Diagnóstico genético de la hipoacusia neurosensorial infantil / Genetic diagnosis of childhood sensorineural hearing loss

Introducción: La hipoacusia neurosensorial (HNS) congénita o de inicio precoz es una de las enfermedades hereditarias más frecuentes en nuestro medio y es la deficiencia sensorial más frecuente. Es importante realizar un estudio etiológico de la hipoacusia y el estudio genético mediante la secuenciación de nueva generación (NGS) es la prueba con mayor rendimiento diagnóstico. Nuestro estudio muestra los resultados genéticos obtenidos en una serie de pacientes con HNS congénita/de inicio precoz bilateral. Material y método: Se incluyeron 105 niños diagnosticados de HNS bilateral a los que se les realizó un estudio genético entre los años 2019 y 2022. El estudio genético consistió en una secuenciación masiva del exoma completo, filtrando el análisis para los genes incluidos en un panel virtual de hipoacusia con 244 genes. Resultados: Se obtuvo un diagnóstico genético en 48% (50/105) de los pacientes. Se detectaron variantes patogénicas y probablemente patogénicas en 26 genes diferentes, siendo los genes más frecuentemente afectados el gen GJB2, USH2A y STRC. De las variantes detectadas 52% (26/50) se asociaron a una hipoacusia no sindrómica, 40% (20/50) una hipoacusia sindrómica y 8% restante (4/50) se podían asociar tanto a una hipoacusia sindrómica como no sindrómica. Conclusiones: El estudio genético constituye una parte fundamental del diagnóstico etiológico de la HNS bilateral. Nuestra serie muestra que el estudio genético de la hipoacusia mediante NGS tiene un alto rendimiento diagnóstico y nos proporciona información de gran utilidad en la práctica clínica.(AU)

Introduction: Congenital/early-onset sensorineural hearing loss (SNHL) is one of the most common hereditary disorders in our environment. There is increasing awareness of the importance of an etiologic diagnosis, and genetic testing with next-generation sequencing (NGS) has the highest diagnostic yield. Our study shows the genetic results obtained in a cohort of patients with bilateral congenital/early-onset SNHL. Materials and methods: We included 105 children with bilateral SNHL that received genetic testing between 2019 and 2022. Genetic tests were performed with whole exome sequencing, analyzing genes related to hearing loss (virtual panel with 244 genes). Results: 48% (50/105) of patients were genetically diagnosed. We identified pathogenic and likely pathogenic variants in 26 different genes, and the most frequently mutated genes were GJB2, USH2A and STRC. 52% (26/50) of variants identified produced non-syndromic hearing loss, 40% (20/50) produced syndromic hearing loss, and the resting 8% (4/50) could produce both non-syndromic and syndromic hearing loss. Conclusions: Genetic testing plays a vital role in the etiologic diagnosis of bilateral SNHL. Our cohort shows that genetic testing with NGS has a high diagnostic yield and can provide useful information for the clinical workup of patients.(AU)

Diagnostic yield of genetic testing in adults with sensorineural hearing loss.

INTRODUCTION: The contribution of genetic causes to sensorineural hearing loss (SNHL) in adults is less clear than in children, and genetic diagnosis is still not standardized in adults. In this study we present the genetic results obtained in a cohort of adult patients with SNHL. MATERIALS AND METHODS: We included 63 adults with SNHL that received genetic testing between 2019 and 2022. Whole exome sequencing was performed and variants in genes related to hearing loss (virtual panel with 244 genes) were prioritised and analysed. RESULTS: 24% (15/63) of patients were genetically diagnosed: 87% (13/15) of patients had non-syndromic hearing loss and 13% (2/15) had syndromic hearing loss. We identified pathogenic and likely pathogenic variants in 11 different genes. CONCLUSIONS: Our results show that a significant proportion of adults with SNHL have a genetic origin, and that implementation of genetic testing improves diagnostic accuracy and allows personalized management of these patients.

Genetic diagnosis of childhood sensorineural hearing loss.

INTRODUCTION: Congenital/early-onset sensorineural hearing loss (SNHL) is one of the most common hereditary disorders in our environment. There is increasing awareness of the importance of an etiologic diagnosis, and genetic testing with next-generation sequencing (NGS) has the highest diagnostic yield. Our study shows the genetic results obtained in a cohort of patients with bilateral congenital/early-onset SNHL. MATERIALS AND METHODS: We included 105 children with bilateral SNHL that received genetic testing between 2019 and 2022. Genetic tests were performed with whole exome sequencing, analyzing genes related to hearing loss (virtual panel with 244 genes). RESULTS: 48% (50/105) of patients were genetically diagnosed. We identified pathogenic and likely pathogenic variants in 26 different genes, and the most frequently mutated genes were GJB2, USH2A and STRC. 52% (26/50) of variants identified produced non-syndromic hearing loss, 40% (20/50) produced syndromic hearing loss, and the resting 8% (4/50) could produce both non-syndromic and syndromic hearing loss. CONCLUSIONS: Genetic testing plays a vital role in the etiologic diagnosis of bilateral SNHL. Our cohort shows that genetic testing with NGS has a high diagnostic yield and can provide useful information for the clinical workup of patients.

