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CNAsim: improved simulation of single-cell copy number profiles and DNA-seq data from tumors.
Bioinformatics
; 39(7)2023 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37449891
2.
DaTeR: error-correcting phylogenetic chronograms using relative time constraints.
Bioinformatics
; 39(2)2023 02 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36752504
3.
Systematic Detection of Large-Scale Multigene Horizontal Transfer in Prokaryotes.
Mol Biol Evol
; 38(6): 2639-2659, 2021 05 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33565580
4.
Integrative analysis of 111 reference human epigenomes.
Nature
; 518(7539): 317-30, 2015 Feb 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25693563
5.
SaGePhy: an improved phylogenetic simulation framework for gene and subgene evolution.
Bioinformatics
; 35(18): 3496-3498, 2019 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30715213
6.
A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome.
Nature
; 515(7527): 355-64, 2014 Nov 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25409824
7.
RANGER-DTL 2.0: rigorous reconstruction of gene-family evolution by duplication, transfer and loss.
Bioinformatics
; 34(18): 3214-3216, 2018 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29688310
8.
RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees.
Bioinformatics
; 34(21): 3646-3652, 2018 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29762653
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On the impact of uncertain gene tree rooting on duplication-transfer-loss reconciliation.
BMC Bioinformatics
; 19(Suppl 9): 290, 2018 Aug 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30367593
10.
Most parsimonious reconciliation in the presence of gene duplication, loss, and deep coalescence using labeled coalescent trees.
Genome Res
; 24(3): 475-86, 2014 Mar.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24310000
11.
Improved gene tree error correction in the presence of horizontal gene transfer.
Bioinformatics
; 31(8): 1211-8, 2015 Apr 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25481006
12.
Pareto-optimal phylogenetic tree reconciliation.
Bioinformatics
; 30(12): i87-95, 2014 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24932009
13.
Systematic inference of highways of horizontal gene transfer in prokaryotes.
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; 29(5): 571-9, 2013 Mar 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23335015
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TreeFix: statistically informed gene tree error correction using species trees.
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| MEDLINE | ID: mdl-22949484
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Efficient algorithms for the reconciliation problem with gene duplication, horizontal transfer and loss.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22689773
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Generalizing the Domain-Gene-Species Reconciliation Framework to Microbial Genes and Domains.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 20(6): 3511-3522, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37436868
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virDTL: Viral Recombination Analysis Through Phylogenetic Reconciliation and Its Application to Sarbecoviruses and SARS-CoV-2.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36125448
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Genome-scale phylogenetics: inferring the plant tree of life from 18,896 gene trees.
Syst Biol
; 60(2): 117-25, 2011 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21186249
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Deciphering Microbial Gene Family Evolution Using Duplication-Transfer-Loss Reconciliation and RANGER-DTL.
Methods Mol Biol
; 2569: 233-252, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36083451
20.
TNet: Transmission Network Inference Using Within-Host Strain Diversity and its Application to Geographical Tracking of COVID-19 Spread.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 19(1): 230-242, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34255632