Variabilidad genética del pez Lutjanus guttatus (Perciformes: Lutjanidae) mediante el uso de microsatélites en Costa Rica / Genetic variability of the fish Lutjanus guttatus (Perciformes: Lutjanidae) using microsatellites in Costa Rica

Introducción: El pargo mancha es un pez marino de alto consumo e interés comercial en Costa Rica que está sometido a una fuerte presión pesquera, la cual puede afectar la diversidad genética y generar problemas por depresión endogámica. Objetivo: Evaluar el estado genético de la población de Lutjanus guttatus mediante el uso microsatélites. Métodos: Se recolectaron muestras entre el 2018 y 2019 y se estudiaron 44 individuos de cada una de las localidades del Golfo de Nicoya y Golfo Dulce. Se realizó la extracción de ADN y la amplificación de diez loci con microsatélites mediante PCR, para la determinación del genotipo, análisis de diversidad genética y estructura poblacional. Resultados: Los parámetros de diversidad indican un elevado polimorfismo asociado con un alto número de alelos obtenidos por locus, pero con bajos niveles de heterocigosidad observada en comparación con la esperada (Ho= 0.774 y 0.800 y He= 0.948 y 0.954 para Golfo de Nicoya y Golfo Dulce, respectivamente). No hay evidencia suficiente para decir que las dos poblaciones son distintas (FST= 0.00264, P > 0.05). La desviación del Equilibrio de Hardy-Weinberg indica la posible mezcla de organismos de origen distinto a los del medio silvestre. Conclusiones: L. guttatus tiene niveles altos de diversidad genética, no hay evidencia de diferenciación en subpoblaciones genéticas, lo que en manejo pesquerías se considera una sola población panmíctica. La posible mezcla de individuos de origen distinto al silvestre sugiere la presencia de organismos de un programa de repoblación o de cultivos comerciales en la región. El uso de marcadores genéticos se recomienda para el monitoreo, además, en programas de repoblación y evaluar su efecto.

Introduction: The spotted snapper is a high-consumption and commercially important marine fish in Costa Rica, subjected to heavy fishing pressures, which can affect genetic diversity and generate problems due to inbreeding depression. Objective: To evaluate the genetic status of the population of Lutjanus guttatus using microsatellites. Methods: Samples were collected between 2018 and 2019, and 44 individuals from each of the localities of the Gulf of Nicoya and the Gulf of Dulce were studied. DNA extraction and amplification of ten loci with microsatellites using PCR were performed, followed by genotyping, analysis of genetic diversity, and population structure. Results: Diversity parameters indicate a high polymorphism associated with a high number of alleles obtained per locus, but with low levels of observed heterozygosity compared to expected (Ho= 0.774 and 0.800, and He= 0.948 and 0.954 for the Gulf of Nicoya and Gulf of Dulce, respectively). There is not enough evidence to say that the two populations are distinct (FST= 0.00264, P > 0.05). Deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was recorded, indicating possible mixing of organisms of different origin from the wild environment. Conclusions: L. guttatus presents high levels of genetic diversity, without evidence of differentiation in genetic subpopulations. For fisheries management purposes, they would be considered a single panmictic population. The possible mixing with wild individuals suggests the presence of organisms derived from a restocking or commercial cultivation program carried out in the region. The use of genetic markers is recommended to maintain monitoring, follow up on restocking programs and evaluate their effect.

Genetic diversity and IUCN Red List status.

The International Union for Conservation of Nature (IUCN) Red List is an important and widely used tool for conservation assessment. The IUCN uses information about a species' range, population size, habitat quality and fragmentation levels, and trends in abundance to assess extinction risk. Genetic diversity is not considered, although it affects extinction risk. Declining populations are more strongly affected by genetic drift and higher rates of inbreeding, which can reduce the efficiency of selection, lead to fitness declines, and hinder species' capacities to adapt to environmental change. Given the importance of conserving genetic diversity, attempts have been made to find relationships between red-list status and genetic diversity. Yet, there is still no consensus on whether genetic diversity is captured by the current IUCN Red List categories in a way that is informative for conservation. To assess the predictive power of correlations between genetic diversity and IUCN Red List status in vertebrates, we synthesized previous work and reanalyzed data sets based on 3 types of genetic data: mitochondrial DNA, microsatellites, and whole genomes. Consistent with previous work, species with higher extinction risk status tended to have lower genetic diversity for all marker types, but these relationships were weak and varied across taxa. Regardless of marker type, genetic diversity did not accurately identify threatened species for any taxonomic group. Our results indicate that red-list status is not a useful metric for informing species-specific decisions about the protection of genetic diversity and that genetic data cannot be used to identify threat status in the absence of demographic data. Thus, there is a need to develop and assess metrics specifically designed to assess genetic diversity and inform conservation policy, including policies recently adopted by the UN's Convention on Biological Diversity Kunming-Montreal Global Biodiversity Framework.

