Detalles de la búsqueda
1.
Screening Power of End-Point Free-Energy Calculations in Cucurbituril Host-Guest Systems.
J Chem Inf Model
; 63(21): 6938-6946, 2023 11 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37908066
2.
Host Dynamics under General-Purpose Force Fields.
Molecules
; 28(16)2023 Aug 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37630194
3.
A General Picture of Cucurbit[8]uril Host-Guest Binding: Recalibrating Bonded Interactions.
Molecules
; 28(7)2023 Mar 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37049887
4.
Comprehensive Evaluation of End-Point Free Energy Techniques in Carboxylated-Pillar[6]arene Host-Guest Binding: III. Force-Field Comparison, Three-Trajectory Realization and Further Dielectric Augmentation.
Molecules
; 28(6)2023 Mar 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36985739
5.
Molecular Modelling of Ionic Liquids: Situations When Charge Scaling Seems Insufficient.
Molecules
; 28(2)2023 Jan 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36677859
6.
Comprehensive evaluation of end-point free energy techniques in carboxylated-pillar[6]arene host-guest binding: I. Standard procedure.
J Comput Aided Mol Des
; 36(10): 735-752, 2022 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36136209
7.
Comprehensive evaluation of end-point free energy techniques in carboxylated-pillar[6]arene host-guest binding: II. regression and dielectric constant.
J Comput Aided Mol Des
; 36(12): 879-894, 2022 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36394776
8.
Seeding the multi-dimensional nonequilibrium pulling for Hamiltonian variation: indirect nonequilibrium free energy simulations at QM levels.
Phys Chem Chem Phys
; 24(15): 8800-8819, 2022 Apr 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35352744
9.
A General Picture of Cucurbit[8]uril Host-Guest Binding.
J Chem Inf Model
; 61(12): 6107-6134, 2021 12 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34818004
10.
Binding Thermodynamics and Interaction Patterns of Inhibitor-Major Urinary Protein-I Binding from Extensive Free-Energy Calculations: Benchmarking AMBER Force Fields.
J Chem Inf Model
; 61(1): 284-297, 2021 01 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33307679
11.
SAMPL7 TrimerTrip host-guest binding poses and binding affinities from spherical-coordinates-biased simulations.
J Comput Aided Mol Des
; 35(1): 105-115, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32776199
12.
Binding thermodynamics and interaction patterns of human purine nucleoside phosphorylase-inhibitor complexes from extensive free energy calculations.
J Comput Aided Mol Des
; 35(5): 643-656, 2021 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33759016
13.
SAMPL7 TrimerTrip host-guest binding affinities from extensive alchemical and end-point free energy calculations.
J Comput Aided Mol Des
; 35(1): 117-129, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33037549
14.
SAMPL6 host-guest binding affinities and binding poses from spherical-coordinates-biased simulations.
J Comput Aided Mol Des
; 34(5): 589-600, 2020 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31974852
15.
Theoretical understanding of the thermodynamics and interactions in transcriptional regulator TtgR-ligand binding.
Phys Chem Chem Phys
; 22(3): 1511-1524, 2020 Jan 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31872826
16.
BAR-based optimum adaptive steered MD for configurational sampling.
J Comput Chem
; 40(12): 1270-1289, 2019 05 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30762879
17.
Determination of Base-Flipping Free-Energy Landscapes from Nonequilibrium Stratification.
J Chem Inf Model
; 59(6): 2980-2994, 2019 06 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31124677
18.
BAR-based multi-dimensional nonequilibrium pulling for indirect construction of QM/MM free energy landscapes: from semi-empirical to ab initio.
Phys Chem Chem Phys
; 21(39): 21942-21959, 2019 Oct 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31552953
19.
Understanding PIM-1 kinase inhibitor interactions with free energy simulation.
Phys Chem Chem Phys
; 21(14): 7544-7558, 2019 Apr 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30895980
20.
BAR-based multi-dimensional nonequilibrium pulling for indirect construction of a QM/MM free energy landscape.
Phys Chem Chem Phys
; 21(12): 6672-6688, 2019 Mar 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30855611