Toward Precision Medicine in Atopic Dermatitis Using Molecular-Based Approaches / Hacia una medicina de precisión en la Dermatitis Atópica mediante el uso de enfoques moleculares

Atopic dermatitis is the most common chronic inflammatory skin disorder, affecting up to 20% of children and 10% of adults in developed countries. The pathophysiology of atopic dermatitis is complex and involves a strong genetic predisposition and T-cell driven inflammation. Although our understanding of the pathology and drivers of this disease has improved in recent years, there are still knowledge gaps in the immune pathways involved. Therefore, advances in new omics technologies in atopic dermatitis will play a key role in understanding the pathogenesis of this burden disease and could develop preventive strategies and personalized treatment strategies. In this review, we discuss the latest developments in genetics, transcriptomics, epigenomics, proteomics, and metagenomics and understand how integrating multiple omics datasets will identify potential biomarkers and uncover nets of associations between several molecular levels (AU)

La dermatitis atópica es el trastorno inflamatorio de la piel crónico más común. Afecta hasta a 20% de los niños y a 10% de los adultos en países desarrollados. La fisiopatología de la dermatitis atópica es compleja e implica una fuerte predisposición genética e inflamación impulsada por células T. Aunque nuestra comprensión de la patología y las causas de esta enfermedad ha mejorado en los últimos años, aún existen lagunas de conocimiento en las vías inmunológicas involucradas. En consecuencia, los avances en nuevas tecnologías ómicas en la dermatitis atópica desempeñarán un papel clave en la comprensión de la patogénesis de esta enfermedad y podrían desarrollar estrategias preventivas y tratamientos personalizados. En esta revisión se discuten los últimos avances en genética, transcriptómica, epigenómica, proteómica y metagenómica, y entendemos cómo la integración de múltiples conjuntos de datos ómicos identificará posibles biomarcadores y descubrirá redes de asociaciones entre varios niveles moleculares (AU)

[Artículo traducido] Hacia una medicina de precisión en la dermatitis atópica mediante el uso de enfoques moleculares / Toward Precision Medicine in Atopic Dermatitis Using Molecular-Based Approaches

La dermatitis atópica es el trastorno inflamatorio de la piel crónico más común. Afecta hasta a 20% de los niños y a 10% de los adultos en países desarrollados. La fisiopatología de la dermatitis atópica es compleja e implica una fuerte predisposición genética e inflamación impulsada por células T. Aunque nuestra comprensión de la patología y las causas de esta enfermedad ha mejorado en los últimos años, aún existen lagunas de conocimiento en las vías inmunológicas involucradas. En consecuencia, los avances en nuevas tecnologías ómicas en la dermatitis atópica desempeñarán un papel clave en la comprensión de la patogénesis de esta enfermedad y podrían desarrollar estrategias preventivas y tratamientos personalizados. En esta revisión se discuten los últimos avances en genética, transcriptómica, epigenómica, proteómica y metagenómica, y entendemos cómo la integración de múltiples conjuntos de datos ómicos identificará posibles biomarcadores y descubrirá redes de asociaciones entre varios niveles moleculares (AU)

Atopic dermatitis is the most common chronic inflammatory skin disorder, affecting up to 20% of children and 10% of adults in developed countries. The pathophysiology of atopic dermatitis is complex and involves a strong genetic predisposition and T-cell driven inflammation. Although our understanding of the pathology and drivers of this disease has improved in recent years, there are still knowledge gaps in the immune pathways involved. Therefore, advances in new omics technologies in atopic dermatitis will play a key role in understanding the pathogenesis of this burden disease and could develop preventive strategies and personalized treatment strategies. In this review, we discuss the latest developments in genetics, transcriptomics, epigenomics, proteomics, and metagenomics and understand how integrating multiple omics datasets will identify potential biomarkers and uncover nets of associations between several molecular levels (AU)

Toward Precision Medicine in Atopic Dermatitis Using Molecular-Based Approaches.

Atopic dermatitis is the most common chronic inflammatory skin disorder, affecting up to 20% of children and 10% of adults in developed countries. The pathophysiology of atopic dermatitis is complex and involves a strong genetic predisposition and T-cell driven inflammation. Although our understanding of the pathology and drivers of this disease has improved in recent years, there are still knowledge gaps in the immune pathways involved. Therefore, advances in new omics technologies in atopic dermatitis will play a key role in understanding the pathogenesis of this burden disease and could develop preventive strategies and personalized treatment strategies. In this review, we discuss the latest developments in genetics, transcriptomics, epigenomics, proteomics, and metagenomics and understand how integrating multiple omics datasets will identify potential biomarkers and uncover nets of associations between several molecular levels.

Toward Precision Medicine in Atopic Dermatitis Using Molecular-Based Approaches. / [Artículo traducido] Hacia una medicina de precisión en la dermatitis atópica mediante el uso de enfoques moleculares.

Atopic dermatitis is the most common chronic inflammatory skin disorder, affecting up to 20% of children and 10% of adults in developed countries. The pathophysiology of atopic dermatitis is complex and involves a strong genetic predisposition and T-cell driven inflammation. Although our understanding of the pathology and drivers of this disease has improved in recent years, there are still knowledge gaps in the immune pathways involved. Therefore, advances in new omics technologies in atopic dermatitis will play a key role in understanding the pathogenesis of this burden disease and could develop preventive strategies and personalized treatment strategies. In this review, we discuss the latest developments in genetics, transcriptomics, epigenomics, proteomics, and metagenomics and understand how integrating multiple omics datasets will identify potential biomarkers and uncover nets of associations between several molecular levels.

Effects of environmental stability and phycoperiphyton structure on the macroinvertebrate community of regulated Andean rivers / Efectos de la estabilidad ambiental y estructura del ficoperifiton en la comunidad de macroinvertebrados en ríos andinos regulados

Introduction: The variability in the structure of aquatic communities is frequently attributed to environmental changes; however, in stable environments such as regulated rivers, trophic interactions could be another key environmental factor determining the structure of these communities. These alterations could cause a greater growth of algae, and in turn, changes in the functional groups and in the composition of the macroinvertebrate community favoring the dominance of certain groups of organisms. Objective: To identify the effects of environmental variations and changes in the structure of the phycoperiphyton on the macroinvertebrate community of regulated Andean rivers. Methods: We analyzed environmental and biological data collected in quarterly samples carried out between 2010 and 2018 in two rivers of the Central Andes (Antioquia - Colombia), for a total of 27 samples. Sample collections used standardized methods. Different statistical models were used to establish spatial and temporal patterns of the environmental variables, of the abundance and/or density and diversity of phycoperiphyton and macroinvertebrates, as well as the trophic relationships that exists between them. Results: We found that regulated rivers present relatively little environmental variability. The environmental parameters with the greatest variation were temperature, turbidity, and orthophosphates; these last two were the abiotic variables with the greatest contribution to benthic instability. Conclusion: The presence of scraping and foraging macroinvertebrates was more affected by the stability of the phycoperiphyton density than by environmental variables, showing the importance of trophic interactions in regulated rivers and the bottom up control in these ecosystems.

