RESUMO
The Zhejiang Han population, a subgroup of the Southern Han ethnic group, resides in Zhejiang Province, situated on the southeast coast of China. In this study, we conducted HLA genotyping for 813 voluntary umbilical cord blood donors from the Zhejiang Han population, targeting 11 HLA loci, namely HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DRB3/4/5, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DPA1, and HLA-DPB1, using the next-generation sequencing method. Our analysis of the alleles and haplotypes revealed a high degree of polymorphism within these loci. A total of 289 unique HLA alleles were identified, with the HLA-B locus exhibiting the most significant diversity, while HLA-DRB4 displayed the lowest variation. Due to the inherent limitations of the sequencing method, some unresolvable alleles in the specific loci, such as HLA-DRB1, HLA-DPA1, and HLA-DPB1, were assigned as G group designation. In our comprehensive analysis across all 11 HLA loci, a total of 1204 haplotypes were estimated. The distribution of these alleles was similar to those of the Chinese Southern Han population while highly different from the Caucasian population. These findings contribute to a deeper understanding of the genetic characteristics of HLA loci within the Chinese Southern Han population.
RESUMO
HLA-DQB1*06:466 differs from HLA-DQB1*06:01:01:01 by a single nucleotide substitution at position 571GâA.
Assuntos
Alelos , Povo Asiático , Doadores de Sangue , Éxons , Sangue Fetal , Cadeias beta de HLA-DQ , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Humanos , Cadeias beta de HLA-DQ/genética , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos , Povo Asiático/genética , Teste de Histocompatibilidade/métodos , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Sequência de Bases , Análise de Sequência de DNA/métodos , População do Leste AsiáticoRESUMO
HLA-DRB1*11:298 shows one single nucleotide substitution at position 397 T>G compared with HLA-DRB1*11:01:01:01.
Assuntos
Alelos , Povo Asiático , Doadores de Sangue , Éxons , Sangue Fetal , Cadeias HLA-DRB1 , Teste de Histocompatibilidade , Humanos , Cadeias HLA-DRB1/genética , Povo Asiático/genética , Teste de Histocompatibilidade/métodos , Sequência de Bases , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Análise de Sequência de DNA/métodos , China , Alinhamento de Sequência , População do Leste AsiáticoRESUMO
HLA-DPA1*02:86 differs from HLA-DPA1*02:01:01 by a single nucleotide substitution at position 680 C > A in exon 4.
Assuntos
Alelos , Éxons , Cadeias alfa de HLA-DP , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Teste de Histocompatibilidade , Humanos , Cadeias alfa de HLA-DP/genética , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos , Teste de Histocompatibilidade/métodos , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Sequência de Bases , Análise de Sequência de DNA/métodosRESUMO
Compared with HLA-DRB1*14:54:01:01, the alleles HLA-DRB1*14:234 and HLA-DRB1*14:240 each show one nucleotide substitution.
Assuntos
População do Leste Asiático , Cadeias HLA-DRB1 , Humanos , Alelos , China , Cadeias HLA-DRB1/genética , Nucleotídeos , População do Leste Asiático/genéticaRESUMO
HLA-B*40:509Q differs from HLA-B*40:01:02:01 by a three nucleotide deletion at position 764 to 766 in exon 4.
Assuntos
População do Leste Asiático , Genes MHC Classe I , Antígenos HLA-B , Humanos , Alelos , China , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Antígenos HLA-B/genética , População do Leste Asiático/genéticaRESUMO
HLA-B*40:01:02:48 differs from HLA-B*40:01:02:01 by one nucleotide substitution C to A at position -138 in 5'UTR.
Assuntos
Genes MHC Classe I , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Humanos , Alelos , Regiões 5' não Traduzidas , Antígenos HLA-B/genéticaRESUMO
HLA-A*24:567N differs from HLA-A*24:02:01:01 by a single nucleotide deletion at position 149.
RESUMO
Two novel HLA alleles HLA-C*15:245 and HLA-C*15:246 alleles detected during routine next generation sequencing.
Assuntos
Antígenos HLA-C , Humanos , Alelos , População do Leste Asiático/genética , Genes MHC Classe I , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Antígenos HLA-C/genéticaRESUMO
HLA-C*06:02:96 differs from HLA-C*06:02:01:01 by one single nucleotide substitution at position 924 C > A.
Assuntos
Genes MHC Classe I , Antígenos HLA-C , Humanos , Antígenos HLA-C/genética , Alelos , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , NucleotídeosRESUMO
HLA-DPB1*1299:01N differs from HLA-DPB1*427:01 by one single nucleotide substitution and one nucleotide insertion.
Assuntos
Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Nucleotídeos , Humanos , Sequência de Bases , AlelosRESUMO
HLA-C*07:02:141 shows one nucleotide substitution at position 4 when compared to HLA-C*07:02:01:01.
Assuntos
População do Leste Asiático , Antígenos HLA-C , Humanos , Alelos , Povo Asiático/genética , China , Genes MHC Classe I , Antígenos HLA-C/genética , Análise de Sequência de DNARESUMO
Compared with HLA-A*26:01:01:01, the alleles HLA-A*26:01:70, and HLA-A*26:01:74 each show one nucleotide substitution, respectively.
Assuntos
Povo Asiático , População do Leste Asiático , Humanos , Alelos , Povo Asiático/genética , Antígenos HLA-A/genética , Análise de Sequência de DNARESUMO
HLA-B*50:01:17 shows one nucleotide substitution at position 861 when compared with HLA-B*50:01:01:01.
Assuntos
Genes MHC Classe I , Antígenos HLA-B , Humanos , Sequência de Bases , Alelos , Antígenos HLA-B/genética , Reação em Cadeia da Polimerase , Análise de Sequência de DNA , Teste de HistocompatibilidadeRESUMO
HLA-C*03:537 allele is identical to HLA-C*03:03:01:01 except for a single nucleotide substitution G257C.
Assuntos
Povo Asiático , Antígenos HLA-C , Alelos , Povo Asiático/genética , Sequência de Bases , China , Antígenos HLA-C/genética , HumanosRESUMO
HLA-C*03:538 differs from HLA-C*03:04:01:01 by a mutation at nucleotide 920.
Assuntos
Antígenos HLA-C , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Alelos , Éxons/genética , Genes MHC Classe I , Antígenos HLA-C/genética , HumanosRESUMO
HLA-DPB1*03:01:14 differs from HLA-DPB1*03:01:01:01 by a single nucleotide substitution at position 390 C > A.
Assuntos
Doadores de Sangue , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Alelos , Sequência de Bases , China , Cadeias beta de HLA-DP , HumanosRESUMO
HLA-DRB1*08:03:12 differs from HLA-DRB1*08:03:02 by a single nucleotide substitution at position 702C>T.
Assuntos
Doadores de Sangue , Alelos , Sequência de Bases , China , Cadeias HLA-DRB1/genética , HumanosRESUMO
Compared with HLA-B*46:01:01:01, the alleles HLA-B*46:80 and HLA-B*46:81 each show one nucleotide substitution, respectively.
Assuntos
Genes MHC Classe I , Antígenos HLA-B , Alelos , Povo Asiático/genética , China , Antígenos HLA-B/genética , HumanosRESUMO
HLA-B*46:74 shows a single nucleotide substitution at position 419T>A when compared to HLA-B*46:61.