Tracing the evolution of the chikungunya virus in Argentina, 2016-2023: independent introductions and prominence of Latin American lineages.

Chikungunya virus (CHIKV) has emerged as a significant public health concern due to its rapid spread and potential for causing debilitating epidemics. In Argentina, the virus has garnered attention since its introduction to the Americas in 2013, due to its growing incidence and impact in neighbouring countries. Here we present a comprehensive analysis of the spatiotemporal dynamics of CHIKV in Argentina, focusing on the evolutionary trajectory of its genetic variants. Through a combination of active surveillance, screening of historical and recent samples, and whole-genome sequencing, we traced the evolutionary history of CHIKV lineages circulating within the country. Our results reveal that two distinct genotypes circulated in Argentina: The Asian lineage during the 2016 epidemic and the ECSA lineage in 2023. This distribution reflects the dominance of particular variants across Latin America. Since 2023, the ECSA lineage has led to a surge in cases throughout the Americas, marking a significant shift. The replacement of lineages in the American region constitutes a major epidemiological event, potentially affecting the dynamics of virus transmission and the clinical outcomes in impacted populations. The spatiotemporal analysis highlights CHIKV's distribution across Argentina and underscores the significant role of human mobility, especially when considering recent epidemics in neighbouring countries such as Paraguay and Uruguay, which have facilitated the spread and introduction of the viral strain into different districts. By integrating epidemiological data with genomic insights, we elucidate the patterns of virus dissemination, highlighting key areas of transmission and potential factors contributing to its spread.

Dispersion patterns of SARS-CoV-2 variants Gamma, Lambda and Mu in Latin America and the Caribbean.

Latin America and Caribbean (LAC) regions were an important epicenter of the COVID-19 pandemic and SARS-CoV-2 evolution. Through the COVID-19 Genomic Surveillance Regional Network (COVIGEN), LAC countries produced an important number of genomic sequencing data that made possible an enhanced SARS-CoV-2 genomic surveillance capacity in the Americas, paving the way for characterization of emerging variants and helping to guide the public health response. In this study we analyzed approximately 300,000 SARS-CoV-2 sequences generated between February 2020 and March 2022 by multiple genomic surveillance efforts in LAC and reconstructed the diffusion patterns of the main variants of concern (VOCs) and of interest (VOIs) possibly originated in the Region. Our phylogenetic analysis revealed that the spread of variants Gamma, Lambda and Mu reflects human mobility patterns due to variations of international air passenger transportation and gradual lifting of social distance measures previously implemented in countries. Our results highlight the potential of genetic data to reconstruct viral spread and unveil preferential routes of viral migrations that are shaped by human mobility patterns.

A Multiplex Nanopore Sequencing Approach for the Detection of Multiple Arboviral Species.

The emergence and continued geographic expansion of arboviruses and the growing number of infected people have highlighted the need to develop and improve multiplex methods for rapid and specific detection of pathogens. Sequencing technologies are promising tools that can help in the laboratory diagnosis of conditions that share common symptoms, such as pathologies caused by emerging arboviruses. In this study, we integrated nanopore sequencing and the advantages of reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) to develop a multiplex RT-PCR protocol for the detection of Chikungunya virus (CHIKV) and several orthoflaviviruses (such as dengue (Orthoflavivirus dengue), Zika (Orthoflavivirus zikaense), yellow fever (Orthoflavivirus flavi), and West Nile (Orthoflavivirus nilense) viruses) in a single reaction, which provides data for sequence-based differentiation of arbovirus lineages.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Large scale use of SARS-CoV-2 antigen-based detection tests: a three-month experience in Guatemala, June-August 2020

[ABSTRACT]. Objectives. To measure protocol adherence and antigen-based detection tests (AgDT) negative predictive value after 3 months of massive use as a diagnostic tool for COVID-19 in Guatemala. Methods. The study period included nasopharyngeal swabs taken between March 12 and August 31, 2020, which results were entered in the national COVID-19 information system. Proportional increase in testing between one month before and one month after the introduction of AgDT (May 9–June 8 vs. June 9–July 8) was measured. Results. After AgDT introduction, there was a 139% increase in SARS-CoV-2 testing. Between June 9 and August 31, 7.8% of 110 657 AgDT-negative patients had follow-up RT-PCR testing. Of them, 30% were RT-PCR positive. Conclusions. While introducing AgDT improved access to diagnostics, ensuring the availability of timely RT-PCR capacities to confirm diagnosis is also key.

[RESUMEN]. Objetivos. Evaluar la adherencia al protocolo y el valor predictivo negativo de las pruebas de detección basadas en antígeno (AgDT) después de 3 meses de uso masivo como método diagnóstico para la COVID-19 en Guatemala. Métodos. Se estudiaron hisopados nasofaríngeos tomados entre el 12 de marzo y el 31 de agosto de 2020, cuyos resultados constaban en el sistema de información nacional de COVID-19. Se midió el aumento proporcional del número de pruebas entre un mes antes y un mes después de la introducción de las AgDT (9 de mayo a 8 de junio, frente a 9 de junio a 8 de julio). Resultados. Después de la introducción de AgDT hubo un aumento del 139% en el número de pruebas de SARS-CoV-2. Entre el 9 de junio y el 31 de agosto, el 7,8% de 110 657 pacientes negativos según una AgDT se sometieron a una prueba de seguimiento con RT-PCR. De ellos, el 30% presentó una RT-PCR positiva. Conclusiones. Aunque la introducción de AgDT mejoró el acceso al diagnóstico, también es clave asegurar la disponibilidad oportuna de RT-PCR para confirmar el diagnóstico.

Large scale use of SARS-CoV-2 antigen-based detection tests: a three-month experience in Guatemala, June-August 2020.

