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1.
Disruption of an Active Site Network Leads to Activation of C2α-Lactylthiamin Diphosphate on the Antibacterial Target 1-Deoxy-d-xylulose-5-phosphate Synthase.
Biochemistry
; 63(5): 671-687, 2024 Mar 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38393327
2.
Mechanism of proton transfer in class A ß-lactamase catalysis and inhibition by avibactam.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(11): 5818-5825, 2020 03 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32123084
3.
Characterization and engineering of a two-enzyme system for plastics depolymerization.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(41): 25476-25485, 2020 10 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32989159
4.
Exploring Routes to Enhance the Calculation of Free Energy Differences via Non-Equilibrium Work SQM/MM Switching Simulations Using Hybrid Charge Intermediates between MM and SQM Levels of Theory or Non-Linear Switching Schemes.
Molecules
; 28(10)2023 May 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37241747
5.
CIFDock: A novel CHARMM-based flexible receptor-flexible ligand docking protocol.
J Comput Chem
; 43(2): 84-95, 2022 01 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34741467
6.
Obtaining QM/MM binding free energies in the SAMPL8 drugs of abuse challenge: indirect approaches.
J Comput Aided Mol Des
; 36(4): 263-277, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35597880
7.
Tuaimenal A, a Meroterpene from the Irish Deep-Sea Soft Coral Duva florida, Displays Inhibition of the SARS-CoV-2 3CLpro Enzyme.
J Nat Prod
; 85(5): 1315-1323, 2022 05 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35549259
8.
Not Drug-like, but Like Drugs: Cnidaria Natural Products.
Mar Drugs
; 20(1)2021 Dec 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35049897
9.
Characterization and engineering of a plastic-degrading aromatic polyesterase.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(19): E4350-E4357, 2018 05 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29666242
10.
δ-Azaproline and Its Oxidized Variants.
J Org Chem
; 85(6): 4207-4219, 2020 03 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32101435
11.
Enantiomerization of Axially Chiral Biphenyls: Polarizable MD Simulations in Water and Butylmethylether.
Int J Mol Sci
; 21(17)2020 Aug 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32872113
12.
Modeling Boronic Acid Based Fluorescent Saccharide Sensors: Computational Investigation of d-Fructose Binding to Dimethylaminomethylphenylboronic Acid.
J Chem Inf Model
; 59(5): 2150-2158, 2019 05 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30908030
13.
The Good, the Bad, and the Ugly: "HiPen", a New Dataset for Validating (S)QM/MM Free Energy Simulations.
Molecules
; 24(4)2019 Feb 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30769826
14.
Origins of the Mechanochemical Coupling of Peptide Bond Formation to Protein Synthesis.
J Am Chem Soc
; 140(15): 5077-5087, 2018 04 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29577725
15.
Force matching as a stepping stone to QM/MM CB[8] host/guest binding free energies: a SAMPL6 cautionary tale.
J Comput Aided Mol Des
; 32(10): 983-999, 2018 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30276502
16.
Synthesis and ß-sheet propensity of constrained N-amino peptides.
Bioorg Med Chem
; 26(6): 1162-1166, 2018 03 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28882503
17.
Disaggregation is a Mechanism for Emission Turn-On of ortho-Aminomethylphenylboronic Acid-Based Saccharide Sensors.
J Am Chem Soc
; 139(15): 5568-5578, 2017 04 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28358506
18.
Ligand-Induced Proton Transfer and Low-Barrier Hydrogen Bond Revealed by X-ray Crystallography.
J Am Chem Soc
; 137(25): 8086-95, 2015 Jul 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26057252
19.
Development and implementation of (Q)SAR modeling within the CHARMMing web-user interface.
J Comput Chem
; 36(1): 62-7, 2015 Jan 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25362883
20.
Web-based computational chemistry education with CHARMMing II: Coarse-grained protein folding.
PLoS Comput Biol
; 10(7): e1003738, 2014 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25058338