Introducción: La variabilidad en la estructura de las comunidades acuáticas se atribuye frecuentemente a cambios ambientales, no obstante, en ambientes estables como ríos regulados, las interacciones tróficas podrían ser otro factor ambiental clave determinante de la estructura de estas comunidades. Estas alteraciones podrían provocar un mayor crecimiento de algas y, a su vez, cambios en los grupos funcionales y en la composición de la comunidad de macroinvertebrados favoreciendo la dominancia de determinados grupos de organismos. Objetivo: Identificar el efecto de los cambios ambientales y de la estructura del ficoperifiton sobre la comunidad de macroinvertebrados de ríos Andinos regulados. Métodos: Se analizaron datos ambientales y biológicos recolectados en muestreos trimestrales realizados entre 2010 y 2018 en dos ríos de los Andes Centrales (Antioquia - Colombia), para un total de 27 muestras. La recolección de muestras empleó métodos estandarizados. Se utilizaron diferentes modelos estadísticos para establecer patrones espaciales y temporales de las variables ambientales, de la abundancia y/o densidad y diversidad de ficoperifiton y de los macroinvertebrados, así como las relaciones tróficas que existen entre ellos. Resultados: Se encontró que los ríos regulados presentan relativamente poca variabilidad ambiental. Los parámetros ambientales con mayor variación fueron: temperatura, turbidez y ortofosfatos; las dos últimas variables abióticas fueron las que más aportaron a la inestabilidad bentónica. Conclusión: La presencia de macroinvertebrados raspadores y recolectores fue más afectada por la estabilidad de la densidad del ficoperifiton que por las variables ambientales, evidenciando la importancia de las interacciones tróficas en ríos regulados y el control bottoom up en estos ecosistemas.

Silage quality and bacterial diversity of silages inoculated with Listeria monocytogenes and Lacticaseibacillus paracasei_6714

Introduction: King grass (Cenchrus purpureus (Schumach.) Morrone, syn. Pennisetum purpuphoides) and pineapple peel (Ananas comosus) silages are food alternatives for livestock in conditions of feed shortage. Objective: To describe the dynamics of the microbiota present in king grass and pineapple silage during the fermentation process using next generation sequencing (NGS) and to evaluate the protective effect of Lacticaseibacillus paracasei_6714 as a silage inoculum against Listeria monocytogenes. Methods: We used an unrestricted randomized design to characterize the microbiota present in silages made from king grass harvested 70 days after regrowth and pineapple peel. We inoculated mixtures of grass and peel with L. paracasei_6714 or L. monocytogenes, or both, with a non-inoculated treatment as control. The nutritional and fermentative profile was evaluated after 30 days. After 15 and 30 days of fermentation, we used 16S rRNA analysis to determine the dynamics and diversity of the microbiota in the inoculated and control silages. Result: Dry matter content and digestibility did not differ significantly; however, there were differences in crude protein, pH and organic acids. We obtained 4432 amplicon sequence variants of Proteobacteria, Firmicutes, Bacterioidetes, Actinobacteria, Verrucomicrobia, Planctomycetes and Patescibacteria. The relative abundance of each phylum varied depending on the material and fermentation period. Phylum similarity was over 70 % (but not greater than 50 % with Bray-Curtis at the species level). Conclusion: These bacterial communities seem to have an important role during silage fermentation. Proper management of silage processing can reduce or eliminate pathogenic bacteria.

Introducción: Los ensilajes del pasto king grass (Cenchrus purpureus (Schumach.) Morrone, syn. Pennisetum purpuphoides) y cáscaras de piña (Ananas comosus) son alternativas de alimento para ganado en condiciones de escasez alimentaria. Objetivo: Describir las dinámicas de la microbiota presente en los ensilajes de king grass y piña durante el proceso de fermentación usando secuenciación de próxima generación (NGS) y evaluar el efecto de protección de Lacticaseibacillus paracasei_6714 como inoculante de ensilaje ante Listeria monocytogenes. Métodos: Usamos un diseño aleatorio no restringido para caracterizar la microbiota presente en ensilajes de king Grass cosechados 70 días después de rebrote y de cáscaras de piña. Inoculamos mezclas de pasto y cáscara con L. paracasei_6714 o L. monocytogenes, o ambos, con un tratamiento control sin inocular. El perfil nutricional y de fermentación fue evaluado luego de 30 días. Después de 15 y 30 días de fermentación, usamos un análisis de para determinar la dinámicas y diversidad de la microbiota en los ensilajes inoculados y control. Resultados: Los contenidos de materia seca y digestibilidad, no difirieron significativamente; sin embargo, hubo diferencias en proteína cruda, pH y ácidos orgánicos. Obtuvimos 4 432 secuencias variantes de amplicon de Proteobacteria, Firmicutes, Bacterioidetes, Actinobacteria, Verrucomicrobia, Planctomycetes y de Patescibacteria. La abundancia relativa de cada filo vario dependiendo del material y periodo de fermentación. Similitudes de filo fueron mayores al 70 % (pero no mayor que 50 % con Bray-Curtis a nivel de especie). Conclusión: Estas comunidades bacterianas parecen cumplir un papel importante durante la fermentación del ensilaje. Un manejo apropiado del proceso de ensilaje puede reducir o eliminar baterías patogénicas.