La diversidad genética y los estados de la Lista Roja de la UICN Resumen La Lista Roja de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) es una importante herramienta de uso extendido para evaluar la conservación. La UICN utiliza datos sobre la distribución y tamaño poblacional de una especie, la calidad y niveles de fragmentación de su hábitat y sus tendencias de abundancia para valorar su riesgo de extinción, A pesar de que la diversidad genética afecta al riesgo de extinción, la UICN no la considera. La deriva génica y las tasas altas de endogamia afectan con mayor fuerza a las poblaciones en declinación, lo que puede reducir la eficiencia de la selección, derivar en la disminución de la aptitud y dificultar la capacidad de una especie de adaptarse ante el cambio ambiental. Se ha intentado encontrar la relación entre la diversidad genética y el estado en las listas rojas ya que su conservación es muy importante. Aun con lo anterior, no hay un consenso actual sobre si la diversidad genética está capturada en las categorías vigentes de la Lista Roja de la UICN de manera que sea informativa para la conservación. Para poder evaluar el poder predictivo de la correlación entre la diversidad genética y el estado en la Lista Roja de los vertebrados, sintetizamos trabajos previos y analizamos de nuevo los conjuntos de datos con base en tres tipos de información genética: ADN mitocondrial, microsatélites y genomas completos. Las especies con un estado de riesgo de extinción más alto fueron propensas a una diversidad genética más baja para todos los tipos de marcadores, aunque estas relaciones fueron débiles y variaron entre los taxones, lo cual es coherente con trabajos anteriores. Sin importar el tipo de marcador, la diversidad genética no fue un identificador certero de las especies amenazadas en ninguno de los grupos taxonómicos. Nuestros resultados indican que el estado de lista roja no es una medida útil para guiar las decisiones específicas por especie en relación con la protección de la diversidad genética. También indican que los datos genéticos no pueden usarse para identificar el estado de amenaza si no se tienen los datos demográficos. Por lo tanto, es necesario desarrollar y evaluar las medidas diseñadas específicamente para valorar la diversidad genética e informar las políticas de conservación, incluidas las que adoptó recientemente la ONU en el Convenio del Marco Mundial Kunming-Montreal de la Diversidad Biológica.

Modeling genetic benefits and financial costs of integrating biobanking into the conservation breeding of managed marsupials.

Managed breeding programs are an important tool in marsupial conservation efforts but may be costly and have adverse genetic effects in unavoidably small captive colonies. Biobanking and assisted reproductive technologies (ARTs) could help overcome these challenges, but further demonstration of their potential is required to improve uptake. We used genetic and economic models to examine whether supplementing hypothetical captive populations of dibblers (Parantechinus apicalis) and numbats (Myrmecobius fasciatus) with biobanked founder sperm through ARTs could reduce inbreeding, lower required colony sizes, and reduce program costs. We also asked practitioners of the black-footed ferret (Mustela nigripes) captive recovery program to complete a questionnaire to examine the resources and model species research pathways required to develop an optimized biobanking protocol in the black-footed ferret. We used data from this questionnaire to devise similar costed research pathways for Australian marsupials. With biobanking and assisted reproduction, inbreeding was reduced on average by between 80% and 98%, colony sizes were on average 99% smaller, and program costs were 69- to 83-fold lower. Integrating biobanking made long-standing captive genetic retention targets possible in marsupials (90% source population heterozygosity for a minimum of 100 years) within realistic cost frameworks. Lessons from the use of biobanking technology that contributed to the recovery of the black-footed ferret include the importance of adequate research funding (US$4.2 million), extensive partnerships that provide access to facilities and equipment, colony animals, appropriate research model species, and professional and technical staff required to address knowledge gaps to deliver an optimized biobanking protocol. Applied research investment of A$133 million across marsupial research pathways could deliver biobanking protocols for 15 of Australia's most at-risk marsupial species and 7 model species. The technical expertise and ex situ facilities exist to emulate the success of the black-footed ferret recovery program in threatened marsupials using these research pathways. All that is needed now for significant and cost-effective conservation gains is greater investment by policy makers in marsupial ARTs.

