Detalles de la búsqueda
1.
Structural basis of transcription regulation by CNC family transcription factor, Nrf2.
Nucleic Acids Res
; 50(21): 12543-12557, 2022 11 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36454022
2.
Sphingolipids with 2-hydroxy fatty acids aid in plasma membrane nanodomain organization and oxidative burst.
Plant Physiol
; 189(2): 839-857, 2022 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35312013
3.
Extended ensemble simulations of a SARS-CoV-2 nsp1-5'-UTR complex.
PLoS Comput Biol
; 18(1): e1009804, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35045069
4.
Molecular Interaction Mechanism of a 14-3-3 Protein with a Phosphorylated Peptide Elucidated by Enhanced Conformational Sampling.
J Chem Inf Model
; 60(10): 4867-4880, 2020 10 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32910853
5.
Phosphorylation of an intrinsically disordered region of Ets1 shifts a multi-modal interaction ensemble to an auto-inhibitory state.
Nucleic Acids Res
; 46(5): 2243-2251, 2018 03 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29309620
6.
Multidimensional virtual-system coupled canonical molecular dynamics to compute free-energy landscapes of peptide multimer assembly.
J Comput Chem
; 40(28): 2453-2463, 2019 10 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31282023
7.
Molecular dynamics coupled with a virtual system for effective conformational sampling.
J Comput Chem
; 39(19): 1291-1299, 2018 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29464736
8.
mDCC_tools: characterizing multi-modal atomic motions in molecular dynamics trajectories.
Bioinformatics
; 32(16): 2531-3, 2016 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153575
9.
Multi-dimensional virtual system introduced to enhance canonical sampling.
J Chem Phys
; 147(13): 134102, 2017 Oct 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28987097
10.
Enhancement of canonical sampling by virtual-state transitions.
J Chem Phys
; 146(4): 044104, 2017 01 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28147529
11.
Virtual-system-coupled adaptive umbrella sampling to compute free-energy landscape for flexible molecular docking.
J Comput Chem
; 36(20): 1489-501, 2015 Jul 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26045390
12.
GIANT: pattern analysis of molecular interactions in 3D structures of protein-small ligand complexes.
BMC Bioinformatics
; 15: 12, 2014 Jan 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24423161
13.
Comprehensive classification and diversity assessment of atomic contacts in protein-small ligand interactions.
J Chem Inf Model
; 53(1): 241-8, 2013 Jan 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23186137
14.
Molecular Mechanisms of Functional Modulation of Transcriptional Coactivator PC4 via Phosphorylation on Its Intrinsically Disordered Region.
ACS Omega
; 8(16): 14572-14582, 2023 Apr 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37125110
15.
Carbon nanotube recognition by human Siglec-14 provokes inflammation.
Nat Nanotechnol
; 18(6): 628-636, 2023 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37024598
16.
Information quantity for secondary structure propensities of protein subsequences in the Protein Data Bank.
Biophys Physicobiol
; 19: 1-12, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35532457
17.
Computer simulation of molecular recognition in biomolecular system: from in silico screening to generalized ensembles.
Biophys Rev
; 14(6): 1423-1447, 2022 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36465086
18.
Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule.
Sci Rep
; 12(1): 13792, 2022 08 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35963875
19.
ATTED-II updates: condition-specific gene coexpression to extend coexpression analyses and applications to a broad range of flowering plants.
Plant Cell Physiol
; 52(2): 213-9, 2011 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21217125
20.
Ligand-binding site prediction of proteins based on known fragment-fragment interactions.
Bioinformatics
; 26(12): 1493-9, 2010 Jun 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20472546