Construcción y validación de un fantoma torácico pediátrico asequible para optimizar la dosis / Low-cost chest paediatric phantom for dose optimisation: construction and validation

Introducción y objetivosPara llevar a cabo estudios de optimización de dosis, el fantoma de imagenología debe ser adecuado para evaluar la calidad de la imagen. El coste de los fantomas de gama alta suele ser prohibitivo, por lo que es necesario hallar un método de construcción asequible que emplee sustitutos tisulares que sean razonablemente fáciles de obtener.Materiales y métodosSe realizaron cálculos teóricos de las características radiológicas de cada uno de los pulmones, el hueso cortical y los tejidos blandos con el fin de elegir el sustituto adecuado; para ello, se eligieron el corcho, el cloruro de polivinilo (PVC) y el agua, respectivamente. La validación consistió, en primer lugar, en la medición de las unidades Hounsfield (UH) de tomografía computarizada (TC) de los tejidos de un paciente real y su posterior comparación con las anatomías correspondientes en el fantoma construido. En segundo lugar, se obtuvieron los valores de relación señal/ruido (S/R) y de relación contraste/ruido (C/R) para evaluar la calidad de las imágenes generadas a partir del fantoma construido y comparar sus tendencias con un fantoma válido utilizando diferentes parámetros de exposición (valores pico de kilovoltaje [kVp] y miliamperios por segundo [mAs]).ResultadosPartiendo de los cálculos teóricos, las diferencias porcentuales exhibieron una precisión elevada en los sustitutos tisulares al simular los tejidos de un paciente real; con PVC fue de ≥ 5,78%, con corcho ≥ 4,46% y con agua ≥ 5%. La diferencia porcentual (UH de TC) entre el pulmón y el hueso cortical y sus sustitutos tisulares equivalentes fue de 10,44% y de 0,53 a 3,17%, respectivamente. Se encontraron fuertes correlaciones positivas para la S/R al variar tanto los valores de kVp (0,79) como de mAs (0,65). Por el contrario, se halló que la fuerza de correlación de los valores de la C/R era moderada al cambiar los valores de kVp (0,58) y mAs (0,53).(AU)

Introduction and ObjectivesIn order to perform chest dose optimisation studies, the imaging phantom should be adequate for image quality evaluation. Since high-end phantoms are cost prohibitive, there is a need for a low-cost construction method with fairly available tissue substitutes.Materials and MethodsTheoretical calculations of radiological characteristics were performed for each of lung, cortical bone and soft tissues in order to choose appropriate substitute, then, cork, P.V.C. (Polyvinyl Chloride) and water were chosen, respectively. Validation included, firstly, measuring CT Hounsfield Units (HU) of a real patient's tissues then compared against their corresponding anatomies in the constructed phantom. Secondly, Signal-to-noise ratio (SNR) and contrast-to-noise ratio (CNR) values were acquired in this study to evaluate the quality of images generated from the constructed phantom, then, compare their trends with a valid phantom under different exposure parameters (kVp and mAs).ResultsFrom theoretical calculations, the percentage differences showed high accuracy of tissue substitutes when simulating real patient tissues; P.V.C. was ≥ 5.78%, cork was ≥ 4.46% and water ≥ 5%. The percentage difference (CT HU) between lung and cortical bone and their equivalent tissue substitutes were 10.44% and 0.53%-3.17%, respectively. Strong positive correlations were found for SNR when changing both kVp (0.79) and mAs (0.65). While the correlation strength of CNR values were found to be moderate when changing both kVp (0.58) and mAs (0.53).ConclusionsOur low-cost phantom approved through CT HU that their materials replicate the radiological characteristics of real one-year-old child while SNR and SNR correlations confirmed its applicability in imaging and optimisation studies.(AU)

A systematic review and meta-analysis of trans-diagnostic third-wave online psychological interventions / Revisión sistemática y metaanálisis de intervenciones transdiagnósticas en línea de tercera generación

Abstract Existing meta-analyses on the effect of online psychological interventions (OPIs) have found small to medium effect sizes for the treatment of anxiety and depression. On the other hand, third-generation trans-diagnostic OPIs are very rare and, due to the large variability among disorders, symptoms or target populations, it is difficult to assess their overall effect. Other systematic reviews and meta-analyses have overly broad inclusion criteria that make the understanding of the findings more difficult. The current study aims to analyze the empirical evidence for third-wave trans-diagnostic OPIs designed to decrease symptoms and promote psychological flexibility, including studies that compare a OPI to some control condition (e. g., waiting list, treatment as usual or other that should not have any effect) and include a general symptomatology scale as dependent variable. A search without filters or timeframe was performed on Scopus and 1 408 articles were found, among which 21 were reviewed in depth and 6 were included for meta-analysis. Risk of bias was assessed by a quality and heterogeneity assessment. Separate meta-analyses were performed for general distress and psychological flexibility at post-treatment and last follow-up. Risk of bias analysis suggest low risk of threats to validity and attribute heterogeneity to between-study attrition rates. Additionally, meta-regression models for duration, attrition rate, and mean age are proposed for each time point. The results show significantly large effect sizes for both variables at both time points. According to the meta-regression models attrition rates are a mediating variable for the effect on general distress both at completion and at the last follow-up. On the other hand, duration, age and attrition rate are all mediating variables for the effect on psychological flexibility at the end of treatment. The findings suggest that the high attrition rates observed on tele-psychology need to be mitigated; if this is not possible, intention-to-treat approaches should be adopted for data analysis.