Los programas de reproducción controlada son una herramienta importante para los esfuerzos de conservación de marsupiales, aunque pueden resultar costosos y tener efectos genéticos adversos en las colonias cautivas incapaces de aumentar en tamaño. Los biobancos y las tecnologías de reproducción asistida (TRA) podrían ayudar a superar estos problemas, pero es necesario seguir demostrando su potencial para mejorar su adopción. Utilizamos modelos genéticos y económicos para analizar si la introducción de esperma fundador proveniente de biobancos mediante tecnologías de reproducción asistida a poblaciones cautivas hipotéticas de los marsupiales Parantechinus apicalis y Myrmecobius fasciatus podría reducir la endogamia, disminuir el tamaño efectivo de las colonias y reducir el costo de los programas. También pedimos a los profesionales del programa de recuperación en cautiverio del hurón de patas negras (Mustella nigripes) que respondieran un cuestionario para analizar los recursos y los métodos de investigación de las especies modelo necesarias para desarrollar un protocolo de biobanco optimizado para el hurón de patas negras. Utilizamos los datos de este cuestionario para diseñar métodos de investigación con costos similares para los marsupiales australianos. Con el biobanco y la reproducción asistida, la endogamia se redujo en promedio entre un 80 y un 98%, el tamaño de las colonias fue en promedio un 99% más pequeño y los costos del programa entre 69 y 83 veces menores. La integración del biobanco posibilitó los objetivos de retención genética en cautiverio a largo plazo en marsupiales (90% de heterocigosidad de la población de origen durante un mínimo de 100 años) dentro de un marco realista de costos. Entre el aprendizaje extraído del uso de la tecnología de biobancos que contribuyó a la recuperación del hurón de patas negras figuran la importancia de una financiación adecuada de la investigación (4.2 millones de dólares), colaboraciones profundas que faciliten el acceso a instalaciones y equipos, colonias de animales, especies modelo adecuadas para la investigación y el personal profesional y técnico necesario para abordar las lagunas de conocimiento y ofrecer un protocolo optimizado para los biobancos. Una inversión en investigación aplicada de 133 millones de dólares australianos para la investigación de los marsupiales podría proporcionar protocolos de biobancos para 15 de las especies de marsupiales australianos en mayor riesgo y 7 especies modelo. Existen los conocimientos técnicos y las instalaciones ex situ para emular el éxito del programa de recuperación del hurón de patas negras en marsupiales amenazados utilizando estas vías de investigación. Ahora sólo se necesita una mayor inversión por parte de los responsables políticos de las TRA para marsupiales para obtener beneficios de conservación significativos y rentables.

Meta-analysis of the differential effects of habitat fragmentation and degradation on plant genetic diversity.

Genetic diversity is a key factor for population survival and evolution. However, anthropogenic habitat disturbance can erode it, making populations more prone to extinction. Aiming to assess the global effects of habitat disturbance on plant genetic variation, we conducted a meta-analysis based on 92 case studies obtained from published literature. We compared the effects of habitat fragmentation and degradation on plant allelic richness and gene diversity (equivalent to expected heterozygosity) and tested whether such changes are sensitive to different life-forms, life spans, mating systems, and commonness. Anthropogenic disturbance had a negative effect on allelic richness, but not on gene diversity. Habitat fragmentation had a negative effect on genetic variation, whereas habitat degradation had no effect. When we examined the individual effects in fragmented habitats, allelic richness and gene diversity decreased, but this decrease was strongly dependent on certain plant traits. Specifically, common long-lived trees and self-incompatible species were more susceptible to allelic richness loss. Conversely, gene diversity decreased in common short-lived species (herbs) with self-compatible reproduction. In a wider geographical context, tropical plant communities were more sensitive to allelic richness loss, whereas temperate plant communities were more sensitive to gene diversity loss. Our synthesis showed complex responses to habitat disturbance among plant species. In many cases, the absence of effects could be the result of the time elapsed since the disturbance event or reproductive systems favoring self-pollination, but attention must be paid to those plant species that are more susceptible to losing genetic diversity, and appropriate conservation should be actions taken.

Meta-Análisis de los Efectos Diferenciales de la Fragmentación y Degradación del Hábitat sobre la Diversidad Genética de las Plantas Resumen La diversidad genética es un factor clave para la supervivencia y evolución de las poblaciones. Sin embargo, la perturbación antropogénica de los hábitats puede dañar esta diversidad, volviendo a las poblaciones más susceptibles a la extinción. Con el objetivo de evaluar los efectos globales de la perturbación del hábitat sobre la variación genética de las plantas, realizamos un meta-análisis basado en 92 estudios de caso obtenidos de la literatura publicada. Comparamos los efectos de la degradación y fragmentación del hábitat sobre la riqueza de alelos y la diversidad de genes (equivalente a la heterocigosidad esperada) de las plantas y probamos si dichos cambios son sensibles para diferentes formas de vida, tiempos de vida, sistemas de apareamiento y preponderancia. La perturbación antropogénica tuvo un efecto negativo sobre la riqueza de alelos, pero no sobre la diversidad genética. La fragmentación del hábitat tuvo un efecto negativo sobre la variación genética, mientras que la degradación del hábitat no tuvo efecto. Cuando examinamos los efectos individuales en los hábitats fragmentados, la riqueza de alelos y la diversidad genética disminuyeron, pero esta disminución estuvo vinculada fuertemente con ciertas características de las plantas. Específicamente, los árboles de larga vida y las especies auto-incompatibles fueron más susceptibles a la pérdida de la riqueza de alelos. De manera contraria, la diversidad genética disminuyó en especies comunes de vida corta (hierbas) con reproducción auto-compatibles. En un contexto geográfico más amplio, las comunidades de plantas tropicales fueron más sensibles a la pérdida de la riqueza de alelos, mientras que las comunidades de plantas de zonas templadas fueron más sensibles a la pérdida de diversidad de genes. Nuestra síntesis mostró respuestas complejas a la perturbación del hábitat entre las especies de plantas. En muchos casos, la ausencia de efectos podría ser el resultado del tiempo transcurrido desde el evento de perturbación o los sistemas reproductivos que favorecen la auto-polinización, pero se le debe prestar atención a aquellas especies de plantas que son más susceptibles a la pérdida de la diversidad genética, para así poder realizar las acciones de conservación apropiadas.

