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1.
Improved RNA stability estimation through Bayesian modeling reveals most Salmonella transcripts have subminute half-lives.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(14): e2308814121, 2024 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38527194
2.
A comparative analysis of peptide-delivered antisense antibiotics employing diverse nucleotide mimics.
RNA
; 2024 Mar 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38413166
3.
A decade of advances in transposon-insertion sequencing.
Nat Rev Genet
; 21(9): 526-540, 2020 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32533119
4.
Global Maps of ProQ Binding In Vivo Reveal Target Recognition via RNA Structure and Stability Control at mRNA 3' Ends.
Mol Cell
; 70(5): 971-982.e6, 2018 06 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29804828
5.
Expanding the flexibility of base editing for high-throughput genetic screens in bacteria.
Nucleic Acids Res
; 52(7): 4079-4097, 2024 Apr 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38499498
6.
Systematic interrogation of CRISPR antimicrobials in Klebsiella pneumoniae reveals nuclease-, guide- and strain-dependent features influencing antimicrobial activity.
Nucleic Acids Res
; 2024 Apr 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38661215
7.
Design and off-target prediction for antisense oligomers targeting bacterial mRNAs with the MASON web server.
RNA
; 29(5): 570-583, 2023 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36750372
8.
DksA is a conserved master regulator of stress response in Acinetobacter baumannii.
Nucleic Acids Res
; 51(12): 6101-6119, 2023 07 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37158230
9.
INRI-seq enables global cell-free analysis of translation initiation and off-target effects of antisense inhibitors.
Nucleic Acids Res
; 50(22): e128, 2022 12 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36229039
10.
Comprehensive analysis of PNA-based antisense antibiotics targeting various essential genes in uropathogenic Escherichia coli.
Nucleic Acids Res
; 50(11): 6435-6452, 2022 06 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35687096
11.
An RNA-centric global view of Clostridioides difficile reveals broad activity of Hfq in a clinically important gram-positive bacterium.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(25)2021 06 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34131082
12.
Comparative genomics provides structural and functional insights into Bacteroides RNA biology.
Mol Microbiol
; 117(1): 67-85, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34379855
13.
Accelerating Discovery and Functional Analysis of Small RNAs with New Technologies.
Annu Rev Genet
; 49: 367-94, 2015.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26473381
14.
Global RNA profiles show target selectivity and physiological effects of peptide-delivered antisense antibiotics.
Nucleic Acids Res
; 49(8): 4705-4724, 2021 05 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33849070
15.
Global discovery of bacterial RNA-binding proteins by RNase-sensitive gradient profiles reports a new FinO domain protein.
RNA
; 26(10): 1448-1463, 2020 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32646969
16.
Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host-pathogen interactions.
Nature
; 529(7587): 496-501, 2016 Jan 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26789254
17.
Global identification of RsmA/N binding sites in Pseudomonas aeruginosa by in vivo UV CLIP-seq.
RNA Biol
; 18(12): 2401-2416, 2021 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33866926
18.
Machine learning identifies signatures of host adaptation in the bacterial pathogen Salmonella enterica.
PLoS Genet
; 14(5): e1007333, 2018 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29738521
19.
Global RNA recognition patterns of post-transcriptional regulators Hfq and CsrA revealed by UV crosslinking in vivo.
EMBO J
; 35(9): 991-1011, 2016 05 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27044921
20.
RNA target profiles direct the discovery of virulence functions for the cold-shock proteins CspC and CspE.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(26): 6824-6829, 2017 06 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28611217