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Whole-genome sequencing of Leptospira interrogans from southern Brazil: genetic features of a highly virulent strain
Jorge, Sérgio; Kremer, Frederico Schmitt; Oliveira, Natasha Rodrigues de; Navarro, Gabrielle de Oliveira Sanches Valerio; Guimarães, Amanda Munari; Sanchez, Christian Domingues; Woloski, Rafael Danelon dos Santos; Ridieri, Karine Forster; Campos, Vinícius Farias; Pinto, Luciano da Silva; Dellagostin, Odir Antônio.
Afiliação
  • Jorge, Sérgio; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Kremer, Frederico Schmitt; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Oliveira, Natasha Rodrigues de; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Navarro, Gabrielle de Oliveira Sanches Valerio; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Guimarães, Amanda Munari; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Sanchez, Christian Domingues; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Woloski, Rafael Danelon dos Santos; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Ridieri, Karine Forster; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Campos, Vinícius Farias; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Pinto, Luciano da Silva; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
  • Dellagostin, Odir Antônio; Universidade Federal de Pelotas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico. Pelotas. BR
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 113(2): 80-86, Feb. 2018. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-894891
Biblioteca responsável: BR1.1
ABSTRACT
BACKGROUND Leptospirosis is the most widespread zoonotic disease. It is caused by infection with pathogenic Leptospira species, of which over 300 serovars have been described. The accurate identification of the causative Leptospira spp. is required to ascertain the pathogenic status of the local isolates. OBJECTIVES This study aimed to obtain the complete genome sequence of a virulent Leptospira interrogans strain isolated from southern Brazil and to describe its genetic features. METHODS The whole genome was sequenced by next-generation sequencing (Ion Torrent). The genome was assembled, scaffolded, annotated, and manually reviewed. Mutations were identified based on a variant calling analysis using the genome of L. interrogans strain Fiocruz L1-130 as a reference. FINDINGS The entire genome had an average GC content of 35%. The variant calling analysis identified 119 single nucleotide polymorphisms (SNPs), from which 30 led to a missense mutation. The structural analyses identified potential evidence of genomic inversions, translocations, and deletions in both the chromosomes. MAIN CONCLUSIONS The genome properties provide comprehensive information about the local isolates of Leptospira spp., and thereby, could facilitate the identification of new targets for the development of diagnostic kits and vaccines.
Assuntos


Texto completo: Disponível Coleções: Bases de dados internacionais Base de dados: LILACS Assunto principal: Filogenia / Microbiologia da Água / Leptospira interrogans Tipo de estudo: Estudo prognóstico País/Região como assunto: América do Sul / Brasil Idioma: Inglês Revista: Mem. Inst. Oswaldo Cruz Assunto da revista: Medicina Tropical / Parasitologia Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Artigo País de afiliação: Brasil Instituição/País de afiliação: Universidade Federal de Pelotas/BR

Texto completo: Disponível Coleções: Bases de dados internacionais Base de dados: LILACS Assunto principal: Filogenia / Microbiologia da Água / Leptospira interrogans Tipo de estudo: Estudo prognóstico País/Região como assunto: América do Sul / Brasil Idioma: Inglês Revista: Mem. Inst. Oswaldo Cruz Assunto da revista: Medicina Tropical / Parasitologia Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Artigo País de afiliação: Brasil Instituição/País de afiliação: Universidade Federal de Pelotas/BR
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