Diagnóstico molecular de pérdida de heterocigosidad para 1p/19q en tumores oligodendrogliales por PCR multiplex en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima- Perú / Molecular diagnosis of heterozygosity loss for 1p/19q in oligodendroglial tumors by multiplex PCR at the National Institute of Neoplastic Diseases, Lima-Peru

La pérdida de heterocigosidad 1p/19q tiene valor pronóstico clínico y está fuertemente asociada con características histológicas clásicas de oligodendroglioma. Objetivos: El presente artículo, propone un método molecular para determinar la pérdida de heterocigosidad (LOH por sus siglas en inglés) para 1p/19q y permitir la clasificación de tumores oligodendrogliales. Material y Métodos: Se utilizaron muestras en fresco del Banco de Tejidos Tumorales del Instituto Nacional de Enfermedades Neioplásicas (INEN) y biopsias de tejido embebido en parafina de tumores oligodendrogliales, con diagnóstico patológico de oligodendroglioma y oligoastrocitoma. Los métodos propuestos son PCR Multiplex y amplificación de fragmentos por electroforesis capilar de los productos de PCR, y fueron aplicados a un total de 39 casos que presentaban grado histológico II y III. Resultados: Los resultados obtenidos permiten una adecuada clasificación molecular de los tumores oligodendrogliales.

A heterozygosity loss of 1p/19q has clinical prognostic value and is strongly associated with classical histologic features of oligodendroglioma. Objectives: The present article proposes a molecular method to determine the loss of heterozygosity (LOH) for 1p/19q and to allow the classification of oligodendroglial tumors. Material and Methods: Fresh samples from the National Institute of Neoplastic Diseases’ Tumor BioBank and paraffin-embedded tissue biopsies of oligodendroglial tumors with pathological diagnosis of oligodendroglioma and oligoastrocytoma were used. The proposed methods are Multiplex PCR and amplification of fragments by capillary electrophoresis of PCR products, and were applied to a total of 39 cases which presented histological grade II and III. Results: The results obtained allow an adequate molecular classification of oligodendroglial tumors.

GENETIC DIVERSITY IN A POPULATION OF CREOLE MAIZE (Zea mays L.) EVALUATED BY MICROSATELLITE MARKERS IN PUERTO LIBERTADOR, CORDOBA / DIVERSIDAD GENÉTICA EN UNA POBLACIÓN DE MAÍZ CRIOLLO (Zea mays L.) EVALUADA MEDIANTE MARCADORES MICROSATÉLITES EN PUERTO LIBERTADOR, CÓRDOBA

ABSTRACT Maize a plant of Mesoamerican origin, has evolved in different microenvironments, generating the great diversity of maize that exists in the world. In order to determine the genetic diversity of a population of Creole maize, twelve microsatellite markers were evaluated in 30 accessions, in Puerto Libertador, Córdoba. The DNA of each accession was extracted using the PROMEGA kit, the markers were amplified by the PCR technique and the amplicons were run on polyacrylamide gels, the gels were digitalized and the molecular sizes were determined by an exponential model. Results showed a total of 66 alleles and an average of alleles of 5.5, the expected heterozygosity was 0.655, the values of the polymorphic information content (PIC) ranged from 0.352 to 0.838, with an average of 0.592 and the Hardy-Weinberg equilibrium showed imbalance (p <0.05). This work revealed that the studied accessions of Creole maize showed a high degree of polymorphism, high genetic variability and microsatellite markers were the appropriate for the evaluation of genetic diversity. This information shows to be useful for the conservation and protection of the genetic diversity of the studied Creole Maize.

RESUMEN El maíz una planta de origen mesoamericano, se ha desarrollado en los más variados microambientes, lo que ha generado una gran diversidad de variedades alrededor del mundo. Con el objetivo de determinar la diversidad genética de una población de maíz criollo, se evaluaron doce marcadores microsatélite, en 30 accesiones, en Puerto Libertador, Córdoba. El ADN de cada accesión fue extraído, mediante el kit de PROMEGA; los marcadores se amplificaron, mediante la técnica de PCR y los amplicones, se corrieron en geles de poliacrilamida. Los geles fueron digitalizados y los tamaños moleculares se determinaron, mediante un modelo exponencial. Los resultados mostraron un total de 66 alelos y un promedio de alelos de 5,5; la heterocigosidad esperada fue 0,655. Los valores del contenido de información polimórfica (PIC) variaron de 0,352 a 0,838, con un promedio de 0,592 y la prueba de Hardy-Weinberg mostró desequilibrio (p<0,05). Este trabajo reveló que las accesiones de maíz criollo estudiadas mostraron alto grado de polimorfismo, alta variabilidad genética y los marcadores microsatélites resultaron los apropiados para la evaluación de la diversidad genética. Esta información muestra ser útil para la conservación de la diversidad genética del maíz criollo estudiado y su protección.

