosis by non commercial amplification techniques / Meta-análise: diagnóstico de tuberculose resistente por técnicas não comerciais de amplificação

La emergencia de tuberculosis (TB) multidrogo y extensivamente-resistente reactivó la necesidad de contar con métodos rápidos para detectar resistencia a isoniacida (INH) y rifampicina (RIF). Por tal motivo, los objetivos de este trabajo fueron evaluar, mediante meta-análisis, la exactitud global y la posible utilidad de métodos caseros basados en PCR para la detección rápida de resistencia a INH y RIF en aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis. La búsqueda bibliográfica incluyó Medline/PubMed, BioMedLib. Para estimar la variabilidad entre los resultados de los estudios y el grado de exactitud diagnóstica de los métodos utilizados se realizaron gráficos "forest plot" y curvas SROC (summary receiver operating characteristic) mediante el software Meta-DiSc. Fueron seleccionados 15 estudios, conteniendo 1311 aislamientos resistentes a INH y 953 a RIF. Para la detección de resistencia a INH la sensibilidad y especificidad globales fueron: 84,0% y 96,0% respectivamente, mientras que para la detección de resistencia a RIF esos valores fueron 92,0% y 97,0%. Además, estos métodos mostraron alta exactitud diagnóstica, con áreas bajo la curva SROC>0,9. La alta sensibilidad y especificidad obtenidas con métodos moleculares caseros sugieren que algunos de ellos podrían ser aplicados para el diagnóstico rápido de resistencia a partir del aislamiento de M. tuberculosis.

Due to the emergency of multidrug and extensively-drug resistant tuberculosis, molecular methods for a rapid detection of isoniazid (INH) and rifampicin (RIF) resistance are urgently needed. For that reason, the objectivesof this study were to asses through a meta-analysis the global accuracy and the utility of the home-made molecular methods based in PCR for INH and RIF resistance rapid detection from Mycobacterium tuberculosis clinical isolates. The articles were searched using Medline/PubMed, BioMedLib. The variability among different studies results and the diagnostic accuracy of the used methods were estimated by forest plot and summary receiver operating characteristic (SROC) curves performed with software Meta-DiSc. Fifteen studies were chosed: 1311 containing INH resistant and 953 RIF resistant isolates. The pooled sensitivity and specificity for INH resistance detection was 84.0% and 96.0% respectively, while 92.0% and 97.0% were the pooled values for RIF resistance detection. Besides, these methods showed a high diagnostic accuracy, with the area under the SROC curve >0.9. Due to the high sensitivity and specificity obtained with the home-made molecular methods, some of these tests could be applied for a rapid detection of M. tuberculosis drug resistance in clinical practice.

A emergência de tuberculose (TB) multidrogas e extensivamente-resistente reativou a necessidade de contar com métodos rápidos para detectar resistência à isoniazida (INH) e rifampicina (RIF). Por isso, o objetivo deste trabalho foi a avaliação através da meta-análise, da exatidão global e da possível utilidade de métodos caseiros baseados em PCR para detectar rapidamente a resistência a INH e RIF em isolamentos clínicos de Mycobacterium tuberculosis. A pesquisa bibliográfica incluiu Medline/PubMed, Bio MedLib. Para estimar a variabilidade entre os resultados dos estudos e o grau de exatidão diagnóstica dos métodos utilizados, foram realizados gráficos "forest plot" e curvas SROC (summary receiver operating characteristic) com o software Meta-Disc. Foram selecionados 15 estudos, contendo 1311 isolamentos resistentes a INH e 953 a RIF. Para a detecção de resistência a INH, a sensibilidade e especificidade globais foram 84,0% e 96,0% respectivamente, enquanto que para a detecção de resistência a RIF esses valores foram de 92,0% e 97,0%. Alem disso, os mesmos métodos mostraram elevada exatidão diagnóstica, com áreas inferiores à curva SROC>0,9. A elevada sensibilidade e especificidade obtida através de métodos moleculares caseiros sugere que alguns deles poderiam ser aplicados para o diagnóstico rápido de resistência a partir do isolamento de M. tuberculosis.

Detección fenotípica y molecular de resistencia a meticilina en S. aureus / Phenotypic and molecular detection of methicillin resistance in S. aureus

La detección de resistencia a meticilina es complicada debido a la heterogeneidad de su expresión fenotípica; dificultando su detección en el laboratorio, lo que ha conducido al desarrollo de varias técnicas para incrementar su expresión in vitro. A fin de evaluar cuatro técnicas para la detección de resistencia a meticilina: método de difusión del disco con oxacilina (OX, 1 ug) y cefoxitin (FOX, 30 ug); screening test, concentración inhibitoria mínima (CIM) y detección de PBP2a, utilizando la presencia del gen mecA como método de referencia, se procesaron 286 cepas de S. aureus. Se determinó la sensibilidad (SEN), especificidad (ESP), valor predictivo positivo (VPP), valor predictivo negativo (VPN) y eficiencia (EFC) de cada uno de los métodos. Se obtuvo un total de 50 cepas resistentes a oxacilina, PBP2a positivos (mecA positivos). La sensibilidad del disco de OX fue de 99.14 por ciento y la de FOX fue de 100 por ciento. La SEN, VPP, VPN y EFC de los otros métodos fue de 100 por ciento. Todas, a excepción del método de difusión del disco de OX (ESP de 99.14), resultaron 100 por ciento específicos.

Detecting methicillin resistance is complicated due to the heterogeneity of its phenotypic expression, making its detection difficult in the laboratory; this has led to the development of several techniques to increase its expression in vitro. Four techniques for detecting methicillin resistance were evaluated: the disk diffusion method with oxacillin (OX, 1 ug) and cephoxitin (FOX, 30 ug); the screening test, minimum inhibitory concentration (MIC) and detection of PBP2a, using the presence of mecA gen as a reference method; 286 strains of S. aureus, were processed. The sensibility (SEN), specificity (SPE), positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV) and efficiency (EFC) of each method were determined. A total of 50 oxacillin resistant, PBP2a positive (mecA positive) strains were obtained. Sensibility of the OX disk was 99.14 percent; and of the FOX disk was 100 percent. The SEN, PPV, NVP and EFC of the other methods were 100 percent. All the tests, except the OX disk diffusion method (99.14 percent of ESP), were 100 percent specific.

Prevalencia delvirus del papiloma humano (VPH) y otros factores de riesgo para el desarrollo de cáncer cervical en Guatemala / Prevalence of human papillomavirus (HPV) and other risk factors for the development of cervical cancer in Guatemala

El cáncer cervical es la malignidad ms común entre las mujeres del tercer mundo y en Guatemala, es responsable del 40% de todos los cánceres en ambos sexos y del 60% de todos los cánceres femeninos. La presencia de virus del Papiloma Humano (VPH) se considera entre otras, como factor de riesgo más importante para el desarrollo del cáncer cervical. El presente estudio fue llevado a cabo con el propósito de determinar la prevalencia de los tipos de VPH en un grupo de pacientes de Guatemala con cáncer cervical así como para evaluar los factores de riesgo asociados al desarrollo de la enfermedad. Con este propósito se llevó a cabo un estudio y controles en 112 pacientes con cáncer cervical invasivo (casos) y 102 mujeres sanas (controles). Se obtuvieron biopsias cervicales y se investigó la presencia de VPH usando dos métodos meleculares...