Resumen Los metaanálisis existentes sobre el efecto de las intervenciones psicológicas en línea (OPIs, por sus siglas en inglés) han encontrado tamaños de efecto pequeños o medianos para el tratamiento de la ansiedad y la depresión. Por otra parte, las OPIs transdiagnósticas de tercera generación son muy escasas y, debido a la gran variabilidad entre los trastornos, los síntomas o las poblaciones objetivo, es difícil evaluar su efecto global. Otras revisiones sistemáticas y metaanálisis tienen criterios de inclusión demasiado amplios que dificultan la comprensión de los hallazgos. El presente estudio tiene como objetivo analizar la evidencia empírica actual para las OPIs transdiagnósticas de tercera generación diseñadas para disminuir los síntomas y promover la flexibilidad psicológica, incluyendo estudios que comparen una OPI con alguna condición de control (por ejemplo lista de espera, tratamiento habitual u otro que no debería tener efecto) y que incluyan una escala de sintomatología general como variable dependiente. Se excluyeron estudios basados en otras terapias y/o diseñados para prevenir o tratar una población, un trastorno o un conjunto de síntomas específicos. También se excluyeron los protocolos de estudio, los diseños pretest-postest y otros en los que era imposible calcular el tamaño del efecto. Se realizó una búsqueda sin filtros ni marco temporal en Scopus y se encontraron 1 408 artículos entre los cuales 21 fueron revisados en profundidad y 6 fueron incluidos en el presente estudio. El riesgo de sesgo se evaluó mediante una evaluación de calidad y heterogeneidad; no fue posible realizar análisis de sesgo de publicación. Se realizaron metaanálisis separados para el malestar general y la flexibilidad psicológica en postratamiento y último seguimiento. El análisis del riesgo de sesgo sugiere un bajo riesgo de amenazas a la validez y atribuye la heterogeneidad principalmente a las tasas de deserción entre los estudios. Además, se proponen modelos de metarregresión para la duración, la tasa de deserción y la edad promedio en cada punto temporal. Los resultados muestran tamaños de efecto significativamente grandes para ambas variables en ambos puntos temporales y se evalúa su heterogeneidad, que se atribuye en gran medida a las tasas de deserción de los estudios incluidos. Según los modelos de metarregresión, las tasas de deserción son una variable mediadora del efecto sobre el malestar general tanto en el momento de la finalización como en el último seguimiento. Por otra parte, la duración, la edad y la tasa de abandono son variables mediadoras del efecto sobre la flexibilidad psicológica al final del tratamiento. Los resultados sugieren que es necesario mitigar las altas tasas de deserción observadas en la telepsicología y, cuando no sea posible, adoptar enfoques de intención de tratar para el análisis de los datos.

Low-cost chest paediatric phantom for dose optimisation: construction and validation.

INTRODUCTION AND OBJECTIVES: In order to perform chest dose optimisation studies, the imaging phantom should be adequate for image quality evaluation. Since high-end phantoms are cost prohibitive, there is a need for a low-cost construction method with fairly available tissue substitutes. MATERIALS AND METHODS: Theoretical calculations of radiological characteristics were performed for each of lung, cortical bone and soft tissues in order to choose appropriate substitute, then, cork, P.V.C. (Polyvinyl chloride) and water were chosen, respectively. Validation included, firstly, measuring CT Hounsfield Units (HU) of a real patient's tissues then compared against their corresponding anatomies in the constructed phantom. Secondly, Signal-to-noise ratio (SNR) and contrast-to-noise ratio (CNR) values were acquired in this study to evaluate the quality of images generated from the constructed phantom, then, compare their trends with a valid phantom under different exposure parameters (kVp and mAs). RESULTS: From theoretical calculations, the percentage differences showed high accuracy of tissue substitutes when simulating real patient tissues; P.V.C. was ≥5.78%, cork was ≥4.46% and water ≥5%. The percentage difference (CT HU) between lung and cortical bone and their equivalent tissue substitutes were 10.44% and 0.53%-3.17%, respectively. Strong positive correlations were found for SNR when changing both kVp (0.79) and mAs (0.65). While the correlation strength of CNR values were found to be moderate when changing both kVp (0.58) and mAs (0.53). CONCLUSIONS: Our low-cost phantom approved through CT HU that their materials replicate the radiological characteristics of real one-year-old child while SNR and SNR correlations confirmed its applicability in imaging and optimisation studies.

Implementación asistencial de estudios genómicos aplicados al diagnóstico molecular / Implementation of genomic studies applied to molecular diagnostics

El Hospital Garrahan ha sido pionero en el diagnóstico molecular de patologías pediátricas en Argentina. Los avances tecnológicos de las últimas décadas en el área de la biología molecular, sentaron las bases para la optimización y ampliación del diagnóstico molecular a partir de la secuenciación masiva en paralelo de múltiples genes. El presente trabajo describe el proceso de implementación de los estudios de secuenciación de nueva generación y el desarrollo de la Unidad de Genómica en un hospital público pediátrico de alta complejidad, así como su impacto en las capacidades diagnósticas de enfermedades poco frecuentes de origen genético. La creación del Grupo Interdisciplinario de Estudios Genómicos constituyó la vía institucional para la toma de decisiones que implican la implementación de nuevos estudios genómicos y el establecimiento de prioridades diagnósticas, extendiendo la disponibilidad del diagnóstico molecular a más disciplinas. La Unidad de Genómica trabaja en diseñar las estrategias que permitan la mayor optimización de los recursos con los que cuenta el hospital, teniendo en cuenta el equipamiento disponible, las prioridades establecidas y la frecuencia de las distintas patologías. Se demuestra el salto significativo operado en nuestras capacidades diagnósticas, tanto en la variedad de enfermedades como en el número de genes analizados, habiendo estudiado a la fecha alrededor de 2.000 pacientes, muchos de los cuales ven de este modo finalizada su odisea diagnóstica. Los estudios de NGS se han convertido en una herramienta de la práctica diaria para la atención de un número importante de pacientes de nuestro hospital. Continuaremos trabajando para ampliar su aplicación a la mayor cantidad de patologías, a través de los mecanismos institucionales ya existentes (AU)