Primer reporte de la variabilidad genética del gato (Felis catus), con marcadores fenotípicos en Coveñas, Sucre / First report of genetic variability in cats (Felis catus), with phenotypic markers, in Coveñas, Sucre / Primeiro repórter da variabilidade genética do gato (Felis catus), com marcadores fenotípicos em Coveñas, Sucre

Resumen El objetivo de esta investigación fue determinar la variabilidad genética de las poblaciones de gatos domésticos (Felis catus) utilizando genes que codifican la coloración, el diseño y la longitud del pelaje en Coveñas, Sucre, Colombia. Se realizaron muestreos aleatorios entre septiembre y diciembre de 2014, en 187 animales adultos presentes en cinco barrios de Coveñas, donde se caracterizó fenotípicamente cada animal. La nomenclatura utilizada está en concordancia con el Committee Standardized Genetic Nomenclature For Cats (1968), y atiende a los marcadores autosómicos de codificación morfológica: el locus ligado al sexo Orange (O) y los loci autosómicos non-agouti (a), tabby blotched (Tb), dilution (d), long hair (l) spotting white (s) y dominant white (W). Se calcularon los parámetros genéticos poblacionales: frecuencia alélica, diversidad genética, flujo génico, equilibrio Hardy-Weinberg y distancia genética, y se infirieron las relaciones filogenéticas entre las poblaciones de gatos. Se encontró que el marcador non-agouti fue el de mayor frecuencia, mientras los genes tabby blotched y dominant white presentaron los valores más bajos. La mayor parte de la diversidad genética se encontró dentro de las poblaciones (HS) y poca entre las poblaciones (D) y un elevado flujo génico. Se observó un exceso de heterocigotos en la población. No hubo equilibrio Hardy-Weinberg. Las poblaciones se encuentran muy relacionadas genéticamente. Además, se evidenció una posible selección natural y artificial del locus non-agouti.

Abstract This research aimed to determine genetic variability in domestic cat populations (Felis catus) using genes that codify the coloration, design and length of the coat in Coveñas, Sucre, Colombia. Random samples were collected between September and December 2014 from 187 adult animals in five neighborhoods of Coveñas, and each animal was characterized phenotypically. The nomenclature used in this research follows the Standardized Genetic Nomenclature for the Domestic Cat (1968), and examines the autosomal markers of morphological coding: the locus linked to sex Orange (O) and the autosomal loci Non-agouti (a), tabby blotched (Tb), dilution (d), long hair (l) spotting white (s) and dominant white (W). The genetic parameters of the population were calculated: allele frequency, genetic diversity, gene flow, Hardy-Weinberg equilibrium, and genetic distance; and phylogenetic relationships among cat populations were inferred. It was found that the Non-agouti marker was the most frequent, while the tabby blotched and dominant white genes had the lowest values. Most genetic diversity was found within the studied populations (HS), with little diversity between populations (D), and high gene flow was evidenced. An excess of heterozygotes was observed in the population. There was no Hardy-Weinberg equilibrium. Populations are genetically closely related. In addition, a possible natural and artificial selection of the Non-agouti locus was evidenced.

Resumo O objetivo desta pesquisa foi determinar a variabilidade genética das populações de gatos domésticos (Felis catus) utilizando genes que codificam a coloração, o desenho e a longitude da pelagem em Coveñas, Sucre, na Colômbia. Realizaram-se amostras aleatórias entre setembro e dezembro de 2014, em 187 animais adultos presentes em cinco bairros de Coveñas, onde se caracterizou fenotipicamente cada animal. A nomenclatura utilizada está em concordância com o Committee Standardized Genetic Nomenclature For Cats (1968), e atende a os marcadores autossômicos de codificação morfológica: o locus ligado a sexo Orange (O) e os loci autossômicos Non-agouti (a), tabby blotched (Tb), dilution (d), long hair (l) spotting white (s) e dominant white (W). Calcularam-se os parâmetros genéticos populacionais: frequência alélica, diversidade genética, fluxo génico, equilíbrio Hardy-Weinberg e distância genética, e se inferiram as relações filogenéticas entre as populações de gatos. Constatou-se que o marcador Non-agouti foi o de maior frequência, e enquanto que os genes tabby blotched e dominant white apresentaram os valores mais baixos. A maior parte da diversidade genética foi encontrada dentro das populações (HS) e pouca entre as populações (D) e um elevado fluxo génico. Observouse um excesso de heterozigotos na população. Não houve equilíbrio Hardy-Weinberg. As populações encontram-se muito relacionadas geneticamente. Além do mais, evidenciou-se uma possível seleção natural e artificial do locus Non-agouti.

