Fast and accurate estimation of multidimensional site frequency spectra from low-coverage high-throughput sequencing data.

Mas-Sandoval, Alex; Pope, Nathaniel S; Nielsen, Knud Nor; Altinkaya, Isin; Fumagalli, Matteo; Korneliussen, Thorfinn Sand

Mas-Sandoval, Alex; Pope, Nathaniel S; Nielsen, Knud Nor; Altinkaya, Isin; Fumagalli, Matteo; Korneliussen, Thorfinn Sand.

Afiliación

Mas-Sandoval A; Department of Life Sciences, Silwood Park campus, Imperial College London, SL5 7PY, Ascot, UK.
Pope NS; Department of Entomology, The Pennsylvania State University, 201 Old Main, University Park, PA 16802, USA.
Nielsen KN; Department of Plant and Environmental Sciences, University of Copenhagen, Thorvaldsensvej 40, 1871 Frederiksberg C, Denmark.
Altinkaya I; GLOBE, Section for Geogenetics, Øster Voldgade 5-7, 1350, Copenhagen, Denmark.
Fumagalli M; Department of Life Sciences, Silwood Park campus, Imperial College London, SL5 7PY, Ascot, UK.
Korneliussen TS; School of Biological and Behavioural Sciences, Queen Mary University of London, London, UK.

Gigascience ; 112022 05 17.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-35579549

Asunto(s)

Genética de Población; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento; Frecuencia de los Genes; Genotipo; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento/métodos; Humanos; Funciones de Verosimilitud; Polimorfismo de Nucleótido Simple; Análisis de Secuencia de ADN/métodos

Palabras clave

genotype likelihoods; high-throughput sequencing; maximum likelihood; next-generation sequencing; population genetics; site frequency spectrum; threading

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Banco de datos: MEDLINE Asunto principal: Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento / Genética de Población Límite: Humans Idioma: En Revista: Gigascience Año: 2022 Tipo del documento: Article

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