Detalles de la búsqueda
1.
Inferred regulons are consistent with regulator binding sequences in E. coli.
PLoS Comput Biol
; 20(1): e1011824, 2024 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38252668
2.
A multi-scale expression and regulation knowledge base for Escherichia coli.
Nucleic Acids Res
; 51(19): 10176-10193, 2023 10 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37713610
3.
Estimating Metabolic Equilibrium Constants: Progress and Future Challenges.
Trends Biochem Sci
; 43(12): 960-969, 2018 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30472988
4.
MASSpy: Building, simulating, and visualizing dynamic biological models in Python using mass action kinetics.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008208, 2021 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33507922
5.
Thermodynamic favorability and pathway yield as evolutionary tradeoffs in biosynthetic pathway choice.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(44): 11339-11344, 2018 10 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30309961
6.
Temperature-Dependent Estimation of Gibbs Energies Using an Updated Group-Contribution Method.
Biophys J
; 114(11): 2691-2702, 2018 06 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29874618
7.
Quantitative time-course metabolomics in human red blood cells reveal the temperature dependence of human metabolic networks.
J Biol Chem
; 292(48): 19556-19564, 2017 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29030425
8.
Genome-Scale Metabolic Model for the Green Alga Chlorella vulgaris UTEX 395 Accurately Predicts Phenotypes under Autotrophic, Heterotrophic, and Mixotrophic Growth Conditions.
Plant Physiol
; 172(1): 589-602, 2016 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27372244
9.
A systems approach to predict oncometabolites via context-specific genome-scale metabolic networks.
PLoS Comput Biol
; 10(9): e1003837, 2014 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25232952
10.
Escherichia coli non-coding regulatory regions are highly conserved.
NAR Genom Bioinform
; 6(2): lqae041, 2024 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38774514
11.
Bottom-up parameterization of enzyme rate constants: Reconciling inconsistent data.
Metab Eng Commun
; 18: e00234, 2024 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38711578
12.
Reconstructing the transcriptional regulatory network of probiotic L. reuteri is enabled by transcriptomics and machine learning.
mSystems
; 9(3): e0125723, 2024 Mar 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38349131
13.
Differential Expression Analysis Utilizing Condition-Specific Metabolic Pathways.
Metabolites
; 13(11)2023 Nov 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37999223
14.
The hallmarks of a tradeoff in transcriptomes that balances stress and growth functions.
Res Sq
; 2023 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37090546
15.
Empowering drug off-target discovery with metabolic and structural analysis.
Nat Commun
; 14(1): 3390, 2023 06 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37296102
16.
Elucidation of independently modulated genes in Streptococcus pyogenes reveals carbon sources that control its expression of hemolytic toxins.
mSystems
; 8(3): e0024723, 2023 Jun 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37278526
17.
The quantitative metabolome is shaped by abiotic constraints.
Nat Commun
; 12(1): 3178, 2021 05 26.
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| MEDLINE | ID: mdl-34039963
18.
Escherichia coli Data-Driven Strain Design Using Aggregated Adaptive Laboratory Evolution Mutational Data.
ACS Synth Biol
; 10(12): 3379-3395, 2021 12 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34762392
19.
Model-driven evaluation of the production potential for growth-coupled products of Escherichia coli.
Metab Eng
; 12(3): 173-86, 2010 May.
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| MEDLINE | ID: mdl-19840862
20.
Modeling genome-wide enzyme evolution predicts strong epistasis underlying catalytic turnover rates.
Nat Commun
; 9(1): 5270, 2018 12 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30532008