Diversidad genética de palomas domésticas (Columba livia) en Ciénaga de Oro (Colombia), utilizando genes del plumaje / Genetic diversity of domestic pigeons (Columba livia) in Ciénaga de Oro, Colombia, using plumage genes / Diversidade genética de pombos domésticos (Columba livia) em Ciénaga de Oro (Colômbia), utilizando genes da plumagem

Resumen El objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad genética de las poblaciones de palomas domésticas (Columba livia) por medio del uso de genes que codifican la coloración y diseño del plumaje, en Ciénaga de Oro (Córdoba, Colombia). Se realizaron muestreos aleatorios en cinco colonias de Ciénaga de Oro, en el periodo comprendido entre junio y agosto de 2015. Mediante excursiones urbanas, observación directa y registros fotográficos, se estudiaron 325 palomas. Se utilizaron los marcadores autosómicos que codifican la coloración y diseño del plumaje: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C) y el locus ligado al sexo Ash-Red (B). Los parámetros genéticos -frecuencia alélica, diversidad genética, equilibrio Hardy-Weinberg y estructura poblacional- fueron calculados con el programa PopGene 1.31. La estructura genética y la distancia genética se evaluaron mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2. La elaboración del dendrograma se realizó con el programa MEGA 5.2. El marcador de mayor frecuencia alélica fue Spread, mientras que el marcador Ash-Red presentó los valores más bajos. Se obtuvo escasa diferenciación genética entre las poblaciones y un elevado flujo génico. Se observó un exceso de heterocigotos; a esto se le suma la ausencia de equilibrio Hardy-Weinberg. Se evidenció posible selección natural para el marcador Spread.

Abstract This study aimed to evaluate the genetic diversity of domestic pigeon populations (Columba livia), using genes that are responsible for encoding plumage color and design, in Ciénaga de Oro (Córdoba, Colombia). Random samplings were performed in 5 colonies of Ciénaga de Oro from June to August 2015. By means of urban excursions, direct observation and photographic records, 325 pigeons were studied. Autosomal markers encoding plumage color and design were used: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C), and the sex-linked Ash-Red locus (B). Genetic parameters-allele frequency, genetic diversity, Hardy-Weinberg equilibrium, and population structure-were calculated using the PopGene 1.31 program. Genetic structure and genetic distance were evaluated using the FSTAT v. 2.9.3.2 program. A dendrogram was elaborated using the MEGA 5.2 program. The marker with the highest allele frequency was Spread, while the Ash-Red marker showed the lowest values. Little genetic differentiation between populations and high gene flow were obtained. An excess of heterozygotes was observed, in addition to the absence of Hardy-Weinberg equilibrium. A possible natural selection for the Spread marker was evidenced.

Resumo O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética das populações de pombos domésticos (Columba livia) por meio do uso de genes que codificam a coloração e desenho da plumagem, em Ciénaga de Oro (Córdoba, Colômbia). Se realizaram amostragens aleatórias em 5 colônias de Ciénaga de Oro, no periodo compreendido entre junho e agosto de 2015. Mediante excursões urbanas, observação direta e registros fotográficos, se estudaram 325 pombos. Se utilizaram os marcadores autossômicos que codificam a coloração e desenho da plumagem: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C) e o locus ligado ao sexo Ash-Red (B). Os parâmetros genéticos - frequência alélica, diversidade gené tica, equilíbrio Hardy-Weinberg e estrutura populacional - foram calculados com o programa PopGene 1.31. A estrutura genética e a distância genética foram avaliadas mediante o programa FSTAT v. 2.9.3.2. A elaboração do dendrograma se realizou com o programa MEGA 5.2. O marcador de maior frequência alélica foi Spread, em quanto que o marcador Ash-Red apresentou os valores mais baixos. Obteve-se escassa diferenciação genética entre as populações e um elevado fluxo génico. Pôde-se observar um excesso de heterozigotos; a isto soma-se a ausência de equilíbrio Hardy-Weinberg. Constatou-se possível seleção natural para o marcador Spread.

Detección de la Diversidad Genética del Cerdo Doméstico (Sus scrofa domestica) Utilizando Marcadores Microsatélites, en Sahagún-Córdoba, Colombia / Detection of Genetic Diversity of the Domestic Pig (Sus scrofa domestica) by means Microsatellite Markers in Sahagún - Córdoba, Colombia

En el presente trabajo se estudió la caracterización genética de una población de cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Sahagún, Departamento de Córdoba, Colombia (8° 57’ 02’’ Norte y 75° 26’ 44’’ Oeste), para identificar su situación genética. Se estudiaron 51 muestras de la población. Se han emplearon 20 microsatélites, cinco pertenecen a la lista de los recomendados por la FAO / ISAG (Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura / Sociedad Internacional de Genética Animal) para estudios de biodiversidad porcina y los loci restantes representan la mayor parte del genoma porcino. Con los análisis se pudo determinar que todos los microsatélites utilizados han resultado polimórficos y se han detectado, entre 3 (S0385) y 13 (SW780) alelos, con un número medio de alelos de 6,05 y un total de 121 alelos. La heterocigosidad media esperada fue 0,5219 y la observada 0,5581. Los valores del PIC (Polymorphism Information Content, por sus siglas en inglés) oscilaron entre 0,2542 y 0,7021 para los loci S0385 y SW780 respectivamente. Los resultados obtenidos permiten concluir que el cerdo doméstico en Sahagún, presenta alto grado de variabilidad genética.

