Detalles de la búsqueda
1.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges.
Nat Methods
; 19(4): 429-440, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35396482
2.
KaMRaT: a C++ toolkit for k-mer count matrix dimension reduction.
Bioinformatics
; 40(3)2024 Mar 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38444086
3.
Data structures based on k-mers for querying large collections of sequencing data sets.
Genome Res
; 31(1): 1-12, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33328168
4.
Scalable sequence database search using partitioned aggregated Bloom comb trees.
Bioinformatics
; 39(39 Suppl 1): i252-i259, 2023 06 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37387170
5.
Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data.
Brief Bioinform
; 21(4): 1164-1181, 2020 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31232449
6.
BLight: efficient exact associative structure for k-mers.
Bioinformatics
; 37(18): 2858-2865, 2021 09 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33821954
7.
REINDEER: efficient indexing of k-mer presence and abundance in sequencing datasets.
Bioinformatics
; 36(Suppl_1): i177-i185, 2020 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32657392
8.
De novo clustering of long reads by gene from transcriptomics data.
Nucleic Acids Res
; 47(1): e2, 2019 01 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30260405
9.
SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence.
Nucleic Acids Res
; 44(19): e148, 2016 Nov 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27458203
10.
A survey of mapping algorithms in the long-reads era.
Genome Biol
; 24(1): 133, 2023 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37264447
11.
Scalable long read self-correction and assembly polishing with multiple sequence alignment.
Sci Rep
; 11(1): 761, 2021 01 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33436980
12.
ELECTOR: evaluator for long reads correction methods.
NAR Genom Bioinform
; 2(1): lqz015, 2020 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33575566
13.
A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems.
Microbiome
; 6(1): 105, 2018 06 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29885666
14.
Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data.
Sci Rep
; 8(1): 4307, 2018 03 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29523794
15.
Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads.
Algorithms Mol Biol
; 12: 2, 2017.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28250805
16.
Colib'read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads.
Gigascience
; 5: 9, 2016.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26870323
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