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Genetic similarities and phylogenetic analysis of Muntjac (Muntiacus spp.) by comparing the nucleotide sequence of 16S rRNA and cytochrome B genome
Khan, B. M.; Sabir, M.; Alyemeni, M. N.; Kaushik, P.; Saeed, M.; Raza, G.; Khan, K. A.; Habiba, U..
Afiliação
  • Khan, B. M.; s.af
  • Sabir, M.; s.af
  • Alyemeni, M. N.; s.af
  • Kaushik, P.; s.af
  • Saeed, M.; s.af
  • Raza, G.; s.af
  • Khan, K. A.; s.af
  • Habiba, U.; s.af
Braz. j. biol ; 832023.
Article em En | LILACS-Express | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1469113
Biblioteca responsável: BR68.1
ABSTRACT
Abstract This study aimed to identify the phylogenetic similarities among the muntjac (Muntiacus spp.). The phylogenetic similarities among seven major muntjac species were studied by comparing the nucleotide sequence of 16s rRNA and cytochrome b genome. Nucleotide sequences, retrieved from NCBI databases were aligned by using DNASTAR software. A phylogenetic tree was created for the selected species of muntjac by using the maximum likelihood method on MEGA7 software. The results of nucleotide sequences (16s rRNA) showed phylogenetic similarities between, the M. truongsonensis and M. rooseveltorum had the highest (99.2%) while the lowest similarities (96.8%) found between M. crinifrons and M. putaoensi. While the results of nucleotide sequences (Cty b) showed the highest similarity (100%) between M. muntjak and M. truongsonensis and the lowest s (91.5%) among M. putaoensis and M. crinifrons. The phylogenetic tree of muntjac species (16s rRNA gene) shows the main two clusters, the one including M. putaoensis, M. truongsonensis, M. rooseveltorum, and M. muntjak, and the second one including M. crinifrons and M. vuquangensis. The M. reevesi exists separately in the phylogenetic tree. The phylogenetic tree of muntjac species using cytochrome b genes shows that the M. muntjak and M. truongsonensis are clustered in the same group.
RESUMO
Resumo Este estudo visou identificar as semelhanças filogenéticas entre os muntjac (Muntiacus spp.). As semelhanças filogenéticas entre sete grandes espécies muntjac foram estudadas comparando a sequência de nucleótidos de 16s rRNA e genoma citocromo b. As sequências de nucleótidos, obtidas a partir de bases de dados NCBI, foram alinhadas utilizando o software DNASTAR. Foi criada uma árvore filogenética para as espécies selecionadas de muntjac utilizando o método de probabilidade máxima no software MEGA7. Os resultados das sequências de nucleótidos (16s rRNA) mostraram semelhanças filogenéticas entre o M. truongsonensis e o M. rooseveltorum tiveram o maior número (99,2%) enquanto as semelhanças mais baixas (96,8%) encontradas entre M. crinifrons e M. putaoensi. Enquanto os resultados das sequências de nucleótidos (Cty-b) apresentaram a maior semelhança (100%) entre M. muntjak e M. truongsonensis e os mais baixos (91,5%) entre M. putaoensis e M. crinifrons. A árvore filogenética das espécies muntjac (gene rRNA 16s) mostra os dois principais aglomerados, o que inclui M. putaoensis, M. truongsonensis, M. rooseveltorum e M. muntjak, e o segundo incluindo M. crinifrons e M. vuquangensis. O M. reevesi existe separadamente na árvore filogenética. A árvore filogenética das espécies muntjac usando genes citocromo b mostra que os M. muntjak e M. truongsonensis estão agrupados no mesmo grupo.
Palavras-chave
Texto completo: 1 Base de dados: LILACS / VETINDEX Idioma: En Revista: Braz. j. biol Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article
Texto completo: 1 Base de dados: LILACS / VETINDEX Idioma: En Revista: Braz. j. biol Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article
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