RESUMEN
Recent updates in comparative genomics among cereals have provided the opportunity to identify conserved orthologous set (COS) DNA sequences for cross-genome map-based cloning of candidate genes underpinning quantitative traits. New tools are described that are applicable to any cereal genome of interest, namely, alignment criterion for orthologous couples identification, as well as the Intron Spanning Marker software to automatically select intron-spanning primer pairs. In order to test the software, it was applied to the bread wheat genome, and 695 COS markers were assigned to 1,535 wheat loci (on average one marker/2.6 cM) based on 827 robust rice-wheat orthologs. Furthermore, 31 of the 695 COS markers were selected to fine map a pentosan viscosity quantitative trait loci (QTL) on wheat chromosome 7A. Among the 31 COS markers, 14 (45%) were polymorphic between the parental lines and 12 were mapped within the QTL confidence interval with one marker every 0.6 cM defining candidate genes among the rice orthologous region.
Asunto(s)
Grano Comestible/genética , Genoma de Planta , Genómica/métodos , Secuencia de Bases , Etiquetas de Secuencia Expresada , Marcadores Genéticos , Genotipo , Oryza/genética , Fenotipo , Polimorfismo de Nucleótido Simple , Sitios de Carácter Cuantitativo , Programas Informáticos , Triticum/genéticaRESUMEN
O trevo branco é uma leguminosa forrageira muito importante para utilização em pastagens temperadas no Rio Grande do Sul. Entretanto, ele é mais sensível ao déficit de água no solo do que as outras leguminosas perenes, apresentando problemas de persistência no verão. Com o objetivo de determinar características morfofisiológicas relacionadas à resposta ao déficit hídrico dessa espécie, foi realizado um experimento em casa-de-vegetação, o qual avaliou o efeito da disponibilidade hídrica (90 e 40 por cento da umidade de capacidade de campo do solo) sobre sete acessos pertencentes à Coleção Nuclear de Trevo Branco do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos (USDA). O delineamento experimental utilizado foi inteiramente casualizado, com quatro repetições, totalizando 56 vasos. Foram realizadas duas avaliações, aos 130 e aos 196 dias após a semeadura, ocasião em que foram avaliadas diversas características morfofisiológicas. A análise dos resultados indicou que o déficit hídrico teve um efeito marcante sobre a altura de plantas (EST), área foliar (AF), número de folhas vivas (NFV), comprimento de estolão (CES), produção de massa seca (MSPA), taxa fotossintética (A), condutância (g) e eficiência do uso da água (EUA). Nas duas avaliações, em ambas as disponibilidades hídricas, verificaram-se correlações positivas e significativas (P<0,01) entre CES e NFV (r≥0,51), assim como entre AF e EST (r≥0,62). O acesso 1 foi o mais tolerante ao estresse hídrico, apresentando maior produção de MS sob alta disponibilidade hídrica, e uma das maiores produções de MS sob déficit hídrico. As características NFV e A poderiam ser usadas para a seleção precoce de plantas de trevo branco para tolerância ao estresse hídrico.
The white clover is a forage legume very important for use in temperate pastures in Rio Grande do Sul. However it is more sensitive to water deficit in the soil than other perennial legumes, presenting a lack of persistence in the summer. With the objective of determining morphophysiological traits related to the answer to the water deficit of this species, an experiment was carried out in greenhouse, which evaluated the effect of water availability (90 and 40 percent of the soil moisture field capacity) on seven genotypes belonging to the white clover core collection from the United States Department of Agriculture (USDA). The experimental design used was completely random, with four repetitions, totaling 56 pots. Two evaluations were made, at 130 and 196 days after the sowing, when several traits were measured. The analysis of the results indicated that the water deficit had an outstanding effect on most of the variables, such as plant height (PH), foliar area (FA), number of alive leaves (NAL), length of primary stolon (LPS), dry matter of the aerial part (DMAP), photosynthesis rates (A), conductance (g), and water use efficiency (WUE). In both evaluations, regardless the water availability, there were positive and highly significant correlations (P<0.01) between LPS and NAL (r≥0.51), as well as between FA and PH (r≥0.62). Therefore, the best access under stress was the 1, which presented larger productions of DMAP at the 90 percent level and one of the most productions of DMAP under stress. The NAL and the A are morphological traits that could be used for early white clover selection for tolerance to water stress.