Objectives: To measure protocol adherence and antigen-based detection tests (AgDT) negative predictive value after 3 months of massive use as a diagnostic tool for COVID-19 in Guatemala. Methods: The study period included nasopharyngeal swabs taken between March 12 and August 31, 2020, which results were entered in the national COVID-19 information system. Proportional increase in testing between one month before and one month after the introduction of AgDT (May 9-June 8 vs. June 9-July 8) was measured. Results: After AgDT introduction, there was a 139% increase in SARS-CoV-2 testing. Between June 9 and August 31, 7.8% of 110 657 AgDT-negative patients had follow-up RT-PCR testing. Of them, 30% were RT-PCR positive. Conclusions: While introducing AgDT improved access to diagnostics, ensuring the availability of timely RT-PCR capacities to confirm diagnosis is also key.

Objetivos: Evaluar la adherencia al protocolo y el valor predictivo negativo de las pruebas de detección basadas en antígeno (AgDT) después de 3 meses de uso masivo como método diagnóstico para la COVID-19 en Guatemala. Métodos: Se estudiaron hisopados nasofaríngeos tomados entre el 12 de marzo y el 31 de agosto de 2020, cuyos resultados constaban en el sistema de información nacional de COVID-19. Se midió el aumento proporcional del número de pruebas entre un mes antes y un mes después de la introducción de las AgDT (9 de mayo a 8 de junio, frente a 9 de junio a 8 de julio). Resultados: Después de la introducción de AgDT hubo un aumento del 139% en el número de pruebas de SARS-CoV-2. Entre el 9 de junio y el 31 de agosto, el 7,8% de 110 657 pacientes negativos según una AgDT se sometieron a una prueba de seguimiento con RT-PCR. De ellos, el 30% presentó una RT-PCR positiva. Conclusiones: Aunque la introducción de AgDT mejoró el acceso al diagnóstico, también es clave asegurar la disponibilidad oportuna de RT-PCR para confirmar el diagnóstico.

Human respiratory syncytial virus and metapneumovirus in patients with acute respiratory infection in Colombia, 2000 - 2011 / Virus sincitial respiratorio y metapneumovirus humano en pacientes con infección respiratoria aguda en Colombia, 2000 - 2011

OBJECTIVE: To describe the epidemiology of respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) in Colombia from 2000 - 2011, including seasonal trends. METHODS: Nasopharyngeal aspirates and/or throat swabs from 14 870 patients with acute respiratory infections (ARI) were studied. Two subgroups were analyzed using molecular biology techniques. The first consisted of 264 RSV indirect fluorescence assay (IFA)-positive samples, the second of 264 RSV IFA-negative samples. RSV and hMPV were detected using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). RESULTS: 2 799 samples (18.8%) contained a respiratory virus. RSV was detected by IFA in 1 333 samples (8.9%). RSV was detected by RT-PCR in 192 samples from the RSV IFA-positive subgroup and in 25 samples from the RSV IFA-negative subgroup. hMPV was detected in eight samples from the RSV IFA-positive subgroup and in 11 samples from the RSV IFA-negative subgroup. Among the RSV infections, subtype A was dominant in two-year intervals, subtype B was dominant in one-year intervals. 85.3% of RSV and 74% of hMPV infections occurred in children younger than 5 years old. RSV and hMPV infections were associated with rainy seasons. Co-infection with RSV A and RSV B was detected in two patients. Five cases of co-infection with RSV and hMPV were detected. CONCLUSIONS: This report is the first to examine the epidemiology of ARIs in Colombia, with an emphasis on RSV and hMPV. The samples studied here were obtained over a 12-year period and represent all age groups and both genders.

OBJETIVO: Describir la epidemiología y tendencias estacionales del virus sincitial respiratorio (VSR) y metapneumovirus humano (MPVh) en Colombia durante el período 2000 - 2011. MÉTODOS: Se recolectaron aspirados nasofaríngeos o hisopados faríngeos de 14 870 pacientes con infección respiratoria aguda. Se analizaron dos subgrupos por técnicas de biología molecular. El primero estuvo compuesto por 264 muestras positivas para el VSR por inmunofluorescencia indirecta (IFI), y el segundo estuvo compuesto por 264 muestras negativas para el VSR por IFI. La técnica utilizada para la detección del VSR y el MPVh en ambos subgrupos fue la transcripción inversa asociada a la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR). RESULTADOS: 2 799 muestras (18,8%) contenían algún virus respiratorio. Se detectó VSR por IFI en 1 333 muestras (8,9%), e igualmente fue detectado por RT-PCR en 192 muestras en el subgrupo de muestras positivas para el VSR por IFI y en 25 muestras en el subgrupo de muestras negativas para el VSR por IFI. Se detectó MPVh en 8 muestras en el subgrupo de muestras positivas para el VSR por IFI, y en 11 muestras en el subgrupo de muestras negativas para el VSR por IFI. De las infecciones causadas por el VSR, el subtipo A fue dominante en períodos bianuales; en contraste, el subtipo B fue dominante en períodos anuales. El 85,3% de las infecciones por el VSR y 74% de las infecciones por el MPVh ocurrieron en niños menores de 5 años de edad. Las infecciones causadas por el VSR y el MPVh se asociaron con las estaciones de lluvia. Se encontró coinfección con VSR A y VSR B en 2 pacientes, y coinfección con VSR y MPVh en 5 pacientes. CONCLUSIONES: Esta investigación es la primera en estudiar la epidemiología de las infecciones respiratorias agudas en Colombia, con énfasis en las causadas por el VSR y el MPVh. Las muestras estudiadas fueron recolectadas durante un período de 12 años y representan todos los grupos etarios de ambos sexos.