Detalles de la búsqueda
1.
Revealing the mechanism of action of a first-in-class covalent inhibitor of KRASG12C (ON) and other functional properties of oncogenic KRAS by 31P NMR.
J Biol Chem
; 300(2): 105650, 2024 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38237681
2.
Machine learning-driven multiscale modeling reveals lipid-dependent dynamics of RAS signaling proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(1)2022 01 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34983849
3.
Clustering Protein Binding Pockets and Identifying Potential Drug Interactions: A Novel Ligand-Based Featurization Method.
J Chem Inf Model
; 63(21): 6655-6666, 2023 11 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37847557
4.
OFraMP: a fragment-based tool to facilitate the parametrization of large molecules.
J Comput Aided Mol Des
; 37(8): 357-371, 2023 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37310542
5.
Exploring CRD mobility during RAS/RAF engagement at the membrane.
Biophys J
; 121(19): 3630-3650, 2022 10 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35778842
6.
Improved Protein-Ligand Binding Affinity Prediction with Structure-Based Deep Fusion Inference.
J Chem Inf Model
; 61(4): 1583-1592, 2021 04 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33754707
7.
Binding Affinity Prediction by Pairwise Function Based on Neural Network.
J Chem Inf Model
; 60(6): 2766-2772, 2020 06 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32338892
8.
Predicting Small Molecule Transfer Free Energies by Combining Molecular Dynamics Simulations and Deep Learning.
J Chem Inf Model
; 60(11): 5375-5381, 2020 11 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32794768
9.
ddcMD: A fully GPU-accelerated molecular dynamics program for the Martini force field.
J Chem Phys
; 153(4): 045103, 2020 Jul 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32752727
10.
In Silico Insights into Protein-protein Interaction Disruptive Mutations in the PCSK9-LDLR complex.
Int J Mol Sci
; 21(5)2020 Feb 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32106405
11.
Molecular Mechanism for Gramicidin Dimerization and Dissociation in Bilayers of Different Thickness.
Biophys J
; 117(10): 1831-1844, 2019 11 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31676135
12.
Structural Control of Nonnative Ligand Binding in Engineered Mutants of Phosphoenolpyruvate Carboxykinase.
Biochemistry
; 57(48): 6688-6700, 2018 12 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30376300
13.
Computational Lipidomics of the Neuronal Plasma Membrane.
Biophys J
; 113(10): 2271-2280, 2017 Nov 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29113676
14.
An Electrostatic Funnel in the GABA-Binding Pathway.
PLoS Comput Biol
; 12(4): e1004831, 2016 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27119953
15.
GABAA receptor target of tetramethylenedisulfotetramine.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(23): 8607-12, 2014 Jun 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24912155
16.
Catalytic site identification--a web server to identify catalytic site structural matches throughout PDB.
Nucleic Acids Res
; 41(Web Server issue): W256-65, 2013 Jul.
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| MEDLINE | ID: mdl-23680785
17.
A method to predict blood-brain barrier permeability of drug-like compounds using molecular dynamics simulations.
Biophys J
; 107(3): 630-641, 2014 Aug 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25099802
18.
Toward fully automated high performance computing drug discovery: a massively parallel virtual screening pipeline for docking and molecular mechanics/generalized Born surface area rescoring to improve enrichment.
J Chem Inf Model
; 54(1): 324-37, 2014 Jan 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24358939
19.
Membrane lipids drive formation of KRAS4b-RAF1 RBDCRD nanoclusters on the membrane.
Commun Biol
; 7(1): 242, 2024 Feb 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38418613
20.
Message passing interface and multithreading hybrid for parallel molecular docking of large databases on petascale high performance computing machines.
J Comput Chem
; 34(11): 915-27, 2013 Apr 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23345155