Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution.

The developing heart is a complex structure containing various progenitor cells controlled by complex regulatory mechanisms. The examination of the gene expression and chromatin state of individual cells allows the identification of the cell type and state. Single-cell sequencing approaches have revealed a number of important characteristics of cardiac progenitor cell heterogeneity. However, these methods are generally restricted to fresh tissue, which limits studies with diverse experimental conditions, as the fresh tissue must be processed at once in the same run to reduce the technical variability. Therefore, easy and flexible procedures to produce data from methods such as single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) and the single-nucleus assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing (snATAC-seq) are needed in this area. Here, we present a protocol to rapidly isolate nuclei for subsequent single-nuclei dual-omics (combined snRNA-seq and snATAC-seq). This method allows the isolation of nuclei from frozen samples of cardiac progenitor cells and can be combined with platforms that use microfluidic chambers.

Análise crítica de investigaçöes sobre doenças infecciosas respiratórias em crianças que freqüentam creche / Critical analysis of respiratory infectious disease investigations related to children attending day care centers

Objetivo: Transformaçöes socioeconômicas e culturais têm crescentemente induzido as famílias ao compartilhamento dos cuidados e educaçäo de crianças com instituiçöes creche. Entretanto, tal prática tem sofrido questionamentos, como da literatura médica, que frisa o alto risco de adoecimento das crianças nesses ambientes. Procurando-se avaliar aspectos teórico-metodológicos de base das investigaçöes doença/creche, realizou-se revisäo bibliográfica. Método: Levantou-se produçäo dos últimos 5 anos, pelas fontes Current Contents, Med-Line e Lilacs, com palavras-chaves creche/ day care center. Resultado: Foram obtidos 665 artigos, organizados em subgrupos. Selecionou-se o de doenças respiratórias infecciosas, resultando 34 artigos - 22 empíricos e 12 teóricos, revisäo, etc. Os artigos empíricos utilizram grandes amostras de sujeitos; dados foram colhidos através de questionários, relatórios médicos e/ou laboratoriais; 50 por cento säo transversais. A relaçäo doença crqeche foi feita a partir de análises quantitativas, baseadas em análises multivaridas e de regressäo logística. Setenta por cento concluíram que creche apresenta alto risco de adoecimento, especialmente para menores de 2 anos. Os artigos de carater preventivo, muito claramente, e 50 por cento dos demais, sutilmente, apontam soluçöes alternativas ao problema clínico/social (vacinaçäo, estimulaçäo da imunidade, organizaçäo ambiental). Conclusäo: A estruturaçäo e a discussäo da maioria dos estudos revelam serem regidos por pressupostos implícitos, marcados por concepçöes de situaçäo "ideal" de cuidado (em casa, pela mäe). Legitimam-se os resultados através de grandes amostragens e sofisticados sistemas estatísticos. Entretanto, expressam-se na prediçäo de risco, o que destaca os aspectos estáticos e näo os dinâmicos do processo saúde/doença. Finalmente, tratam de problemática social a partir de pressuposto clínicos individuais