The Garrahan Hospital has been a pioneer in the molecular diagnosis of pediatric diseases in Argentina. The technological advances of the last decades in the area of molecular biology have laid the foundations for the optimization and expansion of molecular diagnostics through massive parallel sequencing of multiple genes. This study describes the process of implementation of next-generation sequencing studies and the development of the Genomics Unit in a public pediatric tertiary hospital, and its impact on the capacity to diagnose rare diseases of genetic origin. The creation of the Interdisciplinary Group of Genomic Studies constituted the institutional pathway for decision-making involving the implementation of new genomic studies and the establishment of diagnostic priorities, extending the availability of molecular diagnostics to additional disciplines. The Genomics Unit is working to design strategies that allow for optimization of the resources available to the hospital, taking into account the equipment available, the priorities established, and the frequency of the different diseases. It demonstrates the significant leap in our diagnostic capabilities, both in the variety of diseases and in the number of genes analyzed. To date, around 2,000 patients have been studies, many of whom have thus completed their diagnostic odyssey. NGS studies have become a tool in daily practice for the care of a significant number of patients in our hospital. We will continue working to expand its application to as many diseases as possible, through the existing institutional mechanisms (AU)

Validation of a new strategy for the identification of SARS-CoV-2 variants by sequencing the spike gene by Sanger.

INTRODUCTION: The emergence of multiple variants of SARS-CoV-2 during the COVID-19 pandemic is of great world concern. Until now, their analysis has mainly focused on next-generation sequencing. However, this technique is expensive and requires sophisticated equipment, long processing times, and highly qualified technical personnel with experience in bioinformatics. To contribute to the analysis of variants of interest and variants of concern, increase the diagnostic capacity, and process samples to carry out genomic surveillance, we propose a quick and easy methodology to apply, based on Sanger sequencing of 3 gene fragments that code for protein spike. METHODS: Fifteen positive samples for SARS-CoV-2 with a cycle threshold below 25 were sequenced by Sanger and next-generation sequencing methodologies. The data obtained were analyzed on the Nextstrain and PANGO Lineages platforms. RESULTS: Both methodologies allowed the identification of the variants of interest reported by the WHO. Two samples were identified as Alpha, 3 Gamma, one Delta, 3 Mu, one Omicron, and 5 strains were close to the initial Wuhan-Hu-1 virus isolate. According to in silico analysis, key mutations can also be detected to identify and classify other variants not evaluated in the study. CONCLUSION: The different SARS-CoV-2 lineages of interest and concern are classified quickly, agilely, and reliably with the Sanger sequencing methodology.

Validación de una nueva estrategia para la identificación de variantes de SARS-CoV-2 mediante secuenciación del gen espiga por Sanger / Validation of a new strategy for the identification of SARS-CoV-2 variants by sequencing the spike gene by Sanger

Introducción: La aparición de múltiples variantes del SARS-CoV-2 durante la pandemia de COVID-19 es motivo de gran preocupación mundial. Hasta el momento, su análisis se ha centrado principalmente en la secuenciación de nueva generación. Sin embargo, esta técnica es costosa y requiere equipos sofisticados, largos tiempos de procesamiento y personal técnico altamente cualificado con experiencia en bioinformática. Para contribuir al análisis de variantes de interés y de preocupación, aumentar la capacidad diagnóstica y procesar muestras para realizar vigilancia genómica, proponemos una metodología rápida y fácil de aplicar, basada en la secuenciación Sanger de 3 fragmentos del gen que codifica para la proteína espiga. Métodos: Se secuenciaron 15 muestras positivas para SARS-CoV-2 con un valor de umbral de ciclo inferior a 25 por metodologías Sanger y secuenciación de nueva generación. Los datos obtenidos fueron analizados en las plataformas Nextstrain y PANGO Lineages. Resultados: Ambas metodologías permitieron identificar las variantes de interés reportadas por la OMS. Se identificaron 2 muestras como alfa, 3 gamma, una delta, tres mu, una ómicron y 5 cepas cercanas al aislado inicial del virus Wuhan-Hu-1. Según el análisis in silico, también se pueden detectar mutaciones clave para identificar y clasificar otras variantes no evaluadas en el estudio. Conclusión: Los diferentes linajes de interés y preocupación de SARS-CoV-2 se clasifican de forma rápida, ágil y fiable con la metodología de secuenciación de Sanger.(AU)

Introduction: The emergence of multiple variants of SARS-CoV-2 during the COVID-19 pandemic is of great world concern. Until now, their analysis has mainly focused on next-generation sequencing. However, this technique is expensive and requires sophisticated equipment, long processing times, and highly qualified technical personnel with experience in bioinformatics. To contribute to the analysis of variants of interest and variants of concern, increase the diagnostic capacity, and process samples to carry out genomic surveillance, we propose a quick and easy methodology to apply, based on Sanger sequencing of 3 gene fragments that code for protein spike. Methods: Fifteen positive samples for SARS-CoV-2 with a cycle threshold below 25 were sequenced by Sanger and next-generation sequencing methodologies. The data obtained were analyzed on the Nextstrain and PANGO Lineages platforms. Results: Both methodologies allowed the identification of the variants of interest reported by the WHO. Two samples were identified as Alpha, 3 Gamma, one Delta, 3 Mu, one Omicron, and 5 strains were close to the initial Wuhan-Hu-1 virus isolate. According to in silico analysis, key mutations can also be detected to identify and classify other variants not evaluated in the study. Conclusion: The different SARS-CoV-2 lineages of interest and concern are classified quickly, agilely, and reliably with the Sanger sequencing methodology.(AU)

