Adapting an established Ampliseq microhaplotype panel to nanopore sequencing through direct PCR.

We have adapted an established Ampliseq microhaplotype panel for nanopore sequencing with the Oxford Nanopore Technologies (ONT) system, as a cost-effective and highly scalable solution for forensic genetics applications. For this purpose, we designed a protocol combining direct PCR amplification from unextracted DNA with ONT library construction and sequencing using the MinION device and workflow. The analysis of reference samples at input amounts of 5-10 ng of DNA demonstrates stable coverage patterns, allele balance, and strand bias, reaching profile completeness and concordance rates of ∼95%. Similar levels were achieved when using direct-PCR from blood, buccal and semen swabs. Dilution series results indicate sensitivity is maintained down to 250 pg of input DNA, and informative profiles are produced down to 62.5 pg. Finally, we demonstrated the forensic utility of the nanopore workflow by analyzing two third degree pedigrees that showed low likelihood ratio values after the analysis of an extended panel of 38 STRs, achieving likelihood ratios 2-3 orders of magnitude higher when testing with the MinION-based haplotype data.

Deteccion de inmunocomplejos circulantes en pacientes con arteriopatia inflamatoria. / Detection of circulating immunocomplexes in patients with inflammatory arteriopathy

Con el objetivo de establecer la forma en que los mecanismos inmunologicos podrian estar involucrados en la patogenia de las arterias se estudiaron 43 pacientes 33 del sexo masculino y 10 del femenino, a quienes se les diagnostico una arteriopatia inflamatoria de los miembros. Treinta y cuatro de los pacientes estaban en fase aguda y el resto en fase cronica al momento del estudio. Como grupo control se utilizo un grupo de donantes supuestamente sanos, de edad y sexo comparables con los pacientes en estudio.A pacientes y controles se les determino el nivel de inmunocomplejos circulantes por dos tecnicas distintas y el nivel del sistema complemento como actividad hemolitica total.Pudo detectarse presencia de inmunocomplejos circulantes en 26 pacientes estudiados para el 60% del total. Se observo una mayor prevalencia de los mismos en la fase aguda de la enfermedad que en la cronica, aunque la diferencia no alcanzo significacion estadistica. No se encontraron diferencias entre los niveles promedios del sistema complemento del grupo de pacientes respecto al que grupo control. Se realizaron algunas observaciones acerca de como los inmunocomplejos circulantes podrian asociarse con la patogenia de las arteritis

Deteccion de inmunocomplejos circulantes en pacientes con arteriopatia inflamatoria. / Detection of circulating imunocomplexes in patients with inflammatory arteriopathy

Con el objetivo de establecer la forma en que los mecanismos inmunologicos podrian estar involucrados en la patogenia de las arterias se estudiaron 43 pacientes 33 del sexo masculino y 10 del femenino, a quienes se les diagnostico una arteriopatia inflamatoria de los miembros. Treinta y cuatro de los pacientes estaban en fase aguda y el resto en fase cronica al momento del estudio. Como grupo control se utilizo un grupo de donantes supuestamente sanos, de edad y sexo comparables con los pacientes en estudio.A pacientes y controles se les determino el nivel de inmunocomplejos circulantes por dos tecnicas distintas y el nivel del sistema complemento como actividad hemolitica total.Pudo detectarse presencia de inmunocomplejos circulantes en 26 pacientes estudiados para el 60% del total. Se observo una mayor prevalencia de los mismos en la fase aguda de la enfermedad que en la cronica, aunque la diferencia no alcanzo significacion estadistica. No se encontraron diferencias entre los niveles promedios del sistema complemento del grupo de pacientes respecto al que grupo control. Se realizaron algunas observaciones acerca de como los inmunocomplejos circulantes podrian asociarse con la patogenia de las arteritis