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1.
Impacts of Vaccination and Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants Alpha and Delta on Coronavirus Disease 2019 Transmission Dynamics in Four Metropolitan Areas of the United States.
Bull Math Biol
; 86(3): 31, 2024 02 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38353870
2.
Implementation of a practical Markov chain Monte Carlo sampling algorithm in PyBioNetFit.
Bioinformatics
; 38(6): 1770-1772, 2022 03 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34986226
3.
Daily Forecasting of Regional Epidemics of Coronavirus Disease with Bayesian Uncertainty Quantification, United States.
Emerg Infect Dis
; 27(3): 767-778, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33622460
4.
Bayesian inference using qualitative observations of underlying continuous variables.
Bioinformatics
; 36(10): 3177-3184, 2020 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32049328
5.
New insights into RAS biology reinvigorate interest in mathematical modeling of RAS signaling.
Semin Cancer Biol
; 54: 162-173, 2019 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29518522
6.
Modeling cell line-specific recruitment of signaling proteins to the insulin-like growth factor 1 receptor.
PLoS Comput Biol
; 15(1): e1006706, 2019 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30653502
7.
Allergen Valency, Dose, and FcεRI Occupancy Set Thresholds for Secretory Responses to Pen a 1 and Motivate Design of Hypoallergens.
J Immunol
; 198(3): 1034-1046, 2017 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28039304
8.
Generalizing Gillespie's Direct Method to Enable Network-Free Simulations.
Bull Math Biol
; 81(8): 2822-2848, 2019 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29594824
9.
Scaling methods for accelerating kinetic Monte Carlo simulations of chemical reaction networks.
J Chem Phys
; 150(24): 244101, 2019 Jun 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31255063
10.
SPATKIN: a simulator for rule-based modeling of biomolecular site dynamics on surfaces.
Bioinformatics
; 33(22): 3667-3669, 2017 Nov 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29036531
11.
BioNetFit: a fitting tool compatible with BioNetGen, NFsim and distributed computing environments.
Bioinformatics
; 32(5): 798-800, 2016 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26556387
12.
Use of mechanistic models to integrate and analyze multiple proteomic datasets.
Biophys J
; 108(7): 1819-1829, 2015 Apr 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25863072
13.
Modeling for (physical) biologists: an introduction to the rule-based approach.
Phys Biol
; 12(4): 045007, 2015 Jul 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26178138
14.
Recruitment of the adaptor protein Grb2 to EGFR tetramers.
Biochemistry
; 53(16): 2594-604, 2014 Apr 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24697349
15.
Modeling the effect of APC truncation on destruction complex function in colorectal cancer cells.
PLoS Comput Biol
; 9(9): e1003217, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24086117
16.
Binding of nucleoid-associated protein fis to DNA is regulated by DNA breathing dynamics.
PLoS Comput Biol
; 9(1): e1002881, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23341768
17.
A computational model for early events in B cell antigen receptor signaling: analysis of the roles of Lyn and Fyn.
J Immunol
; 189(2): 646-58, 2012 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22711887
18.
Improved predictions of transcription factor binding sites using physicochemical features of DNA.
Nucleic Acids Res
; 40(22): e175, 2012 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22923524
19.
Modeling biomolecular site dynamics in immunoreceptor signaling systems.
Adv Exp Med Biol
; 844: 245-62, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25480645
20.
Impacts of vaccination and Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 variants Alpha and Delta on Coronavirus Disease 2019 transmission dynamics in four metropolitan areas of the United States.
medRxiv
; 2024 Jan 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34704095