Utilidad diagnóstica de la secuenciación de segunda y tercera generación en pacientes con discapacidad intelectual: revisión rápida / Utility of second-generation sequencing and third-generation sequencing in the diagnosis of patients with intellectual disability: Rapid review

Introducción: la discapacidad intelectual se presenta hasta en el 18% de algunas poblaciones. Las causas son variantes genéticas puntuales y variantes en el número de copias detectadas por la secuenciación de segunda generación y el análisis cromosómico por micromatrices, respectivamente. Sin embargo, se tiene otras variantes, como las estructurales, repetición de trinucleótidos o trastornos de la impronta que solo son detectadas por otras pruebas específicas. La secuenciación de tercera generación tiene el potencial de detectar todas las variantes genéticas. El objetivo es determinar las ventajas de la secuenciación de tercera generación sobre la de segunda generación en pacientes con discapacidad intelectual. Material y métodos: búsqueda sistemática mediante los tesauros MESH «discapacidad intelectual» y «secuenciación de segunda generación»; así como el término de «secuenciación de tercera generación». Resultados: se seleccionaron 31 artículos; 9 utilizaron la secuenciación de tercera generación en pacientes con estudios genómicos previos y se encontró que el 40% tenían variantes estructurales. Los que emplearon la secuenciación de segunda generación (n = 22) determinaron mediante un metaanálisis, que detectaron variantes de un solo nucleótido y variantes en el número de copias en un 29,8 y 9,2% de los casos, respectivamente. Conclusiones: la secuenciación de tercera generación tiene la capacidad de encontrar variantes estructurales, disomías uniparentales, repetición de trinucleótidos y variantes de un solo nucleótido, lo cual permitiría tener una mayor probabilidad de establecer la etiología de la discapacidad intelectual. Sin embargo, se necesitan estudios con muestras más representativas no solo en quienes padecen de discapacidad intelectual, sino a nivel poblacional.(AU)

Introduction: Some populations have an intellectual disability frequency of nearly 18%. Among, the diverse genetic causes are single nucleotide variants and copy number variations, detected with second-generation sequencing and chromosomal microarray analysis, respectively. Nevertheless, other variants such as structural variants, trinucleotide repeat or imprinting disorders, cannot be detected by these tests and require different specific techniques. Third-generation sequencing have a power of found all variants. The purpose is to stablish the benefits of using third generation sequencing above second-generation sequencing in the diagnosis of patient with intellectual disability. Material and methods: A rapid systematic review was performed on the Medline using thesaurus terms MESH of “intellectual disability” and “second-generation sequencing”; as well as using the term “third-generation sequencing”. Results: 31 articles were selected in total. Of those, nine used third-generation sequencing in patients with previously genomic test, and founded structural variants in 40% of cases, all these variants were corroborated with other gold standard tests. Twenty-two studies used second-generation sequencing (n = 22) and showed through metanalysis, that 29,8% and 9,2% of these cases are due a single nucleotide variant and copy number variations, respectively. Conclusions: Third-generation sequencing can find structural variants, uniparental disomies, trinucleotide repeat and single nucleotide variation. Therefore, it would allow a broader and better study of the etiology of intellectual disability. Nevertheless, more research with larger representative samples in patients and healthy population is needed.(AU)

Herramientas ómicas en el diagnóstico de enfermedades ultra-huérfanas: Síndrome de haploinsuficiencia MED13L

Introducción: Las tecnologías de nueva generación han permitido un avance en el diagnóstico y abordaje de enfermedades genéticas ultra-huérfanas ofreciendo mayores posibilidades en tratamiento y consejería genética a las familias. El síndrome de MED13L afecta la proteína MED13L, importante en el desarrollo temprano del corazón, células nerviosas del cerebro y estructuras de la cara. Sus variantes pueden ser las causantes del síndrome de retraso del desarrollo y dismorfia facial con o sin defectos cardíacos. Presentación de caso: Paciente de 4 años, historia de hipotonía generalizada, retraso global del neurodesarrollo, discapacidad cognitiva y rasgos dismórficos, dada la complejidad clínica se realizó secuenciación del exoma clínico completo con análisis de ADN mitocondrial y variación en el número de copias (CNV) con detección de alteración del Gen MED13L variante c.2965C>G (p.Pro989Ala), significado clínico incierto, con posterior implementación de tecnologías de última generación, y reclasificación de la significancia de la variante a patogénica a través del análisis bioinformático, lo cual permitió llegar al origen específico de la patología. Conclusiones: Se resalta la importancia del uso de tecnologías de última generación y herramientas bioinformáticas en el diagnóstico específico de las enfermedades complejas. Las nuevas tecnologías actúan como una herramienta de ayuda para instaurar un protocolo dirigido, un asesoramiento genético y así evaluar el riesgo de heredabilidad, pronóstico y perspectivas terapéuticas de las patologías genéticas ultra-huérfanas. (provisto por Infomedic International)

Introduction: New generation technologies have allowed an advance in the diagnosis and approach of ultra-orphan genetic diseases, to offer greater possibilities in treatment and genetic counseling to families. MED13L syndrome affects the MED13L protein, which is important in early development of the heart, nerve cells in the brain, and structures of the face. Its variants can be the cause of developmental delay syndrome and facial dysmorphia with or without heart defects. Case presentation: 4-year-old patient with history of generalized hypotonia, global neurodevelopmental delay, cognitive disability and dysmorphic features, given the clinical complexity a complete clinical exome sequencing was performed with analysis of mitochondrial DNA and copy number variation (CNV) with detection of alteration of the MED13L gene variant c.2965C>G (p.Pro989Ala), uncertain clinical significance, with subsequent implementation of new generation technologies and reclassification of significance to pathogenic variant through bioinformatic analysis, which allowed reaching the a specific origin of the pathology. Conclusions: The importance of the use of new generation technologies and bioinformatic tools in the specific diagnosis of complex diseases is highlighted. New technologies act as a tool to help establish a targeted protocol, genetic counseling and thus assess the risk of heritability, prognosis, and therapeutic perspectives of ultra-orphan diseases. (provided by Infomedic International)

