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1.
Untangling Irregular Actin Cytoskeleton Architectures in Tomograms of the Cell with Struwwel Tracer.
Int J Mol Sci
; 24(24)2023 Dec 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38139012
2.
A cryo-tomography-based volumetric model of the actin core of mouse vestibular hair cell stereocilia lacking plastin 1.
J Struct Biol
; 210(1): 107461, 2020 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31962158
3.
Cylindrical Similarity Measurement for Helices in Medium-Resolution Cryo-Electron Microscopy Density Maps.
J Chem Inf Model
; 60(5): 2644-2650, 2020 05 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32216344
4.
Correction of Missing-Wedge Artifacts in Filamentous Tomograms by Template-Based Constrained Deconvolution.
J Chem Inf Model
; 60(5): 2626-2633, 2020 05 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32045242
5.
Accurate flexible refinement of atomic models against medium-resolution cryo-EM maps using damped dynamics.
BMC Struct Biol
; 18(1): 12, 2018 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30219048
6.
Appraisal of AlphaFold2-Predicted Models in Cryo-EM Map Interpretation.
Microsc Microanal
; 29(29 Suppl 1): 977-978, 2023 Jul 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37613638
7.
Streamlining Phantom Tomogram Generation Through Situs and TomoSim Integration.
Microsc Microanal
; 29(Supplement_1): 683-684, 2023 Jul 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37613363
8.
Tracing Randomly Oriented Filaments in Cryo-Electron Tomography Maps.
Microsc Microanal
; 29(29 Suppl 1): 915-916, 2023 Jul 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37613398
9.
Tracing Actin Filament Bundles in Three-Dimensional Electron Tomography Density Maps of Hair Cell Stereocilia.
Molecules
; 23(4)2018 Apr 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29641472
10.
Multi-scale Visualization of Molecular Architecture Using Real-Time Ambient Occlusion in Sculptor.
PLoS Comput Biol
; 11(10): e1004516, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26505203
11.
Numerical geometry of map and model assessment.
J Struct Biol
; 192(2): 255-61, 2015 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26416532
12.
Faces of Contemporary CryoEM Information and Modeling.
J Chem Inf Model
; 60(5): 2407-2409, 2020 05 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32452204
13.
Frontiers in CryoEM Modeling.
J Chem Inf Model
; 59(7): 3091-3093, 2019 07 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31192591
14.
Evolutionary bidirectional expansion for the tracing of alpha helices in cryo-electron microscopy reconstructions.
J Struct Biol
; 177(2): 410-9, 2012 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22155667
15.
Automated tracing of filaments in 3D electron tomography reconstructions using Sculptor and Situs.
J Struct Biol
; 178(2): 121-8, 2012 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22433493
16.
Conventions and workflows for using Situs.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr
; 68(Pt 4): 344-51, 2012 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22505255
17.
Spaghetti Tracer: A Framework for Tracing Semiregular Filamentous Densities in 3D Tomograms.
Biomolecules
; 12(8)2022 07 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35892332
18.
Refinement of AlphaFold2 models against experimental and hybrid cryo-EM density maps.
QRB Discov
; 32022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37485023
19.
Polymorphism of the epidermal growth factor receptor extracellular ligand binding domain: the dimer interface depends on domain stabilization.
Biochemistry
; 50(12): 2144-56, 2011 Mar 29.
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| MEDLINE | ID: mdl-21275429
20.
Matching structural densities from different biophysical origins with gain and bias.
J Struct Biol
; 173(3): 445-50, 2011 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20854911