The objective of this research was to study the genetic diversity of a population of domestic pigs (Sus scrofa domestica) in the municipality of Sahagún, Department of Córdoba, Colombia (8 ° 57 ‘02’ ‘North and 75 ° 26 ‘44’ ‘West). For this purpose, 51 samples of the population were studied, using 20 microsatellites, 5 of which belong to the list recommended by FAO/ISAG (United Nations Food and Agriculture Organization/ International Society of Animal Genetics) for studies of porcine biodiversity and the remaining loci represent the major part of the porcine genome. From the analysis performed, it was possible to determine that all the microsatellites used were polymorphic, with 3 (S0385) and 13 (SW780) alleles, with an average number of alleles of 6.05 for a total of 121 alleles. The expected mean heterozygosity was 0.5219 and the observed was 0.5581. The values of the Polymorphism Informational Content (PIC) ranged from 0.2542 to 0.7021 for loci S0385 and SW780, respectively. The results allow us to conclude that the domestic pig in Sahagún, has a high degree of genetic variability.

Genetic diversity detection of the domestic horse (Equus caballus) by genes associated with coat color / Detección de la diversidad genética del caballo doméstico (Equus caballus) mediante genes asociados al color del pelaje

Objective. To assess the population structure and genetic diversity in populations of domestic horse (Equus caballus) in the municipality Cienaga de Oro-Córdoba (Colombia). Materials and methods. Random sampling were conducted between August and October 2013, in adult animals on farms seven districts, which was carried out phenotypic characterization of each animal, based on autosomal markers encoding morphological Extension (E) , Agouti (A), Cream (C), White (W), Gray (G), Tobiano (TO), Overo (O) and Roan (RN). Population genetic parameters: allele frequency, genetic diversity, gene flow, Hardy-Weinberg equilibrium and genetic distance were calculated through the program POPGENE 1.31; the genetic structure was assessed using the program FSTAT v. 2.9.3.2. Results. 341 individuals were analyzed in the seven populations studied, where the Extension gene Was the MOST faq frequently as the Overo and Tobiano genes showed the lowest values. Insignificant values of genetic variability and population recorded a global level, likewise, low genetic differentiation among populations, accompanied by a high gene flow was obtained; an excess of heterozygotes at population and global level was observed; to this is added the presence of Hardy-Weinberg equilibrium in all populations relative to the markers studied and low genetic distance values ​​were reported. Conclusions. The populations are highly genetically related, a situation that may result from the existing geographical proximity between them, favoring genetic exchange and the establishment of a metapopulation.

Objetivo. Evaluar la estructura poblacional y la diversidad genética en poblaciones de caballo doméstico (Equus caballus), en el municipio Ciénaga de Oro, Córdoba (Colombia). Materiales y métodos. Se realizaron muestreos aleatorios entre los meses de Agosto y Octubre del año 2013, en animales adultos presentes en las fincas de siete corregimientos, donde se llevó a cabo la caracterización fenotípica a cada animal, atendiendo a los marcadores autosómicos de codificación morfológica Extension (E), Agouti (A), Cream (C), White (W), Gris (G), Tobiano (TO), Overo (O) y Roan (RN). Los parámetros genéticos poblacionales: frecuencia alélica, diversidad genética, flujo génico, equilibrio Hardy-Weinberg y distancia génica, fueron calculados a través del programa PopGene 1.31; la estructura genética se evaluó mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2. Resultados. Se analizaron 341 individuos en las siete poblaciones estudiadas, donde El marcador Extensión fue el de mayor frecuencia mientras los genes Overo y Tobiano presentaron los menores valores. Se registraron cifras poco significativas de variabilidad genética a nivel global y poblacional, así mismo, se obtuvo una escasa diferenciación genética entre las poblaciones, acompañado de un elevado flujo génico; se observó un exceso de heterocigotos a nivel poblacional y a nivel total, a esto se le suma la presencia de equilibrio Hardy-Weinberg en todas las poblaciones con relación a los marcadores estudiados y se reportaron valores bajos de distancia genética. Conclusiones. Las poblaciones se encuentran muy relacionadas genéticamente, situación que puede obedecer a la cercanía geográfica existente entre ellas, favoreciendo el intercambio genético y la constitución de una metapoblación.

Microsatellites loci reveal heterozygosis and population structure in vampire bats (Desmodus rotundus) (Chiroptera: Phyllostomidae) of Mexico / Microsatélites revelan heterocigosidad y estructura poblacional de murciélagos vampiro (Desmodus rotundus) (Quiróptera: Phyllostomidae) de México

A limited number of studies have focused on the population genetic structure of vampire bats (Desmodus rotundus) in America. This medium-sized bat is distributed in tropical areas of the continent with high prevalence in forested livestock areas. The aim of this work was to characterize the vampire population structure and their genetic differentiation. For this, we followed standard methods by which live vampires (caught by mist-netting) and preserved material from scientific collections, were obtained for a total of 15 different locations, ranging from Chihuahua (North) to Quintana Roo (Southeast). Tissue samples were obtained from both live and collected animals, and the genetic differentiation, within and among localities, was assessed by the use of seven microsatellite loci. Our results showed that all loci were polymorphic and no private alleles were detected. High levels of heterozygosis were detected when the proportion of alleles in each locus were compared. Pairwise F ST and R ST detected significant genetic differentiation among individuals from different localities. Our population structure results indicate the presence of eleven clusters, with a high percentage of assigned individuals to some specific collecting site. Rev. Biol. Trop. 62 (2): 659-669. Epub 2014 June 01.

