Reference genes for studies in infectious parasitic diseases in five types of human tissues

ABSTRACT

Gene expression analyses based on messenger RNA (mRNA) expression require accurate data normalization. When using endogenous reference genes, these should be carefully validated. Validated reference genes vary greatly depending on tissue, cell subsets and experimental context. This study was aimed to identify reference genes that have more stable mRNA levels among individuals in peripheral blood mononuclear cells (PBMC); fresh skin biopsies; lung and brain autopsies as well as, skin biopsies formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE). Therefore, 6 endogenous reference genes were evaluated by quantitative real-time polymerase chain reaction 18S rRNA, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), TATA box-binding protein (TBP), beta-2-microbolin (B2M), ubiquitin C (UBC) and mitochondrially encoded ATP synthase 6 (MT-ATP6). Furthermore, validation of their stabilities and performance as reference genes was determined by geNorm and NormFinder programs. The results show that the most stable genes for PBMC and fresh skin biopsies were TBP and UBC; in FFPE lung autopsies and skin biopsies were GAPDH and B2M; and in FFPE brain autopsies were GAPDH and UBC. In addition, 18S rRNA was the least stable of all genes analyzed. These data concluded that even genes constitutively expressed have transcript level variations in different tissues as well as storage and experimental conditions. These observations suggest that suitable reference genes should be selected for normalization of gene expression data analysis.

RESUMO

As análises de expressão gênica baseadas na expressão do RNA mensageiro (mRNA) requerem normalização precisa dos dados. Ao usar genes de referência endógenos, estes devem ser cuidadosamente validados. Os genes de referência validados variam muito, dependendo do tecido, subconjuntos de células e contexto experimental. Este estudo teve como objetivo identificar genes de referência que apresentam níveis de mRNA mais estáveis ​​entre indivíduos em células mononucleares do sangue periférico (PBMC); biópsias de pele fresca; autópsias pulmonares e cerebrais, bem como biópsias de pele fixadas em formalina e embebidas em parafina (FFPE). Portanto, 6 genes de referência endógenos foram avaliados por reação quantitativa em cadeia da polimerase em tempo real rRNA 18S, gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase (GAPDH), proteína de ligação à caixa TATA (TBP), beta-2-microbolina (B2M), ubiquitina C (UBC) e ATP sintase 6 mitocondrialmente codificada (MT-ATP6). Além disso, a validação de suas estabilidades e desempenho como genes de referência foi determinada pelos programas geNorm e NormFinder. Os resultados mostram que os genes mais estáveis ​​para PBMC e biópsias de pele fresca foram TBP e UBC; nas autópsias pulmonares de FFPE e biópsias de pele foram GAPDH e B2M; e nas autópsias cerebrais de FFPE foram GAPDH e UBC. Além disso, o 18S rRNA foi o menos estável de todos os genes analisados. Esses dados concluíram que mesmo os genes expressos constitutivamente apresentam variações no nível de transcrição em diferentes tecidos, bem como condições experimentais e de armazenamento. Essas observações sugerem que genes de referência adequados devem ser selecionados para normalização da análise dos dados de expressão gênica.