RESUMO
UNLABELLED: A web-based software suite, SABIA (System for Automated Bacterial Integrated Annotation), is described that provides a comprehensive computational support for the assembly and annotation of whole bacterial genomes from the data derived from sequencing projects. AVAILABILITY: Both SABIA and supplementary materials are available at http://www.sabia.lncc.br
Assuntos
Algoritmos , Mapeamento Cromossômico/métodos , Bases de Dados Genéticas , Documentação/métodos , Genoma Bacteriano , Análise de Sequência de DNA/métodos , Software , Alinhamento de Sequência/métodos , Interface Usuário-ComputadorRESUMO
A new tool called System for Automated Bacterial Integrated Annotation--SABIA (SABIA being a very well-known bird in Brazil) was developed for the assembly and annotation of bacterial genomes. This system performs automatic tasks of assembly analysis, ORFs identification/analysis, and extragenic region analyses. Genome assembly and contig automatic annotation data are also available in the same working environment. The system integrates several public domains and newly developed software programs capable of dealing with several types of databases, and it is portable to other operational systems. These programs interact with most of the well-known biological database/softwares, such as Glimmer, Genemark, the BLAST family programs, InterPro, COG, Kegg, PSORT, GO, tRNAScan and RBSFinder, and can also be used to identify metabolic pathways.
Assuntos
Chromobacterium/genética , Biologia Computacional/métodos , Bases de Dados Genéticas , Genoma Bacteriano , Software , Brasil , Biologia Computacional/instrumentaçãoRESUMO
Introduz algumas notas biográficas sobre Carlos Chagas Filho e apresenta a entrevista por ele concedida a Darcy F. de Almeida, que focaliza sua atuaçäo no Instituto de Biofísica e sua passagem por Manguinhos.(MAM)
Assuntos
Ciência/história , História da Medicina , Biofísica , Saúde Pública/história , BrasilRESUMO
As PBPs de Yersinia pestis, Y. enterocolitica e Y. pseudotuberculosis crescidas a 28ºC ou a 37ºC foram detectadas após marcaçäo com [3H]-benzilpenicilina e fluorografia dos géis de poliacrilamida. Cada amostra apresentou um perfil único de PBPs composto por 3 a 6 proteínas com peso molecular variando entre 120.000 e 43.000. Incubaçäo a 37ºC resultou em mudanças significativas nos perfis de PBPs das 3 espécies estudadas. As possíveis implicaçöes destes resultados na açäo dos antibióticos ß-lactâmicos e na fisiologia destas bactérias
Assuntos
Penicilinas/farmacologia , Yersinia pestis/fisiologia , Lactamas/farmacologia , Proteínas de Transporte/análiseRESUMO
Introduz algumas notas biográficas sobre Carlos Chagas Filho e apresenta a entrevista por ele concedida a Darcy F. de Almeida, que focaliza sua atuaçäo no Instituto de Biofísica e sua passagem por Manguinhos.(MAM)
Assuntos
Biofísica , História da Medicina , Saúde Pública/história , Ciência/história , BrasilRESUMO
O gene da RNA-polimerase do vírus da febre aftosa foi mutagenizado dentro do seu sítio de atividade. Utilizando o cDNA da cepa viral CS8 C1 - Santa Pau, o gene foi digerido com Pst I gerando um fragmento contendo a seqüência crítica de mutagênese. Este fragmento foi subclonado em M13mp8 e quatro mutaçöes foram geradas in vitro através do método de mutagênese sítio-dirigida por oligonucleotídeo. O gene da polimerase foi entäo reconstruído e subclonado em pUC19. Estes mutantes seräo usados em estudos de estrutura e atividade da enzima e no desenvolvimento da técnica de "imunizaçäo intracelular" em células eurcariontes