Characterization of third generation cephalosporin-resistant Escherichia coli clinical isolates from Ushuaia, Argentina / Caracterización de aislamientos clínicos de Escherichia coli resistente a cefalosporinas de tercera generación de Ushuaia, Argentina

Abstract Escherichia coli is one of the main human pathogens causing different hospital- and community-acquired infections. During the period from January 2013 to March 2015, 1.96% (32/1632) of E. coli isolates recovered at the Hospital Regional de Ushuaia, Tierra del Fuego province, were resistant to third-generation cephalosporins (TGCs). These isolates were resistant to cefotaxime (91%) and/or ceftazidime (28%). No resistance to carbapenems was detected. Twenty-six isolates were positive for blaCTX-M gene, grouped as CTX-M-1/15 (54%); CTX-M-9/14 (25%); CTX-M-2 (17%); and CTX-M-1/15 plus CTX-M-9/14 (4%). Five TGC-resistant strains were positive for blaCMY gene, while one strain harbored TEM-19 ESBL. Twelve isolates were identified as ST131 E. coli hyperepidemic clone, and one as ST69. Genome sequence analysis of seven blaCTX-M-15 E. coli selected isolates confirm the circulation of ST131, ST617 and ST405 international high-risk clones in the city of Ushuaia.

Resumen Escherichia coli es uno de los principales patógenos humanos causantes de diferentes infecciones de inicio hospitalario y comunitario. Se determinó que el 1,96% (32/1.632) de los aislamientos de E. coli recuperados entre enero de 2013 y marzo de 2015 en el Hospital Regional de Ushuaia, provincia de Tierra del Fuego, fueron resistentes a cefalosporinas de tercera generación (CTG). Estos aislamientos fueron resistentes a cefotaxima (91%) y/o a ceftazidima (28%). No se detectó resistencia a los carbapenemes. Veintiséis aislamientos fueron positivos para el gen blaCTX-M, agrupados como CTX-M-1/15 (54%), CTX-M-9/14 (25%), CTX-M-2 (17%) y CTX-M-1/15 más CTX-M-9/14 (4%). Cinco cepas resistentes a CTG dieron positivo para el gen blaCMY, mientras que un aislamiento presentó la BLEE TEM-19. Doce aislamientos se identificaron como clon hiperepidémico E. coli ST131 y uno como ST69. El análisis de las secuencias del genoma de siete aislamientos seleccionados de E. coli blaCTX-M-15 confirmó la circulación de los clones internacionales de alto riesgo ST131, ST617 y ST405 en la ciudad de Ushuaia.

Dropped Interest: Generation Z Students’ Demotivating Reasons on Gradual Dislike on Sports and Recreation / Descenso de interés: las razones desmotivadoras de los estudiantes de la Generación Z sobre la aversión gradual a los deportes y la recreación

Gen Zs are different from older generations because they are the first consumers to have grown up wholly in the digital era. They're tech-savvy and mobile-first—and they have high standards for how they spend their time online. Scholars have identified a decreasing involvement of Gen Zs in sports and recreation. This problem was worsened by the huge influence of social media and other platforms, which made them get distracted and lose interest in sports and recreation. Some scholars revealed few explanations on this problem; however, there is no concrete evidence scrutinizing the reasons behind this phenomenon to the generation z students. Hence, this study was conducted primarily to investigate the demotivating reasons of generation z students' gradual dislike of sports and recreation. Using a phenomenology approach, gen zs in Southern Philippines who are identified as not interested in sports and recreation served as primary participants of this study. The triangulation of results revealed six significant concerns from research participants. These include the inadequate childhood exposure to sports and recreation, influence of technological advancements, reduced physical interaction due to the pandemic, and health difficulties. The data were then used to generate conclusions and recommendations to help generation z students boost their interests to participate in sports and recreational activities. (AU)

Los Gen Z son diferentes de las generaciones anteriores porque son los primeros consumidores que crecieron completamente en la era digital. Son expertos en tecnología y primero en dispositivos móviles, y tienen altos estándares sobre cómo pasan su tiempo en línea. Los académicos han identificado una participación decreciente de la Generación Z en los deportes y la recreación. Este problema se vio agravado por la enorme influencia de las redes sociales y otras plataformas, que les hizo distraerse y perder interés en los deportes y la recreación. Algunos estudiosos revelaron pocas explicaciones sobre este problema; sin embargo, no existe evidencia concreta que escrute las razones detrás de este fenómeno para los estudiantes de la generación z. Por lo tanto, este estudio se realizó principalmente para investigar las razones desmotivadoras de la aversión gradual de los estudiantes de la generación z hacia los deportes y la recreación. Utilizando un enfoque fenomenológico, las personas de la generación z en el sur de Filipinas que se identificaron como no interesadas en los deportes y la recreación sirvieron como participantes principales de este estudio. La triangulación de los resultados reveló seis preocupaciones importantes de los participantes de la investigación. Estos incluyen la exposición infantil inadecuada a los deportes y la recreación, la influencia de los avances tecnológicos, la interacción física reducida debido a la pandemia y las dificultades de salud. Luego, los datos se usaron para generar conclusiones y recomendaciones para ayudar a los estudiantes de la generación z a impulsar sus intereses para participar en deportes y actividades recreativas. (AU)