Muy pocos trabajos se han enfocado en el estudio genético de las poblaciones de vampiro (Desmodus rotundus) en América. Este murciélago de tamaño mediano se encuentra distribuido en las áreas tropicales de América, con una gran prevalencia en zonas de ganadería. La recolecta de tejidos se realizó mediante redes de niebla y en con ejemplares de colecciones, estas dan un total de 15 localidades. Mediante el uso de siete microsatellites, nosotros estudiamos la diferenciación genética dentro y entre localidades muestreadas, estas fueron desde Chihuahua en el norte, hasta Quintana Roo en el sureste. Todos los loci fueron polimórficos y no se encontraron alelos privados. Se encontraron altos niveles de heterócigos cuando se compararon la proporción de alelos en cada locus. Comparaciones pareadas de F ST y R ST mostraron una diferenciación genética entre los individuos de las diferentes localidades. Los resultados de estructura genética indican la presencia de once clusters, con un alto porcentaje de asignación de los individuos a las localidades en donde fueron recolectados.

Genetic characterization of the domestic pig (Sus scrofa domestica) in Cerete-Colombia, using microsatellite markers / Caracterización genética del cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Cereté - Colombia, usando marcadores microsatélites

Objective. The purpose of this study was to characterize a population of domestic pig (Sus scrofa domestica) in Cereté, Córdoba, using 20 microsatellite; calculate heterozygosity per locus and average heterozygosity. Materials and methods. Hair samples were collected from 62 specimens. DNA was extracted by proteinase K digestion and phenol-chloroform purification. Information from 20 microsatellites was selected out of those recommended for swine biodiversity studies. PCR products were separated by a vertical polyacrylamide gel electrophoresis. The bands were visualized by staining with silver nitrate. Results. All microsatellites used were polymorphic. Between 3 (SW1067) and 15 (IFNG) alleles were detected with an average number of 6.7 and a total de 134 alleles. The average expected and observed heterozygosities were 0.5278 and 0.5479, respectively. PIC values ranged between 0.1999 and 0.8300 for loci SW1067 and SW911, respectively. Conclusions. Levels of observed and expected heterozygosity found in the present study indicate that the domestic pig (Sus scrofa domestica) in Córdoba Cereté show high degree of genetic variability.

Objetivo. El objetivo del presente estudio fue caracterizar una población de cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Cereté, Córdoba utilizando 20 microsatélites; calcular la heterocigosidad por locus y la heterocigosidad media. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de bulbos de pelo de 62 ejemplares. El ADN se extrajo mediante digestión con proteinasa K y una purificación con fenol-cloroformo. Se utilizó la información proporcionada por 20 marcadores microsatélites de los recomendados para estudios de biodiversidad porcina. Los productos de PCR se separaron mediante electroforesis vertical en gel de poliacrilamida. Las bandas se visualizaron por tinción con nitrato de plata Resultados. Todos los microsatélites utilizados fueron polimórficos. Se detectaron, entre 3 (SW1067) y 15 (IFNG) alelos, con un número medio de alelos de 6.7 y un total de 134. Las heterocigosidades media esperadas y observadas fueron 0.5278 y 0.5479 respectivamente. Los valores del PIC oscilaron entre 0.1999 y 0.8300 para los loci SW1067 y SW911 respectivamente. Conclusiones. Los niveles de heterocigosidad observada y esperada encontrados en el presente estudio, indican que el cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Cereté Córdoba muestran alto grado de variabilidad genética.

[Cytogenetic analysis of choroidal melanoma]. / Análisis citogenético del melanoma de coroides.

PURPOSE: To investigate the presence of known cytogenetic alterations of choroidal melanoma in a series of patients diagnosed and treated in our Ocular Oncology Service. A review of the present literature on this topic is also presented. METHODS: Microsatellite analysis (MSA) studies on loss of heterozygosity (LOH) of chromosome 3, as well as multiplex ligation prove amplification (MLPA) on chromosomes 1, 3, 6 and 8, were performed on enucleation or local resection samples obtained from a total of 27 patients, over a 2 year period. RESULTS: Twenty patients showed at least one of the cytogenetic alterations looked for. A total of 11 cases were found that showed LOH of chromosome 3 (44%), 8 gains of chromosome 8 (30%), 8 gains of chromosome 6p (30%), and 7 partial or total losses of chromosome 1 (26%). CONCLUSIONS: This is the first study on the cytogenetics of choroidal melanoma performed in our country. The results are similar to that published in the literature. Cytogenetic analysis provides more accurate knowledge on a vital individual prognosis. It also may become a valuable tool for establishing the most adequate follow-up regimes, and the need for adjuvant therapies.